丙型肝炎病毒5’-非翻译区的结构与功能研究

0引言 丙型肝炎病毒(HCV)是含外膜蛋白的单股正链RNA病毒,属黄病毒科肝炎病毒类.在大多数感染人群中丙型肝炎病毒表现为持续性感染,并可导致慢性肝炎、肝硬化,或肝细胞癌[1,2].从不同患者中分离的病毒表现出明显的序列差异,从同一患者分离的病毒呈现出准种的特点.然而5'-非翻译区(5'-NTR,5'-nontranslated RNA)在HCV不同基因型却相对保守和稳定,这种序列保守的特点可能在病毒基因组的复制和翻译中起着重要的作用[3,4].

肠道病毒5’-非翻译区测序分型的应用评估

目的评估5’-非翻译区（5’-untranslated region，5’-UTR）扩增测序法对临床标本直接进行肠道病毒（enterovirus，EV）血清型分型的价值。方法收集实时荧光聚合酶链反应（real-time PCR）检测EV通用型核酸为阳性的肛拭518份、鼻拭148份，采用5’-UTR区逆转录PCR（reverse transcription PCR，RT—PCR）对标本中的EV进行扩增、测序、比对及血清型分型，与VP1（viral protein1）区简并引物巢式PCR测序分型方法比较，两者不一致的标本经EV血清型特异性RT-PCR验证。结果666份EV通用型核酸为阳性的标本，5’-UTR和VP1区各分型成功553例（83．0％）和318例（47．7％），P〈0．001；以VP1法为参考，对肛拭中主要检出的血清型CoxA6（217例）、CoxA16（88例）、EVA71（40例）、CoxA10（28例）和CoxA4（27例），5’-UTR法敏感度（57．1％～100％）、特异度（67．4％～98．1％）以及方法一致性（kappa值0．188～0．847），均因血清型而异；对鼻拭中主要检出的血清型EVD68（15例），5’-UTR法敏感度100％，特异度91．1％，一致性差（kappa值0．217）。分型不一致标本，经CoxA6、CoxA16、EVA71、CoxA10和EVD68型特异性RT—PCR验证，大部分得以确认。以VP1法联合型特异性RT—PCR法为参考，5’-UTR法的敏感度和特异性以及与参考方法的一致性均提高。结论5’-UTR对肠道病毒的分型的敏感度和特异度因血清型而异，应用时应根据研究目的综合考虑。