柯萨奇病毒A24型变异株VP1基因变异分析

目的:从分子水平探讨2002年-2008年柯萨奇病毒A24型变异株(Coxsackie virus type A24 vari-ant,CoxA 24v)VP1基因变异情况。方法:在GenBank基因库上下载26株2002年-2008年引起AHC的CoxA 24v病毒株VP1基因核苷酸和氨基酸全序列,分析各株之间核苷酸和氨基酸序列差异;并与CoxA24原型株Joseph株核苷酸和氨基酸序列进行比较。结果:各株之间VP1基因核苷酸全序列的同源性为94.3%～100%,氨基酸全序列的同源性为97.7%～100%;与Joseph株比较,核苷酸全序列的同源性为76.4%～77.9%,氨基酸全序列的同源性为90.5%～91.8%。结论:2002年-2008年CoxA 24v病毒株VP1基因在核苷酸水平上存在着一定的变异,在氨基酸层面上也存在变异,但变异幅度相对较小。

2002年福建省急性出血性结膜炎病原分离和鉴定

[目的 ]查明 2 0 0 2年我省急性出血性结膜炎 (AHC)流行的病原。[方法 ]采集福州和漳州市临床诊断为AHC的患者眼拭子 5 7份、双份血清 7份。分别用Hep 2和Vero细胞对标本进行病原分离 ;用免疫血清微量中和试验对分离出的毒株进行鉴定 ;用诊断血清鉴定的 4株病毒 ,对 7例患者的双份血清进行中和抗体效价测定。[结果 ]从 5 7份眼拭子标本中分离出 47株 (阳性率 82 5 %) ;经诊断血清微量中和试验鉴定 ,均为柯萨奇病毒A2 4变异株 (CA2 4v) ;7例患者双份血清经微量中和试验测定 ,中和抗体均呈≥ 4倍增长。[结论 ]CA2 4v是引起 2 0 0

一起急性出血性结膜炎疫情病原学鉴定及基因特征分析

目的 为鉴定2023年深圳市宝安区某学校一起急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis, AHC)聚集性疫情的病原并进行病原学特点分析,为快速追溯传染源以及处置此类疫情提供了参考和依据。方法 对深圳市宝安区2023年某学校一起AHC聚集性疫情采集22份眼拭子标本进行分析。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)方法对采集自患者的眼拭子标本进行肠道病毒70型(Enterovirus 70, EV70)和柯萨奇病毒A组24型(Coxsackievirus A24, CVA24)基因检测,然后测定阳性样本中病毒基因(VP1)核苷酸的全序列,测定的序列与不同时期、不同地区CVA24的序列比对,分析同源性并构建系统进化树,同时将核苷酸序列翻译成氨基酸序列,分析氨基酸位点突变情况。结果 采集的22份眼拭子标本中,经荧光定量PCR检测,有16份CVA24病毒阳性,阳性率为72.73%,而EV70病毒均为阴性。其中16份标本用VP1引物进行扩增,并对扩增产物测序,成功扩增并测序出14份标本的VP1全长序列。分析和比对核苷酸序列,鉴定结果均为CVA24v GⅣ基因型。基因进化分析显示这14株CVA24v核苷酸同源性为100.00%,与CVA24v的原型株EH24/70的核苷酸同源性为85.14%,与CVA24的原型株Joseph的核苷酸同源性为77.27%。系统进化树显示,它们与同时期广东省中山市流行的CVA24v毒株处于同一进化分支上,其亲缘关系最近。与2023年以前流行的参考序列的氨基酸序列比较,本次流行株的VP1区氨基酸序列在16位点形成一个新的突变,由亮氨酸(L)替换为异亮氨酸(I)。结论 本次急性出血性结膜炎聚集性疫情的病原体是柯萨奇A24型变异株,其氨基酸序列出现一个新的变异位点,根据系统进化树结果,推测毒株可能来源于同时期广东省流行的株型。

2010年浙江省部分地区急性出血性结膜炎暴发疫情病原学研究

为查明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎(AHC)暴发疫情的病因,并对病原进行分子溯源。本研究采用荧光RT-PCR方法直接从患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物提取病毒核酸后进行VP1全基因和3C蛋白酶区(3C)扩增和测序,同源性与进化分析。结果13份眼拭子样本中EV和CA24v核酸均阳性8份,分离到CA24v6株。选取4株病毒测序,获得VP1全长均为915个核苷酸(nt),3C区全长495nt,VP1和3C区均没有nt插入和缺失。2010年浙江4株CA24v分离株之间在3C区和VP1区核苷酸和氨基酸(aa)高度同源,2010年浙江CA24v分离株与原型株EH24/70在3C区的nt和aa同源性分别为85.2%～85.8%和96.2%～96.7%,与2002～2008年浙江、云南和广东CA24v株的同源性分别为93.4%～96.2%和96.7%～99.3%;浙江2010年CA24v株在3C区进化树的GⅣ基因亚型C4分枝上(GⅣ-C4),在VP1基因进化树的人类肠道病毒C组(EV-C)CA24v分枝上。研究表明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎暴发流行的病原为CA24v,GⅣ基因亚型,与引起2002～2008年浙江AHC流行的CA24v株(GⅣ)具有密切的亲缘关系,推测CA24v病毒自2002年以来一直在本地低强度循环,2010年又导致了浙江AHC的暴发。

2010年江西省急性出血性结膜炎病原体鉴定及基因进化分析

为鉴定引起2010年江西省急性出血性结膜炎（Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC）疫情的病原体,并对其进行基因进化分析,本研究采集了20份门诊AHC患者眼结膜拭子,对其进行病毒分离,随后通过逆转录-聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）方法分别检测阳性分离物中肠道病毒70型（Human enterovirus type 70,EV70）、柯萨奇病毒A24变异株（Coxsackievirus A24variant,CV-A24v）和腺病毒。并对CV-A24v分离株进行VP1区和3C区全序列测定,分析其与全球流行CV-A24v的基因进化关系。20份标本中有10份病毒分离阳性,PCR检测证明引起本次AHC流行的病原体为CV-A24v。基于3C区构建的基因进化树表明10株江西CV-A24v与全球2010年后分离到的其它CV-A24v同属于GenotypeⅣ基因型的Cluster 5群（GⅣ-C5）,而且在GⅣ-C5内江西CV-A24v又分属于A和B两个传播链。基于VP1区构建的基因进化树将全球2000年后分离到的CV-A24v分成5组Group1~5（G1~5）,江西CV-A24v属于G5,这些毒株在VP1区进化树中同样分属于A和B两个传播链。本研究表明2010年至少有两个CV-A24v传播链在江西同时流行。VP1区基因进化树对全球2000年后分离到的CV-A24v的组群划分与3C区基本一致,而且与3C区呈现同样显著的年代聚集性。

急性出血性结膜炎病原学分子特征分析

目的检测分析引发浙江省急性出血性结膜炎(AHC)爆发流行的病原学及毒株的分子特征。方法采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应方法直接从AHC患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物扩增病毒VP1基因和3C区片段,测定核苷酸序列,应用DNA-MAN和MEGA软件进行同源性和进化分析。结果 3株浙江CA24v分离株VP1基因全长915个核苷酸(nt),3C区全长549 nt,均没有nt的插入和缺失;浙江分离株Zhejiang/13/08与CA24v原型株EH24/70在VP1和3C区核苷酸同源性分别为85.3%和86.5%,与2005年新加坡分离株Singapore/DSO-26/05和2007年广东分离株Guangdong/332/07株在VP1区和3C区的核苷酸同源性分别为97.0%～99.1%和96.7%～99.5%;浙江CA24v分离株在3C区进化树的Ⅲ基因亚型B分支上(GⅢ/B),在VP1进化树的CA24v Group2分支上。结论引起2007-2008年浙江省急性出血性结膜炎爆发流行的病原为CA24v GⅢ亚型,该病毒最有可能来源于新加坡。

2007年昭通市急性出血性结膜炎暴发流行病学调查

目的了解昭通市急性出血性结膜炎(简称AHC)流行的原因。方法用描述流行病学方法对AHC流行时的个案调查资料进行分析,采集部分AHC病人眼拭子样品,进行病毒分离。结果2007年1～12月共发病3 843例,发病高峰在8～9月。发病率平均为72.69/10万,病人通过直接或间接触传播,病例有高度聚集性,发病以学生为主,占发病总数的43.60%;其次是农民,占37.00%。从采集的30份眼拭子样品中分离柯萨奇病毒A24变种11株。结论昭通市AHC流行是由柯萨奇病毒A24变异株引起,今后要加强疫情监测及健康教育力度,尤其是学生、农民AHC卫生知识宣传,防止疫情再次暴发。

深圳市一起急性出血性结膜炎爆发的分子特征分析

目的快速检测深圳市2007年一起急性出血性结膜炎爆发流行的病原并分析其基因进化。方法采集8例疑似急性出血性结膜炎患者的眼拭子标本,提取病毒核酸。用三套可能引起急性出血性结膜炎的病原体的特异性引物进行PCR反应,根据扩增产物琼脂糖凝胶电泳所产生的目的条带快速判定病原体类型。将扩增产物测序后,与不同地区、不同时期相应病原体的毒株进行同源性比较和进化树分析。结果在8例疑似急性出血性结膜炎患者中检测出5例柯萨奇病毒A24型变异株阳性,阳性率为62.5%。基因进化分析显示这5株柯萨奇病毒A24型变异株的VP4序列的组内核苷酸同源性为100%,与同时期广东省流行的CA24v毒株的VP4序列亲缘关系最近,核苷酸同源性为100%;与柯萨奇病毒A24型变异株原型株EH24/70的核苷酸同源性为84.5%;与柯萨奇病毒A24原型株Jospeh的核苷酸同源性为76.3%。结论本次急性出血性结膜炎爆发流行的病原体是柯萨奇病毒A24型变异株,毒株可能来源于同时期广东省流行的株型。