ZEB1-3′UTR促进乳腺癌细胞MCF-7迁移机制的研究

对与ZEB1-3′UTR结合的microR-NAs进行生物信息学分析。结果表明,与对照组相比,过表达ZEB1-3′UTR后MCF-7细胞迁移能力显著增强。采用RNA22、Microrna、Targetscan数据库筛选出与ZEB1-3′UTR结合的microRNAs,三个数据库公共预测的microRNAs有9个,分别是miR-429、miR-200b、miR-200c、miR-494、miR-873、miR-381、miR-300、miR-431和miR-342,其中miR-429、miR-200b、miR-200c、miR-342在乳腺癌中高表达。以上研究表明,ZEB1-3′UTR能够竞争性结合肿瘤细胞表达的内源性microRNAs,促进了MCF-7细胞迁移。

LGALS3BP 3’UTR荧光素酶报告基因载体构建及鉴定

目的构建LGALS3BP(lectin,galactoside-binding,soluble,3 binding protein,LGALS3BP)基因3’非编码区(3’-untranslated region,3’UTR)的野生型及突变型荧光素酶报告基因重组载体并进行鉴定,以备进一步研究miRNA对LGALS3BP基因的调控。方法Targetscan软件预测LGALS3BP 3’UTR上的miRNA结合位点;以人肝癌细胞系SMMC-7721基因组DNA为模板,进行PCR扩增,获得野生型LGALS3BP基因3’UTR片段,经双酶切将目的片段定向插入报告基因载体pGL3-Control中,将克隆好的重组载体转化大肠埃希菌DH5α感受态细胞进行扩增,采用菌落PCR及测序监定重组子。设计位点突变型LGALS3BP 3’UTR扩增引物,以构建的野生型LGALS3BP 3’UTR重组质粒为模板,采用重叠PCR及定点突变PCR技术进行扩增分别构建单独位点及双位点突变型重组荧光素酶报告基因载体。结果野生型LGALS3BP 3’UTR重组质粒经菌落PCR鉴定,可见871 bp的目的基因片段,大小与预期相符;测序结果表明,插入序列与LGALS3BP 3’UTR序列完全一致且插入方向正确。Targetscan软件预测到LGALS3BP 3’UTR区有两个感兴趣的miRNA结合位点。突变型LGALS3BP 3’UTR重组质粒测序鉴定结果表明,单独位点及双位点突变型重组质粒中均成功引入结合位点突变。结论成功构建LGALS3BP的3’UTR野生型(pGL3-LGAL-W-3’UTR)、两个单独位点突变型(pGL3-LGAL-M1-3’UTR和pGL3-LGAL-M2-3’UTR)及双位点突变型(pGL3-LGAL-M-3’UTR)重组荧光素酶报告基因载体,为后续研究miRNA对LGALS3BP基因的调控奠定基础。

鸭肝炎病毒基因组3′末端序列的克隆和分析

用3′RACE和RT-PCR扩增并克隆鸭肝炎病毒（Duck hepatitis virus,DHV）Ⅰ型毒株C80和Ⅰ型变异株E63的3′末端序列。分析结果显示,C80株和E63株基因组3′末端均包含1 359 nt的3D、终止密码子TGA、长314nt的3′UTR,而poly（A）尾分别含18个A和19个A。由2株DHV 3D核苷酸序列所推导的3D蛋白均含453个氨基酸,均包含KDELR、DxxxxD、GxxCSGxxxTxxxNS、YGDD和FLKR等小RNA病毒RNA聚合酶的特征基序,该结果进一步证实Ⅰ型DHV属于小RNA病毒科的成员。两株DHV与小RNA病毒科9个已知属之间3D蛋白的氨基酸序列同源性为16%-37%,介于属间3D蛋白的氨基酸序列同源性范围（18%-60%）之内;此外,Ⅰ型DHV的3′UTR在小RNA病毒科是最长的。用3D蛋白进行进化分析的结果表明,Ⅰ型DHV可能属于小RNA病毒科的一个独立的病毒属。

中国美利奴羊DLX3基因3′UTR的多态性及其与羊毛品质性状的关联分析

为探讨DLX3基因的多态性与绵羊羊毛品质及生长性状的关系,本研究以5个品系的中国美利奴羊(新疆军垦型)为试验材料,采用PCR-RFLP方法开展了DLX3基因3′UTR区4个SNPs的多态性检测。通过卡方检验分析了4个SNPs在各品系绵羊中的等位基因频率,采用连锁不平衡分析构建了这4个SNPs的单倍型,最后将单位点和单倍型分别与绵羊羊毛品质和生长性状进行关联分析。结果表明:4个SNPs在5个品系间的等位基因频率均存在极显著差异(P<0.01);超细毛绵羊品系与其他4个品系间的基因型分布均存在极显著差异(P<0.01),2个多胎品系与其他3个品系间的基因型分布同样存在极显著差异(P<0.01);相关分析显示,这4个SNPs及其单倍型均对羊毛卷曲度有显著影响(P<0.05),而对其他羊毛性状及生长性状无显著影响(P>0.05)。由此可见,中国美利奴羊(新疆军垦型)DLX3基因3′UTR区的多态性与绵羊毛发卷曲度性状显著相关,可以尝试使用这些SNPs开展高品质细毛羊的分子标记辅助选择。

草原红牛胰岛素样生长因子Ⅰ受体基因3′UTR序列多态性分析

以58头草原红牛为试验材料,采用PCR-SSCP技术对胰岛素样生长因子Ⅰ受体(IGF-ⅠR)基因3′UTR序列多态性进行了检测。结果表明,在IGF-ⅠR基因3′UTR中发现PCR-SSCP的多态位点,有2种等位基因和3种基因型。对所得基因型与生长和胴体性状的相关性分析结果发现,在3′UTR中AB型的胴体产肉率、肉骨比显著高于AA、BB型(P<0.05);AA型的脂肪覆盖率显著高于BB型(P<0.05),与AB型差异不显著(P>0.05)。

鼻咽癌表达下调基因NASG3'UTR可变剪接分析及其在多种肿瘤中的表达

背景与目的:采用抑制性消减杂交技术已分离获得了人鼻咽组织特异性基因NASG。本研究对人鼻咽组织特异性表达且在鼻咽癌表达下调的NASG基因3'非编码区(untranslatedregion,UTR)的可变剪接进行分析,并考察NASG基因在多种肿瘤组织中的表达。方法:在NASG基因3'UTR存在可变剪接部位的两端设计引物进行RT-PCR扩增,分离扩增产物并测序。用RT-PCR检测NASG基因在鼻咽癌中的表达,采用了肿瘤表达谱阵列(cancerprofilingarray)杂交分析NASG基因在多种肿瘤组织的表达状况。结果:NASG基因3'UTR存在3种剪接产物,NASG基因在71%的鼻咽癌活检组织中表达下调,25%的肺癌组织中表达上调,而在其他肿瘤及其配对的正常组织未见明显表达。结论:NASG基因3'UTR存在3种剪接产物,NASG基因的表达异常是鼻咽癌和肺癌发生、发展过程中重要的分子事件。

家兔BMP7基因3′UTR的克隆及序列分析

【目的】研究家兔BMP7基因3′非翻译区(3′UTR)序列的结构及功能特点。【方法】以家兔肾脏组织为材料,应用3′RACE技术对家兔BMP7基因3′UTR序列进行扩增,并与GenBank中登陆的其他哺乳动物相应序列进行比较分析。【结果】成功克隆了家兔BMP7基因的3′UTR(GenBank号:EU004072);在3′UTR序列末端存在2个切割与胞质多聚腺苷化特异因子(CPSF)结合位点(AAUAAA)和1个11 bp的poly(A)。家兔BMP7基因3′UTR序列与小鼠、人、牛和猪的一致性分别为41.45%,50.30%,47.84%和57.91%,相对不保守。【结论】家兔BMP7基因3′UTR结构特点可能与其基因功能有关。

登革2型病毒中国株3′非编码区RNA元件对翻译的影响

【目的】探讨登革病毒(dengue virus,DEN)3′非编码区(untranslated region,UTR)RNA元件(VR、RCS2、CS2、CS1和SL)对基因组翻译的影响。【方法】首先构建登革2型病毒中国株(DEN2-43)UTR与萤火虫荧光素酶基因(LUC)组成的病毒诱导报告基因(virus induced reporter gene,VIRG),在此基础上分别构建包含DEN2-433′UTR不同RNA元件的VIRG,并通过LUC检测、实时RT-PCR和Western blot方法分析含有不同元件VIRG对翻译效率的影响。【结果】发现完整的3′UTR缺失可显著抑制翻译,含有病毒VR元件VIRG的翻译水平与完整3′UTR的VIRG相似,RCS2或CS2元件可提高VIRG的翻译效率,CS1或SL元件可降低VIRG的翻译效率。【结论】DEN2-43病毒基因组3′UTR参与了报告基因的翻译,其不同元件具有可上调和下调报告基因翻译效率的作用。

靶向猪ATGL基因的miRNA预测及鉴定

本试验旨在初步筛选出调控猪脂肪甘油三酯脂肪酶基因(ATGL)的miRNA。利用生物信息学分析预测10条靶向ATGL基因的猪miRNAs,然后通过装载含猪ATGL基因3′UTR序列来构建pMIR-Luc报告基因载体,以及通过装载含反向miRNA种子区对应的3′UTR序列来构建3个突变载体作为阴性对照,以pRL-TK载体作为内参,与候选miRNA模拟物共转染HEK 293T细胞,最终利用双荧光素酶报告基因法来检测荧光素酶活性。试验成功构建了含猪ATGL基因3′UTR序列的重组载体pMIR-ATGL-3′UTR,双荧光素酶报告基因试验显示sscmiR-769-3p、ssc-miR-1343、ssc-miR-7137-3p、ssc-miR-671-5p、ssc-miR-149能下调293T细胞中pMIR-ATGL-3′UTR的荧光素酶活性,而点突变试验证实了ssc-miR-1343与ssc-miR-7137-3p能通过与猪ATGL基因3′UTR上预测的种子区结合下调荧光素酶活性。结果表明,sc-miR-1343与ssc-miR-7137-3p通过靶向结合3′UTR对猪ATGL基因有下调作用。

猪蛋白编码基因3’UTR中IRPRE1元件的鉴定及其基因特征分析

为鉴定猪全基因组范围内蛋白编码基因3’UTR(3’-untranslated region)中反向重复PRE1(inverted repeated PRE1,IRPRE1)元件,对猪全基因组的22342个蛋白编码基因的3’UTR序列进行重复序列元件的生物信息学分析。结果表明:猪蛋白编码基因的3’UTR序列中短散在重复序列与简单重复序列在重复序列的类别中所占比例较高,分别为27.58%与31.08%;在SINE/t RNA的重复元件中,Pre0_SS和PRE1x元件所占的比例较高,分别为41.83%和37.51%;共有1 094个候选蛋白编码基因的3’UTR中含有IRPRE1元件;GO分析发现这些候选基因主要参与m RNA经由剪接体的剪接、细胞分裂、RNA通过酯交换反应发生的剪接、T细胞激活、RNA剪接、T细胞受体信号通路、对糖苷反应、甘油三酯稳态、外源性凋亡信号通路的正调节及胆固醇合成等生物过程;KEGG pathway分析发现这些候选基因参与了缬草碱、亮氨酸和异亮氨酸降解途径、TNF信号通路、T细胞受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、吞噬体、剪接体、胆汁分泌、甲状腺激素合成和凋亡;对3个蛋白编码基因的3’UTR中的IRPRE1元件进行鉴定发现,其在多个组织中广泛表达。

上海市崇明县热性惊厥与SCN1A基因热点多态性变异的相关性分析

目的·了解上海市崇明县儿童热性惊厥(FS)与电压门控钠离子通道α1亚型(SCNIA)基因外显子25、26及3'UTR区域之间的相关性。方法·提取96例FS患儿[包括32例全面性癫痫伴热性惊厥附加症(GEFS+)患儿]和53例健康对照组儿童的外周静脉血基因组DNA,进行SCNIA基因E25、E26及3'UTR区域PCR扩增及测序分析。结果·病例组和对照组SCNIA基因E25、E26均未见突变。3'UTR区域1例GEFS+患儿存在c.310-311delGT变异,2例FS患儿存在c.589T>G变异,6例存在c.593T>G变异;对照组均未发现变异。病例组和对照组已报道的单核苷酸多态性(SNP)c.1025T>C发生频率分别为18.2%和24.5%,2组间差异无统计学意义。预测结果显示114种miRNA能与SCNIA基因3'UTR区结合。c.310-311delGT不位于miRNA与SCN1A基因3'UTR区的结合序列内,c.589T>G变异、c.589T>G变异均位于此序列中。结论·经检测SCNIA基因E25、E26均未见突变;3'UTR区域发现c.310-311de1GT、c.589T>G和c.593T>G变异;SNPc.1025T>C与FS无明显关联。

中甸犏牛SLC11A1基因3'非翻译区多态位点研究及其与抗病性关联的评估

为研究中甸犏牛溶质载体转运蛋白基因(SLC11A1)的结构变异情况,并评估结构变异与抗病性的关联,采集了114个样品,扩增了SLC11A1基因3'非翻译区(3'UTR)部分序列,测序共检测到3个微卫星多态位点(MS1、MS2、MS3)和3个核苷酸变异(1 782位点T→G、1 805位点G→A、1 907位点G→T),其中MS1有6个等位基因(GT10、GT12、GT14—17)、MS2有3个等位基因(GT5—7)、MS3有5个等位基因(GT12—16)。GT12/15、GT5/5、GT13/13基因型频率最高,分别为0. 204、0. 05、0. 324; GT15、GT5、GT13等位基因频率最高分别为0. 284、0. 685、0. 433。对MS1、MS2、MS3这3个多态位点进行单倍型分析,发现了44种单倍型,其中GT12/5/13为优势单倍型,频率为0. 13。χ2比较分析表明,中甸犏牛与婆罗门瘤牛×布兰科牛、荷斯坦牛×布兰科牛、布兰科牛、非洲牛MS1位点的GT12/12基因型频率差异显著(P <0. 01),与西班牙黄牛、荷兰黄牛MS3的GT13/13基因型频率差异显著(P <0. 01),与非洲黄牛差异不显著(P> 0. 05)。综上,中甸犏牛SLC11A1基因3'UTR具有丰富的多态性,推断其GT12/12和GT13/13纯合子基因型与抗病性相关。

骨桥蛋白对胰腺癌细胞金属基质蛋白酶-9转录后调控作用的研究

目的探讨骨桥蛋白对胰腺癌细胞中金属基质蛋白酶-9转录后调控的影响。方法采用荧光定量PCR、荧光素酶报告基因技术检测骨桥蛋白对胰腺癌细胞金属基质蛋白酶-9转录后调控的影响。结果骨桥蛋白促进金属基质蛋白酶-9 mRNA半衰期的延长,上调含金属基质蛋白酶-9 3'UTR的荧光素酶报告基因的表达。结论骨桥蛋白上调胰腺癌细胞株PANC-1中金属基质蛋白酶-9转录后调控,其主要作用位点在金属基质蛋白酶-93'UTR。

β珠蛋白基因3′UTR+101G>C(HBB:c.*233G>C)变异的遗传学效应分析

目的:探讨β珠蛋白基因3′UTR+101G>C(HBB:c.*233G>C)变异是否具有遗传学效应,为地中海贫血的基因诊断和遗传咨询提供依据。方法:应用全血细胞分析和毛细管电泳进行血液学指标分析,采用PCR-流式荧光杂交法检测中国南方人群常见的23种地中海贫血相关突变,采用一代测序方法检测β珠蛋白基因(HBB)的其他变异位点。结果:在463个进行HBB基因测序的病例中共检测到7个病例携带HBB:c.*233G>C变异,其中4例同时携带HBB基因其他致病性变异(2例反式排列,2例顺式排列),均为典型的轻型β地中海贫血的血液学特征,3例同时携带异常血红蛋白变异,均不具有β地中海贫血的血液学特征。结论:本研究的数据显示HBB:c.*233G>C变异无明显遗传学效应,应为多态性位点。

大麦黄矮病毒GPV株系基因组末端序列的克隆和分析

利用5′RACE、3′RACE和RT-PCR完成了大麦黄矮病毒GPV株系5′和3′末端序列的克隆和分析。分析结果显示,GPV株系5′末端长302 nt,包含起始密码子ATG和长100 nt的5′UTR。与马铃薯卷叶病毒属其他病毒比较,5′UTR的长度差异大且不保守。3′末端长328 nt,包含终止密码子TGA和长93 nt的3′UTR。比RPV3′UTR短74 nt,同源性为40%,但末端较为保守,与RPV3′UTR末端序列同源性达84.34%。

奶牛OLR1 3′UTR A223C多态的生物学信息分析(英文)

[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR13′UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR13′UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR13′UTRA223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR13′UTRA→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR13′UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。

A/U富集片段RNA结合蛋白的固相纯化与鉴定

RNA与细胞靶蛋白结合是RNA发挥其生物学功能的重要基础,因此,分离和鉴定RNA结合蛋白是研究RNA功能的必要步骤.目前,RNA结合蛋白的分离和鉴定方法较多,但各有优缺点.本实验利用可溶性碳二亚胺(EDC)介导的缩合反应,将A/U富集片段RNA共价偶联到固相介质amine M-270上,再用固定化RNA经亲和层析从细胞抽提物中分离纯化RNA结合蛋白,并以SDS-PAGE联合质谱分析和Western blotting等方法鉴定RNA特异性结合蛋白.最后通过荧光原位杂交和共聚焦显微镜证明这些RNA特异性结合蛋白确与RNA在细胞内结合.实践证明这一方法简单、高效、易于掌握.

肉牛CAST基因5'UTR和3'UTR多态性分析

钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No.DQ991097)序列设计两对引物,用PCR-SSCP方法对鲁西黄牛和渤海黑牛共305个样本进行了单核苷酸多态性分析。结果显示,CAST基因5'UTR和3'UTR区存在PCR-SSCP多态,在5'UTR区存在6437(C/T)、6477(G/A)和6614(G/T)3个SNP位点,表现为AA、AB、BB、BC和AD 5种基因型;在3'UTR区存在359(T/C)和366(A/G)2个SNP位点,表现为EE、EF、FF和EG 4种基因型。经检验表明,鲁西黄牛和渤海黑牛均处于非Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析表明这两种牛的多态信息含量均为中度多态。

一种新型miRNA功能测定系统的建立

找到一种降低内源microRNA(miRNA)背景对let-7a荧光效应元件干扰的方法。选择Hela细胞系作为工具细胞系,先分别转染敲除miRNA加工成熟通路上的蛋白Dicer1,Drosha的siRNA表达载体,或转染直接敲除内源miRNAlet-7a的siRNA表达载体,然后再次转染含有let-7a靶点HMGA2 3’UTR的荧光效应元件,之后观测let-7a荧光效应元件荧光恢复程度。结果显示pcDNA3-H1-sh-A-R-let-7a对含有HMGA2 3’UTR的荧光效应元件恢复荧光的效果最好。

水稻5.3 kb Gt1启动子克隆以及Gt1启动子引导优质大豆球蛋白Gy7基因表达载体构建

以越光水稻基因组为模板,在成功克隆5.3 kb谷蛋白Gt1基因5’上游和信号肽序列基础上,将其定向插入到pCAMBIA1300质粒中,构建了中间载体p1300-5.3 kb Gt1;再将富含赖氨酸的优质大豆球蛋白Gy7全基因序列及cDNA编码序列分别定向插入p1300-5.3 kb Gt1质粒上Gt1基因信号肽下游,再在2个载体Gy7全基因序列及cDNA编码序列下游都正向插入Gt1 3’UTR,完成由5.3 kb谷蛋白Gt1基因启动子及信号肽引导的大豆球蛋白Gy7基因2种表达载体的构建。此试验为利用转基因技术改良水稻稻米营养品质以及将水稻种子作为生物反应器等方面研究奠定了基础。