祖先序列重建增强D-阿洛酮糖3-差向异构酶的热稳定性

为解决现有D-阿洛酮糖3-差向异构酶(DAEase)热稳定性差的产业问题,本文采用系统发育指导的大数据挖掘、合理修饰和祖先序列重建策略(ASR),重建了具有不同催化结构域DAEase的祖先序列,构建了表达载体,通过重组表达与分子对接筛选出了DAEase A13并进行酶学性质表征,此外,还基于结构分析与分子动力学模拟揭示了DAEase A13热稳定性增强的分子机制。结果表明,基于ASR策略所构建的A13 70℃时半衰期可达8.4 h,其热稳定性较野生(WT)酶显著增强,最大转化率为31%,催化活性也略高于WT酶。立体结构模拟与分子动力学模拟揭示了ASR A13中大量氢键和疏水作用的增加维持了高温下酶分子结构的稳定性,是其热稳定性增强的主要因素。研究结果证实了ASR策略可以改造DAEase使其稳定性、活性和混杂性增强,可以为D-阿洛酮糖工业生产提供良好的生物催化剂。

基于3D-Bravo与SE T1WI两种MR序列的CT融合图像海马勾画对比研究

目的 对比基于3D-Bravo与SE T1WI两种MR序列的CT融合图像上勾画海马的差异。方法 选择2019年1月1日—12月31日内接受全脑放疗的患者10例进行回顾性研究,每例患者均行颅脑CT及两种MR序列扫描,2名放疗科医师对两种融合图像的整体质量进行评价并勾画海马,同时测量海马体积均值及利用形状相似性系数(DSC)和交叉指数(OI)进行分析。结果 3D-Bravo与SE T1WI两种MR序列的CT融合图像的整体质量评分分别为(4.45±0.51)分、(3.20±0.62)分,3D-Bravo序列融合图像整体质量优于SE T1WI序列融合图像(P<0.01)。勾画的海马校准后的平均海马体积值分别为(4.42±0.76)cm^(3)、(4.02±0.92)cm^(3),差异无统计学意义(P>0.05)。3D-Bravo的CT融合图像勾画海马体积更加接近我国多中心研究相近年龄组的海马体积区间4.4~4.7 cm^(3)。两种MR序列与CT融合图像的海马相似性系数(DSC)和交叉系数(OI)的均值分别为(0.74±0.07)和(0.70±0.02),不同医师间两两比较采用LSD检验,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 基于两种融合图像勾画的海马体积和轮廓存在一定差异,使用3D-Bravo序列能更清晰准确的勾画海马,海马体积值更加接近文献报道,从而提高全脑放疗患者的海马保护效果。

常规VIBE序列与3D自由呼吸Star-VIBE序列在老年患者腹部磁共振检查中的应用

目的:探讨常规VIBE序列与3D自由呼吸Star-VIBE序列应用于老年患者腹部磁共振检查中的效果。方法:本研究纳入2019年1月至2022年12月在山东省莱州市人民医院进行腹部磁共振检查的44例老年患者。对这些患者使用常规VIBE序列和3D自由呼吸Star-VIBE序列进行检查。比较使用常规VIBE序列与3D自由呼吸Star-VIBE序列进行检查的扫描时间、一次性扫描成功情况、扫描图像主观评价与客观评价情况。结果:使用常规VIBE序列进行检查的扫描时间短于3D自由呼吸Star-VIBE序列(P<0.05)。使用3D自由呼吸Star-VIBE序列进行检查的一次性扫描成功率高于常规VIBE序列(P<0.05)。使用3D自由呼吸Star-VIBE序列进行检查的扫描图像主观评分高于常规VIBE序列(P<0.05)。使用3D自由呼吸Star-VIBE序列进行检查的扫描图像信噪比(SNR)和对比度噪声比(CNR)高于常规VIBE序列(P<0.05)。结论:常规VIBE序列与3D自由呼吸Star-VIBE序列应用于老年患者腹部磁共振检查中的效果显示,使用常规VIBE序列进行检查的扫描时间更短,可应用于老年急危重症患者腹部磁共振检查中,使用3D自由呼吸Star-VIBE序列进行检查的扫描图像质量更好,可为临床诊疗提供更优质的影像学依据。

MRI 3D-MERGE序列对三角纤维软骨复合体损伤的诊断价值

目的探讨MRI三维-多回波恢复梯度回波(three dimensional-multiple-echo recalled gradient echo,3D-MERGE)序列在腕关节三角纤维软骨复合体(triangular fib roc a rt ilage complex,TFCC)损伤中的诊断价值。方法回顾性分析四川省骨科医院2021年1月-2022年1月因腕尺侧疼痛就诊的76例患者的临床资料,其中男性35例,女性41例,年龄16-52岁,平均年龄39.6岁。所有患者行腕关节MRI 3D-MERGE序列检查,并在随后接受腕关节镜手术。将TFCC损伤分为中心型损伤和边缘型损伤。以腕关节镜结果为金标准,探讨分析MRI 3D-MERGE序列诊断TFCC损伤的敏感度、特异度。结果腕关节镜检查确诊TFCC损伤者60例,其中中心型16例,边缘型28例,中心型和边缘型损伤同时存在16例;MRI 3D-MERGE序列检查TFCC损伤70例,中心型13例,边缘型35例,22例同时存在中心型和边缘型损伤。对比得出MRI 3D-MERGE序列诊断TFCC损伤中心型损伤的敏感度、特异度分别为0.93、0.89,边缘型损伤的敏感度、特异度分别为0.80、0.62。结论MRI3D-MERGE序列对TFCC损伤有较高的诊断价值,但相对于中心型损伤,MRI 3D-MERGE序列对边缘型损伤显示较低的特异度,因此在临床中,对于MRI提示的边缘型损伤患者,医师还需结合患者临床病史和体格检查进行谨慎诊断。

MRI 3D序列对踝关节跗骨窦区的显示价值

目的 探究2D MRI序列对跗骨窦韧带的显示率;应用3D MRI序列显示跗骨窦韧带,为跗骨窦的扫描技术及疾病的影像诊断奠定基础。方法采用3.0T磁共振扫描设备,8通道踝关节相控阵线圈,对155例健康志愿者进行扫描。观察2D序列图像对跗骨窦韧带的显示情况,利用3D序列进行重建,观察跗骨窦区的显示情况。结果 2D序列中,CL、ITCL在冠状位的显示率最高,CL、ITCL前束在矢状位的显示率次之,ITCL后束在轴位的显示率次之。3D序列可重建出跗骨窦内韧带,这些韧带与矢状面、水平面均成一定角度,在临床工作中可依据此角度对踝关节进行扫描。结论 利用MRI3D序列可完整重建出跗骨窦内韧带并对其进行测量,对诊断跗骨窦内病变提供了有效帮助。

MR3D-STIR SPACE序列增强扫描在臂丛节后神经成像的效果分析

目的探讨在臂丛节后神经成像中施行MR3D-STIR SPACE序列增强扫描的临床价值及成像质量。方法选取50例、2021年1月-2022年8月臂丛神经患者,均行MR常规序列扫描、MR3D-SPACE-STIR序列平扫及增强扫描。对患者的损伤部位、形态、信号强度与近、远侧段臂丛神经的相关性,并对比平扫及增强图像质量。结果MRI平扫诊断节后神经损伤敏感性为89.47%、特异性为83.33%、准确性88.64%。增强MR3D-SPACE-STIR的组织对比显著提高,经处理后,可对臂丛神经节后的走行图像进行完整显示。且该技术增强序列图像的对比噪声比(CNR)为(0.57±0.09)、背景抑制评分(3.56±0.63)分及对臂丛神经显示评分(3.96±0.53)与平扫(0.35±0.06)、(1.58±0.51)分、(2.02±0.59)分均存在显著差异(t=12.231,12.214,10.170;P<0.05)。结论MR 3D-SPACE-STIR序列增强扫描的背景抑制效果较佳,可使臂丛神经损伤及走形得以清晰显示,其臂丛神经节后图像质量较平扫明显提升。

山东省不同蚊种28S rDNA D3区序列特征分析

目的分析山东地区常见9种蚊虫核糖体DNA 28S第3结构域(28S rDNA D3)基因序列特征,为蚊虫种类分子鉴定提供依据。方法在山东济宁北湖地区采集蚊虫并形态学鉴定,提取不同蚊种基因组DNA,PCR扩增其28S rDNA D3基因片段并进行测序分析,基因序列在GenBank中进行同源性比对,ClustalX 1.81、DNAMAN、DNASTAR和Mega6软件分析序列特征并构建系统进化树探讨系统发生关系。结果成功获得淡色库蚊、三带喙库蚊、二带喙库蚊、白纹伊蚊、刺扰伊蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、常型曼蚊及黄色轲蚊的28S rDNA D3基因,其长度为361~422 bp,GC含量为52.9%~57.4%,包含保守位点297个,96个位点为变异位点,平均发生碱基转换15个,颠换17个,转换与颠换之比为0.90,平均遗传距离为0.073,所有蚊虫的28S rDNA D3基因分子鉴定与形态学鉴定基本吻合。构建系统发育树显示,昆虫纲不同目物种分别为不同的分支,库蚊属和伊蚊属各为一支,常型曼蚊和黄色轲蚊聚为一支,中华按蚊为独立的分支。结论28S rDNA D3基因在蚊科的属和种的分类阶元鉴定中具有一定的意义。

中医药干预核苷酸结合结构域富含亮氨酸重复序列和含热蛋白结构域受体3(NLRP3)炎症小体防治类风湿性关节炎的研究进展

类风湿性关节炎(RA)是一种慢性、全身性自身免疫性疾病,以软骨损伤、滑膜炎症等为主要病理特征。核苷酸结合结构域富含亮氨酸重复序列和含热蛋白结构域受体3(NLRP3)炎症小体是一种细胞内感应蛋白复合物,可感知内源性危险信号并鉴别外来病原体,从而释放白细胞介素-1β、白细胞介素-18等促炎因子,介导细胞凋亡。研究表明,NLRP3炎症小体可以诱发炎症级联反应,加速软骨破坏,与RA密切相关。中医药在防治RA方面已取得一定成果。多项研究证实,中医药可靶向干预NLRP3炎症小体介导RA的病变过程,但尚未有系统性的相关论述。该文论述NLRP3炎症小体参与RA的机制,总结归纳近几年中医药干预NLRP3炎症小体防治RA的研究进展,以期为RA靶向药物的研发与应用提供一定借鉴。

一例番鸭3型腺病毒感染的实验室诊断和序列分析

为确诊昆明某番鸭场送检病死番鸭的致病原因,对病死番鸭进行病理剖检、细菌分离培养、PCR检测以及序列分析。结果显示,所检样品无细菌感染,鸭3型腺病毒(DAdV-3)PCR核酸检测结果为阳性,其他病原核酸检测结果均为阴性;阳性PCR产物测序,基因序列比对及进化树分析,发现该样品基因序列与DAdV-3为同一进化树分支,同源性为100%。结合病理剖检特征、PCR检测及临床症状,诊断该番鸭场为鸭3型腺病毒感染。研究结果为DAdV-3感染的防控提供了参考。

3D-CISS序列与3D-TSE序列对Ⅶ～Ⅸ对颅神经成像质量的比较

目的：通过3D-CISS序列与3D-TSE序列对Ⅶ-Ⅸ对颅神经成像质量的比较，确定3D-CISS序列对脑脊液包绕的Ⅶ-Ⅸ对颅神经和淋巴液充盈的内耳迷路成像显示的优势。方法：应用3D-CISS序列与3D-TSE序列分别对第Ⅶ-Ⅸ对颅神经及内耳迷路进行MR成像，在MPR图像及MIP重建图像上最大程度的显示颅神经及内耳迷路，并对两种序列的成像质量进行统计比较。结果：面神经的脑池段、内听道近段及远段、前庭蜗神经的脑池段及内听道近段、耳蜗、前庭及半规管在两个序列中全部以100％的几率显示；蜗神经、前庭上神经、前庭下神经及舌咽神经在3D-CISS序列、3D-TSE序列的显示几率依次分别为：100％、81．2％；100％、51．4％；100％、42．0％；100％、57．1％；面神经、前庭蜗神经的内听道段、内耳迷路、舌咽神经的3D-CISS序列成像质量明显优于3D-TSE序列成像；面神经、前庭蜗神经的脑池段3D-CISS序列成像质量略优于3D-TSE序列。结论：对于被脑脊液包绕的颅神经和淋巴液充盈的内耳迷路的成像，3D-CISS序列是最佳的选择。

磁共振3D-BRAVO增强成像在脑静脉窦血栓中的诊断价值

目的探讨对比磁共振平扫、MRV、常规增强及3D-BRAVO增强成像等各序列在显示颅脑静脉窦血栓病变能力的差异,3D-BRAVO增强成像序列对颅脑静脉窦血栓的诊断价值.方法回顾性分析经临床诊断脑静脉窦血栓患者29例,所有患者均行常规T1WI、T2WI、FLAIR、MRV、常规增强及3D-BRAVO增强成像.结果在29例脑静脉窦血栓(cerebral venous sinus thrombosis,CVST)患者中,常规平扫、常规增强显示12例静脉窦血栓,MRV显示13例静脉窦血栓,3D-BRAVO增强成像显示全部29例.结论在CVST患者中,3D-BRAVO增强序列可较常规序列成像更清楚地显示脑内静脉窦病灶,可极大程度提高早期诊断CVST,为临床制定治疗方案及评估预后提供最直观的影像学证据.

西藏青稞LEA3蛋白新抗旱基因的克隆与序列分析

以强抗旱青稞冬青8号和弱抗旱青稞品比14为材料,将幼苗经干旱诱导处理12 h提取总RNA,RT-PCR同源克隆到2个有差异的LEA3蛋白抗旱基因的全编码框序列。冬青8号、品比14的LEA3蛋白基因序列全长分别为661 bp和694 bp,其中,来源于品比14的LEA3蛋白基因编码框全长639 bp,编码含213个氨基酸残基的蛋白质,该多肽含有9个重复的、由11个氨基酸残基组成的保守基元序列。而来源冬青8号的LEA3蛋白基因与之相比较除缺少33 bp核苷酸外,另有6个碱基的差异,所编码的蛋白质也相应地缺少第4个保守基元序列,由8个重复的保守基元序列组成。二者在DNA与氨基酸序列上的同源性分别为94.38%和92.02%。结果证实抗旱性不同的青稞品种之间LEA3抗旱蛋白保守基元拷贝数有差异,推测抗旱蛋白结构的差异可能对植物的抗旱性有影响。

1.5T磁共振3D-SPACE序列与3D-TSERT序列在MRCP成像中的应用对比

目的:通过MR可变翻转角的三维快速自旋回波(3D sampling perfertion with application optimized contrasts using deifferent flip angle evolutions,3D-SPACE)序列与三维快速恢复快速自旋回波(3D-TSE Retore,3D-TSERT)序列对胰胆管水成像(MR cholangiopancreatgrapgy,MRCP)中的成像质量进行对比,优化MRCP的成像序列。方法:对48位受检者分别用3D-SPACE序列与3D-TSERT序列行MRCP检查,将采集到的影像利用siemens 3D软件进行MIP(maxium intensity projection)重建,并对2种图像的显示情况进行分析比较。结果:3D-SPACE序列的MRCP显示肝段胆管、胰管的效果明显优于3D-TSERT-MRCP序列(P﹤0.05),2种成像序列显示左右肝管、肝总管、胆囊、胆总管的效果差异无显著性意义(P>0.05)。结论:在1.5TMRI检查中,应用3D-SPACE序列的MRCP在检查时间及成像质量上都优于3D-TSE序列,应成为常规MRCP的首选序列。

中国历年H_3N_2亚型人流行性感冒病毒血凝素基因的序列测定及分析

测定了 2 7株中国 196 8～ 2 0 0 0年的人H3 N2 亚型流行性感冒 (流感 )病毒分离株HA1基因的核苷酸全序列 ,其中包括 7株流行代表株 :A3/Beijing/ 1/ 6 8、A3/Guangdong/ 2 4 3/ 72、A3/Beijing/ 39/ 75、A3/Guangdong/ 38/ 77、A3/Beijing/ 2 6 6 / 85、A3/Beijing/ 30 / 95、A3/Shanghai/ 1/ 98。阐明了这些流感病毒分离株的基因结构、变异本质、进化发展过程以及这些毒株与其它分离株之间的遗传进化亲缘关系 ,为应用生物信息学研究流感病毒基因组变异规律等打下了基础。初步的进化分析表明 ,历年来的人流感病毒H3 N2 亚型的起源和进化分为两个分支谱系 ,并在 1984 /1985年进行了交替转换 ;且有一部分人的H3 N2

猪流行性腹泻病毒FJ-11A株的分离与ORF3基因序列分析

从福建省某疑似流行性腹泻病毒感染的猪场采集腹泻粪便样品和小肠组织,利用Vero细胞连续传代后,分离到猪流行性腹泻病毒福建株(FJ-11A株)。根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒ORF3基因特征设计特异性引物,采用RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒福建株ORF3基因进行扩增,将扩增目的片段经胶回收后进行克隆测序。结果表明,所扩增的目的片段基因编码有完整的ORF3开放阅读框,全长为675bp,编码有224个氨基酸。运用DNAStar软件,将获得的ORF3基因序列和GenBan中登录的猪流行性腹泻病毒株ORF3基因序列进行分析比较和遗传进化分析,猪流行性腹泻病毒福建株ORF3基因和韩国分离株CPF1074和PFF513该基因核苷酸同源性最高,均为99.3%,与疫苗株CV777核苷酸同源性为97.8%。从遗传进化上看,我国PEDV分离株ORF3基因处在同一个分支,而弱毒株则处在相对独立的分支。

苦荞黄烷酮3-羟化酶基因F3H的克隆及序列分析

为提高黄酮代谢途径中的关键酶活性,增加苦荞黄酮类化合物的合成量,根据已知植物的F3H基因同源序列,采用RT-PCR和RACE结合的方法,克隆了苦荞黄酮代谢途径中关键酶基因F3H,命名为FtF3H(GenBank登录号:FJ456858)。序列分析结果表明,FtF3H基因长1369bp,编码367个氨基酸,该氨基酸序列及其cDNA序列与葡萄、牵牛F3H等的同源性约80%。二级结构预测表明,随机卷曲是FtF3H蛋白最大量的结构元件,而α-螺旋和β-片层则散布于整个蛋白质中;三维结构建模预测FtF3H蛋白具有铁离子结合位点及2-O-酮戊二酸结合位点等F3H蛋白典型结构。

鹅细小病毒不同毒株VP3基因的序列分析比较

分别将GPV 4个分离株通过PCR技术 ,从病毒基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段 ,并与PMD18_T质粒载体连接 ,转化到感受态大肠秆菌TG1中 ,提取重组质粒经PCR鉴定和酶切鉴定后 ,对插入片段进行序列测定及分析。结果表明 :VP3基因全长 16 0 5bp ,编码 5 34个氨基酸。不同毒株主要结构蛋白VP3基因同源性较高(95 .6 4 %～ 99.81% )。但强弱毒株间也存在一定差异。

山东省PRRS血清学调查及PRRSV分离株ORF3-7基因的克隆及序列分析

应用荧光抗体技术对山东省猪场PRRS的流行情况进行了血清学调查并分离到一株PRRSV。用 5对引物分别扩增了PRRSV山东分离株ORF3_ORF7,将其克隆入PMDl8_TVector并进行了序列测定。结果表明 ,山东分离株与美洲疫苗株ATCCVR_2 332 0RF3_ORF7各读码框核苷酸同源性分别为 98%、99%、99%、10 0 % ,氨基酸同源性分别为97%、98%、98%、98%、10 0 %。

草兔卵透明带3(ZP3)基因的克隆及序列分析

根据GenBank中欧洲兔ZP3mRNA序列设计特异性引物,以草兔卵巢组织总RNA为模板,通过RT-PCR技术首次克隆得到草兔ZP3cDNA编码区,命名为hZP3(GenBank登录号:KC447289)。生物信息学分析表明:扩增出的hZP3基因编码序列长1 260bp,编码419个氨基酸,包含一个完整的开放阅读框(ORF)。与欧洲兔ZP3基因核苷酸一致性高达96%。预测的ZP3蛋白具有ZP家族典型特征。系统进化树显示其与欧洲兔亲缘关系最近,其次是啮齿目动物,符合物种进化规律。hZP3基因编码区的成功克隆,为进一步利用该基因通过免疫不育手段防治森林草兔危害提供了基础。