基于5.8SrDNA/ITS序列的几种内蒙古棘豆属植物分子系统学研究

提取小花棘豆(Oxytropis.glabra DC.)、小叶小花棘豆(O.glabravar.tenuis)、刺叶柄棘豆(O.aciphyllaLedeb.)、砂珍棘豆(O.racemusaTurcz.)、多叶棘豆(O.verticillaris(L.)J.N)、黄毛棘豆(O.ochranthaTurcz.)基因组DNA,扩增其5.8SrDNA/ITS序列并测序,将所测序列与GenBank中疏毛棘豆(O.pilosa)和长白棘豆(O.anertii)5.8SrDNA/ITS序列进行同源性比对,利用MEGA4.0软件采用Neighbor-joining法构建系统发育树,旨在为棘豆属下种间及种下分类研究提供分子依据。结果表明:多叶棘豆、砂珍棘豆和黄毛棘豆构成姐妹群,并在部分地理种群上混杂,认为将三者归入真棘豆亚属Subgen.Euoxytropis轮叶棘豆组Sect.Baicalia Stell.ex Bunge更合理。小叶小花棘豆与小花棘豆亲缘关系很近,支持将其视为变种的观点。刺叶柄棘豆的不同地理种群形成两大分支,对其在亚属水平上的分类还需进一步商榷。研究赞同棘豆属植物为单系起源,认为种内不同地理种群间的亲缘关系在一定程度上受到了植被类型和生境的影响。

基于5.8SrDNA/ITS序列的内蒙古棘豆属植物分子系统学分析(英文)

对12种34个地理种群的内蒙古棘豆属植物核糖体ITS区段和5.8S基因序列进行比较分析,并采用Maximum Likelihood法构建系统发育树。结果表明:支持棘豆属植物为单系起源,支持《内蒙古植物志》将黄毛棘豆(Oxytropis ochrantha)、多叶棘豆(O.verticillaris)、二色棘豆(O.bicolor)和砂珍棘豆(O.racemosa)归入真棘豆亚属(Subgen.Euoxytropis)轮叶棘豆组(Sect.Baicalia Stell.ex Bunge)的观点。推测多叶棘豆和砂珍棘豆ITS2区段出现的C/T转换可能是其部分种群混杂在其他物种中的主要原因,但基因转换对于系统发育的影响仍尚未可知。研究不支持传统分类学上对鳞萼棘豆(O.squammulosa)与刺叶柄棘豆(O.aciphylla)的划分,系统发育树显示二者聚为一支,而非与传统分类学上界定的同组或同亚属植物形成一支;结合植物地理学研究结果,认为刺叶柄棘豆与鳞萼棘豆为地理替代种。推测刺叶柄棘豆可能为多系起源物种。线叶棘豆(O.filiformis)和东北棘豆(O.co-erulea)与真棘豆亚属物种构成姐妹群,而非单室棘豆亚属植物。研究认为在物种界定过程中,只将少数几个形态学特征作为主要分类依据欠妥。

大熊猫蛔虫ITS及5.8SrDNA序列的克隆与分析

基于核糖体DNA第一与第二转录间隔序列以及5.8S序列,以分离自广州动物园大熊猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC_5和NC_2对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1,ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-Teasy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定及分析,鉴定大熊猫蛔虫的种类。结果显示,目的片段总长为910 bp,2个不同样品之间的ITS及5.8S序列没有差异,与GenBank^(TM)中的拜林蛔线虫(Baylisascaris transfuga)、猪蛔虫(Ascaris suum)和人蛔虫(Ascaris lumbricoides)的ITS序列相似性分别为96.6%、82.9%和82.7%。结果表明,此次分离的大熊猫蛔线虫可能为拜林蛔线虫。

7株盐藻的5.8S rDNA和ITS序列及RAPD分析

研究的7株盐藻(株号分别为A85、A57、A83、A43、C43、A121和A124)均含有2根鞭毛,细胞形状均为长椭圆形或梨形,眼点不明显。在高盐度培养条件下7株盐藻甘油合成能力均明显增强,这与描述的绿色杜氏藻特征相似。为了进一步确定这些盐藻的分类地位,了解其与其它杜氏盐藻种的亲缘关系,本研究PCR扩增7株盐藻的5.8S rDNA和ITS序列,并完成序列测定,将从Genbank搜索的27条已定种杜氏盐藻的相应序列与7条扩增序列同时进行分析,构建进化树,结果表明,7株盐藻均与绿色杜氏藻(D.viridis)亲缘关系最为密切,7株盐藻可能均属于绿色杜氏藻,其中A85、A57和A83亲缘关系最近,A121和A124关系最为密切。筛选的11个随机引物进行7株盐藻RAPD分析的结果与采用5.8SrDNA和ITS序列分析的结果基本一致。

应用变性梯度凝胶电泳和16SrDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究

以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%～96%,余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotella sp .,其余 4 个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。

5.8S rDNA-ITS区片段的序列分析在坛紫菜种质鉴定中的应用

为探讨DNA序列标记技术在坛紫菜种质鉴定中的应用,对10个野生坛紫菜种质材料的5.8S rDNA-ITS区进行PCR扩增和序列分析,结果发现扩增的片段长度在1208～1219bp之间,可以分为ITS1区,5.8S区和ITS2区3个部分,其中5.8S区片段的长度完全一致,均为160bp;ITS1区和ITS2区片段的长度也非常接近,只有几个碱基的差异。多重序列比对发现10个种质材料的ITS区(包括ITS1和ITS2)序列都存在一定差异,序列同源性在95.82%～99.73%之间,而5.8S区序列则完全一致,但与其它种紫菜的5.8S区序列有很大差异,序列同源性在79.7%～95.0%之间。由此认为5.8S rDNA-ITS区这种高度保守区和高变区交替排列的形式可以成为坛紫菜种质鉴定及系统进化分析的强有力工具。

应用5.8S rDNA及ITS区序列分析链格孢种级分类

对9个链格孢小孢子种和3个大孢子种共20个链格孢菌株的5.8S rDNA及其两侧的ITS1区和ITS2区进行了序列分析。聚类分析结果表明形态差异大的种可以明确加以区分，而供试的9个小孢子种之间差异很小，不能根据对所选区段的序列分析加以区分。传统分类上的滨菊链格孢不属于Alternaria, 其分类地位需进一步研究。

一株高产脂肪酶产生菌16SrDNA的序列分析

【目的】对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础。【方法】对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLП-4)进行培养,提取其基因组DNA。设计16SrDNA通用引物,扩增16SrDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序。【结果】提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16SrDNA基因片段,长度为1528bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16SrDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌。【结论】初步将高产脂肪酶细菌JLП-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌。

秦巴山区桑黄18SrDNA的序列与亲缘关系分析

目的以采自秦巴山区的3个不同桑黄菌株作为研究材料,进行18SrDNA区段克隆测序和序列特征比较,进行亲缘关系分析。方法对18SrDNA序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的11个最相似物种的18SrDNA序列连同3个不同桑黄菌株的18SrDNA序列一起用于系统发育分析。结果 3个桑黄菌株的18SrDNA序列长度为桦桑1294bp,桑-s1337bp,桑转1289bp。结论其中2个桑黄菌株桑-s和桦桑与鲍氏针层孔菌(Inonotus baumii)聚在一起,相似性分别为99.8%和99.9%。

斯氏艾美耳球虫ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列的克隆及PCR检测方法的建立

通过对多种鸡球虫和松鼠球虫18SrRNA和28SrRNA进行序列比对分析,在18SrRNA 3′端和28SrRNA 5′端保守区设计艾美耳属通用引物,以斯氏艾美耳球虫洛阳分离株LY卵囊基因组DNA为模板首次成功克隆到斯氏艾美耳球虫完整的ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,其大小为1 178bp,其中ITS1序列长度为423bp,5.8SrRNA为155bp,ITS2为600bp,斯氏艾美耳球虫LY株ITS1/2序列高度变异,与鸡球虫、啮齿动物球虫的序列相似性低于60%。然后在斯氏艾美耳球虫ITS1/2序列超变区设计种特异引物,建立了灵敏、特异的PCR检测方法。本研究结果将为兔球虫强致病种的临床诊断和揭示兔球虫种群遗传特征提供有效的分子工具。

耐热脂肪酶产生菌FS1403的分离筛选和16SrDNA基因序列的分析

从菲律宾火山口土样中分离、筛选获得一株产脂肪酶的耐热菌FS1403，对该菌脂肪酶的酶学性质初步研究表明：酶的最适作用温度为55℃，60℃处理1h保持70％酶活性，为中度耐热脂肪酶。酶的最适pH值为8．0，在pH7～pH10的条件下酶活都比较稳定。采用细菌16SrDNA通用引物，PCR扩增、克隆并分析了该菌的16SrDNA基因序列，同源性和系统发育学分析表明菌株FS1403与Bacillus subtilis具有最紧密亲缘关系。

我国犬钩虫ITS及5.8S rDNA的克隆与序列分析

以从我国广东湛江犬小肠中采集的2条犬钩虫作为研究对象,用保守引物NC5及NC2扩增犬钩虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR和酶切鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,来自湛江的2条犬钩虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为738 bp,其中ITS-1序列长为364 bp,5.8S序列长为153 bp,ITS-2序列长为221 bp;2个不同样品之间ITS序列存在多态性,ITS-1序列存在5个碱基的差异,ITS-2序列存在1个碱基的差异,5.8S rDNA序列无差异。研究结果为犬钩虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。

广东茄科雷尔氏菌16SrDNA序列分析

应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香共12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA.序列测定及比较结果表明,21个广东茄科雷尔氏菌菌株16SrDNA近全长序列均为1 528 bp,序列间同源率99.2%-100%;各菌株的16S rDNA序列间只有1-12个不等的碱基差异,其中20个菌株的458-460位及474位的碱基是ACT和T,而菌株HZ-1则是TTC和A,说明广东茄科雷尔氏菌的16S rDNA序列十分保守.系统进化分析结果显示,仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌2 a亚组中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中.

油茶根际联合固氮菌的16SrDNA全序列分析

利用16SrDNA序列系统发育学分析方法对从湖南省野生油茶根系分离筛选出的一株高效联合固氮菌株B7-7进行了系统分类研究。结果表明:该菌株与鞘脂菌属Sphingobium yanoikuyae的同源性和相似性均达到99%,结合B7-7的形态特征和生理生化特性,初步将其确定为鞘脂菌Sphingobium sp.。

烟台海域暴发浒苔ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

以烟台海域引发"绿潮"的浒苔为研究对象,采用PCR技术扩增出浒苔的ITS-1、5.8SrDNA及ITS-2片段,将扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体,筛选阳性克隆进行序列测定。结果表明,浒苔的ITS-1序列长度为195bp,5.8S序列为155bp,ITS-2序列为181bp,该序列与浒苔属的多种物种ITS序列具有很高的同源性,在ITS-1区、5.8SrDNA区和ITS-2区仅存在4个转换/颠换位点。结合GenBank注册序列和本研究的结果发现,单纯依靠ITS序列并不能对浒苔属种类进行有效的分类鉴定。

18SrDNA序列分析鉴定棕囊藻香港株P_2为球形棕囊藻

有毒赤潮原因种棕囊藻(Phaeocystis sp.)生活史复杂,且形体微小,缺乏明确可靠的分类标准。1997、1999年中国东南沿海发生两次棕囊藻赤潮,但目前种的鉴定仍存在混乱。本文测定了香港海域一株棕囊藻赤潮原因种P_2的18S rDNA部分核苷酸序列,序列长度为650 bp,并对其进行了分子鉴定,结果表明其为球形棕囊藻(P.globosa)。

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明，分离自宁夏沙坡头地区的１２株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了ＤＮＡ同源性和群内中心菌株１６ＳｒＤＮＡ全序列分析。１２个菌株的Ｇ＋Ｃｍｏｌ％在５６４～６２２范围内；群内ＤＮＡ同源性为７２３％～９３５％，大于７０％，属种内水平；中心株Ｎ２２０的１６ＳｒＤＮＡ全序列与参比菌株的序列比较，从模拟系统发育树看出，它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的１６ＳｒＤＮＡ序列同源性在９４８％～９９２％的相似性水平上构成一个分支，看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。

基于5.8S rDNA序列论三白草科的系统发育

三白草科 (Saururaceae)是古草本的一个核心类群 ,它的研究对被子植物起源和早期演化具有重要意义。本文采用最大简约法 (maximumparsimonymethod)和邻接法 (neighbor -join ingmethod)等不同的分析方法 ,对三白草科及其外类群齐头绒 (ZippeliabegoniaefoliaBlume)的 5 8SrDNA序列进行分析 ,得到一致的结论 :Anemopsis最早从三白草科中分离出来 ,Sauru ruschinensis和S .cernuus是一对姐妹群 ,由于 5 8SrDNA序列的变异位点和信息位点相对比较少 ,Gymnothecachinensis—G .involucrata—Houttuynia—Saururus之间难以通过 5 8SrDNA序列的比较进行分辩。

不同症状矮牵牛植株植原体16SrDNA片段的克隆及序列分析*

应用植原体 16SrRNA基因通用引物,分别对表现矮化和扁茎症状的矮牵牛植株进行巢式PCR检测,均得到约 1. 2kb的特异片段。将此特异片段与pGEM -TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定,序列测定及同源性比较分析,结果表明:这 2个植原体株系 16SrDNA片段G+C含量分别为47. 1%和 47. 0%,具有其他柔膜菌纲原核生物 16SrRNA基因碱基组成特征;与 16Sr组中的代表株系 (西方翠菊黄化,SAY)同源率达到最高,分别为 99. 1和 98. 6%,故认为这 2个株系为该组成员之一。