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题名应用优化的隐马尔可夫模型预测蛋白质二级结构
被引量:1
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作者
石鸥燕
杨惠云
杨晶
田心
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机构
天津医科大学生物医学工程系
天津医科大学基础医学院
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出处
《高技术通讯》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期738-742,共5页
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基金
国家自然科学基金(30770545)资助项目
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文摘
针对3-状态隐马尔可夫模型(HMM)预测蛋白质二级结构准确率不高的问题,提出了7-状态和15-状态 HMM。研究对象为 CB513数据集合中筛选出的492条蛋白质序列,将其随机均分7组。分别应用7-状态和15-状态 HMM 对以上数据集进行二级结构预测,对预测准确率进行了7-交叉验证,并将预测结果与应用3-状态 HMM 的预测结果进行了比较。结果表明,应用7-状态 HMM,Q_3准确率提高3.11%,SOV 提高6.15%,Q_E提高6.49%;应用15-状态 HMM,Q_E比7-状态 HMM 又提高5.74%。在15.状态 HMM 预测中加入序列的同源信息后,Q_3准确率比单序列15-状态 HMM 增加8.76%。结果表明,7-状态HMM 预测能力优于3-状态 HMM,15-状态 HMM 总体预测能力和7-状态 HMM 相当,但β折叠预测能力强于7-状态 HMM。
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关键词
蛋白质二级结构预测
隐马尔可夫模型(HMM)
7-状态
15-状态
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Keywords
protein secondary structure prediction, hidden Markov model (HMM), 7-state, 15-state
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分类号
Q51-3
[生物学—生物化学]
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