静电和疏水效应对SARS冠状病毒3CL蛋白酶二聚体稳定性的影响

从 TGEV 3 CL蛋白酶二聚体结构出发 ,研究了 TGEV 3 CL蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用 .蛋白质的静电相互作用通过有限差分方法求解 Poisson-Boltzmann方程得到 ,疏水相互作用通过分析溶剂可及性表面模型得到 .考察了不同 p H值对 SARS3 CL蛋白酶二聚体静电和疏水相互作用的影响 ,在p H=5 .5～ 8.5时 ,二聚体静电相互作用能、静电去溶剂化能和疏水自由能都具有较小的数值 ,表明在该条件下静电和疏水相互作用有利于二聚体的稳定存在 .由于 SARS 3 CL蛋白酶活性模式为二聚体 ,因此 ,在该p H值范围内 ,有利于蛋白酶保持活性 .在 p H=7.0条件下 ,蛋白酶单体之间具有最强的静电和疏水相互作用 ,从而使蛋白酶具有最强的活性 ,这与实验结果相一致 .p H值对静电去溶剂化能的影响大于疏水自由能 ,表明静电作用是造成强酸或强碱条件下二聚体不能稳定存在的主要原因 .

静电和疏水效应对TGEV主蛋白酶二聚体稳定性的影响

从TGEV 3CL蛋白酶二聚体结构出发,研究了TGEV 3CL蛋白酶二聚体单体之间的静电和疏水相互作用.蛋白质的静电相互作用通过有限差分方法求解Poisson-Boltzmann方程得到,疏水相互作用通过分析溶剂可及性表面模型得到.考察了不同pH值对TGEV 3CL蛋白酶二聚体静电和疏水相互作用的影响,在pH值为5.5-8.5时,二聚体静电相互作用能、静电去溶剂化能和疏水自由能都较小,表明在该条件下静电和疏水相互作用有利于二聚体的稳定存在,这符合实验结晶所需条件.pH值对静电去溶剂化能的影响大于疏水自由能,表明静电作用是造成强酸或强碱条件下二聚体不能稳定存在的主要原因.