系统鉴定与分析新型冠状病毒感染心肌细胞内的A-to-I RNA编辑事件

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染增加了心肌损伤的风险,其致病分子机制还不是很清楚。本文比较了SARS-CoV-2感染心肌细胞(感染组)与未感染病毒心肌细胞(对照组)中RNA编辑的变化,以期从RNA编辑角度了解SARS-CoV-2感染对心肌细胞的影响。首先,从GEO数据库中下载SARS-CoV-2感染的人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocyte,hiPSC-CM)的原始测序数据(GSE150392);然后,用SPRINT软件识别RNA编辑位点(RNAediting site,RES),比较感染组和对照组心肌细胞编辑水平的变化;最后,对编辑位点进行分析和注释,并进行相关基因的功能分析。结果显示,总共检测到约92899个碱基替换位点,其中87670个被鉴定为A-to-I RES,这些A-to-I编辑位点发生在Alu区域上的有78978个;A-to-I编辑位点倾向于成簇分布,主要分布在内含子、基因间区等区域;与对照组相比,感染组中编辑水平显著上调的A-to-I RES有102个,显著下调的有94个,这些含有显著差异RES的基因参与的病毒感染相关的GO(Gene Ontology)生物学过程主要富集于病毒过程、病毒生命周期和响应病毒感染的防御等,并且其KEGG(kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能通路也富集在病毒感染等方面,而筛选的含有高质量A-to-I RES、组间编辑水平存在显著差异的11个基因的功能则富集于内吞、细胞因子-细胞因子受体相互作用、蛋白酶体、烟酸和烟酰胺代谢以及铁死亡等方面。本研究结果表明,SARS-CoV-2感染影响了心肌细胞中A-to-I的RNA编辑,这类RNA编辑事件的发生体现了宿主心肌细胞对病毒感染的一种响应机制。

一种新的基于A-I RNA编辑预测乳腺癌预后模型的建立和验证

目的:开发一种基于腺苷到肌苷的脱氨基(A-to-I RNA编辑,ATIRE)的预后模型用于改善乳腺癌的个体化治疗。方法:首先使用单变量Cox回归分析来获得训练集中与总生存(OS)相关的ATIRE位点,然后进行最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归算法来确定最佳预后ATIRE位点,进行多因素Cox比例风险回归分析建立风险模型,纳入ATIRE风险评分和临床病理学特征变量构建预后列线图,绘制校准曲线并计算一致性指数以评价模型的预测概率与实际的一致性,通过决策曲线分析(DCA)评价该模型的临床收益价值。结果:确定18个预后位点用来构建预后模型,并生成ATIRE风险评分。高风险评分患者的中位生存时间显著缩短,列线图在预测乳腺癌的OS概率方面表现良好。校准曲线表现出优异的一致性,决策曲线显示其具有更高的净收益。结论:分析ATIRE事件在预测乳腺癌生存中的作用,基于AITRE的预后模型可以帮助临床医师更好进行临床决策。

星形胶质细胞外显子组中A-to-I RNA编辑位点的高通量测序鉴定

目的:采用高通量测序技术鉴定星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑。方法:对4个星形胶质细胞样本的转录组和外显子组分别进行高通量测序,利用生物信息学方法进行深度分析,鉴定出星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑位点。结果:在星形胶质细胞外显子组中共鉴定出1751个A至I RNA编辑位点,其中5’UTR有110个,3’UTR有1390个,编码区有251个,包括118个错义A至I RNA编辑位点。结论:本研究完成了星形胶质细胞外显子组中A至I RNA编辑位点的鉴定,研究结果将有助于深入理解A至I RNA编辑在神经系统疾病发生中的作用机制。

RNA编辑酶ADAR1在疾病中的研究进展

A-to-I RNA编辑是一种重要的转录后修饰过程,它由RNA腺苷脱氨酶(ADAR)酶催化,将编码和非编码RNA转录物中的腺苷转化为次黄苷(A-to-I),从而增加转录组和蛋白质组的多样性。作为ADAR家族的一员,RNA腺苷脱氨酶(ADAR1)介导的RNA编辑对哺乳动物的生存至关重要。异常的ADAR1活性与多种人类疾病有关,包括自身免疫性疾病、病毒感染、代谢疾病、癌症等。已有研究表明,ADAR1通过RNA编辑、ADAR1自身基因突变和其他机制,深度参与到相关疾病的发生发展中。本文旨在总结ADAR1在人类疾病中的最新研究进展,浅析ADAR1及其介导的RNA编辑在疾病发生发展中的作用机制。