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绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变与尾脂沉积能力的关联性 被引量:1
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作者 张伟 王世银 +3 位作者 高莉 徐梦思 王新华 甘尚权 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1511-1519,共9页
【目的】明确绵羊脂肪特异蛋白27基因(Fsp27)5'端非编码区(5'-UTR)g.16767527位点和g.16767779-16767780位点突变与其尾脂沉积能力的关联性,为低脂肪绵羊品种选育提供理想的分子标记,提高低脂肪绵羊品种改良选育效率。【方法】... 【目的】明确绵羊脂肪特异蛋白27基因(Fsp27)5'端非编码区(5'-UTR)g.16767527位点和g.16767779-16767780位点突变与其尾脂沉积能力的关联性,为低脂肪绵羊品种选育提供理想的分子标记,提高低脂肪绵羊品种改良选育效率。【方法】以5个不同尾脂沉积能力的绵羊品种为研究对象,包括脂尾型绵羊品种阿勒泰羊,短脂尾型绵羊品种小尾寒羊和湖羊,长瘦尾型绵羊品种中国美利奴细毛羊和萨福克羊,采用PCR-SSCP结合基因测序对绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变情况进行检测,并分析相关突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性。【结果】绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点为C/A突变,在所检测的绵羊群体中均存在3种基因型(CC、CA和AA),但在不同尾脂沉积能力绵羊品种群体中的基因型频率存在明显差异:阿勒泰羊群体中以CC基因型为主,基因型频率为0.869;小尾寒羊和湖羊群体中以CA基因型为主,基因型频率分别为0.698和0.628;中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体则以AA基因型为主,基因型频率分别为0.616和0.833。g.16767527位点的基因型分布在阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.01),在萨福克羊群体中显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05)。g.16767779-16767780位点为双碱基突变,对应为GG/GG、GG/TC和TC/TC基因型;在尾脂沉积能力强的阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中,g.16767779-16767780位点以TC为优势等位基因,对应的等位基因频率分别为0.862、0.954和0.927;在尾脂沉积能力差的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中则以GG等位基因为主,其等位基因频率分别为0.980和0.983。这2个位点的突变均对绵羊Fsp27基因5'-UTR区二级结构产生明显影响。【结论】绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点的C/A突变和g.16767779-16767780位点的GG/TC突变与其尾脂沉积能力密切相关,可作为分子标记应用于低脂肪绵羊品种的辅助选育。 展开更多
关键词 绵羊 Fsp27基因 5'-utr 碱基突变 尾脂沉积能力 关联性
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鸡PPARγ基因转录本5的两个上游开放阅读框功能分析
2
作者 王宁 娄钰琦 +5 位作者 褚衍凯 黄佳新 徐海冬 罗昊玉 娄明 牟芳 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期70-78,共9页
前期研究发现,鸡PPARγ基因转录本5(c PPARγ5)的5’非翻译区(5’untranslated region,5’UTR)存在两个上游开放阅读框(uORF1和uORF2)。为揭示这两个uORFs在鸡PPARγ基因表达转录后调控作用,试验使用报告基因、定点突变、q RT-PCR和West... 前期研究发现,鸡PPARγ基因转录本5(c PPARγ5)的5’非翻译区(5’untranslated region,5’UTR)存在两个上游开放阅读框(uORF1和uORF2)。为揭示这两个uORFs在鸡PPARγ基因表达转录后调控作用,试验使用报告基因、定点突变、q RT-PCR和Western blot等技术,分析两个uORFs对报告基因活性及PPARγmRNA和蛋白表达的影响。结果表明,与野生型相比,uORF1和uORF2分别突变和同时突变均显著促进报告基因活性及PPARγm RNA和蛋白表达(P<0.05)。mRNA稳定性分析发现,两个uORFs突变对报告基因mRNA稳定性无显著影响。启动子活性分析发现,c PPARγ的5’UTR区具有启动子活性。研究结果表明,cPPARγ5的两个u ORFs抑制其翻译。 展开更多
关键词 PPARΓ基因 5’非翻译区 上游开放阅读框 翻译抑制
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基于支持向量机的人类5'非翻译区剪接位点识别 被引量:6
3
作者 晏春 杜耀华 +1 位作者 高青斌 王正志 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期284-288,共5页
基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5'非翻译区中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5'非翻译区剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在非翻译... 基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5'非翻译区中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5'非翻译区剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在非翻译区的性能不太理想。文章采用了基于支持向量机的方法对5'非翻译区中的剪接位点进行识别。为了提高识别精度,采用了基于矩阵相似性度量的核函数参数选取方法,它能够简单快速地确定合适的核函数参数,进而提高核函数的识别性能。通过实验验证,经过参数选择后的支持向量机能够较好地识别5'非翻译区剪接位点。 展开更多
关键词 5’非翻译区剪接位点 识别 支持向量机 核函数 参数选择
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鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列的克隆与分析 被引量:6
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作者 王雷 王宝维 +5 位作者 贾晓晖 杨志刚 刘光磊 张名爱 张旭晖 龙芳羽 《中国畜牧兽医》 CAS 2007年第3期71-73,共3页
根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别... 根据鸡、鸭等的IGF-Ⅰ基因5’调控区的保守区序列设计一对兼并引物,从五龙鹅的基因组DNA中扩增了IGF-Ⅰ基因5’调控区序列,将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,结果得到长796bp的序列。五龙鹅IGF-Ⅰ基因5’调控区序列与鸭、鸡的同源性分别为98.1%、93.0%,充分显示了IGF-Ⅰ基因在进化上的高保守性;与鸭相比有4处碱基缺失和7处碱基插入;与鸡相比有4处碱基缺失和3处碱基插入。对其序列进行酶切图谱分析发现,共有5种常见的限制性内切酶的酶切位点。 展开更多
关键词 IGF-I基因 5’调控区 克隆 序列分析
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5′UTR序列对DR5::GUS基因瞬时表达的影响 被引量:4
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作者 王亚红 赵燕 +2 位作者 彭彦 刘晓柱 张学文 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期146-149,共4页
利用生长素响应原件(DR5)构建了DR5::GUS报告基因表达载体,并在载体构建时,对GUS的5′UTR序列进行2种设计:一种是利用载体GUS基因原有的5′UTR构建成pBI121-DR5::GUS;另一种采用植物增强表达的常用原件烟草花叶病毒(TMV)的5′端序列(Ω... 利用生长素响应原件(DR5)构建了DR5::GUS报告基因表达载体,并在载体构建时,对GUS的5′UTR序列进行2种设计:一种是利用载体GUS基因原有的5′UTR构建成pBI121-DR5::GUS;另一种采用植物增强表达的常用原件烟草花叶病毒(TMV)的5′端序列(Ω′)替换GUS基因原有的5′UTR序列,构建成pBI121-DR5(Ω′)::GUS。将2种载体转化根癌农杆菌后,采用烟草叶片注射浸染的瞬时表达检测法对2个载体的植物表达效果进行检测,2种载体分别转化烟草叶片2 d后,对浸染的叶盘进行GUS染色分析,pBI121-DR5::GUS的转化叶片有明显的GUS反应,而pBI121-DR5(Ω′)::GUS的转化叶片则无GUS反应。分离注射浸染部位叶盘RNA后,对GUS特异引物进行RT-PCR分析,2种转化的基因都已有效转录出RNA,但前者能翻译出相应的Ω-葡萄糖苷酸酶,后者则不能完成翻译过程,说明Ω′序列的引入并未有效提高GUS基因的表达,反而抑制了mRNA的翻译。 展开更多
关键词 5′非编码区 生长素基因报告系统 瞬时表达
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草原红牛IGF-I基因5′调控区序列的生物信息学分析 被引量:2
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作者 张金玉 张国梁 +5 位作者 赵玉民 秦立红 鲍永华 刘畅 宋永利 赵志辉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期119-121,共3页
胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因为多启动子基因,也是影响动物生长发育和肉用性状的重要候选基因。在克隆草原红牛IGF-I基因5′调控区1 954 bP的基因组序列基础上,利用生物信息学软件,分析了IGF-I 5′调控区的启动子结构;预测出评分在95... 胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因为多启动子基因,也是影响动物生长发育和肉用性状的重要候选基因。在克隆草原红牛IGF-I基因5′调控区1 954 bP的基因组序列基础上,利用生物信息学软件,分析了IGF-I 5′调控区的启动子结构;预测出评分在95分以上的转录因子结合位点有71个;分析结果没有发现CpG岛和TATA-box。研究结果为进一步研究IGF-I转录效率以及对草原红牛生长和肉用性状的影响奠定基础。 展开更多
关键词 草原红牛 IGF-I基因 5’调控区 生物信息学
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缩短5′-UTR序列可以提高hGH基因在昆虫细胞中的表达 被引量:1
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作者 耿朝晖 刘莹 +4 位作者 郜鹏 赵东明 李澍 俞新大 张宝珠 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期505-508,共4页
The regulation of foreign gene expression in Insect-Baculovirus Expression System is very complex. In this report, the effect of 5′-UTR in the expression of hGH gene in cultured Sf9 cells was examined. A 18 bp length... The regulation of foreign gene expression in Insect-Baculovirus Expression System is very complex. In this report, the effect of 5′-UTR in the expression of hGH gene in cultured Sf9 cells was examined. A 18 bp length in the end of 5′-UTR of hGH (human Growth Hormone, hGH) cDNA including a stem-loop structure was deleted by PCR. The truncated hGH cDNA, Δ1hGH was cloned in pFastBac1, named pFast-Bac-Δ1hGH. After transforming into E.coli. DH10Bac, which have a shuttle vetor-Bacmid, the Δ1hGH was integrated into Bacmid by site-specific transposition, and an expression vector, rBacmid-Δ1hGH DNA was acquired. By transfecting the cultured Sf9 cells with the recombinant expression vector DNA, pure recombinant virus, rAcV-Bac-Δ1hGH was obtained, and hGH gene was expressed. Immuno-blot and Chemiluminescent assay revealed that the expressed hGH had normal immunological activity, the ammount of hGH expression level in Sf9 cell supernatant infected with rAcV-Bac-Δ1hGH containing the truncated 5′UTR was four to five times higher than that infected with rAcV-Bac-hGH. 展开更多
关键词 缩短5′-UTR序列 hGH基因 昆虫细胞 表达
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牛AR基因5′UTR SNP分析及与精液品质关系 被引量:1
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作者 秦立红 任颖 +3 位作者 刘畅 张金玉 张嘉保 赵志辉 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期335-339,共5页
采用PCR-SSCP方法对种公牛群体雄激素受体(AR)基因5′非翻译区(5′UTR)多态性进行检测。结果表明:AR基因5′UTR含有多态性位点;测序结果显示5′UTR的-1575处存在T→G碱基突变;用最小二乘方法对该基因型与生产性状相关分析显示遗传多态... 采用PCR-SSCP方法对种公牛群体雄激素受体(AR)基因5′非翻译区(5′UTR)多态性进行检测。结果表明:AR基因5′UTR含有多态性位点;测序结果显示5′UTR的-1575处存在T→G碱基突变;用最小二乘方法对该基因型与生产性状相关分析显示遗传多态性与精子密度性状呈显著相关,AA型显著高于AB型(P=0.025),对其他性状的影响差异不显著。试验为研究种公牛体内AR基因的生物学作用奠定了基础,为肉用种公牛的早期选种选育提供了候选基因和分子标记。 展开更多
关键词 雄激素受体基因 5′非翻译区 SNP分析 精液品质
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猪内源性反转录病毒5′端非编码区的克隆及结构分析 被引量:3
9
作者 吴健敏 阳玉彪 +3 位作者 吕茂民 谢放 郭艳茹 章金刚 《中国病毒学》 CSCD 2005年第5期522-525,共4页
通过五指山猪内源性反转录病毒5′端非编码区(5′UTR)cDNA的克隆,分析其一级结构和调控元件,为进一步研究其在PERV复制、转录中的调控机制奠定基础。本研究采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得全长约1035bp的PERV 5′UTR。通过NCBI公共... 通过五指山猪内源性反转录病毒5′端非编码区(5′UTR)cDNA的克隆,分析其一级结构和调控元件,为进一步研究其在PERV复制、转录中的调控机制奠定基础。本研究采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得全长约1035bp的PERV 5′UTR。通过NCBI公共数据库BLASTn序列进行同源性分析,并应用KEGG数据库对该转录调控区进行顺式作用元件定位分析,结果发现PERV 5′UTR与GenBank公布的部分PERV 5′UTR相比较,同源性在82.6~94.8%之间。一级结构分析发现PERV 5′UTR由U3、R、U5区、引物结合区(PBS)及前导序列组成,可能的核心启动子序列与具有增强子作用的39bp重复序列分别位于U3区的-67^+1与-97^-59区段。在5′UTR转录调控区(-428^+507)鉴定出31个有效的顺式作用元件位点,其中NF-Y、TBP、Oct-1、HSF、GATA-1和GATA-2等与PERV的转录、调控密切相关。 展开更多
关键词 PERV猪内源性反转录病毒 五指山猪 5′端非编码区 一级结构 顺式作用元件
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中国猪瘟兔化弱毒(脾淋毒)基因组5′-UTR的克隆和二级结构分析 被引量:1
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作者 胡建和 张彦明 +5 位作者 张显升 刘在新 韩雪清 季建莉 刘湘涛 谢庆阁 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2003年第1期105-108,共4页
据已发表的 CSFV C-株序列 ,设计合成了 5′- UTR特异性 PCR引物对 P1- N 1及半套式下游引物N1′。从兔脾组织中提取总 RNA,应用 RT- PCR及 Half- nested PCR成功地扩增出了 CSFV5′- U TR,进一步将该片段克隆到 p MD- 18T载体质粒并进... 据已发表的 CSFV C-株序列 ,设计合成了 5′- UTR特异性 PCR引物对 P1- N 1及半套式下游引物N1′。从兔脾组织中提取总 RNA,应用 RT- PCR及 Half- nested PCR成功地扩增出了 CSFV5′- U TR,进一步将该片段克隆到 p MD- 18T载体质粒并进行了序列测定。与 Shimen株、AL D株、GPE-株、Holland C-株和 Russian C-株相应区段的比较分析表明 ,其同源性分别为 96 .2 %,95 .7%,96 .0 %,98.7%和 95 .4 %。 5′- U TR中发现的隐性 AUG起始密码子及茎环二级结构 ,可能在多聚蛋白前体的翻译以及病毒的复制中起着重要作用。 展开更多
关键词 基因组 猪瘟 兔化弱毒 5′-UTR 二级结构分析 基因克隆 序列分析
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不同品种牛IGF-I基因5′调控区序列的多态性分析 被引量:1
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作者 张金玉 秦立红 +3 位作者 张国梁 赵玉民 张嘉保 赵志辉 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2010年第21期33-36,共4页
采用PCR-SSCP方法,检测134头牛IGF-I基因5′调控区的多态性。结果表明,在外显子1上游510bp处检测到1个C→T的碱基突变,有2个等位基因和3种基因型。统计结果发现,在夏洛莱牛和草原红牛群体中等位基因A占优势,但是在利木赞牛群体中却是等... 采用PCR-SSCP方法,检测134头牛IGF-I基因5′调控区的多态性。结果表明,在外显子1上游510bp处检测到1个C→T的碱基突变,有2个等位基因和3种基因型。统计结果发现,在夏洛莱牛和草原红牛群体中等位基因A占优势,但是在利木赞牛群体中却是等位基因B占优势,西门塔尔牛群体中2种等位基因的比例相对平均。AB基因型在4个群体中均为优势基因型。夏洛莱牛、西门塔尔牛、利木赞牛群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而草原红牛群体处于非平衡状态(P<0.05)。为今后对牛的肉质性状研究打下分子生物学基础。 展开更多
关键词 IGF-I 5′调控区 单核苷酸多态性
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广西巴马小型猪内源性反转录B亚型病毒5′非编码区的序列扩增及分析 被引量:1
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作者 欧阳康 吴健敏 +4 位作者 陈凤莲 马玲 刘文娟 白安斌 郭亚芬 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2011年第1期24-28,共5页
应用SMART RACE方法快速扩增广西巴马小型猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区,获得了一条长度为1 423 bp的PERV-5′UTR序列(GenBank登录号GU390231),该序列与GenBank已发表的PERV-A、B、C各亚型同源性分别为92.4%~95.2%、91.8%~99... 应用SMART RACE方法快速扩增广西巴马小型猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区,获得了一条长度为1 423 bp的PERV-5′UTR序列(GenBank登录号GU390231),该序列与GenBank已发表的PERV-A、B、C各亚型同源性分别为92.4%~95.2%、91.8%~99.5%和86.5%~92.6%,遗传进化树分析,扩增序列为B亚型PERV-5′UTR。一级结构分析表明,该序列由U3、R、U5、PBS和LEADER 5个区域构成,与GenBank已发表的其他序列相比缺少344 bp。通过plantCARE数据库鉴定,GU390231序列得到28个有效的顺式作用元件,推测这些元件对PERV的转录起着或正或负的调控作用。本试验获得的PERV-B亚型5′UTR序列对进一步研究广西巴马小型猪PERV-B亚型病毒的转录调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 猪内源性反转录病毒 广西巴马小型猪 RACE 5′UTR
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丙型肝炎病毒5’非翻译区不同结构域对其启动子活性的影响 被引量:2
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作者 陈娟 陈维贤 +2 位作者 慕生枝 张君 黄爱龙 《中国病毒学》 CSCD 2006年第5期421-425,共5页
在前期工作已证实HCV基因组5’UTRDNA序列具有启动子活性的基础上,分别构建5’UTR不同结构域的DNA序列驱动虫荧光素酶基因表达的质粒pGL3-5’UTR,转染HepG2细胞以及用全长的5’UTRcDNA构建质粒分别转染HepG2、Hela、HEK293、L02细胞,用... 在前期工作已证实HCV基因组5’UTRDNA序列具有启动子活性的基础上,分别构建5’UTR不同结构域的DNA序列驱动虫荧光素酶基因表达的质粒pGL3-5’UTR,转染HepG2细胞以及用全长的5’UTRcDNA构建质粒分别转染HepG2、Hela、HEK293、L02细胞,用双荧光素酶检测系统检测虫荧光素酶的表达水平,逆转录聚合酶链反应检测虫荧光素酶基因mRNA水平,并与相应对照作比较。结果显示当四个结构域都具备时,荧光素酶相对活性为5.91±0.65,为SV40启动子的18.7%;失去结构域I以后,荧光素酶相对活性为9.52±0.32;失去结构域I和II以后,荧光素酶相对活性为2.64±0.25;失去结构域III和IV以后,荧光素酶相对活性为0.32±0.09;失去结构域IV以后,荧光素酶相对活性为2.72±0.45,逆转录聚合酶链反应结果与之相符;全长5’UTRcDNA在L02、hepG2、HEK293、Hela细胞中荧光素酶相对活性分别为0.75,0.49,0.23,0.14。结果提示结构域III是HCV5’UTRDNA序列具备启动子活性的核心结构,结构域I对其5’UTRDNA序列的启动子活性具有抑制效应,而结构域II和IV可增强5’UTRDNA序列的启动子活性;HCV5’UTRcDNA的启动子功能无组织特异性,但在正常的肝细胞(L02)中表达最高。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒(HCV) 5’翻译区 结构域 启动子活性
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鹅催乳素受体基因cDNA2种新5'-UTR特征分析 被引量:1
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作者 邢光东 王根林 +2 位作者 刘庆华 傅泽红 刘铁铮 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2008年第3期298-301,共4页
应用5'-RACE技术,在成年雄鹅睾丸中克隆到长度分别为361bp、499bp和594bp3种催乳素受体基因(gPRLR)cDNA5’-端片段,表明雄鹅睾丸至少表达3种gPRLR mRNA。3种5’-端序列含有长度分别为210bp、348bp及443bp的不同5’UTR。3种5’-端... 应用5'-RACE技术,在成年雄鹅睾丸中克隆到长度分别为361bp、499bp和594bp3种催乳素受体基因(gPRLR)cDNA5’-端片段,表明雄鹅睾丸至少表达3种gPRLR mRNA。3种5’-端序列含有长度分别为210bp、348bp及443bp的不同5’UTR。3种5’-端序列后195个核苷酸一致,与鸡催乳素受体基因(cPRLR)cDNA第3和第4a外显子高度同源。3种5’-端序列起始密码子ATG均位于第3外显子45—47bp处,与cPRLR cDNA起始密码子同一位置。348bp与443 bp 5'-UTR结构相似。348 bp 5'-UTR中,第3外显子上游依次是235bp和69bp,其中69bp与cPRLReDNA第2外显子高度同源。443bp 5’-UTR比348 bp 5’-UTR多插在235bp和69bp之间的95bp。这些结果表明,含348bp和443bp 5’-UTR的mRNA来源于同一初级转录本转录后的选择性剪接。与348bp和443bp 5’-UTR不同的是210bp 5’-UTR在第3外显子的上游含有一个不同的166bp序列。这表明含210bp 5’-UTR的mRNA来源于另一初级转录本348bp 5’-UTR或443bp 5’-UTRmRNA。 展开更多
关键词 催乳素受体 5’-UTR
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猪繁殖与呼吸综合征病毒5'非翻译区一顶端茎环结构是病毒复制转录必需的顺式作用元件 被引量:1
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作者 高飞 郑浩 +5 位作者 姜一峰 李丽薇 郑海红 周艳君 韦祖樟 童光志 《中国动物传染病学报》 CAS 2014年第4期7-16,共10页
猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)基因组5'非翻译区(untranslated region,UTR)对病毒复制转录等生物合成过程至关重要,但其作用机制尚不清楚。本实验室分别在北美型(pAPRRS)与... 猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)基因组5'非翻译区(untranslated region,UTR)对病毒复制转录等生物合成过程至关重要,但其作用机制尚不清楚。本实验室分别在北美型(pAPRRS)与欧洲型PRRSV(pSHE)感染性克隆骨架的5'UTR与ORF1之间插入碱基"at"形成Nde I位点,构建了两个突变体pTLNd4和pSHEnde。结果显示插入后的碱基未影响病毒感染性。以两株突变体为骨架将两株感染性克隆的5'UTR互换,构建了突变体克隆pTLV8和pSHSP5。结果表明pTLV8仍具有感染性,而pSHSP5株拯救出病毒。对pSHSP5和pTLV8的RNA二级结构预测结果显示,虽然嵌合突变体pTLV8的5'端与亲本pAPRRS的二级结构差异较大,但转录调控序(transcription-regulating sequence,TRS)仍位于顶端茎环结构最突出的位置,并保证了TRS与ORF1之间的起始密码子AUG位于该茎环结构的顶端,而pSHSP5的顶端茎环结构则遭到了破坏。本研究结果表明TRS所在的顶端茎环结构在调控病毒复制转录过程中是关键的顺式作用元件之一,对其结构破坏的突变体将不能拯救出病毒。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 5’非翻译区 嵌合突变体 转录调控序列 二级结构预测
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蜜蜂残翼病病毒PCR检测及5′-UTR基因序列分析 被引量:1
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作者 郑言 宋战昀 +5 位作者 杨倩 王向辉 隋佳辰 张健 王振国 李敏思 《动物医学进展》 北大核心 2015年第5期52-55,共4页
从吉林省某蜂场疑似蜜蜂残翼病病料中分离到一株蜜蜂残翼病病毒(DWV),命名为DWVJL1,提取该分离株的总RNA,采用RT-PCR技术扩增其基因组的5′-UTR并测序。测序结果与GenBank公布道的DWV 5′-UTR序列同源性在95%~99%之间。将测序结果与Ge... 从吉林省某蜂场疑似蜜蜂残翼病病料中分离到一株蜜蜂残翼病病毒(DWV),命名为DWVJL1,提取该分离株的总RNA,采用RT-PCR技术扩增其基因组的5′-UTR并测序。测序结果与GenBank公布道的DWV 5′-UTR序列同源性在95%~99%之间。将测序结果与GenBank上公布的9个相关序列进行系统遗传进化树分析,证实其与JX878304同源性最近,而与GU109335、KJ437447同源性最远。 展开更多
关键词 蜜蜂残翼病病毒 5′-UTR 克隆和测序分析
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深圳地区手足病肠道病毒5′端非编码区部分基因克隆和序列分析 被引量:1
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作者 张寿斌 廖华 +2 位作者 黄呈辉 李婉华 谭庆瑜 《江西医学院学报》 2002年第1期101-104,共4页
目的 :分析深圳地区手足口病病人肠道病毒 (EV) 5′端非编码区 (5′UTR)部分基因序列 ,了解本地区手足口病病人EV感染的基因型。方法 :设计特异性引物 ,建立检测EV的RT PCR方法 ,对临床疑诊为EV感染的病人的粪便和 /或咽拭子、脑脊液标... 目的 :分析深圳地区手足口病病人肠道病毒 (EV) 5′端非编码区 (5′UTR)部分基因序列 ,了解本地区手足口病病人EV感染的基因型。方法 :设计特异性引物 ,建立检测EV的RT PCR方法 ,对临床疑诊为EV感染的病人的粪便和 /或咽拭子、脑脊液标本进行检测 ,并对 5例典型手足口病病人中分离株的PCR阳性扩增产物进行克隆和序列测定。结果 :分离出的 5株EV 5′UTR基因的核苷酸同源性为 85 .5 %~ 99.3% ,与EV71BrCr原株、CVA9、CVA16和CVB3同源性为 86 .3%~ 93.3%。结论 :深圳地区手足口病EV 5′UTR与几种常见的肠道病毒血清型同源性均较高 ,提示可能存在多种基因型的肠道病毒感染。 展开更多
关键词 肠道病毒 手足口病 5′端非编码区 序列分析 分子生物学 深圳市
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HCV5'UTR靶向性人工M1GS核酶的胞内抗病毒活性
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作者 张文军 黄志文 +2 位作者 李喜芳 张成成 刘映乐 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2013年第8期986-991,共6页
目的基于大肠埃希菌核糖核酸酶P的催化性RNA亚基(M1 RNA),人工构建一种抗丙肝病毒(HCV)的新型靶向性核酶,并进一步鉴定其胞外靶向切割活性及胞内抗病毒作用。方法首先采用计算机软件对HCV基因组保守区———5'非翻译区(5'UTR)... 目的基于大肠埃希菌核糖核酸酶P的催化性RNA亚基(M1 RNA),人工构建一种抗丙肝病毒(HCV)的新型靶向性核酶,并进一步鉴定其胞外靶向切割活性及胞内抗病毒作用。方法首先采用计算机软件对HCV基因组保守区———5'非翻译区(5'UTR)的序列与结构进行分析,以确定候选靶位。针对靶位的侧翼序列,设计与之互补的引导序列(GS),然后通过PCR将其共价连接至M1 RNA的3'末端,从而构建靶向性的M1GS核酶。结果针对HCV 5'UTR第67位的胞嘧啶成功构建了一种M1GS核酶———M1GS-HCV/C67。该人工核酶不仅在体外可对靶RNA片段产生特异性切割,在HCV感染的宿主细胞内也能够显著抑制HCV核心蛋白的表达(P<0.05),并使上清液HCV RNA的拷贝数减少约800倍(P<0.01)。结论 M1GS-HCV/C67这种新型靶向性核酶具有良好的体外抗HCV活性,其成功构建为HCV感染的治疗研究提供了另一种潜在途径。 展开更多
关键词 M1GS核酶 丙型肝炎病毒 5’非翻译区 抗病毒
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SARS-COV 5′UTR在基因转录中的启动子活性(英文)
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作者 张建军 黄爱龙 +1 位作者 史小玲 张晓峰 《四川大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期5-9,共5页
目的了解SARS-COV不同毒株5’UTR RNA的构成特点和差异及其空间结构;研究该序列在真核细胞中的启动子活性。方法用软件DNASTAR-MEGALIGN和BLAST分析SARS-COV5’UTR序列同源性、RNADRAW3.0预测二级结构;构建5’-UTR CDNA序列驱动的荧光... 目的了解SARS-COV不同毒株5’UTR RNA的构成特点和差异及其空间结构;研究该序列在真核细胞中的启动子活性。方法用软件DNASTAR-MEGALIGN和BLAST分析SARS-COV5’UTR序列同源性、RNADRAW3.0预测二级结构;构建5’-UTR CDNA序列驱动的荧光素酶基因表达质粒PGL3-5’-UTR,转染HEPG2细胞,检测萤火虫荧光素酶的表达;构建一套缺失突变质粒,使其分别3’端残留三个、两个、一个和零个(完全缺失)茎环,检测报告基因的表达;采用5’-RACE,查找转录起始位点;将PGL3-5’UTR转染A549、HEPG2、VERO E6、HELA和ECV304,检测报告基因的表达差异。结果 SARS-COV 5’UTR全长为264NT,18株有缺失突变均位于5’端。101个SAJRS-COV 5’UTR序列中,共发现5个点突变位置;SARS-COV 5’UTRRNA可形成稳定的二级结构。STEM-LOOP-Ⅱ含多个茎环结构,形成复杂的假结;PGL3-5’-UTR有明显的萤火虫荧光素酶表达;当4个茎环都具备时,荧光索酶相对活性是SV40启动子的约43%;失去第一个茎环后,是SV40启动子的约45%;而失去前两个后,则不表达荧光素酶;转录起始位点在SARS-COV 5’UTR的第56位核苷酸;在五种不同细胞中,表达强度由高到低依次是:A549、HEPG2、ECV304、HELA和VERO E6。结论①SARS-COV 5’UTR序列保守,二级结构可形成4个茎环结构域;②SARSC-OV 5’UTR有启动子活性;③在二级结构中,与启动子活性有关的结构域在前两个茎环;④SARS-COV 5’UTR在调控基因转录时,第56位核苷酸及其下游的TRS具有重要作用;⑤多种组织或器官都可为SARS-COV 5’UTR发挥启动子功能提供辅助因子,而以肺源性细胞最为适合。 展开更多
关键词 SARS-COV 非翻译区 启动子
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鸡局部黏着斑激酶基因5′UTR及启动子的克隆鉴定
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作者 李淑锋 王利祥 +1 位作者 张大鹏 华子春 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期102-107,共6页
为了研究鸡局部黏着斑激酶(FAK)基因表达调控的分子机制,运用cDNA末端快速扩增技术确定了鸡胚成纤维细胞FAK基因的转录起始位点,并发现FAK基因mRNA的5′非翻译区(5′UTR)存在4种剪切形式。分析这4种剪切形式的5′端序列,发现它们都不影... 为了研究鸡局部黏着斑激酶(FAK)基因表达调控的分子机制,运用cDNA末端快速扩增技术确定了鸡胚成纤维细胞FAK基因的转录起始位点,并发现FAK基因mRNA的5′非翻译区(5′UTR)存在4种剪切形式。分析这4种剪切形式的5′端序列,发现它们都不影响蛋白的编码,但可能影响mRNA的翻译效率。另外,将启动子序列935 bp片段克隆构建到荧光素酶报告基因表达载体pGL3-Basic中,转染鸡胚成纤维细胞,测定启动子的转录活性。通过启动子序列系列缩短的克隆,将核心启动子区定位在转录起始位点上游-662至+7的669 bp片段内,该启动子的典型特征是:没有TATA盒,而富含"GC"碱基。以上结果为FAK基因的表达调控研究提供了分子基础。 展开更多
关键词 局部黏着斑激酶基因(FAK) 5′非翻译区(5′UTR) 可变剪切 CDNA末端快速扩增技术
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