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水域生境好氧不产氧光合细菌(AAPB)研究进展 被引量:5
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作者 张海涵 王燕 +7 位作者 刘凯文 黄廷林 李楠 杨尚业 司凡 苗雨甜 黄鑫 张梦瑶 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1585-1598,共14页
好氧不产氧光合细菌(aerobic anoxygenic photosynthesis bacteria,AAPB)是广泛分布于海洋、湖泊及河流等典型水域生境中的异养原核生物,能够以环境中有机物为营养物质来获取细胞生长及代谢所需的能量,同时借助自身独特的菌绿素完成光... 好氧不产氧光合细菌(aerobic anoxygenic photosynthesis bacteria,AAPB)是广泛分布于海洋、湖泊及河流等典型水域生境中的异养原核生物,能够以环境中有机物为营养物质来获取细胞生长及代谢所需的能量,同时借助自身独特的菌绿素完成光合作用产能但不合成氧气,在物质循环与能量流动中扮演着重要角色.近年,越来越多的AAPB种属被陆续报道,基于光合基因,例如光合反应中心M亚基(pufM)的分子系统发育分析显示,大部分AAPB属于α-、β-及γ-变形菌,且丰度及多样性随生境的不同而呈现时空地理格局异质性.本文对AAPB的栖息环境与生长特性、丰度与分布、生态功能以及环境驱动因子等方面的研究进展进行了回顾和综述.目前,针对水库生态系统AAPB的研究鲜见报道,作者建议开展水库生境中AAPB多样性分布、环境驱动因素及生态功能研究,丰富对于水生生态系统中功能微生物种群生态结构与代谢功能的认识. 展开更多
关键词 好氧不产氧光合细菌(aapb) 水域生境 丰度与分布 pufM基因 驱动因子
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海洋微型生物碳泵——从微型生物生态过程到碳循环机制效应 被引量:26
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作者 焦念志 骆庭伟 +8 位作者 张瑶 张锐 汤凯 陈峰 曾永辉 张永雨 赵艳琳 郑强 李彦玲 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期387-401,共15页
微型生物是海洋生态系统中"看不见的主角",在资源环境以及全球变化中扮演着举足轻重的角色.本研究通过方法创新和大量现场调查,从一类特殊微型生物类群——好氧不产氧光合异养细菌(AAPB)入手,展开了微型生物生态过程与机制的... 微型生物是海洋生态系统中"看不见的主角",在资源环境以及全球变化中扮演着举足轻重的角色.本研究通过方法创新和大量现场调查,从一类特殊微型生物类群——好氧不产氧光合异养细菌(AAPB)入手,展开了微型生物生态过程与机制的系统研究,修正了国际同行AAPB计数方法的误差,获得了全球海洋AAPB的分布规律,解释了以往现场实测结果的分歧,澄清了以往理论上的偏颇认识;建立了包括不产氧光能利用途径的上层海洋碳循环模型,并通过大量现场实测揭示:细菌光能利用关系到海区碳循环的"源""汇"格局;在这些研究基础上探讨了新的海洋碳循环机制,提出了"微型生物碳泵"理论框架,为全面认识海洋储碳机制、促进学科交叉、研发海洋碳汇奠定了基础. 展开更多
关键词 微型生物 碳循环 好氧不产氧光合异养菌 时间序列红外荧光显微数字化技术 微型生物碳泵
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川西高寒森林溪流好氧不产氧光合细菌多样性 被引量:3
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作者 黄春萍 吴福忠 +3 位作者 杨万勤 岳楷 张川 张健 《中国环境科学》 EI CAS CSSCI CSCD 北大核心 2017年第6期2332-2339,共8页
为了探明好氧不产氧光合菌(AAPB)在川西高寒森林溪流极端环境中的生态分布和群落结构及其环境影响因子,本实验结合同步温度动态和水环境特征监测,采用实时荧光定量PCR和克隆文库的方法,检测了川西高寒森林溪流季节性冻融循环3个关键时期... 为了探明好氧不产氧光合菌(AAPB)在川西高寒森林溪流极端环境中的生态分布和群落结构及其环境影响因子,本实验结合同步温度动态和水环境特征监测,采用实时荧光定量PCR和克隆文库的方法,检测了川西高寒森林溪流季节性冻融循环3个关键时期(冻结前期、深冻期和融化期)AAPB的丰度和多样性变化及其与环境因子之间的相关性.结果表明:AAPB丰度在冻结前期非常低,仅(2.80±0.19)×10~4bp/mL;深冻期迅速增加到(4.65±0.30)×10~4bp/mL;融化期达到(5.79±0.19)×104~bp/mL.系统发育分析显示,冻结前期AAPB类群主要为α-变形菌纲细菌;而深冻期和融化期以β-变形菌纲细菌占据主要地位.相关性分析表明,在季节性冻融循环过程中,叶绿素a、可溶性有机碳和温度是AAPB菌群丰度和多样性的主要影响因子.实验结果表明冬季的川西高寒森林溪流中,AAPB类群的丰度低,但是它们高度动态变化,并且与其他淡水环境中的该类群的同源性低. 展开更多
关键词 好氧不产氧光合菌 丰度和多样性 高寒森林溪流 季节性冻融循环
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原位PCR及其在海洋细菌检测中的应用
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作者 沈伟 焦念志 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期389-397,共9页
原位PCR技术在海洋生物研究中应用较少,尚无规范的方法步骤。将原位PCR技术应用于海洋细菌功能基因检测,通过实践探讨了影响原位PCR的关键因素,指出细胞的固定和消化是影响其成败的关键;探讨了有关的实验条件;并展望了在检测海洋细菌,... 原位PCR技术在海洋生物研究中应用较少,尚无规范的方法步骤。将原位PCR技术应用于海洋细菌功能基因检测,通过实践探讨了影响原位PCR的关键因素,指出细胞的固定和消化是影响其成败的关键;探讨了有关的实验条件;并展望了在检测海洋细菌,尤其是对目前尚无合适方法定量检测的典型海洋功能细菌等的检测方面,原位PCR有望发挥重要作用。 展开更多
关键词 原位PCR(isPCR) 海洋细菌 功能基因 原位检测 好氧不产氧光合异养细菌(aapb) 变形菌视紫质细菌(PR)
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舟山海域好氧不产氧光合异养细菌群落结构分析 被引量:4
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作者 赵本宣 赵晟 +2 位作者 李汝伟 刘强 吴常文 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期171-183,共13页
好氧不产氧光合异养细菌(aerobic anoxygenic phototrophic bacteria,AAPB)是广泛分布在各种海洋环境中并在微生物生态学、海洋碳汇和海洋生态系统的生物地球化学循环的过程中具有潜在的重要作用的一类光合异养微生物。于2016年4月份在... 好氧不产氧光合异养细菌(aerobic anoxygenic phototrophic bacteria,AAPB)是广泛分布在各种海洋环境中并在微生物生态学、海洋碳汇和海洋生态系统的生物地球化学循环的过程中具有潜在的重要作用的一类光合异养微生物。于2016年4月份在舟山群岛不同海洋功能区海域的八个站点采集表层海水,基于编码光合反应复合中心小亚基的puf M基因进行高通量测序,对测序结果进行分析,结果发现:除了岱山的样品测序失败以外,其它七个站点共得到192633条序列,我们进行了OTU聚类分析,相似性设为97%,可以看到,所有的数据最后一共分成4051个OTU。属于Proteobacteria的AAPB占明确分类的各细菌门的97%。Rhodobacteraceae科的Loktanella和Roseobacter两个属的AAPB在所有的采样站点中都处于优势地位。Desulfocapsa属在朱家尖站位(ZJJ)的发现非常具有研究价值,在以往的研究中还没有出现过。研究结果表明,在舟山群岛不同功能海域AAPB的群落结构和分布情况也是有差别的,而且与很多环境因素有关,这可以解释为什么目前很难准确预测水生环境总AAPB分布的问题。 展开更多
关键词 好氧不产氧光合异养细菌(aapb) 高通量测序 多样性
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Environmental control of growth and BChl a expression in an aerobic anoxygenic phototrophic bacterium, Erythrobacter longus (DSMZ6997) 被引量:1
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作者 LI Qiang JIAO Nianzhi PENG Zaiqing 《Acta Oceanologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2006年第6期138-144,共7页
anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB), which form a unique functional group of heterotrophic bacteria, have the abilit,to utilize light energy. The impact of carbon source and light intensity on the growth and bac... anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB), which form a unique functional group of heterotrophic bacteria, have the abilit,to utilize light energy. The impact of carbon source and light intensity on the growth and bacteriochlorophyn a ( BChl a) expression of a typical strain of AAPB, Erythrobacter longus strain DSMZ6997 was examined during batch culture and continuous culture. The results showed that the expression of BChl a in DSMZ6997 was regulated by both carbon-source and light conditions, and was stimulated by low availability of carbon but inhibited by light to a certain extent at 300 lx and completely at 1 500 lx. In contrast, cell abundance, and even cell size of this strain, was substantially enhanced under light/dark cycle cultivation conditions over dark conditions, indicating the promotion of growth by light. These results led to the conclusion that utilization of light through BChl a helps AAPB to survive under carbon stress, while light at high intensity is harmful to the synthesis of BChl a in AAPB. 展开更多
关键词 aerobic anoxygenic phototrophic bacteria aapb bacteriochlarophyll a BChl a) continuous culture
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Diversity and ecological assembly process of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria in a low irradiation area,Three Gorges Reservoir
7
作者 Lixin Huo Anran Ma +2 位作者 Hong Liu Xingzu Wang Cheng Song 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2024年第9期116-125,共10页
Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria(AAPB)are significant bacterial groups in aquatic ecosystems,known for their rapid growth and photoheterotrophic characteristics.However,the distribution and ecological assembly... Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria(AAPB)are significant bacterial groups in aquatic ecosystems,known for their rapid growth and photoheterotrophic characteristics.However,the distribution and ecological assembly process of AAPB in low irradiation freshwater basins remain unclear,warranting further investigation.In this study,we present the diversity,abundance,spatial variations,ecological process,and community interaction of AAPB in sediment of Three Gorges Reservoir(TGR)under low irradiation.Our findings demonstrate the dominant genera of AAPB community that exist in the TGR area also are appeared in different waters,with some regional preference.Moreover,the concentration of pufM gene,an indicator for AAPB,maintains a consistently high numerical level ranging from(2.21±0.44)×10^(4)to(9.98±0.30)×10^(7)gene copies/g.Although solar irradiation is suggested as the major factor affecting AAPB,it remains unclear whether and how AAPB differ between regions due to varying solar irradiation levels.Our results show spatial differences between total bacteria and AAPB communities,with significant differences observed only in AAPB.Geographical and environmental factor contributed less than 10%to the spatial difference of community,with sediment type and environmental factors being the key factors influencing microbial community structure.The stochastic process plays a dominant role in the aggregation and replacement of AAPB communities,among which the most contribution is dispersal limitation.For AAPB network,Yoonia and Gemmobacter are the hubs for modules.Those results valuable insights into the AAPB communities in TGR with low irradiation. 展开更多
关键词 Three Gorges Reservoir(TGR) Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria(aapb) Bacterial community Null model Community assembly
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好氧不产氧光合异养细菌及其在海洋生态系统中的作用 被引量:11
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作者 焦念志 Michael E Sieracki +1 位作者 张瑶 杜海莲 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第6期530-534,共5页
海洋生态系统中好氧不产氧光合异养细菌(AAPB)有着独特的生理特征和生态功能. AAPB具有罕见的3裂方式, 形成Y形细胞, 并常集合成自由漂浮的群体. 绝大多数AAPB是专性好氧的. AAPB以细菌叶绿素(BChl a)为惟一的光合色素, 且细胞BChl a含... 海洋生态系统中好氧不产氧光合异养细菌(AAPB)有着独特的生理特征和生态功能. AAPB具有罕见的3裂方式, 形成Y形细胞, 并常集合成自由漂浮的群体. 绝大多数AAPB是专性好氧的. AAPB以细菌叶绿素(BChl a)为惟一的光合色素, 且细胞BChl a含量(分子数)明显比典型的厌氧光合菌低, 但其胡萝卜素含量很高且种类繁多. 除了普遍存在的含Mg的BChl a外, 有的AAPB 还有含Zn的BChl a. AAPB具光捕获系统Ⅰ, 但常缺少光捕获系统Ⅱ. 尽管AAPB可利用光进行光合作用, 但其生长对光无依赖性, 它们具有控制自身光合作用的机制. AAPB分布广泛, 在海洋特别是贫营养的大洋环境的生物量中占有重要份额, 在碳及其他生源要素生物地球化学循环中扮演着独特的角色. 同时AAPB对重金属的矿化作用、解毒以及在生物除污方面有着巨大潜力. AAPB研究对于光合作用的起源与进化、环境调控, 以及海洋生态系统的结构与功能的深入认识具有重要意义. 展开更多
关键词 好氧不产氧光合异养细菌 海洋生态系统 细菌叶绿素 微型生物 aapb 光合作用
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浑善达克沙地生物土壤结皮及其下层土壤中好氧不产氧光营养细菌群落结构及多样性 被引量:8
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作者 唐凯 贾丽娟 +5 位作者 高晓丹 陶羽 孟建宇 李蘅 袁立敏 冯福应 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期228-237,共10页
【目的】揭示浑善达克沙地不同类型生物土壤结皮(Biological soil crusts,BSCs)及其下层土壤好氧不产氧光营养细菌(Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria,AAPB)群落结构及多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq二代高通量测序平台对... 【目的】揭示浑善达克沙地不同类型生物土壤结皮(Biological soil crusts,BSCs)及其下层土壤好氧不产氧光营养细菌(Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria,AAPB)群落结构及多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq二代高通量测序平台对puf M基因进行测序,使用生物信息学分析方法对序列进行比对分析AAPB的群落结构和多样性。【结果】生物土壤结皮及其下层土壤中,Proteobacteria和Alpha-Proteobacteria是优势门和纲,主要有6个属Bradyrhizobium(9.69%–90.02%)、Brevundimonas(0.83%–16.04%)、Methylobacterium(1.74%–12.56%)、Rhodospirillum(0.91%–32.87%)、Roseiflexus(0.02%–1.79%)和Sphingomonas(0.13%–11.23%);结皮层样品间及下层土壤样品间AAPB种类相似,但丰度有差异;随结皮的发育,结皮层及其下层土壤中AAPB群落多样性升高。【结论】浑善达克沙地BSCs中AAPB群落结构相对复杂,与水体和一般土壤环境中的组成区别明显;AAPB多样性高,且多样性随发育阶段升高而升高,预示着AAPB在荒漠生态系统稳定中有重要的作用。 展开更多
关键词 BSCS aapb pufM 高通量测序 多样性
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Method for quantification of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria 被引量:5
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作者 ZHANGYao JIAONianzhi 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2004年第6期597-599,共3页
Accurate quantification of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) is of crucial importance for estimation of the role of AAPB in the carbon cycling in marine ecosystems. The normally used method 揺pifluo-resc... Accurate quantification of aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) is of crucial importance for estimation of the role of AAPB in the carbon cycling in marine ecosystems. The normally used method 揺pifluo-rescence microscope-infrared photography (EFM-IRP)?is, however, subject to positive errors introduced by mis-taking cyanobacteria as AAPB due to the visibility of cyanobacteria under infrared photographic conditions for AAPB. This error could be up to 30% in the coast of the East China Sea. Such bias should be avoided by either subtracting cyanobacteira from the total infrared counts or using a flowcytometer equipped with specific detectors for discrimination between cyanobacteria and AAPB. 展开更多
关键词 不生氧光合细菌 量化 aapb 碳循环 EFM-IRP 红外计算
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Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria and their roles in marine ecosystems 被引量:5
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作者 JIAO Nianzhi Michael E. Sieracki +1 位作者 ZHANG Yao DU Hailian 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2003年第11期1064-1068,共5页
Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) are characterized by the following physiological and ecological features. A mother AAPB cell can unusually divide into 3 daughter cells and looks like a 揧?during the di... Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria (AAPB) are characterized by the following physiological and ecological features. A mother AAPB cell can unusually divide into 3 daughter cells and looks like a 揧?during the division. AAPB cells sometimes adhere together forming a free-floating population. Most of the known AAPB species are obligately aerobic. Bacteriochlorophyll a (BChl a) is the only photosynthetic pigment in AAPB, and the number of BChl a molecules in an AAPB cell is much less than that in an anaerobic phototrophic bacterial cell, while the accessorial pigments carotenoids in AAPB are abundant in concentration and diverse in species. In addition to the common magnesium containing BChl a, a zinc-containing BChla was also seen in AAPB. AAPB have light harvesting complexⅠbut usually lack light harvesting complexⅡ. Although AAPB featur in photosynthesis, their growth is not necessarily light- dependent. There is a mechanism controlling the photosynthesis approach. AAPB are widely distributed in marine environments especially in oligotrophic oceans accounting for a substantial portion of the total biomass and playing a unique role in the cycle of carbon and other biogenic elements. Besides the contribution to primary production, AAPB also have great potentials in bioremediation of polluted environments. Studies on AAPB would be of great value in understanding the evolution of photosynthesis and the structure and function of marine ecosystems. 展开更多
关键词 光合作用 海洋生态系统 aapb 需氧光养细菌 细菌叶绿素 母细胞 子细胞 色素 类胡萝卜素 光养菌分类
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分层型水库水体好氧不产氧光合细菌时空演替特征 被引量:1
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作者 张海涵 王燕 +7 位作者 黄廷林 王晨旭 路林超 司凡 李楠 刘凯文 闫苗苗 苗雨甜 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第5期2188-2197,共10页
好氧不产氧光合细菌(aerobic anoxygenic photosynthesis bacteria,AAPB)以多样的群落结构及独特的代谢功能在水体物质循环中扮演着重要角色.基于实时荧光定量PCR及Illumina MiSeq高通量DNA测序技术研究金盆水库水体中AAPB丰度及群落结... 好氧不产氧光合细菌(aerobic anoxygenic photosynthesis bacteria,AAPB)以多样的群落结构及独特的代谢功能在水体物质循环中扮演着重要角色.基于实时荧光定量PCR及Illumina MiSeq高通量DNA测序技术研究金盆水库水体中AAPB丰度及群落结构时空演替特征,结合冗余分析揭示环境因子对其群落结构影响规律.结果表明,金盆水库水体AAPB丰度(以pufM基因计)变化范围为(6.70±0.43)×10^3^(2.69±0.15)×10^4 copies·mL^-1,最大值出现于10月,且随水深增加而减小.样本主要归为19个属(除未分类菌属外),优势AAPB菌属包括慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium sp.)和甲烷菌属(Methylobacterium sp.),两者隶属α-变形菌(α-Proteobacteria),其中慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium sp.)占比于11月最高,高达60%以上(除10 m外),此外也发现了以低比例存在的红长命菌属(Rubrivivax sp.),隶属β-变形菌(β-Proteobacteria).AAPB不同属间存在较强的互作关系,如红杆菌属(Rhodobacter sp.)与小红卵菌属(Rhodovulum sp.)呈正相关,噬氢菌属(Hydrogenophaga sp.)与慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium sp.)呈负相关等.AAPB种群结构组成及分布差异显著,主要受T、 TN、 NO-3-N和光照强度影响,且由环境因素综合调控.如10月水深0、 5和15 m水体AAPB种群结构受水温(T)、总氮(TN)和总磷(TP)显著影响, 12月水深5 m水体AAPB种群结构受光照强度、pH、溶解氧(DO)和叶绿素a(Chla)显著影响等.研究结果对解析分层型水库水体AAPB丰度和多样性的时空变化特征具有指导意义,并为探索AAPB种群结构的水环境驱动因素提供理论依据. 展开更多
关键词 分层型水库 好氧不产氧光合细菌(aapb) pufM基因 qPCR 高通量测序 种群结构
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