塞隆骨原动物高原鼢鼠核基因18SrRNA序列测定与分析

目的 :测定仓鼠科动物高原鼢鼠Myospalaxbaileyi的核rDNA基因序列 ,为塞隆骨正品基原检定提供分子依据。方法 :采用PCR直接测序技术测定高原鼢鼠 18SrRNA基因核苷酸序列并作序列特征分析。结果 :高原鼢鼠的 18SrRNA序列长度为 185 1bp。根据排序比较 ,高原鼢鼠与 2种鼠科动物间的DNA序列同源性为 72 .0 4%～ 72 .18%。结论 :通过基因序列分析 ,DNA测序技术可成为塞隆骨正品基原检定的准确有效手段。

18srRNA作为内参在肺癌相关基因LSCC-3研究中的应用

目的:利用以18srRNA为内参照系统的半定量RT-PCR方法对肺癌相关基因LSCC-3在肺癌组织和正常肺组织中的差异表达进行研究并探讨18srRNA作为内参照系统的可行性及其系统优化。方法:分别提取肺癌组织和癌旁正常肺组织共计50对标本的总RNA,根据人肺癌相关基因LSCC-3和人18srRNA序列分别设计引物,以18srRNA作为内参照物进行双扩增RT-PCR反应,对反应体系及过程进行优化并分别进行三次反应,三次反应产物经琼脂糖凝胶电泳后以凝胶成像分析系统行半定量分析,并对结果进行统计学处理。结果:经优化反应系统,以18srRNA作为内参照物的半定量RT-PCR反应结果稳定、三次反应结果经t检验显示差异无统计学意义(P>0.05);经配对t检验,人肺癌相关基因LSCC-3在肺癌组织中表达上调,与癌旁正常组织间存在明显的差异表达(P<0.005),与同期进行的Northernblot实验结果完全符合。结论:由于18srRNA在各种不同功能状态的不同细胞内的量的相对稳定,经过优化条件,以18srRNA作为内参照物的半定量RT-PCR系统的结果是稳定、可信的。

微小隐孢子虫18SrRNA部分基因克隆和序列分析

分别从长春小白鼠、徐州人和南京黄牛的粪便中分离纯化了 3株微小隐孢子虫 (C .parvum)卵囊 ,根据C .parvum 18SrRNA基因序列设计合成引物 ,用PCR扩增卵囊基因组DNA ,其大小为 5 86bp的片段 ,PCR产物用试剂盒回收纯化后直接测序。将测得的序列用DNASTAR软件分析并与国外已发表的相应序列进行同源性比较 ,并绘制系统发育进化树。结果表明 ,徐州人源株与长春鼠源株及徐州人源株与南京黄牛源株同源性均为 97 6 % ;长春鼠源株与南京黄牛源株相应序列同源性为 99 6 %。此 3株C .parvum与国外株相应序列同源性为 81 4 %～ 10 0 0 %。限制性内切酶酶切位点分析仅发现徐州株有 1个特殊的DdeⅠ位点。

金藻3011和8701与球等鞭金藻的18SrRNA基因研究

对金藻3011和8701的18S rRNA基因序列进行测定,分别获得1695 bp和1684 bp的DNA序列。应用DNAMAN,DNAstar和RnaViz 2.0生物软件,将获得的DNA序列与球等鞭金藻的18S rRNA基因序列进行DNA序列和RNA二级结构对比分析。DNA序列分析显示,三者的18S rRNA基因序列非常保守,相似性在99.5%以上,三者应同为球等鞭金藻;RNA二级结构分析显示,三者的RNA二级结构既存在球等鞭金藻种的特异性茎环结构,又存在明显的差异,并且从相近水域(山东)分离出来的3011和8701相对于采自挪威水域的球等鞭金藻具有更大的结构相似性;相对于3011,8701可能与球等鞭金藻具有更高的同源性。由此可见,单纯的18S rRNA基因序列分析可能不适用于球等鞭金藻种下水平的研究,但是其RNA二级结构分析对球等鞭金藻的物种鉴定,甚至是种下地理株的研究都具有非常重要的意义。

18SrRNA在系统进化研究中的应用

本文简要介绍了18srRNA 的结构特点、功能及在系统进化研究中的应用,并就目前应用18srRNA 所做的一些工作做了简要总结。

湛江等鞭金藻18SrRNA基因序列分析与分类学意义

对湛江等鞭金藻的18SrRNA基因序列进行测定,获得1 712bp的DNA序列。应用DNAMAN和DNAstar生物软件,将获得的DNA序列与GenBank中的球等鞭金藻18SrRNA基因序列进行DNA序列和RNA二级结构对比。DNA序列分析显示,两者的18SrRNA基因序列非常保守,相似性为99.77%,湛江等鞭金藻在分类地位上应为球等鞭金藻;RNA二级结构分析显示,两者的RNA二级结构既存在球等鞭金藻种的特异性茎环结构,又存在明显的差异,这为球等鞭金藻种下水平的研究提供了一种新的研究方式。由此可见,单纯的18SrRNA基因序列分析可能不适用于球等鞭金藻种下水平的研究,但是其RNA二级结构分析对球等鞭金藻的物种鉴定,甚至是种下水平的研究都具有非常重要的意义。

三线闭壳龟18SrRNA基因序列的测定

用分子遗传标记进行物种鉴别准确可靠,本文应用18S rRNA序列测定研究中药材三线闭壳龟的进化与种类鉴定。应用PCR直接测序技术测定三线闭壳龟肌肉18s rRNA基因部分核苷酸序列。结果表明,所测序列为678bp,其中GC占多数(54.1％)。讨论了DNA测序技术在龟鳖类等中药材鉴定方面的应用。

实验感染昆明鼠粪便微小隐孢子虫18SrRNA基因检测

目的 探讨隐孢子虫感染的基因检测方法。方法 用分离自人和牛的微小隐孢子虫各1株分别感染2组昆明小鼠,于接种后第6d、10d和14d分别收集每只动物粪便,用显微镜检查,再用Sheather's蔗糖梯度密度离心法纯化卵囊,提取总DNA,对每份DNA样本做10~0～10^(-3)稀释,然后用PCR对微小隐孢子虫18SrRNA基因进行特异性扩增。结果 接受具有活力的1×10~4个卵囊/只的36只小鼠,均获得感染;阳性样本被扩增出1条500hp的片段。隐孢子虫感染小鼠粪便样本各稀释度的PCR检测实验结果表明,PCR检测阳性率随模板DNA样本稀释倍数的增加而增高;小鼠感染后第6d、10d和14d的10~0和10^(-1)两个稀释度的PCR检测阳性率低于镜检结果,而10^(-2)和10^(-3)两个稀释度均高于镜检结果。结论 受染昆明鼠粪便内的微小隐孢子虫可通过扩增其18SrRNA基因检出。

以18SrRNA基因为分子标记的微小隐孢子虫系统发育研究

目的以18SrRNA基因为分子标记对分离自我国人和牛,以及澳大利亚和美国不同宿主来源微小隐孢子虫的系统发育进行探讨。方法用PCR扩增我国两个虫株的18SrRNA基因片段并进行序列测定,与登录于GenBank的澳、美两国虫株的相应序列进行比对。用NJ法构建分子系统树进行系统发育分析。结果分离自我国的小牛虫株(JLC)与GenBank中3个牛源虫株(澳大利亚的C1,美国的UCP和AUCP-1)亲缘关系近,位于系统发育树的同一枝;分离自我国的人源虫株(JSH)与澳大利亚鼠源虫株(M24)同源,共同位于系统发育树的另一枝。结论本研究中微小隐孢子虫株间亲缘关系的远近似主要由宿主因素决定,而受地理位置的影响较小。

拟南芥18srRNA参与隐花色素介导的信号传导途径的研究

通过筛选以拟南芥蓝光受体隐花色素双突变体cry1cry2为遗传背景的激活标签突变体库,得到一株SCC98-D株系,该突变体具有早开花,下胚轴变短,并具有花瓣数目增加等表型,彻底恢复了cry1cry2的晚开花和长下胚轴表型.通过Tail-PCR的方法克隆得到SCC98-D突变体中激活标签插入位点的侧翼序列,通过对该侧翼序列测序发现插入位点在18srRNA的1751bp处,运用RT-PCR方法分析插入位点周围基因的表达,发现只有18srRNA的表达被激活,由此证实了18srRNA参与隐花色素介导的信号传导途径.

微量血痕中18SrRNA与ACTBmRNA变化的时间规律性研究

制备不同时间的血痕样品,采用实时定量PCR检测不同时间点18SrRNA和ACTB mRNA含量,并进行统计学分析。结果发现在10周内,随血痕经过时间延长,18SrRNA基因片段和ACTBmRNA基因片段发生了较明显降解,具有一定的时间规律性。18SrRNA基因片段较ACTB mRNA降解速度快。采用实时定量PCR技术检测18SrRNA和ACTBmRNA含量变化,为推断血痕经过时间提供了新的方法和客观依据。

五种/株原甲藻核糖体小亚基(18S rRNA)基因克隆及序列分析

采用分子克隆及序列比对的方法,对五种/株赤潮原甲藻18SrRNA基因全长序列进行扩增、克隆和序列测定,并从GenBank上下载13个原甲藻18SrRNA基因接近全长的序列,用NJ法和ME法构建了原甲藻属的系统树。结果表明,五种/株原甲藻18SrRNA基因扩增序列长度为1782—1783bp,其中来自南海(中国海域)和来自美国海域的两株微小原甲藻(Prorocentrumminimum)的序列完全一致;东海的赤潮原甲藻(Prorocentrumsp·)与具齿原甲藻(P·dentatum)的序列也完全一致,与微小原甲藻只有5个碱基的差异;而海洋原甲藻(P·micans)与微小原甲藻和具齿原甲藻的序列差异较大,分别为27个和28个碱基。通过NJ法和ME法构建的系统树基本一致。由系统树可以看到:原甲藻属大致分为两支,本实验的微藻全部分布在同一支上。18SrRNA基因序列还将有助于有害赤潮藻快速鉴定的特异性分子探针的研制。

基因测序技术在中药质量研究中的应用(Ⅱ)——山药基原的DNA测序鉴别

目的 分析正品山药 Dioscorea polystachya Turcz.与地方习用品广山药 D.persimilis Prain et Burkill、土山药 D. japaonica Thunb.和方山药 D.alata L .的核基因组 18S r RNA基因序列 ,为山药基原鉴别及品质评价提供分子依据。方法 采用 PCR直接测序技术测定山药及其地方习用品的 18S r RNA基因核苷酸序列并作序列同源性分析。结果 山药、广山药和土山药的 18S r RNA序列长度均为 1810 bp,而方山药为 180 7bp。根据排序比较 ,广山药与正品山药的 18S r RNA序列完全相同 ,而与土山药和方山药的序列同源性分别为 99.89%和 97.5 1%。结论

牛中华泰勒虫新种(梨形虫亚目:泰勒虫科) 2.分子分类学研究

分离自我国甘肃中部地区土种黄牛的一种形态特异的泰勒虫,采用传统分类学研究鉴定为新种,被定名为中华泰勒虫（Theileria sinensis sp.nov.）。又利用对泰勒虫属特异的PCR引物（92/93）对该种基因组DNA扩增,结果表明该种属泰勒虫属原虫确定无疑,并对代表虫种进化和分类的18SrRNA基因序列进行了测定,对已测出该基因1067bp长片断序列与基因库中9种巴贝斯虫,7种已知牛泰勒虫的相应序列进行比较、分析,建立起系统发生树。树图表明,瑟氏泰勒虫和水牛泰勒虫的亲缘关系非常近,中华泰勒虫与这两个种的亲缘关系较近,与附膜泰勒虫、小泰勒虫、环形泰勒虫、斑羚泰勒虫、突变泰勒虫差异较大。

我国牛羊梨形虫病病原的收集与鉴定

目的建立标准化的梨形虫病病原收集与鉴定技术,用于我国牛羊梨形虫病的防治研究。方法自野外采集动物血液或媒介蜱,根据形态进行蜱种鉴定,实验性感染除脾动物,对我国不同地区、不同家畜的梨形虫病病原进行分离,并通过蜱传播试验确定媒介蜱的种类与传播方式;采用18S rRNA基因测序方法,对本实验室已分离的部分梨形虫进行进化关系研究。结果获得34个牛和羊的梨形虫不同地区分离株,并对病原进行了分类鉴定。结论采用血液注射或蜱传播试验可对梨形虫进行有效分离,通过传统分类学和病原进化关系研究,可对动物梨形虫进行正确的分类鉴定。

根际微生物研究进展

根际是土壤-植物生态系统物质交换的活跃界面。植物作为第一生产者同化大气CO2,将部分光合产物转运至地下,激发土壤微生物的生长和新陈代谢;土壤微生物则将有机态养分转化成无机形态,利于植物吸收利用。这个植物-微生物的互作关系维系和主宰着陆地生态系统的功能。自从100年前德国科学家LorenzHiltner提出根际概念以来,根际研究方兴未艾,研究内容不断得以丰富和发展。近年来,随着分子生物技术在土壤环境领域的应用,根际微生物研究出现快速发展的趋势。本文根据2004年在慕尼黑召开的第一届国际根际大会交流内容、结合近年来国际上报道的研究动向,对根际微生物研究方法、根际微生物生物多样性和生态功能、转基因生物的环境安全和根际微生物生物修复技术等内容作一综述。期望我国的根际微生物研究能在基础和应用领域得到快速发展。

基于454焦磷酸测序法的典型草原土壤真核生物多样性

利用454焦磷酸测序法对黄土区不同封育时期典型草地土壤真核生物多样性进行了研究。结果表明,选择的V4区引物可以扩增出土壤真核生物中的微生物、动物和植物,其中真菌群落主要由子囊菌门(Ascomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、绿藻门(Chlorophyta)、球囊菌门(Glomeromycota)和变形菌门(Proteobacteria)组成;动物群落区系主要包括脊椎动物门(Craniata)、节足动物门(Arthropoda)、线虫门(Nematoda)和环节动物门(Annelida);植物群落包括陆生植物(Embryophyta)和单子叶植物纲(百合纲)(Liliopsida)。在不同分类学水平,不同封育时期草地真菌群落组成具有各自的优势菌群;动物群落组成仅在种水平存在差异。草地管理实践中可以结合土壤微生物和土壤养分恢复时间的阈值对封育草地进行合理利用。454焦磷酸测序法可以用于土壤中未知动物、植物和微生物区系的研究。

S29、18S rRNA和GAPDH基因在肺肿瘤组织中表达的比较

目的 分析小核糖体亚基S2 9、18SrRNA和甘油醛 3 磷酸脱氢酶 (GAPDH)三种基因在手术切除的人肺肿瘤组织中的表达水平并作比较。方法 Northern分子杂交 ,结果采用密度扫描进行分析。结果 发现GAPDH基因在肺肿瘤组织 (包括良性肿瘤 )中表达调高 ,而S2 9基因和 18SrRNA基因的表达水平没有明显变化。结论 在分析肿瘤的基因表达状况时 ,不应用GAPDH作为标定mRNA量的内参照 ,而应当同时研究组织和培养细胞两方面。GAPDH的表达调高可能是肿瘤发生的一个指征。

浙江省桃花水母18S rRNA基因序列分析及物种鉴定

采用PCR和DNA测序技术扩增和测序了2003-2008年间采自浙江省宁波、杭州、温州和金华4个地区7个地点桃花水母（Craspedacusta）核糖体小亚基rRNA（18S rRNA）基因,并与已知索氏桃花水母（Craspedacusta sow-erbyi）和中华桃花水母（Craspedacusta sinensis）18S rRNA基因序列进行了比对。结果显示：这7个地点的桃花水母与索氏桃花水母序列极为相似,相似度达99.67%-100%,遗传距离为0-0.002,而与同属中华桃花水母的遗传距离为0.013-0.015。分子系统学分析显示这7个地点桃花水母与索氏桃花水母分支的置信度高达100%。结果确定分析样品均为索氏桃花水母。

苔藓动物18S rRNA基因的分子系统发生初探

本文对我国沿海较为常见的 8种唇口目苔藓动物的 18S r RNA基因进行了 PCR扩增和序列测定 ,结合已知的其它苔藓动物 (包括内肛动物和外肛动物 )以及腕足动物和帚虫的相应序列 ,运用分子系统学方法 ,研究苔藓动物门的系统发生关系。结果表明 ,外肛动物和内肛动物构成苔藓动物分子系统树中的二大平行支 ;本文测定的大室膜孔苔虫与 Giribet等测定的膜孔苔虫在系统树中的位置间隔较远 ;结果也支持外肛动物包含被唇纲和裸唇纲两大类群的形态划分 ;而关于裸唇纲特别是唇口目内部的系统发生关系 。