一株柯萨奇病毒A组4型云南株的全基因组分析

目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件拼接比对,构建CVA4分离株系统进化树,分析其全基因组序列特征。结果194R3/YN/CHN/2022分离株为CVA4,属于C2基因亚型,与我国近年的优势基因亚型一致。重组分析显示,在P2、P3非结构编码区,CVA4病毒分离株可能与EVA114原型株V13-0285、CVA16原型株G-10、CVA14原型株G-14发生过重组。结论云南分离的194R3/YN/CHN/2022属于CVA4中国流行的C2基因亚型,但发生了一定变异。

2021—2023年安徽省手足口病柯萨奇病毒A组16型分子分型研究

目的了解安徽省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)发病情况、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)基因型别分布情况和VP1基因进化特征。方法通过中国疾病预防控制信息系统对2021—2023年安徽省HFMD发病情况和病原学检测情况进行统计。收集HFMD患者咽拭子样本,分离得到CVA16毒株,对其VP1区进行PCR扩增和基因序列测定,使用肠道病毒在线分型工具鉴定基因亚型,运用MegAlign比较核苷酸和氨基酸同源性,利用MEGA 6.0构建进化树,并分析VP1区氨基酸变异位点。结果2021—2023年安徽省累计报告HFMD病例155640例,年均报告发病率为84.83/10万。2021—2023年安徽省16个地市共报告HFMD实验室确诊病例12643例,其中CV-A16占18.16%(2296/12643),各年度构成比分别为25.81%(1127/4366)、33.69%(782/2321)和6.50%(387/5956)。2021—2023年安徽省共分离到HFMD CV-A16毒株72株,其中B1a和B1b基因亚型分别为58株(占80.56%)、14株(占19.44%)。两种亚型毒株与CV-A16原型株G-10的核苷酸和氨基酸同源性分别为73.80%~76.20%和90.60%~92.30%。进化树显示B1a基因亚型流行株在遗传进化上分为4个分支簇,B1b基因亚型流行株形成3个分支簇。72条VP1区基因序列与原型株比较发现了26个氨基酸位点发生变异。结论2021—2023年安徽省HFMD CV-A16主要流行的基因亚型为B1a和B1b,B1a为优势基因亚型,应加强对CV-A16流行毒株的分子监测。

柯萨奇病毒A组10型VP1蛋白线性中和表位的筛选和鉴定

柯萨奇病毒A组10型(CV-A10)是引起手足口病(HFMD)的常见病原体之一。应用重叠肽法筛选出覆盖CV-A10全长VP1区氨基酸序列的39条候选表位肽段,以间接酶联免疫吸附试验(ELISA)及微量中和抑制试验验证。结果发现,候选表位P6(CV-A10 VP1区第39~53位氨基酸)与CV-A10全病毒抗血清具有高反应性,且在3.91μg/mL的稀释质量浓度时仍具有中和抑制作用,为潜在中和表位。用P6肽免疫小鼠制备相应的抗血清,并以微量中和试验验证其保护能力,结果显示,P6抗血清的几何平均中和效价为1:8.97,可确定P6为CV-A10的中和表位。为了解P6序列在CV-A10型内的保守性,将P6的氨基酸序列与CV-A10各基因型代表株进行比对分析,结果显示,P6在CV-A10型内高度保守,表明P6为CV-A10的广谱性中和表位,可应用于CV-A10表位疫苗的研发。本研究旨在筛选鉴定CV-A10 VP1蛋白上的线性中和表位,为CV-A10表位疫苗的研发和HFMD的防控奠定基础。

柯萨奇病毒A组6型中国株的分子进化和时空传播分析

柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)是手足口病的主要病原体,可引起非典型手足口病和中枢神经系统疾病,对儿童造成严重的疾病负担,尚无上市的疫苗和抗病毒药物.基于3288条CV-A6中国株VP1序列,利用Nextstrain平台的augur病原体生物信息分析包,构建了CV-A6的时间尺度分子进化树,确定了进化分支和分支突变,分析了分支突变与抗原表位之间的联系.进一步分析了CV-A6中国株各分支在中国七大地理区域的时空分布和优势分支,绘制了主要分支的时空传播路线.结果发现,CV-A6中国株主要分为B、C和D三个进化分支以及D2、D3a和D3b三个子分支,抗原表位处的突变形成了新的进化分支,促进了病毒的流行.华南和华东是CV-A6中国株的主要起源地,华南和华东相互输出、华东输出全国是中国株的主要传播模式.对CV-A6中国株的分子进化和时空传播分析,为CV-A6引起的手足口病等疫情的监测、预警和防控提供了重要支持.

柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,Cox.A16)病毒SHZH00-1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox.A16SHZH00-1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5′端非编码区(5′UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3′端非编码区长为83bp。Cox.A16SHZH00-1基因组的结构与Cox.A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AF177911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为98.8%;而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79.1%,氨基酸同源性为94.5%。Cox.A16SHZH00-1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80%。

深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析

目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVAl6）、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株（AB268278）、以及台湾2008年分离株（AB571570）核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株（AB571563）、吉林2006年分离株（JQ715709）同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株（GQ253375）同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株（HQ728260）,共有6个氨基酸突变位点：N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。

中国柯萨奇病毒A组16型部分VP1区序列测定及系统进化分析

利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox.A16的种系进化规律和分型依据.6株Cox.A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同源性均较高,相互间核苷酸同源性为94.5%～98.0%,氨基酸同源性为97.8%～100%.6株中国分离株与Cox.A16国际参考株相比,部分VP1区核苷酸同源性高于78.2%,氨基酸同源性高于为93.3%.基因系统进化分析表明,中国大陆分离的6株Cox.A16与中国台湾流行株Tainan-5079-98(AF177911),与4株日本分离株、瑞典株及美国株GA95-2095(AF081613)、PA94-5753(AF081628)的关系均较近,核苷酸同源性大于93.3%.了解我国Cox.A16流行株的遗传学背景和种系进化关系,对有效地预防和控制Cox.A16流行有重要意义.

肠道病毒71型、柯萨奇病毒A组16型相关手足口病临床特征分析

目的分析肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CA16)相关手足口病(HFMD)的临床特征。方法回顾性分析209例EV71及CA16相关HFMD患儿临床资料,并进行比较。结果普通型HFMD患儿中,EV71感染患儿平均月龄偏大,体温高,呕吐及臀部出疹率高(P<0.05);CA16感染患儿男性偏多,发热天数长,心率快,AST、CRP显著升高(P<0.05)。重症HFMD患儿中,EV71所致病例多于CA16所致者(P<0.05),且嗜睡、肌震颤、易惊等临床表现的发生率高,易并发脑膜脑炎、脑干脑炎(P<0.05),实验室指标WBC、血糖(GLU)水平升高(P<0.05);CA16感染患儿男性较多,流涎、腹泻、口腔溃疡发生率高(P<0.05),实验室指标AST、CK、CRP水平显著升高(P<0.05)。结论 EV71及CA16相关HFMD临床特征有所不同,根据临床表现结合实验室指标WBC、GLU、AST及CRP等,有助于区分EV71或CA16感染。

2011-2016年上海地区手足口病病原谱及柯萨奇病毒A组6型不同基因型感染细胞的差异研究

本文旨在分析2011—2016年上海地区手足口病病原谱的构成和主要病原体流行规律,为手足口病的疫情防控和重症预警提供参考。采集2011—2016年哨点医院临床诊断为手足口病的患儿标本,首先进行肠道病毒通用型核酸和分型检测,其次对2012—2016年核酸检测为柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CA6)阳性样本进行基因型重组检测,分离重组型和非重组型CA6株,比较两者生物学特性。结果显示,2011—2012年秋季上海地区手足口病主要致病原为肠道病毒71型(enterovirus type 71,EV71)和CA16;2012年秋季起CA6成为主要病原体;2013—2014年重组型CA6(recombinant CA6,R CA6)占一定比例;2015—2016年非重组型CA6(non-recombinant CA6,NR CA6)成为优势流行株。R CA6和NR CA6代表株在RD细胞中增殖良好,在KB、MRC-5和HEp-2细胞中未见明显增殖。比较R CA6与NR CA6代表株接种于RD细胞后细胞活性下降的动态变化,未见显著差异。本研究证实,CA6为近年来上海地区手足口病的主要病原体,R CA6和NR CA6的构成比逐年变化,提示持续监测手足口病主要病原体并了解其生物学特性,对上海地区手足口病的防控预警及疫苗研发具有重要意义。

柯萨奇病毒A组6型与肠道病毒71型感染所致的手足口病临床特点比较

目的探讨柯萨奇病毒A组6型（CA6）和肠道病毒71型（EV71）感染所致手足口病（HFMD）的临床特点。方法回顾性分析2013年9月至2014年8月在重庆医科大学附属儿童医院住院的HFMD患儿的临床资料,纳入病原学确诊为EV71和CA6感染的病例,分为EV71组和CA6组,分析两组的临床特点、流行特征和预后。结果共确诊HFMD住院患儿887例,其中EV71组438例（49.4%）,CA6组43例（4.8%）。1EV71组和CA6组平均年龄分别为（17.6±8.7）和（27.2±18.2）月龄,差异有统计学意义（P〈0.001）。2两组流行时间不同,CA6组以1~3月所占比例最大,EV71组主要集中于4~7月。3发热、神经系统受累症状（呕吐、惊跳及肢体抖动）在CA6组发生率明显低于EV71组（P均〈0.05）,且意识障碍仅见于EV71组。4CA6和EV71组主要表现为手足疱疹、口腔疱疹和臀部皮疹,CA6组还更表现为躯干、四肢和口周皮疹。CA6组疱疹比例（23/43,53.5%）明显高于EV71组（49/438,11.2%）（P〈0.001）。5CA6组均痊愈,并完成随访;EV71组428例（97.7%）痊愈,1例（0.2%）死亡,347/437例（79.4%）完成随访。CA6组后期脱甲和脱屑的发生率均较EV71组明显增高（P均〈0.001）。CA6组均无后遗症;EV71组肢体瘫痪8/437例（1.8%）,癫1/437例（0.2%）。结论EV71和CA6感染所致的HFMD好发于不同季节,与EV71感染相比,CA6感染患儿年龄偏小,皮疹广泛,形态多样,脱甲及脱屑发生率高,神经系统受累较轻,预后较好。

江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的：了解江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型（CA16）分离株VP1区基因特征。方法：选取江苏省2012年14株CA16病毒分离株,用1对特异性引物进行VP1区核苷酸序列扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,结果与CA16参考株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果：14株CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~100.0%和98.7%~100.0%,与CA16国际标准株G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~76.7%和91.6%~92.3%。江苏省2012年的CA16分离株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a 和B1b 两条进化分支。结论：江苏省2012年有CA16病毒的B1a与B1b两种进化分支共同存在与循环,且呈现以B1b基因亚型为优势型别。B1a基因亚型为辅助型别的传播模式;无论是优势型别还是辅助型别,均各自呈现密切的亲缘关系。

合肥市0-14岁人群柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型的感染状况调查

采用ELISA法检测0-14岁人群柯萨奇病毒A组16型（CoxA16）及肠道病毒71型（EV71）抗体水平。在入选的1000例儿童中,EV71 IgM总阳性率19．9%,EV71 IgG总阳性率47.7%,CoxA16 IgM总阳性率22．8%,CoxA16 IgG总阳性率51．3%；EV71 IgM总阳性率与CoxA16 IgM总阳性率比较,差异无统计学意义（χ^2=2．794,P〉0．05）；EV71 IgG总阳性率与CoxA16 IgG总阳性率比较,差异无统计学意义（χ^2=2．793,P〉0．05）。各年龄组比较,新生儿组IgG抗体阳性率较高,其EV71 IgG抗体阳性率41．5%,CoxA16 IgG抗体阳性率49．5%；婴儿组IgG抗体阳性率最低,EV71 IgG、CoxA16 IgG抗体阳性率分别为38．0%,43．5%；除新生儿组外,随年龄增加,人群EV71、CoxA16 IgG逐渐增高,组间差异有统计学意义（χ^2=27．04、19．98, P 〈0．01）；在 IgM 方面,人群EV71、CoxA16 IgM 随年龄逐渐升高,组间差异有统计学意义（χ^2=41．12、37．13,P〈0．01）。两种HFMD病原体的IgM、IgG抗体性别间差异无统计学意义（χ^2=0．51、1．77、0．36、2．12,P〉0．05）。

柯萨奇病毒A组16型研究进展

A组16型柯萨奇病毒(Coxsackievirus A16,CVA16)是引起手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的主要病原体之一。近年来,HFMD在亚太地区暴发流行,已经成为重大的公共卫生问题之一。加强对CVA16生物学特征、流行病学特征、临床表现、实验室诊断、防治手段的认识,有助于防控HFMD的蔓延。

2013-2022年江苏省柯萨奇病毒A6型全基因组序列特征分析

目的 研究江苏省2013-2022年分离到的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析,以期从分子流行病学特征的角度解释CV-A6取代肠道病毒A71和柯萨奇病毒A16成为江苏省引起手足口病(HFMD)主要病原的原因。方法 选取2013-2022年间江苏省地区流行的35株CV-A6毒株进行全基因组测序,采用DNASTAR、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等软件对获取的全基因组序列进行比对、相似性分析、系统进化分析和基因重组分析,对P1编码区和3D区主要氨基酸变异位点进行分析。结果 35株CV-A6江苏毒株的全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为87.5%~99.6%和97.0%~99.8%,与CV-A6原型株Gdula/USA/1949的全基因组核苷酸序列相似性仅为80.3%~81.0%,氨基酸序列相似性为94.7%~95.3%。基于VP1序列的系统进化树结果显示,2013-2022年江苏省有34株CV-A6分离毒株分属于D3a基因亚型,1株分属于D2基因亚型;基于3D区进化树划分不同重组模式,2013-2022年江苏省流行的CV-A6出现过4个重组进化分支:RF-A、RF-L、RF-K和RF-C型。重组分析结果显示:江苏省流行的CV-A6毒株与CV-A6原型株Gdula/USA/1949在结构蛋白序列上具有较高的相似性。而在非结构蛋白和非编码区则与其他EV-A原型株序列相似性更高。而氨基酸突变位点分析结果显示,与原型株Gdula/USA/1949相比,P1区和3D区多个氨基酸位点变异频繁,可能会使得衣壳蛋白的结构、潜在的受体结合位点产生变化。结论 通过对2013-2022年江苏省CV-A6的全基因组序列分析,有助于了解江苏省CV-A6基因重组及遗传进化关系,解释了近年来CV-A6成为手足口病的主要病原体的可能原因,对CV-A6的防控工作提供了基础资料。

2012年江苏省柯萨奇病毒A组14型分离株全基因序列分析

目的探讨2012年江苏省手足口病(HFMD)病原体CVA14病毒的全基因序列特点。方法采集江苏省邳州市2012年HFMD患儿的咽拭子或肛拭子样本,分离培养得到2株CVA14病毒,利用RT-PCR扩增CVA14全长基因。利用DNAStar软件包的Meg Align进行核苷酸序列分析,构建系统进化树。结果扩增得到覆盖CVA14全基因组的3个片段,拼接后为CVA14全基因组,分别命名为PZ05Y/JS/2012和PZ15G/JS/2012。同源性分析结果显示,这2株分离株之间同源性为99.4%,原型株(G-14)的核苷酸同源性为84.4%。进化树结果显示,所有的CVA14形成A、B和C共3个分支。结论获得了江苏省CVA14的全基因序列,分析了该毒株的进化特点,补充了中国CVA14病毒的基因信息。

柯萨奇病毒A组16型与小鼠病毒性心肌炎的关联性及其药物干预研究

目的研究柯萨奇病毒A组16型(CVA16)与小鼠病毒性心肌炎的关联性,以及利巴韦林药物干预后的结果。方法将获取的临床标本分离后在非洲绿猴肾细胞中进行大量培养,选用致病性强的一株进行纯化、鉴定,培养出有一定毒力的致病株,以腹腔注射的方式感染刚出生的小鼠,小鼠共分为5组,每组10只,其中A组为正常对照组,B组为模型对照组,C组为低剂量的利巴韦林干预组,D组为中剂量的利巴韦林干预组,E组为高剂量的利巴韦林干预组,记录小鼠每日体质量、四肢活动情况、死亡情况,分别于感染后第3、7、11、15天获取小鼠的血清及心脏组织,采用酶联免疫吸附法(ELASA)试剂盒检测血清中的白细胞介素-6(IL-6),将心脏组织一部分用于病理切片,一部分用于提取RNA,进行反转录PCR(RT-PCR)实验。结果 B组小鼠的血清IL-6值明显升高,与A组比较,差异有统计学意义,并且RT-PCR的结果表明病毒在感染后的小鼠心肌细胞中存在,同时病理切片中可见明显的心肌炎性病变,利巴韦林药物干预之后,D组小鼠的体质量、病理切片炎性病变好转。结论 CVA16与病毒性心肌炎的发生有一定关联性,一方面病原本身对心肌有损伤,另一方面免疫内环境也参与其中,利巴韦林在治疗CVA16有关的心肌炎中有一定的临床意义。

柯萨奇病毒A组16型与肠道病毒71型致手足口病临床特点比较

手足口病是由多种肠道病毒引起的常见感染性疾病,其中肠道病毒71型(EV-A71)和萨奇病毒A组16型(CV-A16)是最常报道的病毒类型[1]。手足口病易发生在5岁以下儿童,大多数患儿表现出自限性疾病症状,典型症状包括发热、手脚皮疹、口腔内水疱。研究显示,一小部分手足口病可迅速发展,导致致命的神经系统和全身并发症,特别是在EV-A71相关的患儿中[2]。EV-A71型、CV-A16型手足口病患儿临床表现不同,疾病预后也不尽相同[3]。为了比较EV-A71型、CV-A16型手足口病患儿临床特征,本研究选取30例CV-A16型手足口病患儿和45例EV-A71型手足口病患儿,以观察2组不同病毒导致手足口病临床特征和血清学特征。

柯萨奇病毒A组16型衣壳蛋白VP1的原核表达及初步活性测定

目的:原核表达柯萨奇病毒A组16型(CVA16)衣壳蛋白VP1,以便于研制血清学检测试剂。方法:在基因库中钓取CVA16-VP1的全长序列,采用PCR逐步合成法合成其全长基因,测序正确后克隆到表达载体pET28a(+)中,构建重组表达质粒pET28a(+)/VP1,转化大肠杆菌BL21,IPTG诱导表达,利用Ni2+亲和层析柱对重组蛋白进行纯化;建立捕获免疫酶联法检测IgM抗体,检测20份手足口病阳性血清和30份阴性血清,评价重组抗原的灵敏度和特异性;采用CVA16全病毒免疫的抗小鼠血清进行Western印迹。结果:重组CVA16-VP1蛋白在大肠杆菌中获得高效表达;用重组蛋白抗原检测,20份手足口病患儿阳性血清中有4份阳性,其中1份同时为肠道病毒71型(EV71)VP1阳性,30份阴性血清无反应。结论:实现了CVA16-VP1的高效表达,初步结果显示重组蛋白具有较好的抗原性,为柯萨奇病毒A组16型诊断试剂的研究奠定了基础。

柯萨奇病毒A组16型的3C蛋白抑制RIG-Ⅰ介导的IFN-β的诱导

目的探讨柯萨奇病毒A组16型对RIG-Ⅰ介导的信号通路的影响。方法将带有IFN-β启动子的萤火虫荧光素酶报告质粒pIFN-β-luc及内对照报告载体pRL-CMV转染细胞,之后用CA16感染细胞,24 h后检测报告基因活性。将CA16感染细胞,在感染6 h、12 h、24 h以及48 h后用Real-time PCR方法测定细胞中IFN-β的mRNA的表达水平。将pIFN-β-luc和pRL-CMV以及表达RIG-I的质粒和表达CA16的3C蛋白质粒共转染细胞,24 h后检测报告基因活性。将带有绿色荧光蛋白GFP的IRF3质粒和表达RIG-I基因N端质粒以及表达CA16的3C蛋白共转染细胞,24 h后用荧光显微镜观察。将表达RIG-I的质粒和表达CA16的3C蛋白质粒共转染细胞,24 h后用免疫共沉淀方法验证蛋白质间相互作用。结果 CA16感染细胞不能引起IFN-β表达的上调,CA16的3C蛋白抑制了RIG-I诱导的IFN-β的启动子活性以及IRF3的核迁移,CA16的3C蛋白与RIG-Ⅰ存在相互作用。结论 CA16的3C蛋白通过与RIG-Ⅰ相互作用从而抑制RIG-Ⅰ介导的IFN-β的诱导。