基于CO1、CytB及28S基因的西藏圆柏大痣小蜂分子系统发育研究

圆柏大痣小蜂Megastigmus sabinae是西藏自治区昌都市大果圆柏的主要种实害虫,对该树种的自然更新和育种等工作造成了严重的危害,为此本研究对圆柏大痣小蜂CO1、CytB及28S基因的部分序列进行了测序分析,以期为该害虫的防治和鉴定提供理论基础。结果表明:圆柏大痣小蜂CO1和CytB基因具有昆虫线粒体基因的核苷酸组成特征,而28S基因偏向使用碱基G和C,与线粒体基因形成了对比。CO1、CytB和28S基因碱基的使用频率存在偏向性。圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus、M. amicorum等有较近的遗传进化距离。三种基因的转换率明显大于颠换率,而不同基因间,其转换和颠换的具体模式存在差异性。大痣小蜂线粒体CO1和CytB基因密码子使用具有节肢动物样的偏向性。进化分析表明,圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus有很近的进化关系。该研究结果为大痣小蜂的综合防治提供了理论依据。

基于不同靶基因的3种住肉孢子虫PCR检测方法比较

为筛选敏感、特异的住肉孢子虫(Sarcocystis spp.)PCR检测方法,对以住肉孢子虫18S rRNA、28S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶I基因(cox 1)的部分片段为靶基因设计的3套引物建立的PCR方法进行敏感性和特异性试验,并对田间采集的100份牛源和猪源肌肉样品进行检测。结果显示,以18S rRNA和28S rRNA为靶基因的PCR检测方法的敏感性相似,DNA最小检出量均为1×10-2 ng/μL;而以cox 1为靶基因的PCR检测方法敏感性相对较低,DNA的最低检出量为1 ng/μL。对7种不同寄生虫DNA进行特异性试验,结果以cox 1基因为靶基因的PCR方法特异性较好,仅能够扩增出枯氏住肉孢子虫(Sarcocystis cruzi)DNA;以18S rRNA为靶基因的PCR法,除枯氏住肉孢子虫外,刚地弓形虫和微小隐孢子虫也有相似扩增条带;以28S rRNA为靶基因的PCR法,除枯氏住肉孢子虫外,刚地弓形虫、微小隐孢子虫和欧猥迭宫绦虫DNA也能扩增出杂带,但大小不符。利用3种方法对100份牦牛和猪肉样品进行扩增,发现以18S rRNA、28S rRNA和cox 1为靶基因的PCR法的阳性率分别为36.00%(36/100)、43.00%(43/100)和38.00%(38/100)。结果表明,以cox 1为靶基因的PCR法有良好的特异性,适合用于田间动物肌肉样品中住肉孢子虫的检测,为开展动物住肉孢子虫病分子流行病学及防控研究提供了依据。

基于DNA序列的12种粉蚧亲缘关系分析

对菠萝洁粉蚧、新菠萝灰粉蚧、大洋臀纹粉蚧、柑橘臀纹粉蚧、康氏粉蚧、榕树粉蚧、热带蔗粉蚧、扶桑绵粉蚧、湿地松粉蚧等9种粉蚧(14个种群)rDNA 18S、28S进行测序,结合GenBank中同源序列,通过对12种粉蚧的18S、28S序列进行多重排比和聚类,探讨rDNA 18S、28S用于粉蚧系统进化分析及粉蚧分子鉴定的可行性。序列分析结果表明:rDNA18S、28S序列比较保守,适合于菠萝洁粉蚧、新菠萝灰粉蚧、康氏粉蚧、热带蔗粉蚧、扶桑绵粉蚧、湿地松粉蚧、长尾粉蚧等粉蚧种间的分子鉴定;但柑橘臀纹粉蚧、大洋臀纹粉蚧、无花果臀纹粉蚧的rDNA 18S、28S序列具有高度相似性,18S、28S不适合用于这3个近缘种的分子鉴定,其mtDNA COI序列变异率相对较高,可作为其分子鉴定的依据;而榕树粉蚧2个种群rDNA 18S、28S序列遗传距离约0.014,该蚧虫可能是至少含有2个隐存谱系或姊妹种的复合种。该结果为我国粉蚧的遗传进化和分子鉴定提供了参考。

致死粒线虫重组酶聚合酶扩增检测方法的建立

致死粒线虫是一种传播扩散风险较高的外来有害生物,对畜牧业生产具有严重危害。为实现致死粒线虫的高效准确鉴定,本研究根据致死粒线虫核糖体28S rRNA基因D2/D3片段的保守区域设计特异引物,建立了致死粒线虫的RPA检测方法。结果表明:建立的RPA检测方法对致死粒线虫具有好的特异性,扩增出230 bp的特异性目标片段,检测灵敏度可达1/160条线虫。该方法检测时间短、特异性好、灵敏度高,适用于致死粒线虫的快速检测。

捻转血矛线虫PCR检测方法的建立及其应用

为了能从粪便中对捻转血矛线虫卵进行特异性检测,基于捻转血矛线虫ITS2-28S基因序列设计特异性引物,通过对退火温度反应条件优化,建立捻转血矛线虫特异性PCR检测方法。结果显示,该方法成功从捻转血矛线虫卵中扩增出约270 bp的特异性片段,其最低检出质量浓度为0.298 pg/μL,敏感性较高;进一步对捻转血矛线虫、细颈线虫、粗纹食道口线虫等多种线虫的虫卵DNA样品进行扩增,该方法仅能特异性扩增出捻转血矛线虫卵的目的片段,证明特异性良好。利用所建立的PCR检测方法对120只山羊的粪便样品进行检测,显示受检样品中捻转血矛线虫阳性率为38.3%,高于显微镜检测结果(阳性率为24.2%)。结果表明,该研究建立的PCR方法能够应用于临床检测山羊粪便样品中的捻转血矛线虫卵,可为山羊捻转血矛线虫病的诊断与防治提供有效技术支持。

高产紫杉醇内生真菌J11的鉴定

从南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)的幼茎中分离出一株产紫杉醇内生真菌J11.菌株J11的发酵提取物经高分辨质谱分析,证实J11菌株可产紫杉醇.提取该菌株的基因组DNA,扩增核糖体internal transcribed spacer(ITS)和28S核糖体large subunit rRNA gene(LSU)序列,经测序获得该菌的ITS序列和LSU序列.序列比对和检索结果表明,J11菌株为葡萄座腔菌(Botryosphaeria ssp.)属中的一个新菌株.形态学鉴定符合葡萄座腔菌属特征,高效液相色谱分析表明,J11菌株的紫杉醇含量约为615.1μg/L.本研究首次证实葡萄座腔菌J11是一株高产紫杉醇野生型菌株,具有潜在的应用前景.

进境美国火炬松中松材线虫滞育型4龄幼虫的鉴定

宁波口岸在对一批来自美国的火炬松原木线虫检疫时,发现少量口针退化的幼虫,疑似松材线虫滞育型4龄幼虫,但未发现繁殖型幼虫或成虫。由于这种现象极为少见,实验室进一步对这些幼虫进行观察测计和人工培养,并挑取单条线虫作核糖体28S基因扩增测序和序列分析。结果表明,该种线虫为松材线虫。由于松材线虫滞育型4龄幼虫头部口针退化,且尾部有尾尖突,不但难以判断为松材线虫,甚至容易被误判为腐生线虫,从而导致检测差错。因此,本文对松材线虫滞育型4龄幼虫形态进行描述,可供其他实验室检测鉴定时参考。

党参白粉病新病原鉴定及其分生孢子的萌发特性

以甘肃省陇西县采集的党参白粉病病叶为试材,采用形态学特征观察及rDNA-ITS序列、28S D1/D2基因测序,对其病原菌进行种类鉴定,并采用悬滴法进行孢子萌发试验。以期明确该地区党参白粉病的病原菌种类及其分生孢子的萌发特性并为病害防治提供参考依据。结果表明:该病原菌菌丝粗2~8μm,附着胞乳头形;闭囊壳近球形,附属丝5~17根,多生于子囊果一侧,长23~131μm,为子囊果直径的0.19~1.51倍;内含一个子囊,子囊眼直径4~15μm,子囊孢子8个。该菌分生孢子萌发最佳温度为25℃,最适宜pH为6,参与试验的4种碳源对孢子萌发无影响,持续光照40 h对分生孢子的萌发有较大的抑制作用。形态特征与小蓬草单囊白粉菌(Podosphaera erigerntis-canadensis)一致。经MEGA 6.0软件分析,其rDNA-ITS序列、28S D1/D2基因均与P.erigerntis-canadensis聚在一起,与登录号为KJ660809和AB462764的序列同源性分别为99.62%和99.82%,经检索党参病害,由P.erigerntis-canadensis引起的党参白粉病国内尚鲜见报道。

大步甲的分子系统与进化模式

大步甲主要分布于北半球,全世界大约有1000余种。因大步甲后翅退化,不能飞行,其移动能力和扩散范围都受到很大程度的限制,因此,容易产生地理隔离和遗传分化,从而成为研究物种分化和生物多样化的好材料。近年来,通过对大步甲分子系统的详细研究,不仅很大程度上解明了大步甲各分类群间的系统发育关系,而且对大步甲的系统演化过程和形态进化模式也有了较深的理解,获得了很多重要的见解。在此做一个简单的综述。