ERCC1及其重叠基因3’端非编码区多态性与结直肠癌发病风险关联的病例对照研究

目的探讨切除修复交叉互补基因1(ERCC1)及其重叠基因CD3EAP、PPP1R13L的3’端非编码区(3’UTR)单核苷酸多态性(SNP)与结直肠癌(CRC)发病风险的关联性。方法根据最小等位基因频率(MAF)及样本量确定候选SNP位点。收集200例CRC患者(病例组)和200名健康对照受试者(对照组),利用非条件logistic回归模型分析靶基因候选SNP位点与CRC的关联。结果ERCC1基因SNP位点rs3212986与CRC发生风险相关,与rs3212986 CC基因型相比,AA基因型携带者患CRC的风险增高(P<0.05);将病例组和对照组按性别和年龄分层后,男性或年龄≥60岁人群中AA基因型会增加CRC的患病风险(P<0.05)。单体型分析结果表明,与其他单体型相比,ERCC1单体型AAG发生CRC的风险较高(P<0.05);携带rs3212986、rs2336219、rs735482、rs1007616区域单体型结构CCAC、AAGC、CAGT患CRC风险程度高于野生型(P<0.05)。结论ERCC1 rs3212986位点AA基因型在CRC病例中的出现频率高于对照,其A等位基因会增加CRC的患病风险。ERCC1单体型AAG与CRC的易感性相关。19q13区域单体型结构CCAC、AAGC、CAGT与CRC易感性相关,可能增加CRC的患病风险。

兔病毒性出血症病毒基因组3′端非编码区的分子克隆及生物信息学分析

采用3′RACE方法对兔病毒性出血症病毒(RHDV)JX／CHA／97株基因组3′端全序列进行了扩增、克隆和测序,并利用ONAstar和DNAman软件分析了RHDV JX／CHA／97株与各参比毒株3′NCR的序列同源性,用RNA structure软件对3′NCR的二级结构进行了预测和分析。结果表明,所扩增的目的基因片段长1500 bp,包括部分VP60基因序列、ORF2基因、3′端非编码区(3′Non Coding Region,3′NCR)和poly(A)尾巴,其中 3′NCR位于ORF2终止密码子TAG之后,长59 bp,poly(A)至少含有27个A;3′NCR序列具有较高的同源性 (93．5％-100％);3′NCR二级结构可以形成2个潜在的茎-环结构(SL1和SL2),其中SL2具有一定的保守性,其形状和形成位置与poly(A)尾巴的长度关系不大,但是SL1的结构和形成位置与poly(A)尾巴的存在与否密切相关,提示poly(A)尾巴与3′NCR高级结构的稳定性以及基因组复制有一定关系。

用3′RACE方法扩增并克隆口蹄疫病毒基因组3′末端序列

应用 3′RACE方法扩增并克隆了口蹄疫病毒 ( FMDV) OH99株基因组 3′端真实序列。测序结果表明 ,所扩增的目的基因片段长 15 0 0 nt,包括 3D基因部分序列、3′端非编码区 ( Non- Coding Region,NCR)和 Poly( A)尾巴 ,其中 3′NCR位于终止密码子 TAA之后 ,长 93nt,Poly( A)尾序列至少含有 5 6个 A。与参考毒株进行序列比较 ,结果显示 ,OH99株与 OTY TW/ 97株的核苷酸同源性较高 ,为 91.4 % ,而与 O1K、CHINA99、A12等毒株的核苷酸同源性较低 ,其同源性分别为 6 8.1%、71.0 %、70 .2 %。 3′NCR的末端存在保守性较高的基序 :CCCTCAGATG,TTTTCCC-CGCTTCCT。本研究为进一步研究 FMDV基因组的功能、构建 OH99株的反向遗传操作系统奠定了基础。

Race法扩增4株鸭肝炎病毒3′末端序列及其克隆分析

利用3’RACE方法扩增并克隆了4株鸭肝炎病毒（DHV）（ZYM株、Z05株、Z07株和Z10株）的基因组的3’末端真实序列，包括部分非结构蛋白（3D）基因以及紧接着3D基因下游的3’端非编码区（untranslated region，UTR）和poly（A）尾巴。测序结果表明，扩增的特异性片段长度为597nt（不包括polyA尾巴）。各毒株3’UTR均为315nt，位于终止密码子TGA之后，比对分析结果表明各毒株间的同源性较高；4株DHV 3’末端核苷酸序列（不包括polyA尾巴）之间的同源性为96．3％～100％，而与参考毒株之间的同源性为93．5％～99．7％。在系统发生进化树上，各毒株亲缘关系较近。

制备两种p53重组腺病毒和流式细胞仪定量外源绿荧光蛋白表达

背景与目的p53作为转录因子,在细胞应激时呈活化型,可调控细胞周期和程序性死亡抑制肿瘤生长,通常通过各种机制可使p53呈现非活化状态,其中包括p53C-末端负调控序列的作用。本研究旨在制备携带全长和缺失这些负调控序列p53的两种重组腺病毒,并采用流式细胞仪散点图(flow cytometry scatter plot,FCM)检测人肺癌细胞外源绿荧光蛋白(green fluorescence protein,GFP)表达。方法利用pAdEasy-Track载体系统,构建两种p53重组质粒并在细菌中产生重组体,转染L293细胞产生三种重组腺病毒,测序证明。三种不同浓度病毒分别感染人肺癌801D细胞,FCM scatter plot检测其GFP表达。结果测序证明重组腺病毒:Ad-p53(del)缺失p53C-末端终止密码子前111个碱基和非编码区,Ad-p53(wtp)无p53碱基缺失。Ad-(empty carrier)无p53。FCM scatter plot显示三种病毒感染801D细胞表达GFP百分率接近并随病毒浓度递增。801D包含了不同荧光强度比率的细胞。结论构建和制备了去C-末端p53和全长p53的两种重组腺病毒:Ad-p53(del)、Ad-p53(wtp)及空载体Ad-(empty carrier)。流式细胞仪散点图证明该病毒试验系统可靠,可定量外源GFP表达为病毒感染细胞选择浓度提供准确方法。

制备两种P53重组腺病毒和流式细胞仪定量外源绿荧光蛋白表达

目的P53作为转录因子在细胞应激时呈活化型，调控细胞周期和程序性死亡抑制肿瘤生长，通常，通过各种机制P53呈非活化状态，其中包括P53C-末端负调控序列的作用。该研究目的是制备携带垒长和缺失这些负调控序列P53两种重组腺病毒和用流式细胞仪散点图（Flow cytometry scatter plot，FCM）检测人肺癌细胞外源绿荧光蛋白（Green fluorescence protein，GFP）表达。材料和方法利用pAdEasy-Track载体系统，构建两种P53重组质粒并在细菌中产生重组体，转染L293细胞产生三种重组腺病毒。三种不同浓度病毒分别感染人肺癌801D细胞，FCM分析GFP表达。结果测序证明重组腺病毒：Ad—P53（del）缺失p53C-末端终止密码子前111个碱基和非编码区，Ad—P53（wtp）没有P53碱基缺失。Ad（empty carrier）无P53。FCM scatter plot显示三种病毒感染801D细胞表达GFP百分率接近并随病毒浓度递增。801D包含了不同荧光强度比率的细胞。结论构建和制备了去C-末端P53和全长p53两种重组腺病毒，Ad—p53（del），Ad-p53（wtp）及空载体Ad-（empty）。流式细胞仪散点图证明该病毒试验系统可靠，可定量外源GFP表达，为病毒感染细胞选择浓度提供准确方法。

miRNA靶基因3’-UTR单核苷酸多态性在缺血性脑卒中的研究进展

缺血性脑卒中(IS)是脑组织缺血坏死引起的神经功能障碍性疾病,其发生发展是遗传因素和环境危险因素共同作用的结果。微小RNA(miRNA)通过与靶基因mRNA 3’端非编码区(3’-UTR)碱基配对,引起靶基因mRNA的降解或翻译抑制,在转录后水平调控基因表达。IS相关基因miRNA靶区存在的单核苷酸多态性(SNPs)与IS的遗传易感性和预后有关。该文拟对miRNAs靶基因(VEGF、IL-1、NLRP3、MTHFR、PON1、BDNF、CRP、HDAC9)3’-UTR SNPs与IS遗传易感性和预后的关联做一综述。

HCLV在PK-15细胞中的滴度和12nt的变化

在PK-15细胞上连续传代获得的HCLV,从第1～25代病毒的测序结果一致,同源性为100%。从第26代开始在12-nt(ttttttctttttt)插入处出现变化,第26、27代在69位碱基C的左右各多插入了一个T;第28、29代在碱基C的右侧多插入了2个T;第30、31代在C的左侧多插入了6个T,碱基C也变成了T;第32、33代在C的右侧缺失了2个T,碱基C也缺失;第34代在C的左侧缺失了5个T,在C的右侧缺失了5个T,碱基C也缺失,并且在第86位由原来的A变成G,第92位由原来的T变成C。将HCLV1～34代病毒接种24孔板中长满单层的PK-15细胞,于接种后72h进行荧光抗体检查,比较不同代次HCLV在PK-15细胞上增殖的差异。结果发现,从28代开始病毒滴度有所下降。