发育型内皮基因座-1作用下氧化型低密度脂蛋白对巨噬细胞分泌TNF-α、MIP-1α及MIP-2的影响

目的探讨发育型内皮基因座-1(DEL-1)作用下氧化型低密度脂蛋白(OX-LDL)对巨噬细胞中肿瘤坏死因子α(TNF-α)、巨噬细胞炎性蛋白1α(MIP-1α)及巨噬细胞炎性蛋白2(MIP-2)表达的影响。方法体外培养人单核-巨噬细胞系THP-1细胞株至对数生长期,分为佛波脂(PMA)组(PMA诱导为贴壁的巨噬细胞)、OX-LDL组(OX-LDL诱导为泡沫细胞)、si-NC组(50 nmol/L siRNA-NC的小干扰转染细胞)及小干扰RNA-DEL-1(siRNA-DEL-1)组(50 nmol/L siRNA-DEL-1转染细胞),采用油红O染色鉴定泡沫细模型、并检测各组细胞中脂质积累,采用免疫荧光技术检测各组细胞中DEL-1的表达,采用实时聚合酶链反应(RT-PCR)及Western blot检测各组细胞中DEL-1、MIP-1α、MIP-2及TNF-α信使RNA(mRNA)和蛋白的表达;采用Pearson相关系数分析DEL-1蛋白表达与上述炎性因子的相关性。结果油红O染色结果显示,靶向敲低DEL-1泡沫细胞胞质内脂质积累减少;免疫荧光、Western blot及RT-PCR结果显示,OX-LDL组、siRNA-NC组细胞中DEL-1及下游炎性因子MIP-1α、MIP-2及TNF-α的蛋白及mRNA表达较PMA组上调(P<0.05),siRNADEL-1组细胞中上述因子表达较OX-LDL组及siRNANC组下调(P<0.05)。结论DEL-1介导了OX-LDL源性泡沫细胞分泌MIP-1α、MIP-2及TNF-α,可能参与了动脉粥样硬化(AS)的病变过程。

北京汉族人群D2S1338和D19S433基因座等位基因频率调查

应用荧光标记引物复合扩增分析技术及数据处理软件对北京汉族232个无关个体D2S1338和D19S433两个基因座的等位基因频率进行调查,现报道如下.

汉族人群Tap1和Tap2基因座等位基因频率和基因型频率分布

本研究分析汉族人群tap1和tap2基因座等位基因和基因型频率的分布及意义。运用TaqManPCR分型技术调查339例中国健康汉族人群随机样本tap1(transporter associated with antigen processing)和tap2基因座等位基因频率和基因型频率分布,并计算个体鉴别力、累积鉴别力、多态性信息含量、无偏倚期望杂合性、观察杂合性等遗传参数。结果表明:共有5种tap1等位基因(tap1*0101、020101、020102、0301和0401)和4种tap2等位基因(tap2*0101、0102、0103和0201)被检出,tap1实际检出基因型8种,占理论基因型的53.3%,tap2实际检出基因型6种,占理论基因型60%。Tap1和tap2基因型分型结果符合Hardy-Weinberg定律(p>0.05)。Tap1*0101(79.79%)和tap2*0101(82.74%)在中国汉族人群中分布最广。结论:Tap1*0101和tap2*0101在汉族人群中分布最广。Tap1和tap2基因座具有一定的信息量和个体鉴别能力,可用于人类遗传学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。

FUT2基因座4个新变异等位基因的分析

目的 探讨FUT2基因座新变异等位基因的结构、检测方法与表达状态。方法 应用PCR、RFLPs、基因重组、DNA序列检测及基因表达技术,对4种FUT2基因座新变异等位基因进行分析。结果在新几内亚人个体中,发现了3种新的FUT2等位基因,分别由错义突变C664T、G868A和G760A所致。经基因表达证实:3种基因编码的α2-FUT酶蛋白缺乏相应的糖基转移酶活性;在中国汉族个体中,发现1例同义突变A660T。C664T和A660T改变了限制性内切酶Sac Ⅰ的识别序列,可以用RFLPs方法进行检测。在应用DNA序列分析技术检测杂合子时,可能会漏检显示弱峰的变异,RFLPs技术不能确定内切酶识别序列内部的具体变异点。结论 C664T、G868A和G760A突变所形成的FUT2基因为非分泌型基因,序列多态性的检测应使用2种以上的方法相互验证。

广东汉族人群D22S1045、D1S1656、D2S441和D10S1248基因座的遗传多态性分析

目的调查广东汉族人群D22S1045、D1S1656、D2S441和D10S1248等4个短串联重复序列(STR)基因座的遗传多态性。方法采用德国Qiagen公司的Hexaplex ESS试剂盒复合扩增169个广东汉族个体的4个STR基因座。扩增产物经美国ABI公司的3100遗传分析仪电泳分析其基因型,在各基因座均符合Hardy-Weinberg平衡的基础上计算其遗传学参数:基因频率、杂合度(H)、多态信息含量(P1C)、个体识别能力(PD)和非父排除率(PE)。结果169名无关个体4个STR基因座中共检出40个等位基因,4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P】0.05),

三态MVR-PCR方法检测中国汉族人群D2S44(YNH24)基因座3’端遗传多态性

目的揭示中国汉族人群(河北)D2S44基因座3’端的遗传多态性。方法采用三态MVR-PCR和变性PAGE-银染技术对D2S44基因座进行检测,结果用数字编码表示。结果在被检116名无关个体中,每个个体平均得到11个数字编码,3种重复单位出现的频率分别为:I型34．33％、Ⅱ型33．52％、Ⅲ型21．63％、0型10．52％。在116名无关个体中,两个无关个体拥有相同的编码概率为0．136 5,所有编码均相同的概率为3．06×1-10,杂合度为0．975 5,多态信息含量为0．975 1,非父排除率为0．951 0。结论D2S44基因座在中国汉族人群(河北)中具有较高的遗传多态性,是法医学和人类群体遗传学研究的一个重要遗传标记。

云南汉族群体FIBRA、DHFRP_2、ACTBP_2基因座多态性及其法医学应用

采用Amp-FLP分型方法,调查云南汉族群体FIBRA、DHFRP2、ACTBP。基因座的遗传多态性,并将其应用于法医学实践。200份EDTA抗凝血采自昆明地区无血缘关系汉族个体,采用酚-氯仿法提取DNA;法医物证实际检案及亲子鉴定检材取自昆明医学院法医系物证教研室检案,各种动物血痕取自动物中心,采用酚-氯仿法或Chelex法提取DNA,PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,硝酸银染色分型。结果表明,FIBRA、DHFRP2、ACTBP2,基因座分别观察到15、7、13个等位基因,基因型数分别是57、25、61。3个STR基因座的杂合度（H）分别为:0.8940、0.8174、0.9130;多态信息容量（PIC）分别是:0.8908、0.8045、0.9117;个人识别力（Dp）分别是;0.9733、0.9416、0.9772;非父排除率（Epp）分别是;0.7994、0.6542、0.8348,基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。20个家系调查结果表明,3个基因组均符合孟德尔遗传规律。

D2S1338基因座在华北汉族的遗传多态性分析

目的 :了解D2S1338基因座在华北汉族人群中的基因分布情况 ,并与国内外相关统计资料进行对比 ,给科研和办案提供法律依据。方法 :373个无关华北汉族个体和 4 0个家系检材经Identifiler五色荧光复合试剂盒PCR扩增 ,ABIPRISM 310 0DNA毛细管电泳仪检测 ,使用GeneScan(3.1.2 )和Genotyper软件分析。结果 :华北汉族中观测到D2S1338基因座有 13个等位基因 ,5 2种基因型 ,He为 0 85 5 ,PIC为 0 84 ,DP为 0 96 4。出现频率最多的等位基因是 2 3、2 4。华北汉族与黑种人和白种人比较 ,基因分布有极显著差异。结论 :D2S1338基因座具有很高的个体识别能力 。

双亲IGF2-H19基因座甲基化遗传差异在非侵入性胎儿亲子鉴定中的应用

本项目主要通过检测IGF-H19基因座甲基化遗传差异选择性扩增母血中的胎儿父亲DNA,直接利用母血进行亲子鉴定,克服传统的羊膜腔穿刺等创伤性诊断方法,建立非侵入性亲子鉴定的新方法.

靶向敲除β-珠蛋白基因座控制区增强子HS2对K562细胞转录组的影响

人类β-地中海贫血的发病机制与β-样珠蛋白基因异常表达息息相关。人类β-样珠蛋白基因以5′-ε-Gγ-Aγ-δ-β-3′的顺序排列于β-珠蛋白基因座,受5′LCR (locus control region)中5个超敏位点(hypersensitive site,HS)5′HS5~5′HS1和3′HS1调控。其中5′HS2是最重要的增强子,能产生增强子RNA(enhancerRNA)并调控ε-globin、γ-globin和β-globin的表达。为了进一步探究K562细胞中增强子5′HS2的功能,本研究首先通过染色质构象捕获技术在人慢性髓原白血病K562细胞中探测到5′HS2介导的染色质相互作用集中在以包含CTCF(CCCTC-bindingfactor)位点的3′HS1和5′HS5为边界的拓扑结构域中,5′HS2在三维空间上与HBE1、HBG2和HBG1启动子区域相互靠近。其次运用CRISPRDNA片段编辑技术在K562细胞系中删除了增强子5′HS2。最后通过RNA-seq和CUT&Tag (cleavage under target&tagmentation)实验分析两个5′HS2删除的单克隆细胞系的转录组和染色质H3K27ac组蛋白修饰,发现91个基因表达显著下调而且其启动子区的H3K27ac修饰程度显著降低。这些基因主要聚类于氧气运输、免疫应答、细胞粘附、抗氧化和维持血栓形成等与红细胞功能相关的生物过程中,表明K562细胞系中增强子5′HS2对红细胞功能相关基因的转录产生了广泛影响。

F_(2:3)设计全基因组标记的Bayesian分析

数量性状的遗传率低时,常采用F2:3设计进行遗传分析,但往往忽略异质家系内QTL的混合分布特性。同时,用多QTL模型检测QTL会提高QTL检测的功效。因此,本文在利用F2:3设计异质F2:3家系内QTL混合分布特性基础上,提出F2:3设计全基因组多标记联合分析新方法。该方法充分利用了异质F2:3家系内的QTL混合分布,并采用多QTL遗传模型。Monte Carlo模拟研究表明,新方法能获得精确的QTL效应和位置的估计。此外,还比较了QTL效应抽样的两种策略。研究表明,新策略能显著提高QTL检测的功效。

拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因

旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型(mixed-linear model,MLM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS)。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test,PT)进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25358001~26696400 bp处(CNVR1)和54087201~54090000 bp处(CNVR2)。在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加(P<0.01)和CNVR2拷贝数缺失(P<0.01)对猪的体高性状具有显著影响。基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大。CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因。qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致。初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关。

PD相关基因LRRK2表达调控的初探

目的:以C57BL/6J(B6)和DBA/2(D2)小鼠为实验动物,初步探究帕金森病(PD)相关基因LRRK2的表达调控机制,构建LRRK2的表达调控网络。方法:数量性状基因座(eQTL)分析技术分析LRRK2基因在各品系小鼠中的表达情况,并进行遗传学相关分析和区间连锁分析;半定量PCR技术和Real-time PCR检测LRRK2基因在PD模型组和对照组小鼠中的表达量。结果:与NS对照组相比,B6、D2小鼠PD模型组的中脑及前脑中LRRK2基因的mRNA表达水平都发生了非常显著的变化(P<0.01)。eQTL分析发现在Affymetrix MOE430芯片中,LRRK2基因共有2个探针位置用于分析其在前脑、中脑的mRNA表达水平。选取探针位置1431394_a_at_A进行检测,结果显示,LRRK2基因在亲本B6、D2及41个BXD RI小鼠前脑、中脑的表达在各品系间的表达量多少不一。遗传学相关分析结果揭示,LRRK2基因与100个基因高度相关,初步构建LRRK2基因的调控网络,该网络包括了Kif21a等21个与LRRK2基因高度相关的基因。区间连锁分析检测引起探针位置1431394_a_at_A表达水平差异的染色体区域,结果显示在15号染色体和4号染色体各存在一个LRS≥20的QTL峰。结论:LRRK2基因既存在顺式调控机制又存在反式调控机制。

苹果外源基因转导对座果率和幼苗生长量的影响

对长富2号苹果进行了外源DNA转导,结果表明,授粉后不同时期传导外源DNA,对应果有直接影响,出苗率降低,幼苗生长量团组合不同差异极显著。

胰岛素样生长因子2研究进展

胰岛素样生长因子2在胎儿生长发育、肿瘤细胞增殖、肌肉生长等方面具有重要的调控作用。综述了胰岛素样生长因子2基因结构、基因组印迹和作为影响肌肉重量数量性状基因座的研究进展。

用克隆技术制备STR等位基因分型标准物的研究

用克隆技术制备D2S1338基因座等位基因分型标准物,首先在人群中筛选出D2S1338基因座的13个等位基因,经聚丙烯酰胺凝胶分离纯化;然后进行PCR扩增,并将纯化后的扩增产物与pGM-T质粒载体连接,转化到DH5α感受态大肠杆菌中;第三,鉴定阳性克隆产物并对重组质粒进行测序,按国际标准对插入的等位基因命名;第四,经扩大培养、提取质粒DNA,以后者为模板制备出等位基因分型标准物。结果表明克隆技术制备方法,能长期、大量、稳定地保存等位基因,同时解决了STR分型标准化的问题。