应用rDNA ITS2区段基因序列分析对浙江省传疟媒介的鉴定

目的对浙江省传疟媒介种类进行鉴定,以指导疟疾防治工作。方法针对媒介按蚊核糖体核酸内转录间隔2(rDNAITS2)区段基因特征,应用PCR基因鉴别技术,对浙江省现场捕捉的按蚊与嗜人按蚊、八代按蚊、中华按蚊、雷氏按蚊实验室标本进行基因鉴别和比较。结果浙江省现场捕捉的按蚊DNA样本的PCR扩增产物均为250bp,与实验室中华按蚊标本一致。结论中华按蚊目前仍是浙江省的主要传疟媒介,现场调查未发现嗜人按蚊。

基于ITS2序列的火绒草药材分子鉴定研究

目的 应用内转录间隔区2(ITS2)序列鉴定不同分布区、不同居群火绒草药材,明确火绒草种间、不同居群间和居群内火绒草样品遗传关系。方法 采用DNA提取试剂盒提取20个居群共220个火绒草药材基因组DNA。利用植物药DNA条形码通用引物ITS2序列对提取的DNA进行扩增并测序。将所得序列使用MEGA6.0软件进行序列对比分析,用NJ TREE法构建系统聚类树。结果 火绒草样本ITS2序列长度为222 bp, GC含量为52.25%。居群内火绒草样品ITS2序列一致,无变异位点。不同居群火绒草样品可利用72 bp处“T”碱基来区分河南产地样本。ITS2序列构建NJ系统聚类树分析显示,辽宁分布区及河北分布区火绒草聚类在一起,河南分布区火绒草与辽宁及河北分布区样本有一定的遗传距离。结论 ITS2序列可以准确、有效地鉴定不同分布区、不同居群火绒草药材,为火绒草种质资源多样性研究提供分子依据。

眼蚤属(Ophthalmopsylla)两蚤种的rDNA ITS2序列研究

目的:研究伏河眼蚤异常亚种Ophthalmopsylla volgensis extrema(Ioffet Scalon,1953)和长突眼蚤Oph-thalmopsylla kiritschenkoi(Wagner,1930)rDNA ITS2序列,为蚤类分子系统发育的研究提供基础资料。方法:PCR扩增两蚤种rDNA ITS2片段并测序,比较两者差异。结果:伏河眼蚤异常亚种rDNA ITS2序列长372 bp,长突眼蚤长380 bp;两蚤种间共有30处碱基不同,包括16处缺失/插入、4处转换、10处颠换,种内无差异。结论:rDNA ITS2序列可用作两蚤种鉴别的分子标记。

白色念珠菌ITS2的实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及评价

目的建立一种快速鉴定白色念珠菌的实时荧光定量PCR检测方法。方法在白色念珠菌核糖体RNA编码基因(r DNA)中的内转录间隔区2(ITS2)上设计特异性引物和Taq Man-MGB探针,通过实时荧光定量PCR分析系统建立白色念珠菌的检测方法,对其敏感度、重复性和特异性进行方法学评价,并在模拟白色念珠菌血症的血标本中初步探讨其应用价值。结果所建方法对白色念珠菌纯菌液的准确检测下限为101CFU/ml,相应的批内、批间变异系数(CV)分别为1.57%和2.20%。对135株白色念珠菌临床分离株、其他非白念菌株、细菌临床分离株和血液标本进行检测,结果显示该方法特异性为100%。另外,对于模拟白色念珠菌血症的血标本,该方法的最低检测下限为102CFU/ml。结论所建方法具有特异性和敏感度高、重复性好的特性,可适用于临床上白色念珠菌引起的血流感染的快速鉴定。

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析

【目的】探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定。【方法】通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析,在线预测ITS2二级结构。【结果】Sanger法测序得到的武芝2号ITS序列(MG282563.1,649 bp),与GenBank中5个紫芝ITS序列具有高相似度(99.53%~100%),并且与已知4个紫芝菌株或实物标本在灵芝属系统进化树上聚为一个分支,同属一个种群。已知2个紫芝特异性引物短序列(GS1_22bp、GS2_22bp)出现在武芝2号ITS序列的119~140 bp正向和588~567 bp反向位置;在武芝2号基因组Scaffold No.49上rDNA中找到4个串联重复的ITS区域,与Sanger法测序得到的单个ITS序列高度一致;在ITS2序列二级结构上,武芝2号与ITS2数据库中紫芝Ganoderma sinense的3个螺旋区结构相同,仅螺旋IV区间夹角不同。【结论】基于ITS和ITS2分子鉴定,确认了武芝2号与已知紫芝G.sinense同属一个种群,在ITS2二级结构螺旋IV区存在夹角差异;此外,验证了2个已知紫芝特异性扩增引物的有效性。

ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明：产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2（ITS2）作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。

基于DNA条形码和PCR-RFLP技术的进口紫草ITS2序列特征研究

目的:基于DNA条形码和PCR-RFLP技术研究进口紫草ITS2序列的特征,为市场紫草药材和饮片的质量控制与真伪鉴别提供参考依据。方法:选用ITS2区域作为对进口紫草和紫草对照药材进行比较、鉴定的DNA条形码序列,并基于DNA条形码和PCR-RFLP技术比较不同来源进口紫草的ITS2序列与紫草对照药材的异同。结果:39份进口紫草样品经限制性内切酶AluI酶切后,其产物的琼脂糖凝胶电泳检测结果显示,仅DH3在500 bp左右有条带,而在100~300 bp无条带,其余样品均在100~300 bp有2条或3条明显条带;进口紫草样品与紫草对照药材的ITS2序列进行比对,其中样品DH3与紫草对照药材的碱基差异最多,有15个碱基差异,样品F2与紫草对照药材的ITS2序列一致,其他进口紫草样品与紫草对照药材的碱基差异为1~9个碱基;从聚类结果中可以看出进口紫草样品DH3与其他进口紫草样品和紫草对照药材均明显区分,独自为一枝,而与紫草对照药材共同聚为一枝且支持率≥50%的样品共有14个。结论:选用ITS2区域,基于DNA条形码和PCR-RFLP技术,比较了进口紫草与紫草对照药材ITS2序列的异同,为紫草药材及饮片的有效鉴定提供参考依据,为紫草药材的市场监管提供有力保障。

我国4种白蛉的核糖体内转录间隔2区PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP方法对我国内脏利什曼病传播媒介中华白蛉(Phlebotomus chinensis)、吴氏白蛉(Ph.wui)、长管白蛉(Ph.longiductus)和亚历山大白蛉(Ph.alexandri)等4种白蛉的核糖体内转录间隔2区(ITS2)进行分型。PCR-RFLP结果显示,以限制性内切酶DraⅠ酶切ITS2片段,可分出4种RFLP带型,即A为450 bp,B为154 bp/127 bp/93 bp/66 bp/10 bp,C为311 bp/80 bp/60 bp,D为353 bp/300 bp/160 bp/58 bp。结果显示,4种白蛉均只有1种RFLP带型,中华白蛉为AA型,亚历山大白蛉为BB型,吴氏白蛉为CC型,长管白蛉为DD型。利用PCR-RFLP方法可区分我国4种内脏利什曼病传播媒介的种类。

基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究

目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。

核糖体转录间隔子2应用于鱼类种属的鉴别

为了防止珍稀鱼类的非法捕捞和销售,鱼类种属的鉴别就成为非常关键的问题,特别是形态学方法无法区分的样品(如鱼苗、鱼鳞、鱼卵、鱼肉及其加工产品等)。为了帮助珍稀鱼类资源的管理和保护,文章报道了一种利用核糖体基因的转录间隔子2鉴别鱼类种属的分子遗传学方法:(1)利用同一目鱼类5.8SrRNA和28SrRNA基因的保守性,设计出扩增鲤形目鱼类这两个基因间转录间隔子2DNA片段,测序获得它们的碱基排列顺序;(2)再根据不同鱼类转录间隔子2序列的差异,设计出每种鱼的种属特异引物、种属鉴别标准物,构建鱼类分子分类图谱,利用PCR复合扩增技术鉴别鱼类种属。通过对国内不同地方采集的5种鲤形目鱼类的210个单一品种样本和40个混合样本的鉴别检验,该方法能够准确、灵敏和快速鉴别这5种鱼,可用于鱼类资源保护和评估、管理和开发,特别是在渔业管理人员渔业执法、海关打击珍稀鱼类走私、防止商业欺诈和外来有害生物入侵等方面非常有用。

基于ITS2序列的紫草PCR-RFLP鉴别研究

目的:通过对市面大量流通的非中国药典收载紫草基原的所谓紫草进行分析,建立紫草正品与非中国药典品的鉴别方法。方法:通过聚合酶链式反应(PCR)对紫草的ITS2序列进行扩增,通过与Gen Bank数据库进行Blast比对,确定非中国药典品的科属;利用距离法和建树法比较非中国药典品与软紫草属、滇紫草属、紫草属的亲缘关系;利用限制性内切酶AluⅠ酶切PCR产物,将酶切产物经琼脂糖凝胶电泳检测后紫外成像。结果:非中国药典品经Blast比对为软紫草属;非中国药典品与软紫草属新疆紫草平均遗传距离为0.071,均小于与紫草属和滇紫草属的平均遗传距离,通过建立Neighbor-Joining(N-J)树聚类分析,非中国药典品与软紫草属新疆紫草和黄花软紫草明显区分,并与滇紫草属和紫草属均具有良好的单系性。正品紫草能被限制性内切酶AluⅠ酶切为两条条带,非中国药典品不能被酶切。结论:市场流通大量紫草非中国药典收载的新疆紫草(Arnebia euchroma(Royle)Johnst.)和内蒙紫草(Arnebia guttata Bunge),利用聚合酶链式反应限制性长度片段多态性法可鉴别紫草正品与非中国药典品。

人工养殖与选育对罗氏沼虾遗传多样性的影响

为探讨人工养殖与选择育种对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)遗传多样性的影响,实验测定了孟加拉野生群体、缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体及选育群体"南太湖2号"共111只罗氏沼虾核糖体转录间隔区2(Internal transcribed spacer 2,ITS2)基因序列,结果发现58个碱基变异位点,定义56个单倍型。在5个群体中,孟加拉野生群体的遗传多样性最高(平均核苷酸差异数K和核苷酸多态性指数Pi分别为7.186和0.0155),依次为缅甸野生群体、浙江养殖群体、广西养殖群体,选育群体"南太湖2号"遗传多样性最低(K和Pi分别为3.032和0.0065)。5个群体间配对Fst分析表明,养殖群体与野生群体遗传分化显著(P<0.01),选育群体"南太湖2号"不仅与野生群体遗传分化显著,同时还与广西养殖群体产生了显著的遗传分化(P<0.01)。系统树显示,孟加拉野生群体和缅甸野生群体聚为一支,浙江养殖群体、广西养殖群体和选育群体"南太湖2号"则聚为另一支。研究结果表明,人工养殖和选育降低了罗氏沼虾的遗传多样性水平,并导致群体间发生了显著的遗传分化。

铁皮石斛的ITS2条形码分子鉴定及5种重金属及有害元素的测定

目的：应用DNA条形码技术,从分子水平快速、准确地鉴定我国12个省区铁皮石斛栽培基地铁皮石斛（Dendrobium officinale Kimura et Migo）及其同属常见植物的基原,采用微波消解ICP-MS技术测定各地铁皮石斛中铅（Pb）、镉（Cd）、砷（As）、汞（Hg）、铜（Cu）5种重金属及有害元素的含量,评价栽培铁皮石斛的用药安全。方法：提取各样本总DNA,对r DNA的第二内转录间隔区（ITS2区）进行扩增,计算种内、种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,通过与中药材DNA条形码鉴定系统比对和构建N-J（Neighbor-Joining）系统树进行基原鉴定。建立微波消解方法进行样品前处理,ICP-MS法对铁皮石斛中5种重金属及有害元素进行测定,比对国内外现行标准,对铁皮石斛的安全性进行评价。结果：铁皮石斛的ITS2序列长度在246-340bp范围,种内变异较小,种内最大K2P遗传距离为0.009,铁皮石斛及其混伪品的种间平均K2P遗传距离为0.206,种间最小K2P遗传距离明显大于种内的最大K2P遗传距离。经与中药材DNA条形码鉴定系统比对及构建N-J树进行基原鉴定。结果表明ITS2序列可区分铁皮石斛及其近缘种。5种重金属及有害元素的测定结果表明各地的含量差异较显著,但在安全的范围内。结论：ITS2片段DNA条形码可有效鉴定中药铁皮石斛及其常见同属植物的基原,建立的ICP-MS法测定铁皮石斛中5种重金属与有害元素的方法准确、可行,各元素的含量在现行相关标准的安全范围内。

黑龙江与广州颚口线虫幼虫分离株的形态学观察及其分子鉴定

本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线虫(Gnathostoma nipponicum)第3期幼虫相符。序列分析结果显示与GenBank中登录的日本颚口线虫ITS2和CO1基因的同源性分别为100%和99%。邻位连接法构建的50%一致树也均与日本颚口线虫处于同一分支。表明从黑龙江及广州地区泥鳅中分离的颚口线虫幼虫为日本颚口线虫幼虫,首次证明了中国存在日本颚口线虫。

应用ITS2条形码及种子形态鉴定柴胡属种子

目的:采用传统形态鉴定方法结合DNA条形码分子检测技术准确鉴定柴胡属种子。方法:收集41份市售柴胡属种子和GenBank数据库中下载15个品种75条核糖体DNA第二内部转录间隔区(ITS2)序列。利用体视显微镜和游标卡尺进行种子外观形态特征的观察和记录,测定千粒重。提取种子的基因组DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增,双向测序得ITS2序列。基于BLAST法,邻接(NJ)系统进化树法,Kimura双参数模型(K2P)遗传距离法和ITS2序列二级结构进行物种鉴定。结果:不同基原的柴胡属种子在长、宽、横切面及千粒重等方面存在细微的差别;柴胡种子的ITS2序列有2个种内变异位点,3种单倍型,种内最大遗传距离0.009小于种间最小遗传距离0.032;NJ系统进化树中柴胡和狭叶柴胡分别聚为独立一支,具有良好的单系性;ITS2序列二级结构可以弥补NJ树在变种鉴定方面的不足。41份柴胡属种子样品中有30份柴胡,3份狭叶柴胡,5份三岛柴胡,2份藏柴胡及1份小叶黑柴胡。结论:市售柴胡种子存在来源多样、基原混乱的问题。基于ITS2条形码和种子形态鉴定相结合的方法可以准确鉴定柴胡属种子,为制定柴胡种子质量标准,规范柴胡种植,从源头解决柴胡药材质量问题提供科学依据,并为其他药用植物种子或者种子类药材的准确鉴定提供参考。

六种蚊虫DNA条形码序列分析

传统分类学鉴定需要有完整无残缺的成虫标本,对于非昆虫分类学研究人员应用传统分类学方法鉴定蚊虫较为困难;本研究旨在发掘更多适用于蚊类鉴定的DNA条形码,实现口岸一线蚊类的快速准确鉴定。本文通过提取14个蚊虫样品的基因组DNA,使用通用引物PCR扩增ITS1、ITS2、Cytb、COI基因及序列,PCR产物双脱氧法测序,结合NCBI中相关数据分析部分ITS2、Cytb、COI序列的相似性和遗传关系。结果显示:获得了14个蚊虫样品的部分ITS1、ITS2、Cytb、COI序列的非全长碱基序列共计39条;依据种内遗传距离和相似度将14个未知蚊虫分子分类鉴定为6种蚊虫:凶小库蚊、致倦库蚊、尖音库蚊、赫坎按蚊、白纹伊蚊、里海伊蚊;碱基使用率统计表明所测样品的Cytb、COI基因符合昆虫线粒体DNA碱基组成;构建基因ITS2、Cytb、COI系统进化树,符合蚊虫系统发育遗传进化理论。本研究对14个未知蚊虫样品的进行了分子鉴定,为蚊类的快速准确识别鉴定提供基础数据。

基于ITS2序列的苍术属植物遗传关系

目的:应用内部转录间隔区2(ITS2)序列鉴定东北产栽培和野生苍术及其近缘种药材,明确其种间遗传关系远近,并对东北产朝鲜苍术的栽培起源进行初步探索。方法:提取不同栽培区包括北苍术、朝鲜苍术在内的五种苍术属40份样本以及朝鲜苍术7份野生种质样本的基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2序列并进行双向测序,所得所有序列用MEGA5. 0软件进行比对分析(clustal W),去除两端5. 8S和28S序列,获得完整的ITS2序列,构建系统聚类树(NJ树)。结果:苍术属5种药材ITS2序列长度均为232 bp。根据NJ树和ITS2二级结构结果,除北苍术和朝鲜苍术未被区分开,其余几种药材均可明显区分,表现出良好的单系性。根据NJ树结果可知,朝鲜苍术的栽培品系和野生种质也能很好的聚在一起。结论:ITS2序列能稳定、准确鉴别苍术属5种药材。朝鲜苍术与北苍术亲缘关系很近,可认为是苍术北方分支中的一种变种,建议将朝鲜苍术并入北苍术。且在辽宁有大规模栽培的朝鲜苍术可能起源于辽宁本地的野生群体,种源可能来自于辽宁岫岩等地的野生种。

长江白甲鱼ITS2序列结构和群体遗传多样性

对长江白甲鱼(Onychostoma sima)样本核DNA进行PCR扩增,获得白甲鱼核DNA上编码核糖体5.8SrRNA和28SrRNA基因的部分序列和完整的ITS2序列(876bp)。运用DNA分析软件对白甲鱼2个驯养群体(重庆水产研究所长寿湖珍稀鱼类繁育中心及涪陵鱼种场)进行了遗传多样性分析。结果表明:该序列平均T、C、A和G碱基组成为22%、32.5%、29.6%和15.8%,颠换Tv=40,转换Ts=10,转换和颠换比值为R=Ts/Tv=0.25。40个体都是单倍型,单倍型多样度为H=1.000,平均核苷酸差异系数K=5.978,核苷酸多样性Pi=0.0682。中性检验及聚类分析表明,两个群体没有分化成单一的群体,两个驯养群体遗传多样性高,种质质量良好。

TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR快速检测光滑念珠菌

目的采用TaqMan-MGB探针作为检测信号,建立快速检测光滑念珠菌的实时荧光定量PCR方法。方法以光滑念珠菌核糖体RNA编码基因(rDNA)中的内转录间隔区2(ITS2)作为靶基因,设计特异性引物和TaqManMGB探针。在梯度光滑念珠菌纯菌液标本中评价所建方法灵敏度和重复性;在102株光滑念珠菌临床分离株、非光滑念珠菌的其他4种念珠菌临床分离株、7种细菌临床分离株和人基因组的DNA中评价所建方法特异度;并在模拟光滑念珠菌血症的血标本中初步探讨其临床应用价值。结果所建方法对光滑念珠菌纯菌液的检测下限为101 CFU/ml,相应的批内、批间变异系数(CV)分别为1.68%和2.84%。对102株光滑念珠菌临床分离株检出率为100%;对非光滑念珠菌无交叉反应,显示该方法特异性为100%。对模拟光滑念珠菌血症血标本的最低检测下限为101 CFU/ml。结论所建方法具有特异性和灵敏度高、重复性好的特性,适于临床上光滑念珠菌血症的快速检测。

利用ITS2条形码鉴定海南省屯昌蚊种及其系统发育分析

目的 研究海南省屯昌蚊种多样性,并进行系统发育分析。方法 2019年8月以人诱法采集海南省屯昌县蚊虫标本,HotShot法提取蚊虫DNA,PCR扩增ITS2基因片段,测序,经BLAST比对明确蚊种,用Mega X软件进行系统发育分析。结果 采集到蚊虫43只,其中18只雌蚊成功测序,分别为骚扰阿蚊6只,占33.33%;白纹伊蚊5只,占27.77%;白雪库蚊和淡色库蚊各2只,河滨伊蚊1只,未定种库蚊2只。ITS2基因序列变异位点比例为54.09%,具有较高的变异性,不存在碱基替换饱和。系统发育分析显示,海南省屯昌的不同蚊种分别与美国、斯里兰卡、日本、芬兰、希腊、以色列以及中国的重庆、上海、福建的相应蚊种系统发育关系相近,预测与蚊虫迁徙、扩张有关。结论 研究蚊多样性和监测进化动态,是预警和防控蚊媒病传播的基础。