质谱MRM方法开发--ABC外排蛋白指纹肽段的Insilico筛选研究

目的基于质谱MRM方法开发,建立相关ABC外排蛋白P-gp、MRP1、BCRP指纹肽段的In silico筛选方法。方法运用生物信息学方法,使用Uniprot软件获取目标氨基酸序列,根据肽段选择规则进行筛选;使用Skyline软件预测肽段离子及MRM相关母离子和子离子的信息,并排除特定不确定或不稳定的氨基酸;最后采用Blast软件对候选指纹肽段进行独特性确认,最终需结合质谱检测的方法进行验证。结果成功运用生物信息学方法,选定代表各自目标蛋白的指纹肽段,结果为P-gp蛋白肽段,IATEAIENFR;MRP1蛋白肽段,EDAQVDLFR;BCRP蛋白肽段,SSLLDVLAAR。结论In silico联合质谱的MRM方法成功选定了ABC相关外排蛋白的指纹肽段,为具有肽段组成的各类蛋白类、多肽类物质检测奠定了基础。