基于5’UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病肠道病毒

目前肠道病毒(Enterovirus,EV)分子分型主要基于VP1区,此区不仅可以分型还能区分亚型,但不同型别的肠道病毒在VP1区的核苷酸变异很大,需要使用多对引物或高简并度的简并引物进行巢式PCR才能定型,实验过程繁琐。本研究发现肠道病毒5’UTR-VP4-VP2区两端序列高度保守能利用通用引物进行扩增、中间序列差异大于10%能区分不同型别。本研究建立并验证5’UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)临床标本中肠道病毒的方法。根据ICTV公布的人肠道病毒104个型别的核苷酸全序列,在肠道病毒5’UTR-VP4-VP2区设计引物(EV543F/EV1197R)。收集702份肠道病毒核酸检测阳性的手足口病临床标本,用EV543F/EV1197R引物扩增5’UTR-VP4-VP2区基因并测序,BLAST比对定型;对407份标本同时进行RTPCR分型检测。在702份标本中鉴定出15个型别679份肠道病毒,阳性率为96.7%;407份RT-PCR分型结果和本法比较,结果显示EV-A71、CV-A16和CV-A10两法一致性很好(Kappa值0.966~0.970),本法CV-A6阳性率(38.82%)优于RT-PCR分型(34.40%),Mcnemar卡方P值=0.003。肠道病毒5’UTR-VP4-VP2区测序法具有较好的敏感性和简便、快速的特点,可用于手足口病肠道病毒感染的实验室诊断和相关研究。