ABI310遗传分析仪自动检测多重聚合酶链反应扩增短串联重复序列产物及数据分析的应用特征

背景:以往聚合酶链反应产物检测多采用EB染色、银染色等技术,由于肉眼观察容易产生误差,尤其对片段长度差距较小、谱带位置相距较近的电泳图谱分析更加困难。目的:通过ABI310遗传分析仪检测多重聚合酶链反应扩增短串联重复序列产物,评价其数据分析的准确性。设计、时间及地点:2003-09/2004-01在四川农业大学分子遗传实验室完成。材料:凉山半细毛羊20只,取耳组织。方法:采用多重重聚合酶链反应扩增凉山半细毛羊基因组上的Y染色体上SRY,MCM158,MAF45和X染色体上MILVET09,AE25序列后,进行ABI310遗传分析仪检测。主要观察指标:5个基因座的基因型和片断大小。结果:通过ABI310遗传分析仪检测准确获得5个基因座的全自动分型结果和片断大小。结论:ABI310遗传分析仪检测多重聚合酶链反应扩增短串联重复序列产物,得到的数据准确可靠。

ABI PRISM^(TM) 3100型遗传分析仪最佳反应体系探讨

目的探讨ABI PRISMTM 3100型遗传分析仪的最佳反应体系,使DNA序列测定高效且经济。方法运用含有重组质粒的饱和大肠杆菌E.coli菌液,采取碱裂解法提取质粒。依据测序原理,分别通过调整模板量、BigDye Mix的用量和反应体系的体积来确定ABI PRISMTM 3100型遗传分析仪的最佳反应条件。结果针对该样本,测定DNA序列的最佳反应体系为:模板量100 ng,BigDye Mix 2μL,引物1.6 pmol,双重蒸馏水补足总体积为10μL。结论该反应体系保证了ABI PRISMTM 3100型遗传分析仪的测序质量,且大大节约了成本。

310型遗传分析仪的应用

使用ABI公司ProfilerPlus、Cofiler试剂盒及310型遗传分析仪(以下简称310)检验各类案件2000余起,简化了ABI公司推荐的检验步骤,节约了成本,缩短了检验时间,讨论分析常见问题并提出解决办法,使结果分析更为客观准确。

3100型遗传分析仪的应用和维护

随着分子生物学的发展,测序技术以及片断分析技术的应用越来越广泛。本文简要介绍了3100遗传分析仪的特点,并对3100遗传分析仪的正确使用及日常维护提出了自己的观点。

浙江汉族人群6个Y-STR基因座的遗传多态性调查及法医学应用

目的获得6个Y-STR基因座及其单倍型在浙江汉族人群中的遗传多态性分布,并探讨其法医学应用价值。方法应用Y-plex荧光标记复合扩增系统,对浙江汉族200名无关男性个体进行6个STR基因座的复合扩增,用ABI3100型基因分析仪对扩增产物进行检测,统计6个Y-STR基因座的群体遗传学参数。结果其中5个Y-STR基因座分别检出5、7、6、6、5个等位基因,DYS385基因座检出47种单倍型,GD值最低为0.4275(DYS391),最高为0.9584(DYS385);观察到6个Y-STR基因座共同构成的单倍型159种,其中有132种单倍型只出现1次,16种出现2次,6种出现3次,2种出现4次,2种出现5次,累计GD值为0.9967。结论6个Y-STR基因座具有较强的个体识别能力,可应用于浙江法庭科学中的个体识别与亲权鉴定。

汗潜指印DNA提取方法的初步研究

目的建立渗透性载体及非渗透性载体上汗潜指印DNA的提取和检验方法。方法采用C-有-柱法及SiO2法两种DNA提取方法,PCR扩增后310型遗传分析仪检测。结果载玻片上3枚汗潜指印采用2种方法均可扩增出Amel及9个STR位点;纸上3枚汗潜指印用SiO2法检见Amel及9个STR位点,而用C-有-柱法检验结果不稳定。渗透性及非渗透性载体上1及2枚汗潜指印,采用上述两种DNA提取方法,检验结果均不稳定。结论所建立的方法可以检见渗透性及非渗透性载体上汗潜指印DNA,并达到同一认定的程度。

基于毛细管电泳的TILLING实验技术的建立

CEL I内切酶特异识别并切断错配碱基,是建立TILLING实验技术平台的关键之一。本文从贵州省贵阳市当地种植的西芹中获得CEL I酶粗提物,利用一对具有已知单碱基差异的质粒作为底物验证所提CEL I酶粗提物的酶切活性,通过琼脂糖电泳和毛细管电泳对酶切产物进行检测,表明所获芹菜粗提物具有CEL I活性。本实验建立了适宜烟草TILLING实验的CEL I粗提物酶切体系:酶切温度42℃,酶切时间60 min,酶切反应总体积15μL,包括8μL PCR产物、4.5μL ddH2O、1.5μL酶切缓冲液(pH 7.5,500 mmol/L KCL,100 mmol/L Tris-Cl,15 mmol/L MgCl2)和1μL CEL I酶(稀释为原始粗提液0.05倍)。

191名白山市汉族CODIS系统9个STR位点群体遗传学调查

目的 白山汉族CODIS系统 9个STR位点基因频率调查及其法医学应用 ; 方法 实验样本从 191位无相关白山市汉族个体获取 ,采用PCR复合扩增及 310遗传分析仪自动基因分型 ; 结果 这 9个STR位点均为高识别率位点 ,同重庆汉族人群群体遗传学数据比较显示有显著性差异 ; 结论 基因频率适合于白山汉族人群同一性概率及亲子鉴定概率计算 ;中国南北方汉族在个体识别及亲子鉴定概率计算时应采用本民族自己的等位基因频率。