基于5.8SrDNA/ITS序列的几种内蒙古棘豆属植物分子系统学研究

提取小花棘豆(Oxytropis.glabra DC.)、小叶小花棘豆(O.glabravar.tenuis)、刺叶柄棘豆(O.aciphyllaLedeb.)、砂珍棘豆(O.racemusaTurcz.)、多叶棘豆(O.verticillaris(L.)J.N)、黄毛棘豆(O.ochranthaTurcz.)基因组DNA,扩增其5.8SrDNA/ITS序列并测序,将所测序列与GenBank中疏毛棘豆(O.pilosa)和长白棘豆(O.anertii)5.8SrDNA/ITS序列进行同源性比对,利用MEGA4.0软件采用Neighbor-joining法构建系统发育树,旨在为棘豆属下种间及种下分类研究提供分子依据。结果表明:多叶棘豆、砂珍棘豆和黄毛棘豆构成姐妹群,并在部分地理种群上混杂,认为将三者归入真棘豆亚属Subgen.Euoxytropis轮叶棘豆组Sect.Baicalia Stell.ex Bunge更合理。小叶小花棘豆与小花棘豆亲缘关系很近,支持将其视为变种的观点。刺叶柄棘豆的不同地理种群形成两大分支,对其在亚属水平上的分类还需进一步商榷。研究赞同棘豆属植物为单系起源,认为种内不同地理种群间的亲缘关系在一定程度上受到了植被类型和生境的影响。

基于5.8SrDNA/ITS序列的内蒙古棘豆属植物分子系统学分析(英文)

对12种34个地理种群的内蒙古棘豆属植物核糖体ITS区段和5.8S基因序列进行比较分析,并采用Maximum Likelihood法构建系统发育树。结果表明:支持棘豆属植物为单系起源,支持《内蒙古植物志》将黄毛棘豆(Oxytropis ochrantha)、多叶棘豆(O.verticillaris)、二色棘豆(O.bicolor)和砂珍棘豆(O.racemosa)归入真棘豆亚属(Subgen.Euoxytropis)轮叶棘豆组(Sect.Baicalia Stell.ex Bunge)的观点。推测多叶棘豆和砂珍棘豆ITS2区段出现的C/T转换可能是其部分种群混杂在其他物种中的主要原因,但基因转换对于系统发育的影响仍尚未可知。研究不支持传统分类学上对鳞萼棘豆(O.squammulosa)与刺叶柄棘豆(O.aciphylla)的划分,系统发育树显示二者聚为一支,而非与传统分类学上界定的同组或同亚属植物形成一支;结合植物地理学研究结果,认为刺叶柄棘豆与鳞萼棘豆为地理替代种。推测刺叶柄棘豆可能为多系起源物种。线叶棘豆(O.filiformis)和东北棘豆(O.co-erulea)与真棘豆亚属物种构成姐妹群,而非单室棘豆亚属植物。研究认为在物种界定过程中,只将少数几个形态学特征作为主要分类依据欠妥。

小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)11株内生真菌的分离培养及鉴定

用小花棘豆(Oxytropis glabra DC.)单株植物叶和茎切段做外植体,体外分离并培养内生真菌,研究菌落和分生孢子的微生物形态特征,对培养出的内生真菌的5.8SrDNA/ITS区进行扩增及序列测定,序列输入GenBank并与已发表的小花棘豆内生真菌序列进行同源性比对,并利用DNASTAR软件包中MegAlign软件构建系统发育树,结合分子生物学及微生物学研究推测内生真菌所属类群.结果显示:11株小花棘豆内生真菌的菌落和分生孢子的微生物形态特征与埃里砖格孢属真菌Embellisiasp.L12特征一致;小花棘豆内生真菌间ITS1和5.8SrDNA区序列相同,与Embellisiasp.L12相比只有一个变异位点,位于5.8SrDNA区,在ITS2区另有两个变异位点.推测小花棘豆内生真菌应与埃里砖格孢属亲缘关系密切,对其物种种属分类地位还须深入研究.

浙皖鄂地区水稻纹枯病菌5个种群的遗传结构分析

水稻纹枯病是世界性的主要病害之一。目前对该病病原菌种群的遗传多样性研究不多,知之甚少,了解其种群的遗传结构可以增加对其进化历程的了解,以制定科学的防治策略。水稻纹枯病菌通常被认为是以无性克隆繁殖为主,但有研究报道它具有混合繁殖方式。有关我国浙皖鄂地区水稻纹枯病菌种群的遗传多样性研究尚未见报道。为了解该地区水稻纹枯病菌种群的遗传变异、基因流、繁育方式及其遗传背景,采用ITS-5.8SrDNA测序技术,分析了分离自浙江富阳(FY)、安徽绩溪(JX)和巢湖(CH)以及湖北荆州(JZ)和孝感(XG)的5个水稻纹枯病菌种群75个菌株的遗传多样性。RhizoctoniasolaniAG-1IA是采集地区水稻纹枯病菌的优势类群。ITS-5.8SrDNA序列经测定共检测到78个多态位点,碱基A、T、C、G的平均含量分别为25.4%、33.6%、21.0%和20.0%。序列的平均转换与颠换比(Ti/Tv)为1.65,其中密码子第3位点的变异最高。根据序列的核苷酸变异共定义了29种单倍型,其中单倍型H5为5个种群的共享单倍型,占样本数的61.33%。5个种群的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.627和0.482%,显示水稻纹枯病菌种群具有较高的遗传多样性。种群间固定化指数Fst为-0.0253-0.0170,基因流Nm为5.56-11.12,说明种群间基因交流频繁,基因流抑制了由遗传漂变引起的遗传分化,菌丝或菌核短距离扩散和带菌种子远距离传播增加了种群间的基因交流。AMOVA分析显示,种群间的遗传变异仅占总变异的19.03%,而80.97%的变异存在于种群内部,种群间的遗传分化很低。Mantel检验发现,遗传距离与地理距离无显著相关性(r=-0.241,P=0.499)。采用UPGMA法构建的单倍型间的系统发育树表明,不同地点的单倍型分支混合分布,这进一步验证了Mantel检验的结果。单倍型的网状分析显示,水稻纹枯病菌种群曾经发生过种群暴发而不断扩散,因还未能获得足够的时间建立更加复杂的结构故而呈非典型"星状"。采用中性检验分析了水稻纹枯病菌种群遗传结构,结果表明,种群间存在很强的自然选择作用,群体符合Hardy-Weinberg遗传平衡,说明水稻纹枯病菌群体是一个随机交配群体,具有以担孢子进行有性繁殖和以菌丝或菌核进行无性繁殖的混合繁殖方式。这种生物学特性可能是导致其在较小生态范围内较高的遗传多样性水平和较低的种群遗传分化的原因。另外,水稻纹枯病菌经有性繁殖产生新的基因型,并通过无性繁殖在群体内固定繁殖,这种遗传模式极有可能导致其进化潜能提高,极易对杀菌剂产生抗性。因此,对水稻纹枯病菌的防治,除了施用化学药剂和种植抗性品种外,还需要防治农田灌水引起的病原菌(菌丝和菌核)在地区间的流动传播,减少带菌种子迁移或农用机械的交叉污染,对水稻、大豆和玉米等寄主作物的种子进行播前处理等等,这些对于水稻纹枯病菌的防治也是极为重要的。

我国部分区域链格孢属rDNAITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属(AlternariaNees)34个菌株进行ITS基因(ITS1-5.8S-ITS2)的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明:5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。

几种云南野生石斛内生真菌的鉴定及分布

采用组织分离法,从采自德宏州的8种野生石斛根、茎、叶中分离得到内生真菌43株,经分子生物学鉴定分别归属于13个属。Colletotrichum为茎和叶的优势种群,占总菌株数的39.5%。Hypocrea、Nectria、Gibberella三个属内生真菌首次从石斛植物体内分离得到。研究发现,不同石斛植物内生真菌的存在情况差别较大,具有一定的宿主差异性;根、茎、叶内生真菌分布存在差异,表明内生真菌定殖具有一定的组织差异性和组织专一性。本研究获得丰富的内生真菌资源,为石斛的人工栽培提供基础的理论依据。

基于5.8S rDNA序列论三白草科的系统发育

三白草科 (Saururaceae)是古草本的一个核心类群 ,它的研究对被子植物起源和早期演化具有重要意义。本文采用最大简约法 (maximumparsimonymethod)和邻接法 (neighbor -join ingmethod)等不同的分析方法 ,对三白草科及其外类群齐头绒 (ZippeliabegoniaefoliaBlume)的 5 8SrDNA序列进行分析 ,得到一致的结论 :Anemopsis最早从三白草科中分离出来 ,Sauru ruschinensis和S .cernuus是一对姐妹群 ,由于 5 8SrDNA序列的变异位点和信息位点相对比较少 ,Gymnothecachinensis—G .involucrata—Houttuynia—Saururus之间难以通过 5 8SrDNA序列的比较进行分辩。

DNA条形码在海蜇食物组成鉴定中的应用

对海蜇的食性进行研究有助于查明其饵料来源及其在食物网中的功能地位,而全面准确地获取其食物种类信息是关键。由于传统镜检方法具有局限性,目前对海蜇具体的摄食种类和食物结构尚缺乏充分的了解。DNA条形码技术的发展给海蜇食性研究带来了机遇。笔者以线粒体COⅠ和ITS-5.8SrDNA这两种基因片段为DNA条形码标记,对辽东湾近海海蜇的现场食物组成进行分析,比较两种分子标记作为海蜇食性鉴定条形码的适用性和潜力,评估这两个DNA条形码用于检测海蜇食物组成的应用前景。研究结果显示:基于COⅠ基因通用引物扩增海蜇现场样品所构建的克隆文库共获取36个有效序列,来源于4个物种;而基于ITS-5.8SrDNA通用引物扩增共得到30个有效序列,来源于10个物种。利用DNA条形码技术能检测到鱼卵、仔稚鱼或成鱼碎屑、贝类浮游幼体等海蜇的潜在食物种类。研究结果表明,以传统测序为基础的DNA条形码技术由于测序通量低,在研究海蜇这一广食性种类的食物谱时可能具有较大的局限性。研究结果可为深入研究海蜇乃至水母的食物组成提供参考。

北方黄酒麦曲中真菌的筛选·鉴定及系统发育分析

[目的]对北方黄酒麦曲中真菌的5.8S r DNA-ITS序列进行PCR扩增、测序以鉴定其中的真菌。[方法]利用梯度稀释法和划线纯化法共分离纯化得到5株霉菌和1株酵母,并对分离得到的真菌进行基因组DNA提取获得模板,用特异性引物进行PCR扩增,得到真菌的5.8Sr DNA-ITS片段,片段测序后进行Blast比对鉴定,构建系统发育树。[结果]将5株霉菌鉴定为多枝横梗霉(Lichtheimia ramosa),米曲霉(Aspergillus oryzae),产紫青霉(Penicillium purpurogenum),杂色曲霉(Aspergillus versicolor),交链孢霉(Alternaria mali),将一株酵母鉴定为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。[结论]利用分子生物学的方法对北方黄酒麦曲样品中的真菌进行了分离、纯化和鉴定。

一株产毒素葡萄链格孢菌的分离及鉴定

链格孢菌是导致葡萄采后腐烂的一种重要病原菌,且其产生的真菌毒素会对人体健康造成安全隐患.本研究从自然发病的葡萄果实中分离纯化出一株侵染菌株(A-0913),根据真菌的形态学特征并结合5.8SrDNA-ITS基因序列分析确定该菌株属于链格孢菌(Alternaria alternata).同时,对该菌株基础生物学特性及其毒素检测的研究结果表明:该菌丝体最适生长温度为25℃,中性或偏碱性环境均有利于菌丝体的生长,PDA培养基中培养36h后可达对数生长期.研究发现该菌株具有产毒素的性能,通过进一步优化真菌毒素HPLC检测条件发现该链格孢菌株主要产AOH和AME两种真菌毒素.

暗紫红毛菜ITS序列的测定与分析(英文)

[目的]对暗紫红毛菜rDNA内转录间隔区(ITS区)进行序列测定,为其系统发育研究提供新资料。[方法]以产于山西娘子关泉的一株暗紫红毛菜为材料,提取DNA,设计引物,进行PCR扩增,进而测定其ITS区基因序列。[结果]暗紫红毛菜与同科的少精紫菜ITS区同源性为75%,与条斑紫菜ITS区同源性为79%。[结论]ITS区序列进化速率相对较快,种类和地理分布的差异是其序列差异产生的原因。

4株扁藻属微藻5.8S rDNA和转录间隔区(ITS)的序列分析

为确定种质库4株微藻(库存号为C73、C74、C151、C152)的亲缘关系及确切种类,本研究采用PCR技术扩增其核糖体5.8S rDNA和转录间隔区(ITS)序列,结果在4株微藻上获得大小分别为593 bp、632 bp、596 bp、591 bp的序列。与GenBank中高相似度的瑞典四爿藻(T.suecica)和另一四爿藻属的微藻T.stiata比较发现,4株微藻与瑞典四爿藻和T.stia-ta5.8S rDNA的碱基序列完全相同,而2个间隔区(ITS1和ITS2)碱基序列存在一定差异,其中4株微藻ITS1变异位点占到总位点数的26.7%,ITS2变异位点占到总位点数的28%。系统进化分析表明,4株微藻与瑞典四爿藻聚集为同一群,其中C73和C152与瑞典四爿藻完全聚为一支(获得100%的支持率),而C74和C151彼此间距离仅为0.074,而与瑞典四爿藻的距离在0.2以上,结果说明,C73和C152是瑞典四爿藻的不同株系,C74和C152可能属于同一个有待确认的种。

7株盐藻的5.8S rDNA和ITS序列及RAPD分析

研究的7株盐藻(株号分别为A85、A57、A83、A43、C43、A121和A124)均含有2根鞭毛,细胞形状均为长椭圆形或梨形,眼点不明显。在高盐度培养条件下7株盐藻甘油合成能力均明显增强,这与描述的绿色杜氏藻特征相似。为了进一步确定这些盐藻的分类地位,了解其与其它杜氏盐藻种的亲缘关系,本研究PCR扩增7株盐藻的5.8S rDNA和ITS序列,并完成序列测定,将从Genbank搜索的27条已定种杜氏盐藻的相应序列与7条扩增序列同时进行分析,构建进化树,结果表明,7株盐藻均与绿色杜氏藻(D.viridis)亲缘关系最为密切,7株盐藻可能均属于绿色杜氏藻,其中A85、A57和A83亲缘关系最近,A121和A124关系最为密切。筛选的11个随机引物进行7株盐藻RAPD分析的结果与采用5.8SrDNA和ITS序列分析的结果基本一致。

浒苔(Ulva prolifera)核糖体基因簇单元全长序列的克隆与分析

核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8948bp,其中18SrDNA1760bp,28SrDNA3259bp,ITS1205bp,5.8SrDNA160bp,ITS2176bp和IGS3388bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18SrDNA和28SrDNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。

暗紫红毛菜ITS序列的测定与分析

[目的]对暗紫红毛菜rDNA内转录间隔区(ITS区)进行序列测定,为其系统发育研究提供新资料。[方法]以产于山西娘子关泉的一株暗紫红毛菜为材料,提取DNA,设计引物,进行PCR扩增,进而测定其ITS区基因序列。[结果]暗紫红毛菜与同科的少精紫菜ITS区同源性为75%,与条斑紫菜ITS区同源性为79%。[结论]ITS区序列进化速率相对较快,种类和地理分布的差异是其序列差异产生的原因。

香菇菌株ITS序列分子检测

根据真菌核糖体通用引物ITS1和ITS4扩增出13个福建袋栽香菇主要菌株的ITS、5.8s rDNA序列,将该序列提交NCBI中Genbank数据库,并根据该序列特征及ITS区的差异性,分别设计出针对菌株L9015和菌株Cr02进行PCR检测的特异引物探针,结果显示特异引物具有良好的特异性。

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析(英文)

1材料与方法 1．1菌株来源菌株来源见表1。 1．2菌丝体培养将链格孢菌株接种到PDA培养基上，25℃恒温、倒置培养7d左右，用灭菌的刀片将菌丝从培养基上刮下，以备DNA提取用。

黄艾美耳球虫单卵囊分离及PCR鉴定

为了获得纯种黄艾美耳球虫,从张家口某兔场的兔粪中分离黄艾美耳球虫孢子化卵囊,单卵囊接种无球虫兔,以饱和盐水漂浮法收集子代卵囊,利用CTAB法提取黄艾美耳球虫卵囊基因组DNA,并根据Gen Bank中发表的艾美耳属球虫保守序列设计引物,PCR扩增ITS并测序,设计特异性引物鉴定黄艾美耳球虫。结果表明:黄艾美耳球虫ITS1序列长330 bp,5.8S r DNA序列长157 bp,ITS2序列长522 bp。在黄艾美耳球虫ITS1/2序列高变区设计种特异性引物,与大型艾美耳球虫和肠艾美耳球虫无交叉反应。说明建立的鉴定黄艾美耳球虫的PCR方法灵敏、特异。

西藏冬虫夏草无性型5.8S rDNA,ITS间区系统发育分析

采用相对较低的培养温度（5～12℃），从西藏那曲当年产风干冬虫夏草[Cordyceps sinensis（Berk．）Sacc．]分离得到菌株C21，综合其菌丝形态学特征及5．8SrDNA和ITS问区的系统发育分析结果。证实菌株C21为冬虫夏草菌的无性型，即中国被毛孢（Hirsutella sinensis）．