mRNA成熟调控因子NUDT21对K562细胞转录本选择性剪接的影响

目的:研究mRNA前体3′端剪接调控因子NUDT21对白血病K562细胞转录本选择性剪接的影响。方法:以白血病K562细胞为研究对象,通过慢病毒敲减Nudix水解酶21(Nudix hydrolase 21,NUDT21)后,应用转录组测序RNA-Seq方法明确干扰前、后转录本的表达水平。生物信息学方法分析差异表达基因及可变剪接的变化,并用qPCR验证。结果:NUDT21敲减后K562细胞基因差异表达表现:上调5196条,下调3917条;转录本差异表达表现:上调22200条,下调19728条。通过GO和KEGG分析,NUDT21敲减后表达显著差异的转录本主要与细胞粘附分化、造血细胞系及自身免疫等过程相关。差异显著的选择性剪接共有436个,主要涉及细胞增殖、代谢等多个生物学过程的调控。ERBB2、MAPK激酶MKNK2、G蛋白偶联受体GRK6、真核细胞翻译延伸因子EEF1B2、细胞周期蛋白CCNL2、有丝分裂检查点蛋白BUB3等出现m RNA前体3′端的剪接改变。其中ERBB2mRNA变体1的表达减少,变体4的表达增多。结论:NUDT21通过包括mRNA前体3′端可变剪接在内的多种调控方式从较高层面影响细胞的生物学功能。