基于psbA-trnH序列的芦根及其混伪品DNA条形码鉴定

目的:应用psb A-trnH序列对芦根及其混伪品进行鉴定研究,为该药材的临床用药安全和市场监管等方面提供参考。方法:对芦根及其基原物种进行DNA提取、PCR扩增psb A-trnH序列、双向测序,结合Gen Bank下载序列,对序列进行比对、计算遗传距离、构建NJ系统聚类树。结果:芦根psb A-trnH序列长度为482～483 bp,种内有2个变异位点,有2种单倍型,G+C含量为37. 7%～37. 8%。芦根psb A-trnH序列种内遗传距离为0～0. 004 2,芦根与其混伪品的种间遗传距离为0. 008 3～0. 036 1,大于芦根种内最大遗传距离。基于psb A-trnH序列构建的NJ聚类树显示,芦根样品单独聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论:应用psb A-trnH序列可以鉴别芦根及其混伪品。

不同地理居群破布叶的psbA-trnH和ITS2序列及其聚类分析

目的探讨破布叶Microcos paniculata不同地理居群间的DNA序列变异与地理分布的关系,为其种质资源评价和基原植物的分子鉴定提供参考。方法对破布叶14个居群14份个体样品以改良的3×CTAB法提取基因组DNA,选择特异的引物扩增ITS2和psb A-trnH序列;PCR扩增产物直接双向测序分析。DNAMAN 8.0软件处理测序数据,MEGA6.0软件计算K2P遗传距离,运用NJ法构建系统聚类树。结果破布叶14个居群的ITS2序列均为462 bp,共检测到14个变异位点,居群间遗传距离0.000 0~0.019 8。除云南景洪居群样本的psb A-trnH序列存在8 bp缺失外,其他13个居群样本的psb A-trnH序列均长387 bp,无变异,居群间遗传距离为0.000 0。结论不同地理居群破布叶的psb A-trnH较ITS2更为保守,二者PCR扩增引物特异性好,扩增效率和测序成功率高,对其药材及基原植物的分子鉴定可采用psb A-trnH为主,ITS2序列为辅的DNA条形码技术。

地黄属植物DNA条形码鉴定及地黄栽培起源研究

目的评价DNA条形码通用序列对地黄属植物Rehmannia Libosch.ex Fisch.et Mey.的鉴定作用,探讨中药地黄R.glutinosa的栽培起源。方法对地黄属物种的ITS、psb A-trn H、rbc L和mat K序列扩增和测序,比较各序列在种内和种间变异。采用最近距离法、相似性搜索法、构建Neighbor-Joining（NJ）系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果对比地黄属各种的rbc L和mat K序列,结果显示rbc L序列完全一致,mat K序列同源性为99.9%~100%。ITS和psb A-trn H序列的平均种间变异均大于平均种内变异,且2条序列的种间最小变异均大于种内最大变异。在ITS系统树上,地黄的所有样品与茄叶地黄聚在一支,支持率为96%;psb A-trn H和联合树上,地黄的所有样品聚为一单系分支（支持率为55%和58%）。地黄与茄叶地黄聚在的这一分支分别与裂叶地黄和高地黄聚在一支（在ITS和联合树上支持率为55%和68%）,与裂叶地黄和天目地黄聚在一支（在psb A-trn H树上支持率为80%）。ITS和联合树支持栽培地黄的3个品种与来源于河南温县、郑州、南阳和北京野生地黄居群聚在一支,支持率为51%和69%。结论叶绿体基因rbc L和mat K不适合作为条形码对地黄属进行鉴定,ITS和psb A-trn H序列可以作为中药材地黄与同属近缘种进行鉴定的条形码序列。裂叶地黄和天目地黄可能是四倍体地黄的2个亲本来源,栽培的地黄品种可能起源于河南温县区域的野生群体。