应用3’RACE技术扩增仿刺参C型凝集素基因及实验条件的优化

从GenBank上调取刺参C型凝集素(C-type Lectin)基因序列EST,根据此序列设计RACE引物,采用PCR扩增技术得到了仿刺参C-type Lectin基因序列(EST),根据这段EST序列设计1个基因特异引物(GSPF),与通用引物(UPM)扩增,成功地克隆到了该基因的3’末端序列.同时,对仿刺参C型凝集素基因3’克隆的实验条件进行了优化.该扩增片段长度为670bp,与已知序列重叠部分为417bp.经测序和比对发现该段序列与预期的目标基因的序列一致.

应用RACE技术扩增驴DGAT1基因3′端及序列分析

DGAT1(脂酰辅酶A:二脂酰甘油酰基转移酶)基因是产奶性状的一个重要功能侯选基因。由于通过预测奶牛DGAT1基因序列与马属动物DGAT1基因序列具有98%的同源性,本试验从影响牛产奶性状的DGAT1基因出发,以驴乳腺组织的RNA为模板,按照不同物种DGAT1基因的相似性设计特异引物,运用PCR和3′RACE技术扩增并获得了特异片断,特异片段回收纯化连接到pUCmT Vector载体后,转化到大肠杆菌中并筛选阳性菌落;提取质粒进行测序,结果发现该段序列与预期的目标一致,通过与其他动物同源性比较分析说明已首次克隆到驴DGAT1基因3′端。

RACE技术对薯蓣皂苷糖苷酶基因cDNA3′末端的快速扩增

对微生物Absidia sp.G3d产薯蓣皂苷糖苷酶基因cDNA3′末端的序列进行了调取。根据薯蓣皂苷糖苷酶基因的CDS区已知序列设计特异性引物,应用3′RACE(Rapid-Amplification of cDNA 3′Ends)技术,快速扩增得到cDNA 3′端未知序列片段,将PCR产物切胶回收,直接测序得到长度为258 bp的产物序列,经比对其中编码区长度为122 bp,非编码区长度为136 bp,Poly A部分长度为28 bp。这对其他类中草药高活性皂苷糖基水解酶基因cDNA3′末端的序列的调取提供了参考。

日本晚樱同源异型基因PrseAP3的克隆及其在单瓣与重瓣花中的表达分析

用同源克隆的方法和3′RACE技术,从日本晚樱(Prunus lannesiana)中分离得到了1个AP3同源基因PrseAP3的cDNA全长,GenBank登录号为JF710371。其cDNA全长977bp,包括1个编码235个氨基酸共708bp的开放阅读框。序列比对和分子系统发生分析表明,PrseAP3是拟南芥的AP3同源基因,其蛋白质的C末端具有2个保守基元:PI-derived模体和paleoAP3模体,属B类转录因子中paleoAP3进化系。半定量RT-PCR分析表明,PrseAP3主要在单瓣日本晚樱品种大岛的萼片、花瓣和雄蕊中表达;在重瓣品种一叶的花瓣、雄蕊和叶化心皮中表达。其表达组织特异性在2个品种间表现出明显的差异,并与拟南芥的AP3基因有一定的差别。

猪CD3∈分子的cDNA克隆与序列分析

应用RT-PCR和3′RACE技术,本研究从猪外周血淋巴细胞总RNA中扩增克隆了猪CD3ε基因并进行了序列分析。序列分析结果表明,猪CD3εcDNA序列长1241nt,其中5′非翻译区80nt,3′非翻译区570nt,开放阅读框591nt,该开放阅读框编码196个氨基酸残基的CD3ε前体蛋白(无糖基化位点);在猪CD3ε蛋白的胞外区,Cys49、Cys91、Cys108和Cys111为保守性氨基酸残基,它们与CD3ε免疫球蛋白样结构的形成有关。在猪CD3ε蛋白胞浆区,存在免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM)、内质网潴留基序和1个SH3结合基序,其中ITAM基序含有2个SH2结合基序和2个潜在酪氨酸磷酸化位点Tyr177和Tyr188,这些基序是猪CD3分子参与T细胞活化信号转导和TCR-CD3复合体装配的结构基础。推导氨基酸序列分析结果表明,猪与人、鼠、狗、牛和绵羊CD3ε蛋白的氨基酸同源性分别为61.2%、58.7%、58.7%、65.1%和65.6%。

小型猪CYP3A88基因克隆与其他动物的序列比较

目的克隆我国资源小型猪品系巴马香猪肝脏中的CYP3A88基因,并进行生物信息学分析。方法应用RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)技术对其全长进行扩增,测序,利用Internet和GenBank数据库对其序列进行生物信息学分析。结果首次克隆并鉴定了我国资源小型猪品系巴马香猪肝脏中CYP3A88(GenBank登录号:EF625347)的编码区,获得大小为1965bp的全长cDNA,编码区长为1512bp,编码503个氨基酸;比较核苷酸序列,与小型猪CYP3A39相似性高达94%,而与人等其它动物的CYP3A相似性则在86%以下;推导和分析氨基酸序列表明,与小型猪CYP3A其它成员(CYP3A39、CYP3A29、CYP3A22)进行对比,其相似性分别为92%,89%,80%,而将小型猪与人的CYP3A分别比对,小型猪CYP3A88与人CYP3A4相似性最高,为77%;对其二级结构预测,它可能含12个α螺旋,4个β折叠;经NCBI上的CDD程序分析可知,其39～491氨基酸区域为P4503A亚家族保守结构区域;经聚类分析,小型猪和狗的CYP3A与人有较近的进化关系;通过同源建模法对其在线建模,人CYP3A4晶体结构作为其模建模型,得到了其经典的三维结构。结论在猪CYP3A家族四个基因中,CYP3A88在序列和高级结构上均与人CYP3A4的最为相似。

瘦身行动宝马M3 CRT

借2011纽博格林244＼时耐力赛的东风，宝马汽车在赛前的发布会上正式发布了M3CRT特别版。CRT是Carbon Racing Technology（碳纤维赛车技术）的缩写，据悉该车将限量生产67辆，比此前推出的M3GTS的总产量还要少。

植物中miRNA及其靶基因mRNA剪切位点的常用检测方法

成熟的miRNA（microRNA）广泛存在于各种真核生物中，是一类由19～24个核苷酸（nt）组成的内源非编码小分子单链RNA。此外，多数miRNA还具有进化上的高度保守性、时空表达的特异性等特点。miRNA对调控植物发育、开花时序、新陈代谢和应急反应等方面有着重要作用。根据现阶段对植物中miRNA的研究及靶基因的验证，综述了通过荧光定量PCR技术检测miRNA和靶基因mRNA剪切位点的检测方法的研究进展，可为miRNA功能的研究及其靶基因确认提供参考。

真菌产人参皂苷葡萄糖苷酶基因的调取

根据已知的人参皂苷糖苷酶(GluGF)的N端氨基酸序列设计简并引物,从Absidia Sp.R84g菌株的总RNA出发,应用RACE技术,快速扩增测序得到cDNA3′末端与cDNA5′末端的未知序列,利用扩增测序所得到的cDNA5′末端和cDNA3′末端的序列设计引物,进行二次RT-PCR扩增并测序得到GluGF基因的全序列。回收PCR产物测序,得到GluGF基因的序列全长为2149 bp,其中5′UTR长度为82 bp,3′UTR长度为114 bp,GluGF的CDS区序列全长为1 923 bp,所编码的氨基酸序列的长度为640个氨基酸。

简化cDNA末端快速扩增技术测定基因Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd型新城疫病毒基因组末端序列及分析

【目的】简化cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNAends,RACE)流程,测定基因Ⅲ、Ⅵb和Ⅶd型新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基因组两侧末端序列,并对NDV的leader和trailer进行分析。【方法】利用T4 RNA连接酶将特定寡聚核苷酸片段的连接于病毒基因组RNA和cDNA,再利用RT-PCR或PCR方法对病毒基因组的末端进行快速的扩增。【结果】建立一套操作简单、低成本、可重复性高的RACE方法,测定了三种基因型5株NDV3’末端leader和5’末端trailer序列比对分析。【结论】本实验测定的鹅源VII型毒株JS/7/05/Ch基因组的15,184 nt由一个T变为了C,5’端trailer与3’端leader的连续互补序列由8 nt变为12 nt,而其它4株基因Ⅲ型和VI型NDV均未发现该突变。通过RNA的二级结构分析,NDV基因组和反向基因组RNA的3’末端形成一个发卡结构。JS/7/05/Ch等3株NDV U→C(T→C)的突变位于发卡环上,不影响二级结构的形成,发卡环的RNA序列突变为3’-UCUC-5’,与基因组3’端发卡环的3’-UCUUA-5’相似,推测可能影响了基因组RNA的复制速度。