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基于3D打印和丝网印刷制作的电化学微流控反应器及其在DNA四面体上的应用
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作者 张武凯 谢瑶 +6 位作者 靳聪 刘沛川 高月 姜丁瑞 张栩源 李茜 陈翔 《微纳电子技术》 CAS 北大核心 2023年第7期1139-1148,共10页
为了能够实现快速、低成本的制作电化学微流控反应器,并将其用于电化学合成DNA四面体,利用纳米材料结合丝网印刷技术构建低成本的pH敏感电极,利用3D打印技术制作牺牲层管道以及框架结构用于快速构建带有盐桥的微反应池,并开发了微型恒... 为了能够实现快速、低成本的制作电化学微流控反应器,并将其用于电化学合成DNA四面体,利用纳米材料结合丝网印刷技术构建低成本的pH敏感电极,利用3D打印技术制作牺牲层管道以及框架结构用于快速构建带有盐桥的微反应池,并开发了微型恒电位控制电路。实验结果表明,基于TiO2与Co3O4的丝网印刷pH敏感电极可以对2~12的pH值进行敏感测量,并且可以通过在其与Ag/AgCl电极之间施加恒电位逆向调控溶液的pH值。将基于3D打印结合丝网印刷制作的电化学微流控反应器搭配微型恒电位控制电路用于电化学合成DNA四面体。实验结果表明,该系统可合成不同碱基长度20 bp、26 bp、37 bp的DNA四面体,时间为6 min,相比于传统热法合成DNA四面体需要30 min,时间大为缩短。该种制作工艺可应用于电化学合成DNA四面体,并具有微型化、集成化、低成本制作电化学微流控反应器的发展潜力。 展开更多
关键词 3D打印 丝网印刷 电化学微流控反应器 DNA四面体 纳米材料 pH敏感电极
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一种新的DNA序列3D表示方法及相似分析 被引量:2
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作者 魏若岩 綦朝晖 《计算机工程与应用》 CSCD 2012年第4期146-148,196,共4页
提出了一种新的DNA序列的3D图形表示方法,该方法能体现较多的DNA序列的特征,而且避免了信息的丢失。为了进行DNA序列之间的相似性分析,在此方法的基础上对图形进行特征提取并利用高维数据降维算法对提取后的高维数据进行降维,并降到3维... 提出了一种新的DNA序列的3D图形表示方法,该方法能体现较多的DNA序列的特征,而且避免了信息的丢失。为了进行DNA序列之间的相似性分析,在此方法的基础上对图形进行特征提取并利用高维数据降维算法对提取后的高维数据进行降维,并降到3维,降维后的数据不但保持了原有高维数据的特征而且能很方便地观察它们之间的关系。通过对10个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子的相似性分析,得到了较好的结果。 展开更多
关键词 DNA序列 3D图形表示 数据降维 相似性分析
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一种新的基于3D图形的进化树构造方法 被引量:2
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作者 骆嘉伟 张惜珍 《武汉理工大学学报(信息与管理工程版)》 CAS 2007年第4期24-27,共4页
生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法越来越成熟。基于DNA序列的3D图形表示法,提出一种新的进化树构造方法:将DNA基本序列表示成空间3D图形,并计算与序列... 生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法越来越成熟。基于DNA序列的3D图形表示法,提出一种新的进化树构造方法:将DNA基本序列表示成空间3D图形,并计算与序列相对应的非负实对称矩阵;计算新的特征参数C表征序列特性,并获得相对进化距离;基于可凝聚的层次聚类算法构造不同基因序列的进化树。采用中国不同地区的12组禽流感基因HA(H5N1)序列进行试验,最后获得了相应的进化关系。 展开更多
关键词 DNA序列 3D图形 层次聚类算法 HA(H5N1) 进化树构造
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一种新的DNA序列的3D图形表示 被引量:1
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作者 周金玉 肖前军 邓总纲 《科技信息》 2009年第25期I0015-I0016,共2页
基于DNA序列的混沌游戏表示,给出了一种新的3D图形表示来表征DNA序列。为了便于序列间的比较,将DNA序列的3D图形表示转化成了相应的矩阵表示并讨论了它们的数字特征。
关键词 DNA序列 3D图形表示 数字特征
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3D数字PCR检测NSCLC患者血浆EGFR T790M基因突变的临床意义 被引量:1
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作者 袁世洋 刘川 +4 位作者 欧阳晓春 谢军平 贺荣芝 李里香 邹叶青 《检验医学》 CAS 2020年第8期806-810,共5页
目的探讨一种新的3D数字聚合酶链反应(PCR)在非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆表皮生长因子受体(EGFR)T790M基因突变检测中的临床意义。方法采集70例初代表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)耐药的NSCLC患者血浆标本。采用扩增阻滞... 目的探讨一种新的3D数字聚合酶链反应(PCR)在非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆表皮生长因子受体(EGFR)T790M基因突变检测中的临床意义。方法采集70例初代表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)耐药的NSCLC患者血浆标本。采用扩增阻滞突变系统(ARMS)和3D数字PCR进行EGFR T790M基因突变检测,如检测结果不同,则取同期组织蜡块标本采用ARMS进行验证。结果70例NSCLC患者血浆标本中,ARMS检出EGFR T790M突变30例,3D数字PCR检出EGFR T790M突变34例,其中4例3D数字PCR检测为EGFR T790M阳性,而ARMS显示为野生型。Kappa一致性检验和配对χ2检验结果显示,2种检测方法诊断结果存在较好的一致性(Kappa值为0.885,P<0.001)。结论3D数字PCR适用于检测NSCLC患者血浆EGFR T790M基因突变,并且能检测出ARMS漏检的病例。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 表皮生长因子受体 T790M 循环肿瘤DNA 3D数字聚合酶链反应
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A study of the effect of Sudan I, III, and IV on the DNA/RNA ratio and 3D structure of HepG-2 using LCM
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作者 季宇彬 汲晨锋 +1 位作者 高世勇 朗郎 《Journal of Harbin Institute of Technology(New Series)》 EI CAS 2006年第2期173-177,共5页
To explore the effect of sudan I, III, and IV on the DNA/RNA ratio and changes in the 3D structure of HepG-2. LCM and 3D images are used to detect the DNA/RNA ratio and changes in the 3D structure of HepG-2 when treat... To explore the effect of sudan I, III, and IV on the DNA/RNA ratio and changes in the 3D structure of HepG-2. LCM and 3D images are used to detect the DNA/RNA ratio and changes in the 3D structure of HepG-2 when treated with different dosages of sudan I, III, and IV. The DNA/RNA ratio of the control group is 1.223 2±0.084 4, while the fluorescence intensity of DNA in HepG-2 treated with sudan I, III, or IV is markedly greater than that of RNA, with the low-dosage group showing significant effect (P<0.01), yielding DNA/RNA ratios of 1.609 6±0.199 0, 1.445 5±0.163 3, 1.708 1±0.109 0 respectively; 3D images show that DNA fluorescence in HepG-2 is mostly concentrated in the nuclear region, and is denser and stronger than RNA fluorescence. The DNA/RNA ratio of a treated group increases after being treated with different dosages of sudan, but it declines with increasing dosage, and within a certain dosage range, sudan I, III, and IV are shown to promote the growth of HepG-2. 展开更多
关键词 苏丹 LCM HEPG-2 DNA/RNA 三维图象
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基于3D-CS混沌系统的双DNA编码图像加密算法 被引量:1
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作者 靳旭文 李国东 刘雯 《包装工程》 CAS 北大核心 2021年第3期259-269,共11页
目的为解决加密算法中明文与混沌系统密钥关联小,且置乱扩散不能同步进行造成的安全性低的问题。在结合Chebyshev和Sine映射的基础上,新建三维Chebyshev-Sine混沌映射系统(3D-CS),提出一种基于3D-CS混沌系统的双DNA编码图像加密算法。... 目的为解决加密算法中明文与混沌系统密钥关联小,且置乱扩散不能同步进行造成的安全性低的问题。在结合Chebyshev和Sine映射的基础上,新建三维Chebyshev-Sine混沌映射系统(3D-CS),提出一种基于3D-CS混沌系统的双DNA编码图像加密算法。方法设定二进制与四进制双重DNA编码,利用约瑟夫环变换对经过二进制DNA编码的图像RGB各层进行位置索引,同时完成置乱和扩散,然后将混沌系统产生的序列值经过处理后进行四进制DNA编码,最后将2种DNA序列进行加法运算后解码得到密文。结果仿真实验表明,索引序列和混沌序列通过了随机性检验,密文各层NPCR值分别为99.63%,99.61%,99.59%,UACI值分别为33.43%,33.44%,33.40%,信息熵分别为7.9992,7.9991,7.9993。结论所设计的混沌序列相较于其他混沌序列有一定优势,针对提出的问题有效提高了加密算法的安全性,密文能有效地抵御各种统计攻击与差分攻击。 展开更多
关键词 双DNA编码 约瑟夫环 RGB分层 三维Chebyshev-Sine混沌映射 图像加密
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一种动态密钥与DNA交错编码的多图像加密算法
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作者 陈善学 杜文正 任丽丹 《电讯技术》 北大核心 2023年第4期529-535,共7页
针对目前多图像加密算法中置乱效果不佳、DNA编码模式固定及密钥更新方式实用性低等问题,提出了一种基于动态密钥更新与DNA动态交错编码的加密方案。首先,设计了一种利用SHA-256的动态密钥更新方案,通过限制新密钥中的明文信息量摆脱一... 针对目前多图像加密算法中置乱效果不佳、DNA编码模式固定及密钥更新方式实用性低等问题,提出了一种基于动态密钥更新与DNA动态交错编码的加密方案。首先,设计了一种利用SHA-256的动态密钥更新方案,通过限制新密钥中的明文信息量摆脱一次一密的密钥系统。其次,改进了三维循环移位置乱方法,并以此降低明文中的相关性。随后,根据混沌序列动态选取DNA编码规则及编码顺序,并在此基础上将图像矩阵逐像素动态交错编码为DNA序列。最后,将编码后的DNA序列与给定序列进行碱基运算完成对明文图像的加密。仿真实验表明,该算法密文图像的相关性可低至10-3,全局信息熵可达7.9994。该算法能抵挡各种攻击方式,具有较高安全性。 展开更多
关键词 图像加密 Lorenz超混沌系统 DNA编码 三维循环移位
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岩质边坡稳定分析一站式解决方案
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作者 吕超 孙旭良 +1 位作者 廖庆龙 李琦 《中国农村水利水电》 北大核心 2023年第11期158-166,173,共10页
岩质边坡稳定分析是工程地质勘察设计中的一项重要工作,主要包括岩体结构面产状量测、优势结构面统计、结构面稳定性分析以及报告编写等四部分内容。目前存在如下问题:一是岩体结构面量测一般采用传统的人工现场量测法,存在工作效率较... 岩质边坡稳定分析是工程地质勘察设计中的一项重要工作,主要包括岩体结构面产状量测、优势结构面统计、结构面稳定性分析以及报告编写等四部分内容。目前存在如下问题:一是岩体结构面量测一般采用传统的人工现场量测法,存在工作效率较低、量测范围受地形限制、结构面数据代表性较差的问题;随着边坡高度增大,坡度增陡,还存在严重的安全风险问题;二是结构面统计和结构面稳定分析虽然有单独的软件,需要人工转换才能完成上述两项工作,存在效率较低,无法批量分析和易出错问题;三是目前尚未出现能够一站式完成上述全部工作的软件,更无法自动生成分析报告。针对上述问题,作者应用Excel—DNA技术开发了岩体结构面一站式分析软件,包括利用三维实景模型进行结构面产状计算,结构面统计、结构面分析和报告编制等功能。经过与传统分析方法对比,成果正确,精度可靠。利用软件可有效提升勘察设计工作的标准化水平,促进生产效率和成果质量的大幅提升,具有很好的实用价值。 展开更多
关键词 岩质边坡稳定分析 Excel-DNA技术 三维实景模型 结构面产状计算 结构面统计分析。
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苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ对HepG-2细胞和SGC-7901细胞增殖的影响 被引量:20
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作者 季宇彬 汲晨锋 +2 位作者 高世勇 郎朗 于蕾 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1201-1207,共7页
研究苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ对人肝癌细胞HepG-2,胃癌细胞SGC-7901增殖的影响.利用激光共聚焦显微镜及三维图像分析HepG-2细胞受到苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ不同剂量作用后DNA和RNA含量的比值,流式细胞仪测定SGC-7901细胞DNA含量的变化,分析细胞周期... 研究苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ对人肝癌细胞HepG-2,胃癌细胞SGC-7901增殖的影响.利用激光共聚焦显微镜及三维图像分析HepG-2细胞受到苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ不同剂量作用后DNA和RNA含量的比值,流式细胞仪测定SGC-7901细胞DNA含量的变化,分析细胞周期的变化.结果表明,对照组细胞DNA/RNA比值为1.223 2±0.084 4,苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ处理后的HepG-2细胞DNA荧光染色强度明显高于RNA,以低剂量组的作用显著(p<0.01),其DNA/RNA比值分别为1.609 6±0.199 0,1.445 5±0.163 3,1.708 1±0.109 0.三维图表明,HepG-2细胞DNA荧光多聚集于细胞核区域,较RNA浓集、荧光强度大;可促进SGC-7901细胞由G1期进入S期和G2期,表现为G1期细胞平均DNA含量下降,S期DNA含量上升,G2期DNA含量上升,细胞增殖指数(PI)增加,S期细胞(SPF)指数增加.苏丹红Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ可以通过影响细胞周期,从而调节细胞的增殖活动,促进细胞分化增殖. 展开更多
关键词 苏丹红 共聚焦显微镜 流式细胞仪 细胞株 DNA/RNA 三维图像 细胞周期
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法医DNA面部分子画像技术研究进展及展望 被引量:1
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作者 赵雯婷 江丽 +4 位作者 刘京 赵蕾 马新 季安全 李彩霞 《刑事技术》 2017年第4期259-263,共5页
在犯罪案件侦查过程中,总有现场物证DNA无法通过数据库、嫌疑人样本和大规模排查比中已知个体的情况,从而使得案件侦破陷入被动,甚至导致悬案、积案的出现。为了给案件提供更多侦查线索,深入挖掘生物检材中的遗传信息,DNA来源人的面部... 在犯罪案件侦查过程中,总有现场物证DNA无法通过数据库、嫌疑人样本和大规模排查比中已知个体的情况,从而使得案件侦破陷入被动,甚至导致悬案、积案的出现。为了给案件提供更多侦查线索,深入挖掘生物检材中的遗传信息,DNA来源人的面部表型特征刻画成为近年来法医学的研究热点。人类面部形态特征具有很高的遗传保守性,早期研究所发现的面部相关基因位点多数与先天遗传病或生长发育相关,如非综合征性唇腭裂NSCL/P相关基因、PAX3、FGF和GHR基因等,常用分析方法为传统性状研究所使用的单变量标量分析法。近年来出现的三维图像解析和高密度整体特征分析等技术显著促进了DNA面部特征刻画研究的进展。本文综述DNA面部分子画像技术的研究背景和最新进展,并对该技术服务于实战的可行性和存在的问题进行分析。 展开更多
关键词 法医DNA 面部分子画像 面部形态特征 SNP 预测模型
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Fractal Networks of Real Worlds of Fluorescing DNA in Complete Set of Chromosomes inside Blood Cells for Medical Diagnostics
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作者 Nikolay E. Galich 《Open Journal of Biophysics》 2013年第4期232-244,共13页
We analyze fluorescence due to oxidizing activity of DNA in neutrophils of peripheral blood in the large populations ~104 - 105 of cells. Fluorescence is registered by flow cytometry method. Spatial resolution is abou... We analyze fluorescence due to oxidizing activity of DNA in neutrophils of peripheral blood in the large populations ~104 - 105 of cells. Fluorescence is registered by flow cytometry method. Spatial resolution is about a few nanometers for varied complex three-dimensional (3D) DNA nanostructures of all non-coding and coding parts of DNA. It’s shown that oxidative activity of all 3D DNA in the full set of chromosomes inside cells is defined by new standards for complex networks of “exponentially small worlds”, with more dense packing than in the well known networks of “small worlds”. Analysis of various blood samples in vivo and during medical treatment shown that only two classes of Good and Bad Networks of DNA for a good and a bad health existed. This division is defined by any network to one from two classes of “n” or “s” shaped curves for typical deviations and from straight line in perfect networks of “exponentially small worlds”, as for two types of hysteresis curves at phase transitions or at switching of bistability. These deviations coincide with two types of positive and negative trends of changing fractal dimension by changing the scales of multi-scale networks of fluorescing DNA. These trends give the overall assessments of human immunity, including hidden and unidentified diseases, and as a sum of all kinds of health and illness of given person, from the point of view the inner life of neutrophils, living in different parts of human body in given time. Characteristics of deviations associated with type, level and complexity of illness in the dependence on 展开更多
关键词 Abnormal Fractals in DNA ACTIVITY Complex NETWORKS of 3d-dna Diagnostics and Hysteresis in FRACTAL NETWORKS of DNA DNA Packing NETWORKS of “Exponentially Small Worlds” Shannon-Weaver Biodiversity of DNA ACTIVITY INSIDE Cells
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k-长DNA子序列频数分布研究 被引量:1
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作者 王树林 王戟 +1 位作者 陈火旺 张鼎兴 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期177-196,共20页
在详细阐述了生成DNA序列分形图像的Hao方法后,提出一种能够直观显示k-长DNA子序列频数分布差异性的三维频数分布图生成方法。把3D频数分布图转化为1D对数频谱图,突出显示了频数分布的局部特征,提出k-长DNA子序列频数区划分准则,并详细... 在详细阐述了生成DNA序列分形图像的Hao方法后,提出一种能够直观显示k-长DNA子序列频数分布差异性的三维频数分布图生成方法。把3D频数分布图转化为1D对数频谱图,突出显示了频数分布的局部特征,提出k-长DNA子序列频数区划分准则,并详细研究了甚高频数区的n阶零间隔现象,指出n阶零间隔分布就是基因组进化过程所留痕迹的假设,并给出对数频谱图特征的生物学解释。实验发现许多DNA序列频数概率分布近似服从非中心F分布,对于分布呈多峰现象的基因组序列,可采用多个非中心F分布的叠加来拟合。在比较非中心F分布与Gamma分布后,提出一种结合二者在拟合方面具有互补优势的新分布,实验证明这种新分布能够更好地吻合实际DNA序列的频数分布。最后研究了两种特异出现频数(最高出现频数与出现频数为1的k-长子序列个数)与k值的关系,发现不同物种的这两种关系具有良好的一致性。 展开更多
关键词 DNA序列 k-长DNA子序列 三维频数分布图 非中心F分布 分形 n阶零间隔
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用于DNA计算的微流控制系统研究进展
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作者 石晓龙 许智榜 殷志祥 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期221-222,261,共3页
分析了应用于生物工程目的微机电系统——微流控制系统在DNA计算机研究中的相关进展。从对DNA及蛋白质分子的操控及检测两个方面介绍了微流控制系统的研究进展,论述了微流控制系统向复杂化、空间结构三维化的发展方向。分析了国内外对... 分析了应用于生物工程目的微机电系统——微流控制系统在DNA计算机研究中的相关进展。从对DNA及蛋白质分子的操控及检测两个方面介绍了微流控制系统的研究进展,论述了微流控制系统向复杂化、空间结构三维化的发展方向。分析了国内外对显微结构下目标三维检测的最新研究进展,针对DNA计算中的输入输出问题给出了微流控制解决方案。 展开更多
关键词 DNA计算机 微机电系统 计算机视觉 三维检测
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多重金属离子检测用三维石墨烯电化学生物传感器敏感膜的构筑 被引量:4
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作者 任素云 吉鸿飞 +2 位作者 张治红 王明花 何领好 《轻工学报》 CAS 2016年第3期14-20,共7页
采用氧化还原法制备出三维石墨烯,在对其氨基功能化的基础上,利用静电吸附作用,将单链DNA固定在氨基化三维石墨烯(G-NH2)表面,通过与重金属离子(Ag+,Hg2+,Cu2+)配合形成双链DNA.采用TEM和SEM对三维石墨烯进行表征,同时利用AFM和XPS对G-... 采用氧化还原法制备出三维石墨烯,在对其氨基功能化的基础上,利用静电吸附作用,将单链DNA固定在氨基化三维石墨烯(G-NH2)表面,通过与重金属离子(Ag+,Hg2+,Cu2+)配合形成双链DNA.采用TEM和SEM对三维石墨烯进行表征,同时利用AFM和XPS对G-NH2固定DNA前后的表面形貌和化学元素组成进行测试.结果表明氨基化三维石墨烯表面比较平整光滑,XPS的信号峰发生变化证明了DNA已成功地固定到G-NH2上.采用电化学交流阻抗法(EIS)对DNA固定和重金属离子检测前后三维石墨烯自组装膜的电化学性能变化进行分析.结果表明,DNA固定后及重金属离子检测前后,膜的界面电荷转移电阻值均发生明显变化.本文制备的三维石墨烯材料可用作电化学生物传感器敏感膜以吸附生物分子,并可同时进行多种重金属离子的检测. 展开更多
关键词 三维石墨烯 自组装膜 DNA 重金属离子检测 电化学生物传感器
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CRISPR/Cas9基因编辑在三维基因组研究中的应用 被引量:8
16
作者 刘沛峰 吴强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期18-31,共14页
CRISPR/Cas9系统在基因编辑方面具有巨大优势,能够低成本、可编程、方便快捷地用于动物、植物以及微生物的基因组靶向编辑和功能改造。三维基因组学是近年来兴起的一门研究染色质高级结构动态调控及基因组生物学功能的交叉学科。在三维... CRISPR/Cas9系统在基因编辑方面具有巨大优势,能够低成本、可编程、方便快捷地用于动物、植物以及微生物的基因组靶向编辑和功能改造。三维基因组学是近年来兴起的一门研究染色质高级结构动态调控及基因组生物学功能的交叉学科。在三维基因组研究中,通常采用对DNA片段进行基因编辑以模拟基因组结构性变异,标记特定DNA片段,进而研究调控元件对于基因调控、细胞分化、组织发生、器官形成、个体发育的影响,最终阐明三维基因组的组装调控机制和生物学功能。因此,CRISPR及其衍生技术为研究三维基因组提供了极好的遗传学工具。本文主要综述了CRISPR片段编辑及其衍生技术在三维基因组调控与功能研究中的应用,以期为后续研究工作提供理论参考以及新的研究思路。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 三维基因组 DNA片段编辑 染色质重排 Cas9核酸酶内切机制
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DNA纳米颗粒共聚体在图的连通度问题中的应用 被引量:1
17
作者 王艳钗 张会 董亚非 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1561-1566,共6页
本文提出了一种利用DNA纳米金颗粒共聚体的自组装过程解决图论中一个NP完全问题—连通度问题的DNA计算方法,构建了解决图的连通度问题的三维DNA自组装计算模型.根据设计的算法,首先需要根据具体的图的连通度问题设计用于自组装的DNA纳... 本文提出了一种利用DNA纳米金颗粒共聚体的自组装过程解决图论中一个NP完全问题—连通度问题的DNA计算方法,构建了解决图的连通度问题的三维DNA自组装计算模型.根据设计的算法,首先需要根据具体的图的连通度问题设计用于自组装的DNA纳米金颗粒共聚体,然后根据算法经过一系列实验设计来求解连通度问题.本文利用Visual DSD仿真该实验的可行性,为下一步DNA自组装计算模型的应用提供了可行的方案. 展开更多
关键词 DNA计算 DNA纳米金颗粒 图的连通度 三维模型
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THE MOLECULAR ALGORITHM OF CONNECTIVITY BASED ON THREE DIMENSIONAL DNA STRUCTURE
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作者 Fang Gang Zhang Shemin +1 位作者 Zheng Anping Xu Jin 《Journal of Electronics(China)》 2007年第1期104-107,共4页
Inspired by the potential computational capability of 3-Dimensional (3D) DNA structure,this paper presents a graph structure constructed by k-armed (k = 3or 4) branched junction DNA molecules to explore the possibilit... Inspired by the potential computational capability of 3-Dimensional (3D) DNA structure,this paper presents a graph structure constructed by k-armed (k = 3or 4) branched junction DNA molecules to explore the possibility of solving some intractable problems. In the proposed procedure,vertex building blocks consisting of 3,4-armed branched junction molecules are selectively used to form different graph structures. After separating these graph structures by gel electrophoresis,the connec-tivity of this graph can be determined. Furthermore,the amount of potential solutions can be reduced by a theorem of graph theory. 展开更多
关键词 三维DNA结构 DNA计算 分子算法 连通性 图论
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C3d对分泌型柯萨奇病毒B组3型VP1 DNA疫苗的免疫增强作用 被引量:10
19
作者 赵娜 韩小艳 +5 位作者 王晓凌 李剑 李伟 谢立新 李琳 王永祥 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第36期2561-2563,共3页
目的构建分泌型柯萨奇病毒 B 组3型(CVB3)衣壳蛋白1(sVP1)与三拷贝补体3片段(C3d3)融合基因疫苗,并观察其免疫效果。方法将 C3d3 cDNA 与带有白细胞介素2(IL-2)信号肽的 CVB3 VP1基因拼接,构建真核表达质粒 pcDNA3/sVP1-C3d3。BALB/c ... 目的构建分泌型柯萨奇病毒 B 组3型(CVB3)衣壳蛋白1(sVP1)与三拷贝补体3片段(C3d3)融合基因疫苗,并观察其免疫效果。方法将 C3d3 cDNA 与带有白细胞介素2(IL-2)信号肽的 CVB3 VP1基因拼接,构建真核表达质粒 pcDNA3/sVP1-C3d3。BALB/c 小鼠随机分为3组,分别肌肉注射 pcDNA3/sVP1-C3d3、pcDNA3/sVP1和 pcDNA3质粒,于不同时间检测小鼠血清中和抗体滴度、特异性细胞毒性 T 淋巴细胞(CTL)杀伤活性、血中病毒滴度,并观察疫苗的免疫保护作用。结果小鼠的中和抗体滴度随免疫次数增加而提高,第3次免疫后 pcDNA3/sVP1-C3d3组中和抗体滴度(33.6±1.7)和特异性 CTL 杀伤率(66.1%±2.9%)均明显高于 pcDNA3/sVP1组(28.3±1.7,52.8%±3.3%,均 P<0.05);以致死量 CVB3感染小鼠后,经融合基因免疫的小鼠血中病毒滴度显著降低,生存率达50%,而 pcDNA3/sVP1组仅为25%,pcDNA3组无存活。结论 C3d 可以显著增强sVP1基因免疫诱导的特异性免疫应答。 展开更多
关键词 补体3D 柯萨奇病毒B组 疫苗 DNA 免疫应答
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植物基因组与表观遗传学研究进展
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作者 肖军 鲁非 +7 位作者 邓娴 宋显伟 贺飞 蒋才富 刘倩 赵玉胜 姜丹华 傅向东 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1665-1693,共29页
DNA序列信息是基因功能研究的基础,近10年来随着测序技术的升级迭代,植物基因组学高速发展。不同倍性植物高质量参考基因组的解析,重要作物泛基因组的构建,以及大规模、群体水平的深度重测序等极大推动了作物起源、驯化、农艺性状形成... DNA序列信息是基因功能研究的基础,近10年来随着测序技术的升级迭代,植物基因组学高速发展。不同倍性植物高质量参考基因组的解析,重要作物泛基因组的构建,以及大规模、群体水平的深度重测序等极大推动了作物起源、驯化、农艺性状形成的解析以及育种改良的进程。表观遗传修饰参与植物生长发育的全过程,调控了植物对环境信号如光、温度、养分、盐碱等的应答和适应性,介导了同代和代际之间的“胁迫记忆”。除了DNA甲基化、小分子RNA调控、组蛋白修饰,近几年RNA结构与修饰以及染色质的三维结构也得到越来越多的关注,逐渐成为表观遗传研究的热点。本文主要概述了近10年来植物基因组和表观遗传学研究的前沿进展,比较国内外研究的侧重点,并探讨后续的发展趋势,提出未来5~10年的研究目标和项目建议。 展开更多
关键词 参考基因组 泛基因组 起源与驯化 DNA甲基化 组蛋白修饰 染色质三维结构 RNA修饰 小分子RNA
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