马铃薯60S核糖体蛋白L28-1基因的生物信息学分析

以马铃薯与青枯菌互作过程中产生的一条EST为实验材料,初步推定该EST表达蛋白可能参与马铃薯青枯病的抗性。通过对这条上调表达的EST核酸构成、氨基酸的构成和该EST编码的可能蛋白质的高级结构进行初步的推理剖析、序列分析,结果表明:该EST的长度为601bp,其中部有429个碱基编码了含143个氨基酸的肽段,该小肽一端是明显的亲水的,一端为显著的疏水的,无信号肽,无二硫键,无膜穿透性,二级结构中含有的无规则卷曲比较多,有多个磷酸化位点,含保守结构域,经分析,与野生种潘那利番茄RPL28-1相似度最高,默示与野生种潘那利番茄RPL28-1拥有大致差不多的构造,发挥出差不多作用。因此以上结果可以为进一步研究该基因编码蛋白的具体功能和在青枯菌与马铃薯互作过程中发挥作用。

洛阳地区9种嗜尸性丽蝇28S rRNA和COⅠ基因序列分析

目的评价9种嗜尸性丽蝇的细胞核28S核糖体核糖核酸(ribosomalribonucleic acid,rRNA)和线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列在常见嗜尸性丽蝇种属鉴定中应用的可行性,为推断死亡时间提供技术支持。方法收集洛阳地区常见嗜尸性丽蝇标本23只,经形态学鉴定后,提取腿部DNA,扩增并测序细胞核28S rRNA和线粒体COⅠ基因片段,通过BLAST搜索进行序列比对,并分析所得序列的碱基组成,建立种内及种间进化分歧率,用邻接法构建系统发育树。结果形态学鉴定23只嗜尸性丽蝇归属于5属9种。获得28S rRNA中715bp和COⅠ基因中637bp的序列,在线BLAST比对结果显示相似度达99%以上,系统发育树显示9种蝇类可以较好聚类,与形态学鉴定结果一致。28S rRNA基因序列的种内差异为0,种间差异为0.001～0.033;COⅠ基因序列的种内差异为0～0.008,种间差异为0.006～0.101。结论联合28S rRNA和COⅠ靶基因序列片段可以有效区分本研究中的9种嗜尸性丽蝇,但对于近缘种的判定需要更多遗传标记的开发和联合应用。

山东省不同蚊种28S rDNA D3区序列特征分析

目的分析山东地区常见9种蚊虫核糖体DNA 28S第3结构域(28S rDNA D3)基因序列特征,为蚊虫种类分子鉴定提供依据。方法在山东济宁北湖地区采集蚊虫并形态学鉴定,提取不同蚊种基因组DNA,PCR扩增其28S rDNA D3基因片段并进行测序分析,基因序列在GenBank中进行同源性比对,ClustalX 1.81、DNAMAN、DNASTAR和Mega6软件分析序列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。结果成功获得淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊及黄色轲蚊的28S rDNA D3基因,其长度为361~422 bp,GC含量为52.9%~57.4%,包含保守位点297个,96个位点为变异位点,平均发生碱基转换15个,颠换17个,转换与颠换之比为0.90,平均遗传距离为0.073,所有蚊虫的28S rDNA D3基因分子鉴定与形态学鉴定基本吻合。构建系统发育树显示,昆虫纲不同目物种分别为不同的分支,库蚊属和伊蚊属各为一支,常型曼蚊和黄色轲蚊聚为一支,中华按蚊为独立的分支。结论28S rDNA D3基因在蚊科的属和种的分类阶元鉴定中具有一定的意义。

28S rDNA PCR-RFLP分析在侧耳属系统发育研究中的应用

对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9～ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ .

牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫ITS和28S rDNA-LSU序列分析

目的探讨牛羊源土耳其斯坦东毕吸虫(Orientobilharzia turkestanicum)核糖体内转录间隔区(ITS)和28S核糖体大亚基序列(rDNA-LSU)的差异。方法粪便检查、剖杀自然感染东毕吸虫的绒山羊、山羊、绵羊和黄牛,收集虫体,形态学鉴定为土耳其斯坦东毕吸虫。抽提成虫基因组DNA,扩增其ITS(包括ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2)和28S rDNA-LSU序列,测序并分析以上序列,以及28S rDNA-LSU序列RNA二级结构。结果牛、羊源土耳其斯坦东毕吸虫的ITS-1、5.8S rDNA、ITS-2和28S rDNA-LSU序列分别长384、159、331和1304bp。牛源和羊源的ITS-1和5.8S rDNA序列完全相同;黄牛源、绵羊源和绒山羊源的ITS-2序列完全相同,与山羊源存在1个碱基的差异;绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列完全相同,与牛源和山羊源分别有2个碱基的差异。绵羊源和绒山羊源的28S rDNA-LSU序列RNA二级结构相同,与山羊源存在微小差异,但牛源与羊源存在较大差异。结论不同终末宿主源土耳其斯坦东毕吸虫的核糖体序列存在不同程度的差异,羊源28S rDNA-LSU序列的RNA二级结构相同或相似,但与牛源存在较大差异。

线粒体12S核糖体核糖核酸基因突变儿童接种疫苗若干问题的探讨

线粒体12S核糖体核糖核酸(Ribosomal Ribonucleic Acid,rRNA)基因突变是发生耳聋的重要遗传因素之一,携带线粒体12S rRNA突变基因的人对氨基糖甙类抗生素(Aminoglycosides Antibiotic,Am An)高度敏感,接触Am An可导致不可逆性的听力损伤。近年来,一些地区将基因筛查引入新生儿体检,从而及时发现线粒体12S rRNA基因突变儿童,采取针对性指导,避免临床用药中使用Am An,减少药物性耳聋的发生。儿童接种用疫苗由于工艺要求存在痕量抗生素的残留,但目前尚无针对12S rRNA基因突变儿童接种疫苗的指导意见。现从线粒体12S rRNA基因突变与Am An致聋机制、疫苗中抗生素应用现状及接种疫苗后耳聋报告等方面综述,探究线粒体12S rRNA基因突变儿童接种疫苗致聋的安全性。

福建省常见尸食性蝇类的COⅠ及16S rDNA序列鉴定

目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方法收集福建9个地区案件现场捕获的常见尸食性蝇类样本22只,经形态学鉴定后提取DNA,扩增COⅠ及16S rDNA基因片段,测序后上传GeneBank数据库,使用BLAST、MEGA 10.0软件进行序列比对、同源性分析以及种内和种间遗传距离分析,并采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)分别构建福建省常见尸食性蝇类COⅠ及16S rDNA基因片段序列的系统发育树。结果经形态学鉴定,共收集到3科5属6种常见尸食性蝇类。基因序列分析结果显示,16S rDNA基因片段序列的种间遗传距离均数为1.8%~8.9%,种内遗传距离均数为0.0%~2.4%;COⅠ基因片段序列的种间遗传距离均数为7.2%~13.6%,种内遗传距离均数为0.0%~6.3%。结论COⅠ和16S rDNA基因片段序列均能够对不同蝇种的种属进行鉴别,16S rDNA对于福建省常见丽蝇科尸食性蝇类的种属鉴别价值更高。

蛤蚧及其混伪品基于12S rRNA序列的Bar-HRM鉴定研究

目的:为实现蛤蚧与其常见混伪品的高效鉴别和掺伪检测,并建立蛤蚧中药材的DNA条形码-高分辨率熔解曲线(Bar-HRM)鉴别方法。方法:本研究收集了7个物种48份动物样品和10份蛤蚧粉。基于12S核糖体核糖核酸(12S rRNA)序列对蛤蚧及其6种常见混伪品进行高分辨率熔解曲线(HRM)鉴定研究并测序验证。采用HRM方法进行灵敏度和掺伪检测分析,并对市场蛤蚧粉进行检测验证。结果:蛤蚧及其6种常见混伪品均可通过12S rRNA-HRM曲线分析进行鉴别;可实现纳克级的准确检测,最低掺伪检测限为1%;10份市售蛤蚧粉中6份质量可疑。结论:基于12S rRNA序列的Bar-HRM技术可实现蛤蚧与其常见混伪品的准确鉴别,在掺伪检测中具有独特优势,对市场药材的快速检测及质量评估有一定应用价值。

16S rDNA测序在儿童血流感染细菌性病原菌分布中的应用

目的探讨PCR方法在分析血流感染病原菌分布中的作用,为儿童细菌性血流感染的流行病学调查提供新的思路。方法从儿科重症监护病房(PICU)收集100份疑似血流感染患儿的外周静脉血进行血培养,同时扩增并测序细菌16S rDNA,比较培养结果与PCR结果。结果 100份血液标本中11份细菌培养阳性,阳性率为11%;PCR法23份阳性,阳性率为23%,二者比较差异具有统计学意义(χ2=10.08,P<0.05);在23例PCR阳性标本中,革兰氏阳性球菌占65.2%,其中表皮葡萄球菌最多(6例,26.1%),革兰氏阴性菌占34.8%,以大肠埃希菌为主(4例,17.4%)。结论 16S rDNA-PCR结合测序的方法可以很好地鉴定血流感染病原菌,与血培养相比能更客观地反映病原菌分布,可作为一种新的流行病学方法在临床应用;儿科重症监护病房血流感染病原菌以革兰氏阳性球菌为主,尤以表皮葡萄球菌最常见。

慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液和前列腺组织中的细菌16SrRNA基因检测

目的:探讨细菌在慢性非细菌性前列腺炎病因中的作用,评估细菌 16S 核糖体核糖核酸(16SrRNA)基因在前列腺液标本和前列腺组织标本中检出的差异。方法:应用 PCR方法检测 38 例慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液和前列腺组织中细菌 16SrRNA基因,同时对照检测尿道拭子和直肠拭子以及穿刺枪头拭子的细菌 16SrRNA 基因。结果:细菌 16SrRNA 基因的检出率在前列腺液中和前列腺组织中分别为78.9%和81.5%(P > 0.05)。细菌基因信号在前列腺液标本中和尿道拭子中各有 30 例(78.9%)和 4 例(10.5%)呈阳性(P<0.01);在前列腺组织中和直肠拭子中各有 31 例(81.5%)和 6 例(15.8%)呈阳性(P<0.01),无一例穿刺枪头拭子阳性。结论:慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液和前列腺组织中均有细菌16SrRNA基因的检出,其病因可能与细菌感染有关。细菌 16SrRNA基因的检出在前列腺液标本和前列腺组织标本中差异无统计学意义。

16SrDNA测序在儿童自发性细菌性腹膜炎病原学诊断中的作用

目的探讨Sanger法测序用于快速鉴定儿童自发性细菌性腹膜炎病原菌的价值。方法用临床常见的16种细菌和3种真菌及人类基因组DNA验证一对新的16S rDNA通用引物PSL/P13P的特异性和敏感性;收集86例疑似自发性细菌性腹膜炎儿童的腹水标本5 ml,其中4 ml常规细菌培养,剩余1 ml用于提取细菌DNA进行16S rDNA-PCR;对阳性扩增产物进行测序并通过BLAST比对鉴定菌种,与培养鉴定结果进行比较。结果 3种真菌及人类基因组PCR均为阴性,16种细菌PCR阳性,PSL/P13P的检测下限为102CFU/ml。86例标本培养阳性率26.7%（23/86）,PCR阳性率45.3%（39/86）,二者差异具有统计学意义（χ~2=14.06,P〈0.05）。在37例PCR及测序阳性标本中,革兰阴性杆菌占73.0%（27/37）,以大肠埃希菌为主（14/37,占37.8%）,革兰阳性球菌占27.0%（10/37）,其中肠球菌最多（7/37,占18.9%）。结论通用引物PSL/P13P具有良好的特异性和敏感性,检出率较常规培养方法高,结合测序能很好地鉴定自发性细菌性腹膜炎病原菌,可作为一种新的检测技术和流行病学方法在临床应用;儿童自发性细菌性腹膜炎病原菌以革兰阴性杆菌为主,尤以大肠埃希菌最常见。

16S rDNA测序在儿童细菌性脑膜炎病原菌鉴定中的应用

目的探讨16S rDNA-PCR结合测序快速检测儿童细菌性脑膜炎病原菌的价值。方法收集2013年1月至2016年12月西安市儿童医院4 016例儿童脑脊液标本进行16S rDNA-PCR;测序阳性扩增产物并BLAST比对,与培养结果比较。结果 4 016例脑脊液标本16S rDNA-PCR阳性161例(阳性率4.0%),培养阳性104株(阳性率2.6%),二者比较差异具有统计学意义(χ~2=57,P<0.05);从测序结果看,革兰阳性菌101株(62.7%),革兰阴性菌60株(37.3%);最常见的5种病原菌依次为表皮葡萄球菌41株(25.5%),肺炎链球菌22株(13.7%),大肠埃希菌21株(13.0%),流感嗜血杆菌15株(9.3%)和金黄色葡萄球菌13株(8.1%)。结论 16S rDNA-PCR结合测序能够很好地鉴定细菌性脑膜炎病原菌,比培养法检测时间更短、菌谱分布更宽,可作为一种新的检测方法和流行病学方法在临床应用;儿童细菌性脑膜炎病原菌以革兰阳性球菌为主。

血液细菌16S rRNA基因检测的诊断价值

目的探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得475bp扩增产物,而与乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希氏菌。结论16SrRN基因PCR检测细菌感染的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点。

16SrRNA基因快速诊断败血症病原菌研究

目的通过合成所有细菌共有的16SrRNA基因高度保守区引物,进行PCR扩增,探讨败血症的快速诊断方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以人类基因组DNA、HBV-DNA和白色念珠菌为对照,检测该方法的特异性;采用倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得920bp扩增产物,而与人基因组DNA、HBV-DNA和白色念珠菌无交叉反应;PCR最低能检测1.5×106/L大肠杆菌DNA。结论PCR检测方法是一种极有应用价值的用于败血症早期诊断方法。

16SrRNA基因在诊断慢性非细菌性前列腺炎中的应用

目的探索快速可靠的检测慢性非细菌性前列腺炎细菌感染的新方法。方法应用PCR方法检测70例慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液和尿道拭子中细菌16SrRNA基因。用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以人类基因组DNA、HBV-DNA和白色念珠菌为对照,检测该方法的特异性;采用倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果细菌16SrRNA基因的检出率在前列腺液中和尿道拭子中分别为54.3%和7.1%,差异有显著意义(P<0.01)。对所测细菌株均获得920 bp扩增产物,而与人基因组DNA、HBV-DNA和白色念珠菌无交叉反应;PCR最低能检测1.5*106/L大肠杆菌DNA。结论慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺液中有细菌16SrRNA基因的检出,其病因可能与细菌感染有关。PCR具有快速,特异性和敏感性高的特点。

基于mTOR/P70S6K通路研究上调miR-205-5p对肝癌细胞增殖、侵袭的影响

目的基于哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)/p70核糖体S6蛋白激酶(P70S6K)通路研究上调微小核糖核酸(miR)-205-5p对肝癌细胞增殖、侵袭的影响。方法肝癌HepG2细胞株经过细胞培养、转染后,分为上调miR-205-5p组、肝癌组和阴性对照组。实时荧光定量(RT)-聚合酶链反应(PCR)检测miR-205-5p表达,观察肝癌细胞增殖、凋亡、侵袭能力,Western印迹检测p-mTOR、p-P70S6K、mTOR、P70S6K蛋白表达。结果上调miR-205-5p组miR-205-5p表达显著高于肝癌组和阴性对照组,阴性对照组显著高于肝癌组(均P<0.05)。在24、48、72 h,上调miR-205-5p组细胞光密度值均显著低于阴性对照组和肝癌组,阴性对照组光密度值均显著低于肝癌组,在72 h差异表现最为明显(P<0.05),阴性对照组和肝癌组随着时间延长,光密度值逐渐显著升高,上调miR-205-5p组光密度值逐渐显著降低(均P<0.05)。上调miR-205-5p组72 h细胞增殖数、细胞侵袭数显著低于肝癌组和阴性对照组,细胞凋亡数显著高于肝癌组和阴性对照组(均P<0.05)。上调miR-205-5p组mTOR、P70S6K、p-mTOR、p-P70S6K蛋白表达显著低于肝癌组和阴性对照组(均P<0.05)。结论上调miR-205-5p可以影响mTOR/P70S6K信号通路的活性,参与肝癌细胞侵袭、增殖、凋亡的过程。

16SrRNA的分子生物学方法分析牛奶中的细菌菌群

选择4个不同生产厂家的市售牛奶作为研究对象,提取牛奶中细菌的基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)-克隆-测序的方法获得牛奶中菌群的16S rRNA-V3区序列信息,运用生物信息学分析牛奶中细菌种类、菌群多样性和菌群结构;荧光定量PCR法测定样品中的细菌总数。结果表明:各品牌牛奶中均含有大量细菌的16S rRNA-V3区DNA序列;牛奶样品中测序共得到472条16S rRNA-V3区序列,其中有452条序列可以明确鉴定到属,包括3个革兰氏阳性菌属和14个革兰氏阴性菌属;20条序列可以鉴定到纲的水平。各品牌牛奶中细菌总数均处于相对较高水平;4个厂家牛奶间菌群分布不同,菌群多样性存在差异。

慢性骨盆疼痛综合征前列腺液16S rRNA基因检测及临床意义

目的 :通过前列腺液 16SrRNA基因的检测 ,探讨慢性骨盆疼痛综合征 (CPPS)的细菌感染性病因及其对抗生素疗效的预测价值。 方法 :用通用引物PCR法检测 5 9例CPPS病人前列腺液 (EPS)和初段尿 (VB1)细菌16SrRNA基因。若只在EPS检测到条带 ,或EPS信号比VB1强 10倍以上 ,则细菌信号判断为阳性。所有病人口服左氧氟沙星及阿奇霉素治疗 4周。与治疗前相比 ,治疗后症状严重性积分指数 (SSI)、症状频度问卷积分 (SFQ)、前列腺炎症状积分指数 (NIH CPSI)中疼痛问题的总积分 (quasi CPSI)减少 5 0 %以上 ,或病人主观总体评价改善5 0 %以上作为治疗有效的标准。 结果 :5 9例CPPS病人中细菌信号阳性 46例、阴性 13例。细菌信号阳性与阴性两组治疗有效率分别为 6 5 %～ 74%、0 ,疗效差异有极显著性 (P <0 .0 1)。 结论 :部分CPPS与细菌感染有关 ,前列腺 16SrRNA基因检测的结果对选择抗生素治疗有指导意义。

七种骨舌鱼核糖体序列特征及遗传发育分析

利用核糖体DNA序列探讨了骨舌鱼科(Osteoglossidae)高阶元的分子系统发育关系。采用分子标记技术,分析测定了现存的7种骨舌鱼核糖体基因,获得了巨骨舌鱼(Arapaima gigas)、尼罗异耳骨舌鱼(Heterotis niloticus)、双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)、费氏骨舌鱼(O.ferreirai)、美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)、乔氏硬仆骨舌鱼(S.jardinii)和硬仆骨舌鱼(S.leichardti)的rDNA全序列,长度分别为11714 bp、8957 bp、12057 bp、11556bp、10377bp、10724bp和10725bp,GC碱基含量为63.78%~66.13%。采用邻接法和贝叶斯推论法分别构建了系统进化树,结果显示,除ITS1外,18S、ITS2、28S和18S+ITS1+5.8S+ITS2+28S联合序列建树均与传统的分类相符合,研究结果阐明了骨舌鱼科亚科、属和种间的分类关系,核糖体DNA可作为骨舌鱼科的分子标记。

尿路菌群在女性急性单纯性和反复发作性下尿路感染特征

目的:观察尿路菌群在急性单纯性和反复发作性下尿路感染的不同特征,以探索反复发作性尿路感染(recurrent urinary tract infection,rUTI)诊治新方向。方法:纳入2020年5月至2021年9月重庆医科大学附属第一医院和奉节县人民医院的单纯下尿路感染女性患者53例,分为急性组27例和反复组26例,收集尿液标本进行尿培养并采用16s核糖体核糖核酸(16 sribosomal ribonucleic acid,16srRNA)二代测序检测尿液中菌群。结果:(1)2组尿路菌群在菌门中,俭菌超门急性组平均值0.004 9±0.0026,反复组平均值0.002 8±0.001 8,浮霉菌门急性组平均值0.003 5±0.001 9,反复组平均值0.002 3±0.002 0,差异有统计学意义(t=3.444、2.160,P=0.001、0.035);在菌属中,急性组相对丰度平均值较高的菌属中,苍白杆菌属急性组平均值0.026 9±0.010 9,反复组平均值0.017 1±0.010 3,差异有统计学意义(t=3.372,P=0.001);(2)急性组的α多样性分值中位数与反复组相比,差异无统计学意义;β多样性急性组矩阵距离中位数为0.277(0.225,0.361),反复组矩阵距离中位数为0.319(0.240,0.519),差异无统计学意义(F=2.259、R=0.042、P=0.027);(3)组间相对丰度中位数具有明显差异的分类单元有α变形杆菌纲等。结论:急性组和反复组的菌群多样性、菌群相对丰度、优势菌群差异明显。