基于TCGA分析ABRACL在食管癌组织中的表达及机制

目的对TCGA数据库进行挖掘,探索ABRACL在食管癌中的表达、对预后的影响及机制。方法从TCGA和GEO数据库提取正常及食管癌组织中的ABRACL mRNA表达和临床病理数据,采用Kaplan-Meier法分析ABRACL表达水平与生存期的关系,运用Cox模型分析影响患者预后的危险因素,采用GSEA软件分析ABRACL高表达所富集的信号通路。采用Targetscan、miRDB、miRMap和miTarBase 4种软件分析调控ABRACL表达的上游miRNA,同时分析ABRACL基因拷贝数变异与其表达情况。运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测并比较22对食管鳞癌组织和对应癌旁组织中ABRACL的表达水平。结果TCGA数据库和GSE100942_GPL570中ABRACL mRNA在食管癌中的表达水平高于正常食管组织(P<0.05),GSE75241_GPL5175和GSE92396_GPL6244中二者表达差异无统计学意义(P>0.05)。RT-qPCR结果显示食管鳞癌组织中ABRACL相对表达量高于癌旁正常组织(P<0.05)。TCGA数据库中ABRACL高表达患者的总生存期短于低表达患者(P<0.05)。单因素Cox回归分析显示N分期、M分期、淋巴结数目和ABRACL均可以作为食管癌潜在的预后因素。ABRACL高表达食管癌样本富集到三羧酸循环呼吸电子传送通路、剪接体通路、呼吸电子传送、mRNA剪切、PCP蛋白不对称定位、前复制混合物组装通路等相关基因集。4种软件分析出来的调控ABRACL表达的miRNA交集有3个,分别是hsa-miR-1200、hsa-miR-145-5p和hsa-miR-4324。基因拷贝数变异分析结果显示其在杂合状态下表达量最低。结论ABRACL在食管癌组织中高表达,ABRACL的表达量可以作为判断食管癌预后的标志物。三羧酸循环呼吸电子传送通路、剪接体通路、呼吸电子传送通路可能是食管癌中ABRACL调控的关键通路。ABRACL表达可能受上游hsa-miR-1200、hsa-miR-145-5p和hsa-miR-4324调控。ABRACL在杂合状态下表达量最低。

ABRACL基因启动子不同片段重组质粒构建及转录活性研究

目的构建肌动蛋白结合Rho激活C末端样(ABRACL)基因启动子不同截短片段重组质粒,并检测其转录活性。方法以含ABRACL启动子全长质粒为模板,利用PCR方法分别扩增ABRACL启动子不同截短片段;将扩增片段分别插入pGL3.0-basic载体,构建ABRACL启动子不同截短片段重组质粒;经双酶切及序列鉴定正确后,将重组质粒转染ZR75-1和A549细胞,采用双荧光素酶报告基因检测系统测定ABRACL启动子不同截短片段的双荧光素酶活性;检测转录因子MYB原癌基因样2(B-MYB)对ABRACL启动子不同截短片段转录活性的影响。结果成功构建含ABRACL基因启动子不同截短片段重组质粒,双荧光素酶活性测定发现ABRACL基因启动子-400 bp片段活性较高,转录因子B-MYB可以增强ABRACL启动子-600 bp和-1000 bp片段的活性。结论发现ABRACL基因启动子转录活性较高区域,为进一步研究ABRACL基因上游调控机制奠定基础。

ABRACL在恶性肿瘤发生发展中的作用

ABRACL蛋白是肌动蛋白和细胞运动的调节因子,属于HSPC280家族,其保守的疏水槽可与其他蛋白相互作用,从而增强肌动蛋白动力和细胞活性。ABRACL在肿瘤组织中表达上调,与肿瘤细胞的增殖和迁移关系密切。深入了解ABRACL在肿瘤发生发展中的作用,可为ABRACL预防或逆转肿瘤进展提供新的思路和见解。