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六钼酸盐有机胺杂化衍生物与SARS-CoV 3CL^pro相互作用的分子动力学模拟 被引量:4
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作者 邵琛 王建萍 +3 位作者 杨国春 苏忠民 胡冬华 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第1期165-169,共5页
采用分子动力学模拟方法,在分子水平上探讨六钼酸盐有机杂化衍生物潜在的抗SARS病毒活性.3CLpro主蛋白酶是冠状病毒复制和转录过程中起关键作用的功能蛋白,因此采用SARS-CoV 3CLpro作为靶标进行抗SARS病毒的药物设计.使用InsightⅡ软件... 采用分子动力学模拟方法,在分子水平上探讨六钼酸盐有机杂化衍生物潜在的抗SARS病毒活性.3CLpro主蛋白酶是冠状病毒复制和转录过程中起关键作用的功能蛋白,因此采用SARS-CoV 3CLpro作为靶标进行抗SARS病毒的药物设计.使用InsightⅡ软件包中的Biopolymer,Discover 3,Profile-3D和Affinity等模块,研究POMs/3CLpro相互作用的结合位点和作用性质.研究其能量变化规律,探讨了多酸化合物对SARS病毒可能的抑制机理.研究结果表明,POMs与3CLpro在酶的催化活性位点处有较强的结合力.形成的复合物主要以静电相互作用相结合,氢键相互作用对复合物的相对稳定性有一定影响.对于POMs/3CLpro复合物,有机胺基团取代的POMs所带负电荷比未取代体系的高,比3CLpro的结合能更高,这与POMs的相关量子化学计算结果吻合. 展开更多
关键词 SARS 3CL^pro 多金属氧酸盐 分子动力学 对接
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荆防颗粒中抑制新型冠状病毒蛋白酶3CL^(pro)及PL^(pro)的活性成分 被引量:1
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作者 尚展鹏 易阳 +4 位作者 余蓉 范婧婧 黄昱曦 乔雪 叶敏 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期907-919,共13页
目的:荆防颗粒是新型冠状病毒肺炎预防及轻症治疗的推荐用药,本文结合化学成分分析及活性检测,阐明其潜在的活性成分。方法:采用酶学方法测定荆防颗粒提取物对新型冠状病毒3-chymotrypsin-like protease(3CL^(pro))、papain like protea... 目的:荆防颗粒是新型冠状病毒肺炎预防及轻症治疗的推荐用药,本文结合化学成分分析及活性检测,阐明其潜在的活性成分。方法:采用酶学方法测定荆防颗粒提取物对新型冠状病毒3-chymotrypsin-like protease(3CL^(pro))、papain like protease(PL^(pro))、spike protein receptor-binding domain(S-RBD)及人cyclooxygenase-2(COX-2)的抑制活性,利用氨水引咳小鼠模型测试其止咳作用;基于liquid chromatography-mass spectrometry(LC/MS)技术对荆防颗粒进行化学成分定性、定量分析,阐明其化学组成;采用酶学实验、分子对接、定点突变等方法测定荆防颗粒中抑制3CL^(pro)、PL^(pro)的主要活性成分并阐明可能的作用机制。结果:荆防颗粒提取物对新型冠状病毒3CL^(pro)、PL^(pro)蛋白酶具有一定的抑制作用,且具有COX-2抑制活性及止咳药效。进一步在荆防颗粒鉴定了56个成分,其中16个成分经与对照品比对,准确鉴定其化学结构,并测定了其含量,总量为2498.8μg/g。16个成分中的主要成分升麻素苷对3CL^(pro)和PL^(pro)均具有显著的抑制活性,8μmol/L的抑制率分别为76.8%和78.2%;新橙皮苷、柚皮苷对PL^(pro)有抑制活性,8μmol/L的抑制率分别为53.5%和46.1%。分子对接结果表明,升麻素苷可与3CL^(pro)、PL^(pro)活性口袋的氨基酸残基形成氢键,结合能分别为-7.7和-7.3 kcal/mol。定点突变结果表明,氨基酸残基K157是升麻素苷与PL^(pro)相互作用的重要活性位点。结论:荆防颗粒的主要成分升麻素苷、新橙皮苷、柚皮苷等具有抑制新型冠状病毒3CL^(pro)及PL^(pro)的活性,为荆防颗粒的临床合理使用提供了依据。 展开更多
关键词 荆防颗粒 活性成分 新型冠状病毒 3CL^(pro) PL^(pro)
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新型冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂研究进展 被引量:1
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作者 梁承远 赵宇晴 +5 位作者 田蕾 辛亮 李京忆 路琦 赵倩倩 李菡 《中国医药导刊》 2022年第10期949-960,共12页
新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是继2003-SARS和2012-MERS之后又一高传染性、高致病性的冠状病毒肺炎,对人类健康、社会稳定和经济发展构成了严重威胁。在新冠病毒的众多靶点中,3CL蛋白酶(3CL^(pro)、3C样蛋白酶,也称作主要蛋白酶M pro)由... 新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是继2003-SARS和2012-MERS之后又一高传染性、高致病性的冠状病毒肺炎,对人类健康、社会稳定和经济发展构成了严重威胁。在新冠病毒的众多靶点中,3CL蛋白酶(3CL^(pro)、3C样蛋白酶,也称作主要蛋白酶M pro)由于在子代病毒的复制和转录过程中极其关键的作用而备受研究人员的关注。3CL蛋白酶在多种冠状病毒及新冠病毒变异株中具有高度的结构相似性和保守性,是冠状病毒靶向药物研发最具吸引力的靶标之一。目前,国内外医药公司和科研机构针对此靶点进行了大量的药物研究开发。本研究针对已上市及处于临床试验阶段的3CL蛋白酶抑制剂进行分类总结,重点对构效关系进行探讨,并对其临床试验阶段的有效性及安全性等进行详细介绍;在总结天然产物来源的3CL蛋白酶抑制剂的基础上,大量研究和实验数据表明天然产物具有潜在的抗新冠病毒活性,但其有效性和安全性均需进一步研究验证。同时,将本课题组3CL蛋白酶抑制剂及蛋白水解靶向嵌合体(PROTACs)研发工作的代表性成果首次予以披露,以期为开发安全高效的抗新冠病毒感染药物提供参考。 展开更多
关键词 新冠肺炎 3CL蛋白酶 抑制剂 蛋白水解靶向嵌合体 新药研发
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新型冠状病毒3C样蛋白酶结构和功能特征分析 被引量:7
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作者 戴姿薇 唐标 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期44-52,共9页
采用生物信息学方法分析新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)3C样蛋白酶(3-chymotrypsin-like protease,3CL^(pro))的理化性质、结构与功能,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参考。通过ProtParam、Pro... 采用生物信息学方法分析新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)3C样蛋白酶(3-chymotrypsin-like protease,3CL^(pro))的理化性质、结构与功能,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参考。通过ProtParam、ProtScale、Bioedit服务器对3CL^(pro)进行一级结构如氨基酸理化性质、疏水性的预测分析;COILS Server、SignalP、TMPred、TargetP Server、NetPhos Server、NetNGlyc Server服务器对3CL^(pro)结构进行如卷曲螺旋区、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点的预测分析;SOPMA、SWISS-MODEL服务器对3CL^(pro)进行二级结构、三级结构的预测分析;IEBD对3CL^(pro)进行B细胞表位的预测分析。3CL^(pro)由306个氨基酸组成,其中亮氨酸占比最高,分子质量为33796.64,理论等电点值为5.95,半衰期为1.9 h,脂肪系数为82.12;亲水性较高,不具有卷曲螺旋区与信号肽特点,含一个跨膜区;具有4个磷酸化位点,2个糖基化修饰点;二级结构中无规则卷曲占据主导地位,三级结构能与已知的6y2g.1(SMTL ID)模型同源建模;存在4个潜在的B细胞表位,位于92~101位的氨基酸区域应答频率最高。利用生物信息学技术分析3CL^(pro)的结构和功能特征,可为新型冠状肺炎药物的研发提供参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3CL^(pro) 生物信息学 序列分析 蛋白结构
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Synthesis and Biological Evaluation of Quinolinone Compounds as SARS CoV 3CL^pro Inhibitors
5
作者 Yu Guo Ning Zhang +4 位作者 Jian Wang Bo Sun Wei Liu Honggang Zhou Cheng Yang 《Chinese Journal of Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2013年第9期1199-1206,共8页
SARS CoV 3CL^pro is known to be a promising target for development of therapeutic agents against the severe acute respiratory syndrome (SARS). A quinolinone compound 1 was selected via virtual screening, and it was ... SARS CoV 3CL^pro is known to be a promising target for development of therapeutic agents against the severe acute respiratory syndrome (SARS). A quinolinone compound 1 was selected via virtual screening, and it was syn- thetized and tested for enzymatic inhibition in vitro. Compound 1 showed potent inhibitory activity (ICs0= 0.44 μmol/L) toward SARS CoV 3CL^pro. Further work on a series of quinolinone derivatives resulted in the discovery of the most potent compound 23, inhibiting SARS CoV 3CL^pro with an IC50 of 36.86 μmol/L. The structure-activity relationships were also discussed. 展开更多
关键词 SARS SARS CoV 3CL^pro INHIBITORS QUINOLINONE
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基于高通量分子对接技术筛选干预COVID-19的潜在活性分子及中药 被引量:1
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作者 祁建宏 董芳旭 +2 位作者 王轲 刘子铭 朱锦璐 《北京联合大学学报》 CAS 2022年第1期44-53,71,共11页
2019年12月以来,由严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus-2,SARS-CoV-2)感染引起的新型冠状病毒肺炎(novel coronavirus disease 2019,COVID-19)在全球范围内流行和传播,具有较高的传染性、发... 2019年12月以来,由严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus-2,SARS-CoV-2)感染引起的新型冠状病毒肺炎(novel coronavirus disease 2019,COVID-19)在全球范围内流行和传播,具有较高的传染性、发病率和死亡率。目前,国内外仍缺乏特效且无明显副作用的治疗药物。基于COVID-19的特异性靶点(AXL、3CL pro、ACE2),利用高通量分子对接技术在TCMSP数据库中虚拟筛选潜在活性小分子,并从TCMSP、TCMIP和TCMID数据库中预测相应的潜在中药。结果显示,作用于AXL、3CL pro和ACE2的共靶点小分子有47个,包括萜类、生物碱类、黄酮类、醌类和苷类等,其中萜类所占比例最高。其中Chelidimerine与AXL和3CL pro的结合能力最强,可能是一种治疗COVID-19的潜在化合物。基于ADME和Lipinski规则,得到10个具有良好药代动力学特征的化合物。此外,预测获得了13味治疗COVID-19的高频中药。本实验获得的针对COVID-19的潜在活性分子(PAM)和潜在中药,可为后续的抗病毒活性研究、新药开发和临床应用提供有意义的参考。 展开更多
关键词 受体酪氨酸激酶(AXL) 血管紧张素转换酶2(ACE2) 3C样蛋白酶(3CL pro) COVID-19 潜在活性分子 中药
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新型冠状病毒3C样蛋白酶的原核表达及其多克隆抗体的制备
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作者 郑皖怿 李瑞芳 +5 位作者 徐海山 宋桃花 高岩 陈柯 伊正君 付玉荣 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第1期18-21,共4页
目的表达及纯化新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)3C样蛋白酶(3-chymotrypsin-like protease,3CL^(pro))并制备3CL^(pro)多克隆抗体。方法将重组质粒pET28a-Proteinase_3CL-pro转化大肠埃希菌B... 目的表达及纯化新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)3C样蛋白酶(3-chymotrypsin-like protease,3CL^(pro))并制备3CL^(pro)多克隆抗体。方法将重组质粒pET28a-Proteinase_3CL-pro转化大肠埃希菌BL21(DE3),利用IPTG诱导重组蛋白表达,超声破碎后用SDS-PAGE凝胶分析蛋白表达情况,利用Ni-NTA进行重组蛋白的纯化。用重组蛋白免疫4~8周龄健康小鼠,制备多克隆抗体,通过Western blot和ELISA对抗体进行定性和定量检测。结果重组蛋白His-3CL^(pro)在重组菌培养上清中高表达,分子质量单位为33.8 ku。制备的多克隆抗体可特异结合重组蛋白3CL^(pro),ELISA检测血清抗体效价可达1∶204800。结论在大肠埃希菌中成功表达3CL^(pro),免疫小鼠并制备高效价的鼠抗3CL^(pro)多克隆抗体,为研究3CL^(pro)功能进而开发新型冠状病毒检测试剂盒及治疗药物奠定了基础。 展开更多
关键词 新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3C样蛋白酶(3CL^(pro)) 原核表达 多克隆抗体
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源于中草药的冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂研究现状 被引量:2
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作者 胡情 朱广灏 +4 位作者 熊媛 张雅妮 张轶雯 黄萍 葛广波 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2022年第6期873-893,共21页
由高致病性β-冠状病毒(如SARS-CoV-2,SARS-CoV和MERS-CoV)引发的急性呼吸道传染病仍然缺乏安全有效的药物.中草药在上述疾病的治疗中显现了独特的优势,但其效应物质和作用机制尚未被完全揭示.冠状病毒中高度保守的主蛋白酶(M^(pro),又... 由高致病性β-冠状病毒(如SARS-CoV-2,SARS-CoV和MERS-CoV)引发的急性呼吸道传染病仍然缺乏安全有效的药物.中草药在上述疾病的治疗中显现了独特的优势,但其效应物质和作用机制尚未被完全揭示.冠状病毒中高度保守的主蛋白酶(M^(pro),又称为3CL^(pro))是一种重要的半胱氨酸水解酶,在病毒复制过程中发挥了关键作用,是防治冠状病毒相关疾病(包括新冠肺炎等)的关键靶标.因此,抑制3CL^(pro)的催化活性可阻止病毒的复制.近年来,国内外大量研究发现多种中草药提取物及其化学成分如黄酮醇类、三萜类和多酚类化合物等均可抑制冠状病毒3CL^(pro)的活性,为抗冠状病毒药物的研发提供了新的先导化合物.本文着重围绕冠状病毒3CL^(pro)这一抗冠状病毒药物靶标,系统总结归纳了中药提取物及其化学成分对SARS-CoV-23CL^(pro),SARS-CoV 3CL^(pro)和MERS-CoV 3CL^(pro)的抑制效应和抑制机制,还对该领域面临的挑战和未来源于天然的抗冠状病毒药物研发等进行了展望.上述信息不仅有助于科学地诠释中药复方抗冠状病毒的效应物质和作用机制,还可为源于中药的3CL^(pro)抑制剂及广谱抗冠状病毒药物的研发提供新思路. 展开更多
关键词 冠状病毒 3CL^(pro) 中药 天然成分 抑制剂
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