核桃早实性相关SCAR标记(1-1_(500))基因末端序列的克隆

【目的】克隆SCAR标记的核桃早实性相关基因片段[1](AFLP早实分子标记转化成的SCAR标记)的末端序列,为验证其功能和早实核桃分子育种奠定基础。【方法】采用RACE技术对SCARE标记的核桃早实性相关基因片段设计特异性PCR引物,并扩增其末端序列。【结果】分别获得了长度为453 bp和463 bp的片段,通过与NCBI核酸数据库中已经发表的序列进行比对分析,发现该基因3′末端含有358个核苷酸非编码序列。其核酸序列与葡萄假定蛋白相应部位同源性为55.26%,与葡萄重叠群相应部位同源性为38.38%,与线虫粘粒Y38F2AR基因全序列相应部位相似性为40.86%,和野猪免疫球蛋白超家族成员相应部位的相似性为39.75%,具有poly(A)尾。5′末端含有248个核苷酸非编码序列,其核酸序列与葡萄重叠群基因组鸟枪全序列相应部位同源性为39.07%,与拟南芥基因组DNA 3号染色体相应部位的同源性为42.22%,与嗜热四膜虫假定蛋白基因序列相应部位相似性为44.53%,和斑马鱼DNA序列DKEY-120E17克隆2号连锁群全序列相应部位相似性为42.30%。【结论】试验采用的3′和5′末端快速扩增技术(3′RACE和5′RACE技术)能很好地扩增核桃早实性相关基因的末端序列。

镰形扇头蜱组胺结合蛋白全长基因的克隆与分析

从本实验室构建的镰形扇头蜱(Rhipicephalus haemaphysaloides)抑制消减杂交cDNA文库中选择了1条可能编码组胺结合蛋白(HBP)的EST序列(RhHBP),以5′末端快速扩增的方法(5′RACE)扩增获得5′末端序列,拼接获得全长基因。DNAMAN(v4.0)、DNAstar(v4.0)和Genetyx(v4.0)软件分析阅读框、编码产物、序列同源性和系统进化,同时也分析了该基因在吸血前后雌雄蜱体内的表达情况。5′RACE法获得1条约400 bp的DNA片段,克隆测序,拼接获得1条长803 bp的全长基因,编码219个氨基酸残基。该基因在吸血雌蜱唾液腺内特异表达,初步分析该基因是组胺结合蛋白基因。