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真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展(英文)
被引量:
2
1
作者
严俊杰
张磊
+3 位作者
谢斌
黄千慧
龙莹
谢宝贵
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第5期618-624,共7页
可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads...
可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。
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关键词
3
’端
可变
剪接
5’端可变剪接
内含子保留
外显子互斥
RNA-seq数据
生物信息学方法
reads定位
原文传递
题名
真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展(英文)
被引量:
2
1
作者
严俊杰
张磊
谢斌
黄千慧
龙莹
谢宝贵
机构
福建农林大学菌物研究中心
福建农林大学生命科学学院
福建农林大学园艺学院
出处
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第5期618-624,共7页
基金
Supported by the National Natural Science Foundation of China(31470107)
the National Key Basic Research Program of China(2014CB138302)
the China Agriculture Research System(CARS24)
文摘
可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。
关键词
3
’端
可变
剪接
5’端可变剪接
内含子保留
外显子互斥
RNA-seq数据
生物信息学方法
reads定位
Keywords
alternative 3' splice, alternative
5
' splice, intron retention, exon skipping, RNA-seq data, bioinformatics method,reads mapping
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展(英文)
严俊杰
张磊
谢斌
黄千慧
龙莹
谢宝贵
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
2
原文传递
已选择
0
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导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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