377型DNA测序仪常见问题解析

美国应用生物系统公司生产的 3 77型 DNA测序仪是目前应用最广泛的 DNA测序仪之一。本文根据作者长期的实践经验 ,在介绍该仪器的工作原理与特点的基础上 ,重点对该仪器在应用实践中容易出现的问题进行了详细的分析与总结 ,同时提出了切实可行的解决办法 ,从而有利于深入了解该仪器的性能 ,进一步提高

377A型DNA测序仪的保养及常见故障的排除

提出ABI PRISM3 77A型DNA测序仪日常保养的注意事项以及使用过程中常见的故障排除方法，探讨仪器的维护措施，提高实验效率。

基于高通量测序技术的2型糖尿病湿热困脾证患者肠道菌群结构特点与功能差异的研究

目的探讨2型糖尿病湿热困脾证与健康人群肠道菌群结构差异及功能变化。方法选择2019年1月—2020年1月就诊于南京市中医院2型糖尿病湿热困脾证患者30例,另选择同期健康体检者30例作为对照组,通过16Sr DNA高通量测序技术,获得样本的生物学信息,并进行两组间物种及功能注释的分析比较。结果两组共有OTUs为433个,组间比较对照组有83个,湿热困脾证有96个;门水平下,湿热困脾证患者拟杆菌门、变形门的相对丰度显著上升;纲水平下,湿热困脾证患者拟杆菌纲、β-变形菌纲的相对丰度显著上升;目水平下,湿热困脾证患者拟杆菌目、伯克氏菌目、脱硫弧菌目、食物谷菌目的相对丰度较对照组显著上升;科水平下,普氏菌科、产碱菌科、脱硫弧菌科在湿热困脾证患者中的相对丰度上升;属水平下湿热困脾证患者普氏菌属、梭杆菌属、萨特菌属相对丰度较对照组显著上升。基于NMDS、ANOSIM的β多样性分析和以shannon、simpson指数代表的α多样性分析,提示与正常人群相比,湿热困脾证患者肠道菌群多样性存在显著差异(P<0.01,或P<0.05);LEfSe分析可用以筛选湿热困脾证显著高丰度关键标志物为变形菌门、梭杆菌属、拟杆菌门、普雷沃氏菌科、普雷沃菌属等7种菌群;在KEGG数据库富集到湿热困脾证患者涉及的主要代谢通路有9个(P<0.05,或P<0.01),包括丙氨酸、天冬氨酸、谷氨酸代谢、丁酸代谢、三羧酸循环通路、脂肪酸生物合成、叶酸合成、嘌呤代谢、脂多糖生物合成等通路。结论与健康人群相比,2型糖尿病湿热困脾患者在肠道菌群多样性、菌群组成结构上及功能变异等方面存在显著差异,可为2型糖尿病中医辨证提供参考。

低深度全基因组测序技术在复发性流产遗传学病因诊断中的应用

目的应用低深度全基因组拷贝数变异分析(CNV-seq)技术研究胚胎染色体异常在复发性流产(RSA)及偶发流产(SA)中的差异。方法采集158例RSA患者(RSA组)和244例SA患者(SA组)的流产组织进行CNV-seq检测,对可疑染色体异常的夫妇进行高分辨外周血染色体核型检测。结果402例样本中有2例检测失败,检测成功率99.5%(400/402)。共检测出染色体异常238例(59.5%),包括染色体数目异常212例(89.1%),致病性拷贝数变异25例(10.5%),单亲二倍体1例(0.4%)。RSA组和SA组总体染色体异常、非整倍体、三倍体发生率差异均无统计学意义。RSA组致病性拷贝数变异在染色体异常中的构成比显著高于SA组(P<0.05)。高分辨外周血核型分析检测共发现4例平衡易位携带者。35~39岁年龄段中SA组胚胎染色体异常率高于RSA组(P<0.05)。2组早期流产中胚胎染色体异常率均明显高于中期流产;早期流产中,SA组的流产组织(POC)染色体异常率高于RSA组(P<0.05)。结论CNV-seq可以对胚胎染色体数目异常和染色体片段重复/缺失进行精准诊断,在RSA和SA的遗传学病因诊断中同样重要,可为再生育指导提供依据。

基于事实型数据的科技评价与预测方法研究：以DNA测序技术为例

基于事实型数据的科技评价与预测研究方法,将定性和定量方法有机地结合,能够更加精确地分析科学技术的发展过程、现状及其未来趋势。本文以DNA测序技术为例进行实证研究,以展示基于事实型数据的科技评价与预测方法的研究思路及过程。

《科学》：新型单分子DNA测序仪研制成功

科学网消息：美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪（single-molecule DNA sequencers）。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表在4月4日的《科学》（Science）上。

应用ABI PRISM^(TM)310测序仪进行快速且经济的DNA测序

目的 使DNA测序更快速且经济。方法 根据测序模板的不同采取相应的测序方法 ,视具体情况调整测序反应条件 ,改进仪器的操作方法 ,减少测序反应体系及合理使用试剂。结果 对测序模板、测序条件和仪器操作的优化 ,可缩短测序时间 ;充分利用试剂 ,可降低测序成本。结论 在保证测序质量的前提下 ,不仅快速而且经济。

新型单分子DNA测序仪研制成功

美国HelicosBioSciences公司研究人员近日称，他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表在4月4日的（《科学》上。

DNA测序仪应用性相关指标初探

DNA测序仪是目前法医DNA检验技术的重要检验仪器,目前尚无文献有关DNA测序仪应用性能指标的报道。本文根据以往的实验经验和现有的文献资料,针对自主研制的DNA测序仪提出了几个判定仪器应用性能的指标,以期为DNA测序仪的整体性能测试,后续研发和扩大生产提供可参考的建议。

人第六型疱疹病毒DNA的检测及其CH3株MCP基因克隆测序

建立了检测ＨＨＶ－６病毒特异ＤＮＡ的ＰＣＲ方法，对４３份健康献血员外周血淋巴细胞ＤＮＡ进行了检测，ＨＨＶ－６病毒ＤＮＡ的阳性率为１８．６％。同时从ＨＨＶ－６中国分离株ＣＨ３中克隆到其主要衣壳蛋白（ＭＣＰ）基因片段，并进行了序列分析和同源性比较。

应用DNA测序仪定量检测mRNA的方法研究

为了探索运用DNA测序仪定量检测mRNA的方法,我们以类胰岛素生长因子受体基因(IGF-1R-a)作为材料,采用荧光标记引物进行RT-PCR,通过DNA测序仪检测扩增产物,对目的基因的mRNA进行定量。结果表明,该方法能够较准确地反映细胞中mRNA的相对含量,提高了检测的准确性、可靠性和灵敏性。

我国自主研发的DNA测序仪BIGIS-4产出首例科研成果

由中国科学院科研装备研制项目资助，中科院北京基因组研究所与中科院半导体研究所共同研发的，具有自主知识产权的国产化高通最DNA测序仪BIGIS-4系统日前投入试运行。

汉五生物工程(长沙)有限公司独家代理澳大利亚DNA测序仪Gel-Scan 3000

使用WINDOWS98SE／2000／XP系统最新设计的USB接口输出功能，能直接联接任何手提电脑和台式电脑、仅重20公斤!使DNA移动实验室成为可能。

ABI3130xl全自动测序仪规模化测序的影响因素研究

【目的】提高利用ABI3130xl全自动测序仪对小麦与条锈菌互作的cDNA文库进行大规模测序的成功率,降低成本。【方法】将BigDye(BigDye(Teminator V3.1 Cycle Sequencing RR-100)分别稀释16,24和32倍设计测序的PCR反应体系,分析了EDTA溶液(125 mmol/L,pH 7.0)和醋酸钠溶液(3 mol/L,pH 5.2)以及不同模板类型等相关因素对测序结果的影响。【结果】BigDye稀释16倍的PCR反应体系的测序结果易出现染料峰,影响碱基正确读值;稀释32倍体系的测序结果中可用序列短,成功率低;稀释24倍体系测序结果的可用序列长且准确率高,为最佳反应体系。EDTA溶液和醋酸钠溶液可提高DNA纯化的质量,改善测序效果。以质粒DNA为模板测序较PCR产物直接测序效果好,通过控制模板质量可以提高测序成功率。【结论】利用优化体系共测得15 000条ESTs序列,其中有高读长序列13 080条,占87.2%,表明该优化体系简单有效,且可有效节约成本。

高产DHA海洋真菌Thraustochytrium sp.FJN-10脂肪酸的组型及其18S rDNA序列分析

采用松花粉垂钓法分离到一株 Docosahexaenoic acid (DHA)高产菌 FJN 10。该菌株长链高度不饱和脂肪酸的组成为DHA(43.2%)和花生酸(17.5%)。高密度培养获得 33.0 g/L生物量。该菌株生活史中有营养细胞、孢子囊和孢囊胞子。对其 18S rRNA基因进行了克隆测序,并登录 GenBank(AY773276)。依据18S rRNA 基因建立的系统进化树分析表明:该菌与 Thraustochytrium sp. CHN 和 Thraustochytrium spMBIC11092具有紧密的亲源关系。

单倍型测序确认HLA新等位基因A~* 9217

目的用单倍型测续方法判定骨髓库HLA分型检测中出现的模棱两可结果,以发现新的HLA基因序列。方法用DNA测序的方法确认HLA分型结果,用单倍型测序的方法分析常规测序方法无法确认的杂合子的新基因序列。结果9个常规SSO流式荧光微珠HLA分型方法无法确认的结果中,有8个可以用常规测序方法得到确切分型结果(该8个结果均为近期报告的新的HLA等位基因),1个标本被确认为新的基因序列A*9217,已经在GENBANK注册(注册号:EF526712),并向HLA因子命名委员会进行新基因申报(申报号:WHS10004629),得到WHO HLA因子命名委员会的正式命名。结论DNA测序的方法是解决HLA分型的最直接方法;在遇到杂合子等位基因时,采用单倍型测续的方法简单有效。

运用多重PCR-直接测序法检测ABO基因型及其遗传多态性

根据ABO基因座第6和7外显子9个SNP位点设计引物,复合扩增后直接测序,根据测序结果判定不同物证检材ABO基因型及其在藏族群体中的多态性分布。成功地检测出经过不同方法处理的血痕、毛发、口腔拭子、骨骼、混合斑等101例腐败、降解及微量检材的ABO基因型,结果与免疫血清学分型一致,且该方法具有灵敏度高、特异性好、操作简单、结果准确、客观及能够发现新等位基因等优点。对80名青海藏族无关个体的调查表明,ABO基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,杂合度H为0.675,多态信息含量PIC为0.672,个人识别力DP值为0.874,非父排除率PE值为0.391,偶合度I为0.126;青海藏族ABO等位基因频率O>B>A,且O等位基因频率高达0.6125。多重PCR-直接测序法检测ABO基因型适用于法医学不同来源的样本,提高了ABO血型系统的个体识别能力;ABO基因型在青海藏族人群中的分布具有较高多态性,可用于法医学个体识别及群体遗传学研究。