粪便23SrRNA基因检测在幽门螺杆菌感染中的应用及克拉霉素耐药性分析

目的探究粪便23SrRNA基因检测在幽门螺旋杆菌(Hp)感染中应用,并分析克拉霉素耐药性。方法选郑州市中医院2020年6月至2022年5月期间98例消化性溃疡患者,所有患者均接受胃黏膜组织活检药敏试验、粪便23SRNA基因阳性检出率。结果经胃黏膜组织活检,共检出59例Hp阳性;经粪便23SrRNA共检出73例阳性,粪便23SrRNA对Hp阳性检出率较胃黏膜组织活检高(χ^(2)=4.547,P=0.033<0.05);两种诊断方法Kappa为0.63,一致性中等;经粪便23SrRNA检测结果为Hp阳性患者中,经药敏试验确认耐药12例、敏感45例;经粪便23SrRNA检测结果确认耐药14例、敏感43例,其耐药率、敏感率之间相比均未见统计学意义(χ^(2)=0.199,P=0.655>0.05);两种诊断方法Kappa为0.73,一致性较强;突变位点中,2143、2142、2097突变率分别为16.44%、10.96%、5.48%、1.37%。结论粪便23SrRNA对Hp阳性检出率高于胃黏膜活检Hp培养高,克拉霉素耐药率与药敏试验结果相近,提示可将其应用于Hp感染及克拉霉素耐药性分析检验中,为临床治疗方案制定提供更准确参考依据。

肺炎支原体23SrRNA基因突变及其所致肺炎的临床分析

目的了解肺炎支原体23SrRNA基因突变现状,提高对肺炎支原体大环内酯类抗生素耐药基因突变所致肺炎的临床认识和诊治水平。方法对2009年5月至2009年10月我院住院的肺炎支原体肺炎患儿咽试子标本,应用巢式PCR扩增23SrRNA基因并进行电泳检测及DNA测序分析,筛选突变株;并进行总结和分析临床特点。结果应用巢式PCR扩增23SrRNA测出基因序列45例,均存在大环内酯类抗生素耐药基因突变。且变异基因位点均为2063位A→G的点突变,其中2例为2063位点A/G双峰;临床特点表现为91.1%患儿持续性发热伴咳嗽,以中、高度热为主。68.9%外周血白细胞总数正常;45例患儿肺部影像资料显示,双肺炎症14例,大叶性肺炎7例,伴胸腔积液6例。20例有肺外合并症;45例应用红霉素静注治疗有效率91.1%。结论肺炎支原体大环内酯类抗生素作用位点之一23SrRNA 2063普遍存在突变,其所致肺炎的临床表现无特异性;应用大环内酯类抗生素治疗91.1%有效,肺炎支原体此位点突变与其在体内是否耐药尚需进一步研究。

支原体DNA载量和耐药基因23SrRNA的2063和2064位点突变检测在儿童支原体肺炎诊疗的应用

目的了解支原体DNA载量和耐药基因23SrRNA的2063和2064位点突变检测在肺炎支原体肺炎(MPP)的早期诊断和大环内酯类药物耐药应用情况分析。方法收集2017年3月至2019年9月昆明医科大学第一附属医院儿科因下呼吸道感染住院患儿224例为研究对象,其中男122例,女102例。年龄1~13岁,平均(5.57±3.34)岁,入院24 h严格规范采集痰液和咽拭子的标本并及时送检。采用PCR法检测MP-DNA阳性率及耐药基因23SrRNA的2063和2064位点突变情况,并对临床资料进行统计分析。结果224例下呼吸道感染患儿中,MP感染71例,感染率为31.69%,不同年龄组间MP感染率比较差异有统计学意义(P<0.05),且感染率随着年龄的增长而升高;不同性别患儿MP阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。其中检出MP-DNA阳性27人,阳性率:38%,其中检出23SrRNA的2063和2064位点突变耐药基因19人。灵敏度为70.4%,特异度为100%,结论采用PCR法对呼吸道分泌物MP-DNA载量的检测在儿童MPP早期诊断中因特异性和敏感性高、简便易行、儿童依从性好等特点得到推广,同时检测呼吸道分泌物MP耐药基因23SrRNA的2063和2064位点突变检测及时指导治疗值得肯定。

16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用

测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。

5s-23srRNA基因间隔区RELP分析对莱姆病病例尿标本的检测

作者对来自牡丹江市林业医院和海林林场的34份尿液标本进行了5s－23srRNA基因间隔区RFLP分析，并将PCR检测和血清学检测的结果进行比较。结果表明：8个病人PCR检测结果阳性，7个病人感染了B.garinii（第二基因种）、1个病人感染了B．afzelii（第三基因种），同当地媒介生物中的优势基因种相同；血清学和PCR检测在对病人进行诊断时有互相弥补的作用。5s－23srRNA基因间隔区RFLP分析方法有望在研究临床表现和基因种的关系及流行病学调查中得到广泛应用。

广西莱姆病螺旋体5s-23srRNA间隔区基因的克隆和序列分析

目的对广西莱姆病螺旋体分离株基因型鉴定。方法应用聚合酶链反应从3株广西莱姆病螺旋体及1株贵州分离株全基因组DNA中将5S -23SrRNA间隔区基因调出 ,并克隆至质粒PGEM -T中 ,构建重组质粒 ,测序后与国外其它分离株进行同源性比较。结果4株莱姆病螺旋体均扩增出约242bp的5s-23srRNA间隔区基因 ,同源性99%以上,与B.valaisiana基因型的同源性均比其他基因型高 ,同源性97.1 %～97.9 %。结论4株莱姆病螺旋体均属于B.valaisiana基因型 。

靶向23SrRNA domainⅡ区的肽-多肽核酸抑制细菌生长的研究

目的研究靶向23SrRNA domainⅡ区的肽-多肽核酸(PNA)(G1138)抑制细菌生长的效果。方法用浊度分析观察肽-PNA(G1138)抑制大肠埃希菌DH5α的生长,用克隆形成单位进一步分析肽-PNA(G1138)抑菌效果。结果肽-PNA(G1138)显示出剂量和序列特异性抑制细菌生长,但肽-PNA(G1138)的最低抑菌浓度(MIC)明显高于四环素,抑制效果低于四环素,他们的MIC分别为10和4μmol/L。结论10μmol/L的肽-PNA(G1138)能够抑制大肠埃希菌DH5α的生长,但与四环素和其他靶向23SrRNA domain V区的PNA比较起来抑菌效果不理想。筛选更有效的转运肽,提高肽-PNA(G1138)的抑菌效果,是以后研究中将要努力解决的问题。

用限制性内切酶多态性分析23SrRNA快速鉴定李斯特菌种

目的为快速鉴定六种李斯特菌。方法用 PCR 扩增六种参考李斯特菌23SrRNA 基因片段 S_1、S_2,再用限制性内切酶 S_1、S_2,用 API 反应条同时做生化反应。结果 S_2用 XmnI 或 CfoI 酶切,S_2用 AluI 或 ClaI 酶切,可以分别鉴定出这六种参考李斯特菌,结果与 API 反应条一致。结论 PCR-RFLP 能快速、方便地用于李斯特菌的鉴定,且方法可靠、实用,可应用于食品和环境微生物的鉴定。

肺炎克雷伯氏菌强毒株的分离鉴定及16-23SrRNAITS序列分析

为确诊疑似仔猪肺炎克雷伯氏菌（K．pneumonia）感染，并研究其病原的致病性、耐药性、16—23S rRNA ITS系统进化特征，本研究从云南因肺炎、腹泻而大量死亡的仔猪中分离到1株革兰氏阴性短粗杆菌，命名为KP14013，对其进行生化鉴定、16SrRNA鉴定，研究其对小白鼠和仔猪的致病性，并对其16—23S rRNA ITS基因进行测序和遗传进化分析。结果显示，KP14013分离株生化特征与肺炎克雷伯氏菌相符，其16SrRNA与GenBank中23株肺炎克雷伯氏菌代表株之间的同源性均为99％，将KP14013鉴定为肺炎克雷伯氏菌。KPl4013对小白鼠半数致死量（LD50）为3×10^1.8CFU，腹腔注射3×10^8CFU可使仔猪100％致死。16—23S rRNA ITS系统进化关系结果表明，KPl4013与GenBank中收录的15株肺炎克雷伯氏菌形成进化树的一个分支，属于同一个亚群，它们之间的核苷酸同源性为98．4％～99．2％。本研究证实了肺炎克雷伯氏菌是该起仔猪腹泻大量死亡的病原；KP14013分离株为毒力极强菌株，具有多重耐药性，其16-23S rRNA ITS与GenBank中收录的肺炎克雷伯氏菌代表株之间核苷酸存在差异，可用于肺炎克雷伯氏菌菌株间的鉴别。

沈阳地区肺炎支原体23SrRNA基因突变初步研究

目的:了解沈阳地区的肺炎支原体(Mycoplasma pnemoniae,MP)23SrRNA基因的突变现状,为进一步认识突变MP所致肺炎支原体肺炎(MPP)的临床表现及其治疗打下基础。方法:对180例疑似MPP住院患儿咽拭子标本提取MP-DNA应用荧光探针定量PCR(FQ-PCR)技术进行分子鉴定,并于患儿病程7天后采血,应用颗粒凝胶法(PA)进行肺炎支原体抗体测定;对两者均阳性标本应用巢式PCR扩增23SrRNA基因并进行电泳检测及DNA测序分析,将测得序列与基因库中MP标准株基因序列进行比较。结果:180例临床标本荧光探针定量和肺炎支原体抗体均确定阳性52例,应用巢式PCR技术扩增MP-23SrRNA基因,并对扩增产物进行测序,测出45例,45例23SrRNA中均存在2063位A→G的点突变,其中2例为2063位点A、G碱基共存,考虑为敏感株与耐药株共生,突变率100%。结论:沈阳地区MP23SrRNA基因中普遍存在点突变,突变MP与患儿的临床特点有何联系有待于进一步研究。

红霉素耐药相关的MP基因23SrRNA序列分析

MP是儿童和青少年呼吸道感染常见的病原体,其导致的肺炎及肺外并发症对儿童健康危害严重[1-3].MP缺乏细胞壁,故对作用于细胞壁的抗生素如青霉素类、头孢菌素类不敏感,而对影响细菌蛋白质合成的抗生素如大环内酯类、喹诺酮类等敏感[4].随着红霉素广泛应用于治疗MP感染,MP的耐药现象日益严重.现已证实MP对红霉素耐药主要与23S rRNA基因的点突变有关.为此,本研究通过对西安地区分离培养的MP菌株的23S rRNA基因进行序列分析,探讨本地区MP耐药菌株23S rRNA基因突变和耐药的关系.

24例23SrRNA A2063G基因突变肺炎支原体肺炎临床分析

目的 分析23SrRNA A2063G基因突变引起肺炎支原体肺炎（MPP）的临床特征，从而提高对该疾病的诊治能力。方法 对36例MPP患儿痰标本进行MP-DNA及23SrRNA基因测序，检测耐药基因，在此基础上分为24例大环内酯类耐药组与12例大环内酯类敏感组。比较两组患儿的临床表现、实验室检查、影像学、治疗等资料。结果 36例MPP患儿中24例检出大环内酯类抗生素耐药基因，均为23SrRNA V区A2063G突变，12例为大环内酯类敏感组。大环内酯类耐药组患儿在住院时间（P＝0.025），总咳嗽时间（P＝0.035），总发热时间（P＝0.008），抗生素治疗后发热时间（P＝0.010）及病程（P＝0.048）方面均高于大环内酯类敏感组。大环内酯类耐药组患儿白细胞计数及CRP较大环内酯类敏感组更高。大环内酯类耐药组12例患儿仅应用大环内酯类治疗5 d内体温消退，3例需改用喹诺酮类抗感染；另10例联合激素，6例加用静脉丙种球蛋白，所有患儿预后良好。大环内酯类敏感组8例患儿在大环内酯类治疗后12 h～3 d体温消退。结论 相比大环内酯类敏感组，23SrRNA A2063G基因突变引起的耐药MPP患儿在住院时间、总咳嗽时间、总发热时间和抗生素治疗后发热时间、病程上更长，白细胞计数及CRP更高。大环内酯类抗生素对部分耐药MPP治疗有效，病情严重者需联合糖皮质激素和静脉丙种球蛋白或根据病情酌情更改抗生素。

阿奇霉素耐药淋球菌菌株的耐药机制分析和分子流行病学特征

目的探讨阿奇霉素耐药淋球菌菌株的分子流行病学特征,分析耐阿奇霉素淋球菌的耐药机制。方法对36株耐阿奇霉素淋球菌[最小抑菌浓度(MIC)≥1 mg/L]的核糖体23SrRNA、mtrR基因及核糖体蛋白L4/L22基因进行PCR扩增测序分析,寻找可能的突变位点,比较耐药基因突变在中度耐药组(MIC 1~64 mg/L)和高度耐药组(MIC≥256 mg/L)间的差异。采用NG-MAST对基因序列进行分型,获得阿奇霉素耐药菌株的基因型别及分布特征。结果高度耐药淋球菌菌株核糖体23SrRNA的4个等位基因均有A2143G的突变,中度耐药菌株中有3株(8 mg/L≤MIC≤32mg/L)核糖体23SrRNA 4个等位基因为C2599T突变。36株阿奇霉素耐药菌株中鉴定出28个不同的序列型别(ST),其中16个为新发现的ST,2个未分型。结论淋球菌核糖体23SrRNA基因不同位点突变可能与阿奇霉素不同程度的耐药相关,A2143G突变可能导致高度耐药,C2599T可能与中度耐药有关,mtrR基因G45D的突变可能参与阿奇霉素耐药。通过NG-MAST分型显示阿奇耐药菌株的基因型具有多样性,且覆盖范围也较为广泛;经过系统进化树推断por581基因型有较大可能影响阿奇霉素高度耐药。

16S-23S rRNA基因区间细菌鉴定实验研究

目的 :探讨 16 S- 2 3S r RNA基因区间对细菌鉴定的应用。方法 :以 16 S- 2 3S r RNA基因区间为靶序列设计引物 ,采用聚合酶链反应检测标准菌株及临床菌株 DNA。结果 :对 2 7株代表 2 7个菌种的标准菌株进行 PCR扩增 ,分别出现不同的 DNA图谱 ,该图谱能直接或经核酸内切酶处理后用于细菌分类 ,敏感性可达 2 .5 CFU/ml的细菌 ,与人外周血白细胞 DNA和真菌及病毒无交叉。 32株临床细菌标本均扩增出与相应标准菌株一致的图谱。结论 :16 S- 2 3S r RNA基因区间 PCR扩增技术检测细菌 ,具有敏感、特异、快速、准确的优点 。

山西省243株幽门螺杆菌药物敏感性及克拉霉素耐药基因突变特征分析

目的了解山西幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)对5种抗生素药物敏感性及其克拉霉素耐药相关基因突变特征。方法收集临床分离的H.pylori243株,采用纸片扩散法检测H.pylori对5种抗菌药物的敏感性。选取所有耐克拉霉素及相当数量的敏感菌株,提取基因组DNA,PCR法扩增23SrRNA基因功能区并测序,测序结果采用DNAStar软件包分析。统计结果分析采用χ2检验和Fisher精确概率法。结果临床分离的243株H.pylori,药敏结果显示对甲硝唑,克拉霉素,阿莫西林,左氧氟沙星和呋喃唑酮5种药物的耐药率分别为:75.3%(183/243),7.4%(18/243),7.4%(18/243),12.4%(30/243),8.6%(21/243),5种药物的耐药率有统计学意义(P<0.05)。结论 H.pylori临床菌株对甲硝唑,左氧氟沙星,克拉霉素、阿莫西林及呋喃唑酮存在不同程度的耐药,以对甲硝唑耐药率最高。克拉霉素耐药菌株23SrRNA基因突变以A2143C为主,此突变可能与该地区H.pylori耐药性有关,此外,还发现了A2214G位点的突变。

羊种布氏菌体外药物敏感性分析

目的了解羊种布氏菌对常用抗生索的耐药情况及耐药机制。方法用微量稀释法对国内分离的69株羊种布氏菌进行12种抗生素(阿奇霉素、克拉霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、氧氟沙星、诺氟沙星、多西环素、利福平、头孢曲松、复方新诺明、链霉素)的耐药检测。结果除了阿奇霉素和克拉霉素外,所有羊种布氏菌对另外10种抗生素均敏感。所有菌株23SrRNA都具有单核苷酸多态性2632 T/C。结论 23SrRNA转肽酶中心点突变是羊种布氏菌耐大环内酯类耐药的机制之一。尽管布氏菌耐药尚未对布病防控构成威胁,但还需开展耐利福平监测工作。

乳及乳制品中阪崎肠杆菌PCR-DHPLC检测新技术的建立

为了应用PCR结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术建立食品中阪崎肠杆菌的快速检测方法,根据阪崎肠杆菌16S-23S rRNA特异基因序列的特点设计特异性引物,PCR扩增的产物经DHPLC技术进行快速检测。以阪崎肠杆菌等59株参考菌株做特异性试验;阪崎肠杆菌菌株稀释成不同梯度,做灵敏度试验,结果表明该方法具有很好的特异性,方法灵敏度较高,检测低限可达到为25 CFU/mL;该方法可以快速、准确检测阪崎肠杆菌,是食品中致病菌快速检测的新技术。