蚕豆萎蔫病毒2的分子鉴定及RNA1组分5′末端核苷酸序列分析

用蚕豆病毒属(Fabavirus)的兼并引物Fab5′R1F和Fab5R′1R对自然感病的4株加工番茄、1株辣椒和2株一串红病株进行RT-PCR,将扩增到的长约400bp的片段进行克隆和测序。结果发现:来自7个病株的9个病毒分离物均为蚕豆萎蔫病毒2(BBWV-2)基因组RNA1组分5′末端的353～392个核苷酸;同源性比较表明,9个序列之间的同源性为90.4%～99.2%,与已报道的BBWV2的同源性为89.5%～95.9%。序列比对发现,BBWV2基因组RNA1组分5′末端非编码区包含了由11个碱基(AAACAGCUUUC)组成的重复序列,而分别来自加工番茄分离物XJ14-1b和一串红的分离物S12在重复序列区段内比其它所有分离物缺少了包括2个重复序列在内的36个碱基。

RLM-RACE法快速克隆盐角草胆碱单加氧酶cDN A5′末端全序列

采用RLM-RACE法,根据已获得的盐角草胆碱单加氧酶基因的部分序列,设计2条特异性嵌套PCR引物,成功地克隆了该基因cDNA 5′末端全序列,测序结果显示该片段包括5′UTR 154个核苷酸和编码区606个核苷酸,编码N端202个氨基酸.Blast P结果表明,该片段编码的蛋白序列与辽宁碱篷及其他藜科植物的胆碱单加氧酶同源性达到85%以上.同时找出了其转录起始位点,即为该序列的第1个碱基g.

核桃早实性相关SCAR标记(1-1_(500))基因末端序列的克隆

【目的】克隆SCAR标记的核桃早实性相关基因片段[1](AFLP早实分子标记转化成的SCAR标记)的末端序列,为验证其功能和早实核桃分子育种奠定基础。【方法】采用RACE技术对SCARE标记的核桃早实性相关基因片段设计特异性PCR引物,并扩增其末端序列。【结果】分别获得了长度为453 bp和463 bp的片段,通过与NCBI核酸数据库中已经发表的序列进行比对分析,发现该基因3′末端含有358个核苷酸非编码序列。其核酸序列与葡萄假定蛋白相应部位同源性为55.26%,与葡萄重叠群相应部位同源性为38.38%,与线虫粘粒Y38F2AR基因全序列相应部位相似性为40.86%,和野猪免疫球蛋白超家族成员相应部位的相似性为39.75%,具有poly(A)尾。5′末端含有248个核苷酸非编码序列,其核酸序列与葡萄重叠群基因组鸟枪全序列相应部位同源性为39.07%,与拟南芥基因组DNA 3号染色体相应部位的同源性为42.22%,与嗜热四膜虫假定蛋白基因序列相应部位相似性为44.53%,和斑马鱼DNA序列DKEY-120E17克隆2号连锁群全序列相应部位相似性为42.30%。【结论】试验采用的3′和5′末端快速扩增技术(3′RACE和5′RACE技术)能很好地扩增核桃早实性相关基因的末端序列。

一种cDNA-5′末端的克隆方法

应用脱氧核糖核苷酸末端转移酶 (TDT)在cDNA 5′末端加同聚物尾的方法 ,通过延长加尾时间、改变加尾步骤 ,大大加强了加尾效率 ,使得在cDNA末端快速扩增技术 (RACE)中应用TDT加尾法进一步获得mRNA的 5′端成为一种行之有效的方法 .

我国两株登革2型病毒5′和3′端非编码区序列测定及二级结构分析

为测定我国两株临床症状、乳鼠神经毒力不同的登革 2型病毒流行株 5′和 3′端非编码区序列 (untranslated region,UTR) ,分析二级结构差异与毒力变化的关系 ,分别从 D2 - 0 4、D2 - 44株感染的 C6/ 36细胞及鼠脑中提取总 RNA.以该 RNA为模板 ,利用 RACE法 ,分别扩增了 D2 - 0 4、D2 -44株的 5′和 3′末端 c DNA片段 .将其分别与 p GEM- T载体连接得到重组质粒 ,测定上述 c DNA插入片段的序列 .用 RNAdraw软件预测 D2 - 0 4、D2 - 44株 5′和 3′端非编码区的二级结构 .D2 - 0 4、D2 -44株 5′端和 3′端非编码区分别有 96和 454个核苷酸 .其中 5′非编码区 59位 C(D2 - 0 4 )→T(D2 -44 ) ,使 D2 - 44二级结构稳定性下降 ;3′端非编码区有 1 5个核苷酸不同 ,其中 T(355)→ A,T(32 6)→ G引起了所在位置二级结构自由能变化 ,且分别位于两个保守序列区 (conserved sequence,CS)CS1、CS2 A.这些位点变化可能与毒力有关 .

桑树幼叶cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析

基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为32条,经UniGene数据库归并后为32条,UniGene比率为100%;与NCBI核酸数据库进行比对、查询和注释,在32条序列中有29条序列具有同源性,其中16条为全长序列,完整性比率为55.2%;初步发现具有已知功能基因的ESTs 6个,具有推测功能基因的ESTs 5个,未命名或未知功能基因的ESTs 21个。

柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序

采用RNA转录5′末端转换（SMART）技术构建了柞蚕（Antheraea pernyi）蛹的全长cDNA文库。所构建cDNA文库的容量为5×10^5个独立克隆,插入片段长800-2500 bp,且90%的插入片段大于1 kb。随机挑取288个克隆进行表达序列标签（EST）测序,有效序列为250条,根据EST测序结果计算文库重组率达95%。经序列拼接得到175个unigenes,通过序列比对发现其中97个unigenes与GenBank中的已知基因高度同源,且有88条全长序列,基因的完整性比率达90%。在随机EST测序中获得了具有5′端和3′端非编码区的延伸因子-1α基因（Gen-Bank登录号：FJ788508）,该基因cDNA全长1743 bp,有一个1392 bp的开放阅读框,编码含463个氨基酸残基的蛋白,蛋白的理论分子质量为50.4 kD,等电点8.96。EST测序分析表明,柞蚕蛹cDNA文库符合构建基因文库的质量要求,该文库的构建将有助于柞蚕功能基因的克隆和研究。

常氏肝癌细胞cDNA文库的构建及质量分析(英文)

目的 利用 RNA转录 5′末端转换机制 (SMART)构建适合免疫筛选的经去分化培养基处理的常氏肝癌细胞 c DNA文库。方法 通过反转录 PCR和长距离 PCR获得常氏肝癌细胞的全长 c DNA,然后利用 SMART c DNA文库构建试剂盒建立经去分化培养基处理的常氏肝癌细胞c DNA文库。结果 通过测定 ,高质量的包含常氏肝癌细胞全长 c DNA的 c DNA文库得到建立 ,扩增 c DNA文库的滴度高达 4.5× 10 10 pfu· ml- 1,重组子内平均插入外源基因片段长度在 2 0 0 bp到 40 0 0 bp之间 ,约 150 0 bp左右 ,并且此文库适合免疫筛选。结论 结果显示所构建的经去分化培养基处理的常氏肝癌细胞 c DNA文库具有很高的质量 ,为进一步研究常氏肝癌细胞和筛选相关基因获得 c

镰形扇头蜱组胺结合蛋白全长基因的克隆与分析

从本实验室构建的镰形扇头蜱(Rhipicephalus haemaphysaloides)抑制消减杂交cDNA文库中选择了1条可能编码组胺结合蛋白(HBP)的EST序列(RhHBP),以5′末端快速扩增的方法(5′RACE)扩增获得5′末端序列,拼接获得全长基因。DNAMAN(v4.0)、DNAstar(v4.0)和Genetyx(v4.0)软件分析阅读框、编码产物、序列同源性和系统进化,同时也分析了该基因在吸血前后雌雄蜱体内的表达情况。5′RACE法获得1条约400 bp的DNA片段,克隆测序,拼接获得1条长803 bp的全长基因,编码219个氨基酸残基。该基因在吸血雌蜱唾液腺内特异表达,初步分析该基因是组胺结合蛋白基因。