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基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组
被引量:
1
1
作者
魏闻
郭锋彪
吴映辉
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期545-554,共10页
已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质。采用基于Z曲线的方法从属于第一类...
已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质。采用基于Z曲线的方法从属于第一类的功能已知基因出发训练参数,进而确定第二类ORFs中非编码的部分。通过支持向量机的学习及分类,结果显示十重交叉检验平均正确率为98.45%,说明Z曲线联合支持向量机是一种高度准确的基因识别方法。最终,确定216个假设ORFs实际上不编码蛋白质。通过采用Blastp进行序列比对,保留的假设ORFs中有341个在高可靠性的条件下获得了功能信息。根据蛋白质直系同源簇方法进行功能分类,分别有30、53、59和159个新注释的假设ORFs属于信息储存和加工类、细胞加工和信号传递类、新陈代谢类和特征不明显类。另外还有70个不属于其中的任何一类。注释结果比RefSeq及GenBank提供的原注释更加准确,更加完整。
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关键词
脑膜炎奈瑟菌MC58株
基因组重注释
21变量z曲线
支持向量机
原文传递
题名
基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组
被引量:
1
1
作者
魏闻
郭锋彪
吴映辉
机构
电子科技大学生命科学与技术学院
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期545-554,共10页
基金
国家自然科学基金项目(31071109
60801058)
电子科技大学"中央高校基本科研业务费"资助(ZYGX2009J082)~~
文摘
已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质。采用基于Z曲线的方法从属于第一类的功能已知基因出发训练参数,进而确定第二类ORFs中非编码的部分。通过支持向量机的学习及分类,结果显示十重交叉检验平均正确率为98.45%,说明Z曲线联合支持向量机是一种高度准确的基因识别方法。最终,确定216个假设ORFs实际上不编码蛋白质。通过采用Blastp进行序列比对,保留的假设ORFs中有341个在高可靠性的条件下获得了功能信息。根据蛋白质直系同源簇方法进行功能分类,分别有30、53、59和159个新注释的假设ORFs属于信息储存和加工类、细胞加工和信号传递类、新陈代谢类和特征不明显类。另外还有70个不属于其中的任何一类。注释结果比RefSeq及GenBank提供的原注释更加准确,更加完整。
关键词
脑膜炎奈瑟菌MC58株
基因组重注释
21变量z曲线
支持向量机
Keywords
Neisseria meningitides MC58
Genome reannotation
21
z
curve parameters
Support vector machine
分类号
Q612 [生物学—生物物理学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组
魏闻
郭锋彪
吴映辉
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
1
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