利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的研究

目的:利用生物信息学技术探索人卵巢癌细胞株A2780对顺铂耐药基因的可能机制,为临床化疗提供有效的依据。方法:①通过GEO在线GEO2R工具从两组数据库(GSE15372和GSE33482)中,分别比较对顺铂耐药的A2780与对顺铂敏感的A2780中的基因表达差异,并筛选出高表达基因和低表达基因;使用维恩图确定两组数据库中耐药的高表达共同差异基因和低表达的共同差异基因。②利用GO分析和KEGG通路富集分析耐药基因的生物学功能。③利用蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络及Cytoscape软件筛选出A2780对顺铂耐药核心靶基因。④利用Kaplan-Meier Plotter工具对Hub基因进行总生存期分析。结果:①两组数据集的高表达共同耐药基因共37个,低表达共同耐药基因共2个。②GO分析结果显示:生物学过程(BP)分析结果表明,耐药基因主要参与着细胞间信号传导、趋化作用等;细胞组成(CC)分析表明,耐药基因主要位于细胞外区域、细胞间隙、细胞表面;分子功能(MF)分析表明,耐药基因参与着趋化因子相结合等作用。KEGG通路富集分析显示,耐药基因主要在细胞因子与细胞因子受体相互作用的信号通路、趋化因子信号通路上发挥作用。③PPI网络及Hub基因筛选结果显示:CCR5、POSTN、LOX、DACT1、RTN1、CCR1、CXCL6、PITX2、SNCA、AREG是核心耐药基因。④Hub基因中POSTN、LOX、DACT1、RTN1、PITX2的高表达与卵巢癌的不良预后有关(P<0.05)。结论:人卵巢癌细胞株A2780中顺铂耐药基因的异常表达,在卵巢癌化疗耐药中发挥着重要的作用,需要进一步的体外实验研究来证实其在临床化疗耐药中的作用。

HDAC抑制剂TSA增强卵巢癌细胞株A2780对腺病毒基因转染效率的体外研究

背景与目的:腺病毒感染依赖于靶细胞表面柯萨奇-腺病毒受体(Coxsackie and adenovirus receptor,CAR)的表达,肿瘤细胞CAR表达的缺失和下调是造成腺病毒为载体基因治疗效果不佳的根本原因。本研究通过观察组氨酸去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)抑制剂TrichostatinA(TSA)对卵巢癌细胞株A2780CAR表达水平的影响,探讨HDAC抑制剂在腺病毒载体基因治疗中应用的可能性。方法:分别在TSA作用A2780细胞前后检测CARmRNA和蛋白水平的表达,同时采用流式细胞术测定病毒转染效率,MTT实验评价腺病毒携带的胸苷激酶(ADV/TK)的体外抗瘤效应。结果:TSA处理后,A2780细胞内CARmRNA和蛋白表达明显增高。通过流式细胞仪分析GFP/ADV转染后GFP的表达发现,未处理组细胞转染率为(1.24±0.14)%;5nmol/L和100nmol/LTSA处理48h后,细胞的转染效率分别为(7.58±0.32)%和(7.94±0.28)%。MTT结果表明,ADV/TK介导的体外杀伤作用在5nmol/L和100nmol/LTSA处理组较未处理组增强了4～10倍。结论:TSA可以增强针对卵巢癌细胞的腺病毒基因转染效率,为增强卵巢癌基因治疗效果提供可能的方法。

姜黄素诱导卵巢癌细胞株A2780细胞周期阻滞和凋亡

目的 探讨姜黄素对卵巢癌细胞株 A2 780的生长抑制作用及其机制。方法 10～ 5 0μm ol/ L姜黄素作用 6～2 4 h后 ,MTT比色法检测细胞生长活性 ,流式细胞仪测定细胞周期时相变化 ,末端 Td T酶标记技术和 DNA L adder检测细胞凋亡 ;透射电镜观察细胞超微结构变化。结果 姜黄素能显著抑制卵巢癌细胞株 A 2 780的体外生长 ,呈时间与剂量依赖性 ;细胞周期阻滞于 G0 / G1 期 ;部分细胞出现凋亡形态学改变 ,凝胶电泳可见“梯形”条带 ,凋亡率为 6 .4 1%～ 2 8.4 8% (P<0 .0 1)。结论 姜黄素通过抑制细胞增殖、诱导细胞凋亡等机制 。

川芎嗪对人卵巢癌耐药细胞株A2780/ADM逆转作用实验研究

目的探讨川芎嗪(TMP)逆转卵巢癌A2780/ADM细胞对阿霉素(ADM)的耐药作用及机制。方法应用MTT法测定细胞的药敏性;用荧光分光光度法测定细胞内阿霉素浓度的变化;采用流式细胞术检测耐药细胞凋亡率的变化。结果非细胞毒性剂量川芎嗪能显著降低卵巢癌耐药细胞株A2780/ADM的IC50,逆转倍数为2.07倍;非细胞毒性剂量川芎嗪能显著增加耐药细胞内ADM的浓度和耐药细胞的凋亡百分率,显著降低P-gp的表达。结论川芎嗪具逆转卵巢癌耐药细胞株A2780/ADM细胞对阿霉素的耐药性,其逆转机制可能与增加细胞内ADM浓度和抑制该细胞P-gp的表达有关。

川芎嗪基于KDM2B调控卵巢癌细胞顺铂耐药的机制

目的探索川芎嗪调控卵巢癌细胞顺铂耐药的潜在机制。方法用顺铂(cisplatin,DDP)诱导A2780细胞成为A2780顺铂耐药细胞株(A2780/DDP);将其分为对照组、阴性对照组、干扰组和川芎嗪组。干扰组和阴性对照组分别用si-KDM2B和si-NC进行转染。川芎嗪组给予终浓度为5 nmol·L^(−1)的川芎嗪(培养基溶解)处理细胞,对照组给予相同体积的培养基。每组细胞培养48 h后,收集耐药细胞。实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)用于检测mRNA表达水平,噻唑蓝(methyl thiazolyl tetrazolium,MTT)用于细胞增殖实验,流式细胞术用于检测细胞凋亡,Western blotting用于检测细胞凋亡相关蛋白[(B淋巴细胞瘤-2(B-cell lymphoma-2,BCl-2)、B淋巴细胞瘤-2相关蛋白X(BCL2-associated X protein,Bax)和半胱氨酸蛋白酶-3(caspase-3)]的表达水平。结果赖氨酸特异性去甲基化酶2B(lysine-specific demethylase2B,KDM2B)在A2780/DDP中高表达,A2780/DDP细胞经川芎嗪或者KDM2B敲减处理后可以抑制A2780/DDP细胞增殖、促进细胞凋亡、上调凋亡相关蛋白(Bax和caspase-3)和下调BCl-2的表达水平。结论川芎嗪可能通过调控KDM2B抑制A2780/DDP细胞增殖和促进细胞凋亡。

基于开放数据的卵巢癌细胞铂类耐药机制分析和治疗药物选择研究

目的探索卵巢癌细胞系耐药基因表达改变及其生物学机制,为卵巢癌细胞系铂类耐药成因及治疗提供生物信息学依据。方法从基因表达数据库(GEO)下载A2780耐铂类化疗和原始细胞株相关基因芯片数据集并分组,应用R软件筛选差异表达基因,使用clusterProfiler R包对差异基因进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析和可视化,找出相关高度表达的基因通路。通过STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络,分析网络的hub基因。通过Cytoscape软件构建蛋白互作网络并分析生物过程。利用CMap网站,通过差异基因在细胞株内导致的药物反应区别,识别与耐药相关的药物。结果卵巢癌铂类耐药的形成在基因表达层面的关键变化基因数量较少,不同研究芯片同样高表达的基因仅有32个,低表达的基因仅有126个,细胞外基质信号通路和MAPK信号通路相关基因表达升高,外泌体分泌相关蛋白增加,胆固醇储存的正向调控过程增强,生长板软骨细胞分化,单核细胞分化等生物学过程增强,说明卵巢癌细胞耐铂类机制可以沿着上述2个机制探索。而Cycloheximide、Emetine、Cephaeline、Homoharringtonin、Verrucarin-A、Puromycin等6种药物可以在铂类耐药的生物学研究中有所侧重。结论本研究对人卵巢癌细胞铂类耐药成因及治疗进行了探索及分析,对人卵巢癌细胞铂类耐药的进一步研究提供了生物信息学理论依据。