榕属植物上9种粉蚧雌成虫的显微特征和28S rRNA分子鉴定

为明确榕属植物上粉蚧发生危害的种类,本文应用形态学和分子生物学方法,对榕属植物上调查的粉蚧开展鉴定。通过制作粉蚧雌成虫的玻片标本,从触角、刺孔群、盘孔和管腺等部位详细比较了9种粉蚧的主要显微特征,并制作了检索表。通过28S rRNA基因片段,扩增出38条序列,并与GenBank数据库进行相似性比对,相似度达到99.35%~100%,构建系统进化树,每种粉蚧与GenBank数据库下载的已知序列单独聚在一支,系统进化树结果与形态学鉴定结果一致,结果表明28S rRNA基因片段鉴定粉蚧具有可行性。该方法为农林业监测预警和精准防治粉蚧类害虫提供科学依据。

两种新贝尼登虫28SrRNA序列分析及其亲缘关系探讨

采用一对特定引物对形态相近的单殖吸虫新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫的基因组DNA进行PCR扩增,获得其28SrRNA的350bp左右的特异片段.测序后经软件分析发现两者同源的337bp序列仅存在一个碱基的差异,遗传相似度达99 70%,甚至高于不同海区不同宿主梅氏新贝尼登虫间99 41%的相似度,与贝尼登虫属3个虫种的同源序列间的遗传差异度为2 08%～11 73%.通过UPGMA和MP聚类分析也可看出,新贝尼登虫和梅氏新贝尼登虫的遗传相似性是极为相近的.虽然两种新贝尼登虫的形态特征和遗传多样性极为相似,但它们是否同属于一个种还不能确定,需要经进一步的形态系统比较和更多的基因分析才能得出客观的、公认的结果.

中国沿海蛾螺科5属10种28S rRNA基因的系统学分析

目前已报道在我国分布的蛾螺科种类有13个属,约31个种,系统学和分类地位仍存在较大的争议。本研究利用核糖体大亚基28S rRNA的部分序列对我国辽宁、山东、福建沿海蛾螺科5属10个种的系统发生进行了分析。通过PCR获得了大约1400bp的片段,测序之后,通过遗传分析软件对序列进行了比对分析,以骨螺科的脉红螺作为外群,利用Neighbor-Joining(NJ)法和Minimum Evolution(ME)法建立了系统树。结果显示,所研究的蛾螺科5属10个种可以被分为5个亚群:第一大分支为香螺亚群,包括Neptunea属的香螺、新英格兰蛾螺、Neptunea eulimata Dall、和一个未知种以及Siphonalia属的略胀管蛾螺;第二个分支为侧平肩螺亚群;第三个分支为水泡蛾螺和黄海蛾螺亚群;第四个分支为褐管蛾螺亚群;第五个分支为方斑东风螺亚群。由系统学分析可知,香螺是较为进化的种;未知种为香螺属内的种;略胀管蛾螺与Neptunea属的种类亲缘关系较近,序列相似系数为0.9%-1.4%,已经达到了属内水平,建议将略胀管蛾螺归为Neptunea属。

基于28S rRNA 基因D_2序列的优茧蜂亚科分子系统发育(膜翅目:茧蜂科)(英文)

本文利用28S rRNA基因D2序列对优茧蜂亚科Euphorinae (昆虫纲Insecta: 膜翅目Hymenoptera: 茧蜂科Braconidae) 进行了分子系统学研究.本研究从95%-100%乙醇浸渍保存的标本中提取基因组DNA,扩增了5种内群种类和2种外群种类的28S rRNA基因D2片段序列并测序(序列已登录GenBank,序列号为AY290719,AY291565~70),利用BLAST搜索相关的同源序列,采用了GenBank中的17个种类的28S rRNA基因D2同源序列,然后据此进行分子分析,利用3个外群(共7个种类)和2种建树方法(距离邻近法distance-based neighbor-joining, NJ和最大简约法maximum-parsimony, MP)分析了优茧蜂亚科内的分子系统发育关系.结果表明,由分子数据产生的不同的分子系统树均显示优茧蜂亚科是一个单系群;亚科内依据形态和生物学特征的分群(族)及其系统发育关系仅得到部分支持;依据形态定义的优茧蜂族Euphorini、瓢虫茧蜂族Dinocampini、缘茧蜂族Perilitini、姬蜂茧蜂族Syntretini、大颚茧蜂族Comsophorini和宽鞘茧蜂族Centistini不是单系,但研究结果支持悬茧蜂族Meteorini和食甲茧蜂族Microctonini是单系的结论.由分子数据产生的所有系统树均表明悬茧蜂族Meteorini(包括悬茧蜂属Meteorus和赛茧蜂属Zele)是一个单系.'细柄茧蜂属Lecythodella+食甲茧蜂属Microctonus+猎户茧蜂属Orionis+长柄茧蜂属Streblocera'构成单系群,即形态学定义的食甲茧蜂族Microctonini.猎户茧蜂属Orionis起初归为优茧蜂族Euphorini,分子分析认为应划归食甲茧蜂族Microctonini.优茧蜂族Euphorini是个并系,可粗略地分为2分支:'蝽茧蜂族Aridelus+魏斯茧蜂属Wesmaelia'和'毛室茧蜂属Leiophron+常室茧蜂属Peristenus'.草蛉茧蜂属Chrysopophorus的位置不明.'瓢虫茧蜂族Dinocampus+缘茧蜂族Perilitus'和'大颚茧蜂属Cosmophorus+绕茧蜂属Rhopalophorus'两分支分别有42-96和97-100的置信值支持,表明各自形成单系群.宽鞘茧蜂族Centistini中的毡腹茧蜂属Pygostolus可能应归入食甲茧蜂族Microctonini或其它相关的族.

福寿螺18S rRNA和28S rRNA基因片段的克隆与进化分析

为从分子水平上明确入侵我国的福寿螺在分类学上的地位,采用分子克隆和序列比对的方法,对来自菲律宾及我国广东、广西、浙江等不同地理种群福寿螺的18S rRNA基因和28S rRNA基因片段进行扩增、克隆和序列测定,并同瓶螺科、田螺科和环口螺科相关物种进行系统发育分析。结果表明,获得的福寿螺18S rRNA基因和28S rRNA基因片段长度分别为602bp、325bp,且不同地理种群间碱基序列无差异。通过邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建的系统树基本一致,证实福寿螺隶属于瓶螺科,与田螺科物种亲缘关系较近,而与环口螺科亲缘关系较远。

洛阳地区9种嗜尸性丽蝇28S rRNA和COⅠ基因序列分析

目的评价9种嗜尸性丽蝇的细胞核28S核糖体核糖核酸(ribosomalribonucleic acid,rRNA)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列在常见嗜尸性丽蝇种属鉴定中应用的可行性,为推断死亡时间提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性丽蝇标本23只,经形态学鉴定后,提取腿部DNA,扩增并测序细胞核28S rRNA和线粒体COⅠ基因片段,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列的碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,用邻接法构建系统发育树。结果形态学鉴定23只嗜尸性丽蝇归属于5属9种。获得28S rRNA中715bp和COⅠ基因中637bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度达99%以上,系统发育树显示9种蝇类可以较好聚类,与形态学鉴定结果一致。28S rRNA基因序列的种内差异为0,种间差异为0.001～0.033;COⅠ基因序列的种内差异为0～0.008,种间差异为0.006～0.101。结论联合28S rRNA和COⅠ靶基因序列片段可以有效区分本研究中的9种嗜尸性丽蝇,但对于近缘种的判定需要更多遗传标记的开发和联合应用。

毛头鬼伞中一条新28S rRNA的发现及其同源性分析

本研究从担子菌毛头鬼伞(Coprinus comatus)菌丝中分离获得一条新的28S rRNA序列,序列长度为906bp(GenBank accession No.GU568178)。该序列是我们前期在从毛头鬼伞中克隆一种烟草花叶病毒(TMV)的抗性蛋白基因y3时意外获得的一条非目的条带。将此获得的序列通过NCBI的BLAST,以及与其同源序列进行Clustal w和MEGA聚类分析,证实该序列是28S rRNA,同时还发现毛头鬼伞的系统进化关系比较离散。此外,在这一新28S rRNA与TMV的抗性蛋白基因y3之间发现有两个同源区段有可能是PCR扩增y3基因时出现非目的条带的原因。在这两个同源区段中,其一区段与克隆y3基因时所用的PCR引物之一有较高的相似性,另一区段也是一般PCR引物的类似物。本研究中新28S rRNA序列的获得是PCR扩增中出现非目的条带的新例,该序列的发现及聚类分析的结果有助于真菌基因组学研究及真菌生物分子分类系统的建立。

基于28S rRNA基因片段的翼形亚纲(Bivalvia:Pteriomorphia)系统发育的初步研究

采用从GenBank下载的翼形亚纲11个总科80个种类的28S部分序列,对翼形亚纲11个总科贝类进行系统发育关系研究。在获得的1252个序列位点中,去除插入缺失位点,变异位点共359个,其中简约位点300个。翼形亚纲各总科内各种间的遗传距离为0.01—0.14,明显小于各总科间的遗传距离(除蚶总科与拟锉蛤总科,双肌蛤总科与襞蛤总科以及两总科与贻贝总科外)。贝叶斯树和最大似然树均支持翼形亚纲为单系群,并将11个总科分为3个聚类簇:聚类簇Ⅰ为珍珠贝总科(Pterioidea)、牡蛎总科(Ostreoidea)和江珧总科(Pinnoidea),聚类簇Ⅱ为贻贝总科(Mytiloidea)、蚶总科(Arcoidea)和拟锉蛤总科(Limopsoidea),聚类簇Ⅲ为襞蛤总科(Plicatuloidea)、不等蛤总科(Anomioidea)、双肌蛤总科(Dimyoidea)、扇贝总科(Pectinoidea)和锉蛤总科(Limoidea)。根据本研究的结果,并结合其他学者提出的分类系统,构建了包括4目11总科的翼形亚纲分类系统。

旋毛虫28S rRNA基因片段的克隆及其在分类学上的应用

为了探讨所采集旋毛虫的分类,利用PCR方法克隆了猪旋毛虫黑龙江隔离种核糖体28S rRNA序列的基因片段。序列分析结果表明,猪旋毛虫黑龙江隔离种与旋毛形线虫(Trichinella spiralis,T1)的进化关系较近,确定为旋毛形线虫(Trichinella spiralis)。结果与传统的分类结果基本一致,为传统的分类学方法提供了新的理论依据。

冷血和温血动物血吸虫28S rRNA基因的扩增和酶切片段分析

用特异性引物扩增日本血吸虫 ( Schistosom a japonicum )、龙江血居吸虫 ( Sangunicola lungensis)的成虫和尾蚴和士耳其斯坦东毕吸虫尾蚴 2 8S r RN A基因片段 ,并且用 Taq I和 Hae III两种限制性内切酶对前两者进行酶切 ,凝胶成像分析结果表明日本血吸虫和东毕血吸虫在该基因片段扩增产物大小表现高度一致 ,日本血吸虫和龙江血居吸虫在该基因片段的酶切产物存在明显差异 ,在基因水平证实血吸虫类群中 ,寄生温血动物同属裂体科的日本血吸虫、东毕血吸虫与寄生冷血动物的血居科吸虫相比 ,前两者有着非常相近的亲缘关系。龙江血居吸虫成虫在 PCR扩增过程中 ,除了出现 1条 12 2 7bp的主带外 ,还呈现 1条 962 bp的弱带 ,在尾蚴则并未出现 ,单链构象多态性分析 ( SSCP) ,日本血吸虫成虫和尾蚴带型一致 ,龙江血居吸虫成虫呈现出至少 3条条带 ,而其尾蚴表现出清晰的 2条条带 ,进一步证实在发育过程中 ,龙江血居吸虫虫体间存在有该重复序列的变异。

3株柔嫩艾美耳球虫28S rRNA基因部分序列的扩增与分析

本研究应用PCR技术扩增来自广东的3株柔嫩艾美耳球虫的28SrRNA基因部分序列,并与GenBankTM登录的柔嫩艾美耳球虫、堆型艾美耳球虫、鼠肉孢子虫和刚地弓形虫虫株的相应序列进行比对分析。试验结果显示,柔嫩艾美耳球虫3个样品均获得1172bp的28SrRNA基因部分有效序列,不同虫株序列没有差异,与GenBankTM登录的柔嫩艾美耳球虫相应序列只有一个碱基差异,显示种内序列高度保守,而与堆型艾美耳球虫、鼠肉孢子虫、刚地弓形虫相应的序列存在不同程度的差异。结果表明,28SrRNA基因部分序列可作为研究艾美耳球虫种间及其他顶复门原虫遗传变异的标记。

8种唇口目苔藓动物的分子系统发生——基于28S rRNA基因的证据

对我国沿海较为常见的 8种唇口目苔藓动物的 2 8SrRNA基因的部分序列进行了PCR扩增和序列测定 .用排序软件进行序列比对后 ,以腕足动物为外组群 ,运用MEGA遗传分析软件以邻接法 (NJ)和最大似然法 (MP)构建了系统发生树 .结果表明 ,有囊亚目的 4种苔藓动物 (刺轴拟缘孔苔虫、假缘孔苔虫、拟迷误裂孔苔虫、仿分胞苔虫 )构成一个单系群 ;无囊亚目则是一个复系群 ,其中 2种草苔虫 (匍茎草苔虫、多室草苔虫 )为单系发生 。

基于12S,16S和28S rRNA基因序列的中国小毛瓢虫属系统发育分析

【目的】小毛瓢虫属Scymnus Kugelann昆虫主要捕食蚜虫、蚧虫等害虫,是一类经济上重要的天敌昆虫。目前针对小毛瓢虫属的系统发育研究尚属空白,亚属之间的系统演化关系尚不明确,为了建立合理的分类系统,亟需对小毛瓢虫属的亲缘关系进行研究和探讨。【方法】以华南农业大学馆藏的小毛瓢虫属5亚属共44种为研究对象,采用PCR技术对12S, 16S和28S rRNA基因的部分序列进行扩增;运用MEGA 7.0分析了小毛瓢虫属内12S, 16S和28S rRNA基因的碱基组成,基于K2P模型计算了小毛瓢虫属44种的种间遗传距离;采用最大似然法(maximum-likelihood, ML)和贝叶斯推断法(Bayesian-inference, BI)构建该属的系统发育树。【结果】扩增获得小毛瓢虫属44种的12S rRNA基因序列平均长度为356 bp, 16S rRNA基因序列平均长度为351 bp, 28S rRNA基因序列平均长度为315 bp;序列分析表明,12S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为38.8%, 43.5%, 11.9%和5.8%, 16S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为37.6%, 40.3%, 14.4%和7.7%, 28S rRNA基因的A, T, G和C平均含量分别为26.7%, 18.3%, 31.4%和23.5%;基于联合序列分析的种间遗传距离为0.004～0.276,平均遗传距离为0.115。系统发育分析结果表明,小毛瓢虫属为单系起源,而小毛瓢虫亚属Scymnus(Scymnus) Kugelann、毛瓢虫亚属Scymnus(Neopullus) Sasaji、小瓢虫亚属Scymnus(Pullus) Mulsant和拟小瓢虫亚属Scymnus(Parapullus) Yang均为并系起源。【结论】基于12S, 16S和28S rRNA基因序列的小毛瓢虫属系统发育分析显示传统的形态学分类体系与基于分子数据分析的结果部分不一致,这表明应该对该属内各亚属的鉴别特征进行全面检视,筛选并确立各亚属的形态指标,同时也表明该属内的亚属分类单元需重新厘定。

薄片牡蛎的核型及18S-28S核糖体rRNA基因的染色体定位

以薄片牡蛎(Dendostrea folium)成体鳃组织为材料制备有丝分裂中期染色体标本,对其染色体核型进行了分析,并运用荧光原位杂交技术(FISH)将18S-28S核糖体RNA基因定位于中期染色体上。FISH探针是通过PCR扩增介于18S-28S rRNA基因之间的ITS和5.8S rRNA基因序列,并在PCR扩增过程中掺入了Biotin-11-dUTP进行生物素标记。结果显示,薄片牡蛎的单倍染色体数目为n=10,全部为中部着丝粒染色体。与大多数已知巨蛎属牡蛎的染色体核型相似。ITS探针在薄片牡蛎中期分裂体相上产生两簇FISH信号,分别杂交于2号染色体短臂的近端粒区域。本研究首次报道了薄片牡蛎的中期染色体核型以及18S-28S核糖体RNA基因在染色体上的定位。

香蕉穿孔线虫28S rRNA基因的D2／D3区序列分析

采用线虫通用引物D2A和D3B对9个香蕉穿孔线虫种群的核糖体DNA28S大亚基的D2/D3区进行了扩增,获得的片段长度约为780bp,克隆测序后使用UPGMA法进行聚类分析和构建系统发育树。结果表明9个线虫种群D2/D3区核苷酸序列相似性为99.13%,其中8个群体的序列与越南报道的香蕉穿孔线虫近源种(Radopholus sp.7B VietNam)的D2/D3区核苷酸序列(DQ328712)相似性为97.46%,说明香蕉穿孔线虫D2/D3区具有较大的保守性。聚类分析结果表明,RSHN12r、RSSH、RSHL、RSHK、RSLZ、RSSZ、RSHN13、RSHN12p等8个种群聚为一类,亲缘关系很近,RSHN3群体与以上8个群体亲缘关系较远,说明RSHN12r、RSSH、RSHL、RSHK、RSLZ、RSSZ、RSHN13、RSHN12p这8个香蕉穿孔线虫种群可能来源于同一地理种群,而RSHN3种群可能来源于另一个地理种群。

基于28SrRNA基因对3种枝吻纽虫的鉴定及其系统发育分析

中华枝吻纽虫(Dendrorhynchus sinensis)、湛江枝吻纽虫(D.zhanjiangensis)和疣多枝吻纽虫(Polydendrorhynchus papillaris)因其在形态学和组织学特征上差异较小,致使其分类地位存在争议。基于28S rRNA基因序列及形态学和组织学特征对采自北海和湛江的3种枝吻纽虫进行分类地位鉴定,结合来自GenBank的其它纽虫序列,分析了它们之间的系统发育关系。中华枝吻纽虫21个个体共检测到长度为1 045 bp的2个单倍型;湛江枝吻纽虫的4个个体的长度均为1 038 bp,共检测到2个单倍型;1个疣多枝吻纽虫个体的长度亦为1 038 bp。中华枝吻纽虫的2个单倍型以及湛江枝吻纽虫的2个单倍型之间的遗传距离均为0.001;而3种枝吻纽虫28S rRNA基因序列的遗传差异很大,彼此之间的遗传距离都在0.098以上。分子系统树(NJ)的拓扑结构也显示,3种枝吻纽虫没有聚成1支,而是各自成支,结果支持3种枝吻纽虫分别为独立有效物种;同时也表明3种枝吻纽虫并非单系,乃至枝吻纽虫属(Dendrorhynchus)的2种枝吻纽虫也并非单系。

基于28SrRNA基因的PCR-RFLP分析对赤拟谷盗与杂拟谷盗进行分子鉴定

本研究拟利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析方法对赤拟谷盗Tribolium castaneum(Herbst)和杂拟谷盗Tribolium confusum(Jac du Val)进行分子鉴定,以期为仓储害虫管理和口岸检疫提供技术帮助和支持。采用通用引物对赤拟谷盗和杂拟谷盗的28S rRNA基因进行了PCR扩增、序列测定和分析,结果发现:扩增片段长约1070 bp,该序列种内均无变异位点、种间有76个变异位点,即种内没有核苷酸替换发生、种间核苷酸替换发生76次,其中转换56次,颠换20次,转换/颠换的比值为2.80。用限制性内切酶PvuI对赤拟谷盗和杂拟谷盗的28S rRNA基因扩增产物进行酶切,电泳检测显示,赤拟谷盗和杂拟谷盗的28S rRNA基因扩增产物的PvuI酶切图谱(分别产生2个和3个酶切条带)明显不同,因此本研究建立的28S rRNA基因PCR-RFLP方法可用于赤拟谷盗与杂拟谷盗的分子鉴定。

印度尼西亚峇淡岛海域鱾新本尼登虫(Neobenedenia girellae)形态学及28S rRNA分子鉴定

本研究通过结合形态学与DNA分子标记等生物学手段,对印度尼西亚峇淡岛海域海水鱼类养殖中的本尼登虫(Isolate Batam, IB)进行形态学分析和种类鉴定。IB虫株在形态上与鱾新本尼登虫(Neobenedenia girellae)相似,属于新本尼登属。28S rRNA序列扩增得到序列为394 bp,与其他本尼登虫属比对相似性在85.86%~99.47%之间。进化树构建结果显示IB虫株与其他珻氏新本尼登虫(Neobenedenia melleni)和鱾新本尼登虫构成一簇,而本尼登虫自成一簇。综上所述,本研究结果支持鱾新本尼登虫与珻氏新本尼登虫为同种异名的分类学观点,并将IB虫株定种为鱾新本尼登虫。

基于28S rDNA D2基因序列的几种寄生夜蛾科的多胚跳小蜂的分子系统发育(英文)

本文基于28S rDNA D2部分序列,用MP和ML方法对几种寄生夜蛾科的多胚跳小蜂Copidosomaspp.进行了系统发育研究,并对其形态和生物学关系进行了讨论。结果表明:寄生金翅夜蛾亚科(Plusiinae)的C.floridanum和寄生实夜蛾亚科(Heliothinae)的C.primulum关系较近,而以夜蛾亚科(Noctuinae)为寄主的C.truncatellum和C.agrotis关系更近。结果提示核基因28SD2区可能对研究多胚跳小蜂种间的系统发育关系很有帮助。

中国常见贻贝基于28S rDNA序列的系统发育分析

贻贝隶属于软体动物门(Mollusca)、双壳纲(Bivalvia)、翼形亚纲(Pteriomorphia)、贻贝目(Mytilida)、贻贝超科(Mytiloidea),大约有400种贻贝分布在世界各地,可适应淡水、潮间带至深海多种生境。本实验以贻贝科6亚科12属28种中国沿海常见贻贝的28SrDNA为目的片段,构建系统发育进化树,运用最大似然法和贝叶斯推演法分析了贻贝科的系统发生,并追踪贻贝科物种系统演化历史。结果显示:贻贝亚科Mytilinae、偏顶蛤亚科Modiolinae、石蛏亚科Lithophaginae均非单系群。在属阶元,深海偏顶蛤属Bathymodiolus、贻贝属Mytilus和股贻贝属Perna为单系群。本研究发现应接受将原隔贻贝属Septifer分为Septifer属和Mytilisepta属的分类提议;应接受将原石蛏属Lithophaga中的膜石蛏亚属Leiosolenus提升至属的地位的分类提议。此外,短齿蛤属Brachidontes的单系性不被支持,刻缘短齿蛤Brachidontes setiger并未与短齿蛤属其他物种在系统发育树上聚拢,亲缘关系较远,为不同属物种,建议恢复刻缘短齿蛤原属名Volsella(Dunker,1857)。