北京脓毒症患儿血清中发现的3型人副肠孤病毒的全基因组序列分析

3型人副肠孤病毒(Human parechovirus 3,HPeV3)是2004年发现的与儿童脓毒症密切相关的一种病原体。HPeV基因组是不分节段的单股正链线性RNA。测定其全基因组序列有助于了解北京儿科患者中流行的HPeV3的遗传背景和进化地位。方法采用将一名脑脊液和血清中HPeV3核酸检测均为阳性的脓毒症患儿(编号:BJC3174)的血清标本接种到细胞后从培养上清中检测到HPeV3核酸,随后分段扩增HPeV3BJ-C3174株的全基因组序列,并进行序列测定、拼接及分析。结果表明BJ-C3174株基因组全长(未包括3′末端的PolyA尾)7 329个核苷酸(nt),其中5′和3′编码区(UTR)分别长707nt和91nt,编码区长6 531nt,可编码一个长为2 177个氨基酸的多聚蛋白。BJ-C3174病毒株与已发表的HPeV3型病毒株位于同一进化分枝,而与HPeV8、HPeV6和HPeV1等型别进化距离较远。BJ-C3174株与德国HPeV3BONN-2株亲缘关系最为密切,两者核苷酸相似性达到99.3%,氨基酸相似性达到99.8%,均高于其与HPeV3原型株A308/99的相似性(89.6%和98.6%)。各基因片段中,BJC3174株均与BONN-2株相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别达到98.3%和99.3%以上。未发现BJ-C3174株存在基因重组现象。