利用Fine-tiling aCGH分析TCR基因重排鉴定T细胞白血病克隆

目的:建立基于分析T细胞受体(TCR)基因重排而确定T细胞-急性淋巴细胞白血病(T-ALL)克隆的新方法,为研究T-ALL中涉及TCR基因位点的染色体易位提供基础。方法:提取1例T-ALL患者外周血单个核细胞(PBMC)的总DNA,利用精细定位的寡核苷酸阵列比较基因组杂交(fine-tiling aCGH)分析样本与对照组基因组DNA的差异,了解不同染色体上可能的断裂点和具体的位点,根据所提供的初步结果,从断裂点涉及的基因序列设计特异引物,采用连接介导PCR(LM-PCR)和序列分析等方法去找出与之发生重排的基因序列。并进一步通过RT-PCR检测TCR基因表达。结果:该例T-ALL患者fine-tiling aCGH结果显示14染色体TCRα/δ基因座出现4个断裂点,分别对应TCR Vδ1、Vδ2、Jδ1和Jδ2基因位点。通过LM-PCR、测序及序列分析,该例T-ALL患者的PBMC中TCR基因涉及Vδ1Dδ2Dδ3 Jδ1、Vδ2Dδ3 Jδ2重排。RT-PCR的结果也验证T-ALL表达该TCR基因重排。结论:结果表明,利用fine-tiling aCGH及LM-PCR技术可以找出TCR基因重排,并且该方法是可靠的,也是发现一些涉及TCR位点的融合基因的一条途径。

223例颈项透明层增厚胎儿的染色体核型及aCGH结果分析

目的评估胎儿NT增厚的染色体异常风险,为临床咨询提供参考依据。方法回顾性分析223例于广东省妇幼保健院诊断NT增厚或临界增厚胎儿的染色体核型分析及aCGH结果。结果 1例绒毛染色体细胞培养失败。G显带结果发现染色体异常胎儿47例(21.2%),其中致病性异常35例(15.8%);aCGH检出37例(16.6%)异常,其中致病性异常35例(15.7%)。按照NT值分组,2.5mm≤NT<3.0mm者共67例,G显带分析及aCGH共检出致病染色体异常5例(7.5%);3.0mm≤NT<3.5mm者共62例,共检出致病染色体异常6例(9.7%);3.5mm≤NT<4.0mm者共36例,共检出致病染色体异常6例(16.7%);4.0mm≤NT<5.0mm者共29例,共检出致病染色体异常9例(31.0%);NT≥5mm者共29例,共检出致病染色体异常11例(37.9%)。NT增厚合并其他超声异常者共29例,G显带核型及aCGH分析发现有8例(27.6%)存在致病性染色体异常。结论胎儿NT增厚与染色体异常关系密切,且染色体异常风险随NT值增高而增高,aCGH技术能提高致病性CNVs的检出率,建议NT增厚胎儿应同时行传统染色体核型和aCGH分析。

应用aCGH技术对胎儿染色体大片段重复进行产前诊断

目的对产前B超检测出现异常的胎儿应用基于芯片的微阵列比较基因组杂交（aCGH）技术检测其遗传物质的变异,该研究中检测的是染色体较大片段的重复。方法通过超声波对胎儿进行健康状况的检测与分析,对检测出的1例异常胎儿进行羊膜腔穿刺获取胎儿脱落细胞样本,进一步利用aCGH技术对提取的样本DNA进行全基因组高分辨率扫描,检测并判断导致胎儿异常的遗传物质变异,并进行相关疾病的预测。结果 aCGH扫描检测出在该胎儿染色体13q22.2q34区带存在大小为38.51M的重复[（76,432,267~114,946,264）×3]。通过数据库及文献的检索发现该重复可能与13号染色体三体征前脑无裂畸形、膈疝等疾病相关。结论利用aCGH技术可以方便快速地鉴定和分析染色体重复的变异,也能高效地对染色体重复片段进行定位,该技术的广泛使用有助于对染色体遗传物质变异引起的疾病进行快速产前诊断以及一些复杂疾病的早发现。

应用aCGH技术检测额外小标记染色

目的探讨联合运用核型分析和微阵列比较基因组杂交(aCGH)技术在检测胎儿额外小标记染色体致病性中的临床价值。方法通过染色体G显带技术进行胎儿羊水细胞核型分析,对诊断出的1例胎儿携带小标记染色体(染色体核型为47,XY,+Mar)标本进行aCGH分析,通过全基因组高分辨率扫描确定小标记染色体的大小及具体来源区域。结果 aCGH分析结果显示该胎儿染色体在15q11.1-q11.2区带存在2.03Mb的重复。结论 aCGH技术能够在基因组水平上确定额外小标记染色体的来源和具体区域范围,结合传统的核型分析技术,可以为判断标记染色体的遗传学效应和产前诊断提供帮助。

应用MLPA技术和aCGH技术检测额外小标记染色体

目的:应用多重连接依赖探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplication,MLPA)技术和微阵列比较基因组杂交(array comparative genomic hybridization,aCGH)技术检测1例额外小标记染色体。方法:应用MLPA技术对外周血G显带诊断的1例智力低下患儿携带小标记染色体(染色体核型为47,XY,+Mar)进行分析,确定小标记染色体的来源,并进一步通过aCGH技术对患儿进行全基因组高分辨率扫描确定小标记染色体的大小及具体来源区域。结果:MLPA分析结果显示患儿18号染色体p11.21和p11.32两个区域探针信号高于正常值范围,提示这两个区域存在拷贝数的增加;aCGH分析结果显示拷贝数增加的区域为p11.21～p11.32,范围约为15 Mb。两项技术分析结果均证实额外小标记染色体来源于18号短臂,即该患儿为18p三体。结论:应用MLPA技术和aCGH技术可确定额外小标记染色体的来源,并能明确其来源染色体的具体区域范围。

应用aCGH技术建立胚胎植入前遗传学筛查

目的应用微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)对移植前胚胎进行染色体遗传学筛查,建立胚胎染色体非整倍体检测方法。方法对冷冻囊胚、对照质控品先进行全基因组扩增,然后再继续aCGH检测。结果 4个冷冻囊胚中1个染色体正常,另外3个染色体异常,对照质控全部检测出。结论应用全基因组扩增以及aCGH技术,对囊胚成功进行了植入前遗传学筛查,能够全面评估胚胎染色体的非整倍体情况,为复发流产患者提高生殖成功率提供重要依据。

猕猴桃后熟过程中ABA响应结合因子AcAREB1调控AcGH3.1的表达

以‘红阳’猕猴桃为试材,研究脱落酸(ABA)对果实采后成熟过程中生长素(IAA)代谢的影响。结果表明,外源ABA处理能够加速自由态IAA的降解,提高IAA-Asp含量,同时可以显著促进IAA降解相关基因AcGH3.1的表达。从猕猴桃基因组数据库中分离鉴定到5个ABA响应结合因子基因(AcAREB1~AcAREB5),荧光定量PCR显示,5个基因在果实采后成熟过程中均能不同程度响应ABA。酵母单杂交结果显示,AcAREB1能够直接结合到AcGH3.1的启动子上。亚细胞定位显示AcAREB1定位在细胞核上。酵母自激活试验表明AcAREB1具有转录激活活性。这些结果表明,在猕猴桃果实成熟过程中,AcAREB1可以响应ABA,调控AcGH3.1的表达,从而促进IAA的降解,最终使得果实开始软化成熟。

额外小标记染色体与男性生育障碍关系的探讨

目的分析额外小标记染色体(sSMC)男性携带者临床表型与生育情况,探讨sSMC与对男性生育力的影响。方法回顾性收集2013年3月-2021年12月就诊于我院生殖助孕门诊的男性患者,在通过传统的染色体核型分析后结果为除46条染色体外携带1条以上sSMC的患者。收集患者精液常规检查、性激素等临床资料及相关基因检测结果。结果20661例进行染色体核型分析的男性患者中,sSMC检出率为0.073%(15例)。其中13例患者核型为47,XY,+mar,1例患者为48,XY,+2mar,1例患者同时携带8号和21号染色体相互易位,为47,XY,t(8;21)(q22;q11.2),+mar。1例患者为精液常规正常,2例患者为弱畸精子症,5例(33%)患者为无精子症,其余7例(47%)患者为少弱畸精子症。共有5例患者进行微阵列比较基因组杂交(aCGH)检测,其中4例患者aCGH检测结果未发现具有明确临床意义的拷贝数缺失或者重复;1例患者在多条染色体的纯合区域(ROH)。15例男性患者中12例患者在就诊前均未生育,其余3例患者为继发不育。结论sSMC携带者通常伴有生育障碍,应综合sSMC的检测结果、临床表型和生育风险评估,为患者提供准确有效的遗传咨询和生育指导。

胎儿颈项透明层增厚的产前诊断结果分析

目的探讨胎儿颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚的产前诊断意义。方法回顾性分析佛山市第一人民医院于2019年1月—2020年10月经超声检查发现NT值≥2.5 mm的143例胎儿及其孕母资料。所有孕妇均为单胎妊娠,于孕11~13~(+6)周测量NT值,并行介入性产前诊断抽取绒毛或羊水进行染色体核型分析和基于微阵列芯片的比较基因组杂交(aCGH)分析。收集、分析孕妇的年龄、胎儿的NT值,以及超声检查结果。计算染色体核型分析和aCGH分析检测出的染色体异常的胎儿例数,并比较各NT值区间G显带分析和aCGH分析检测出的染色体异常的胎儿占比。结果143例孕妇中预产期年龄≥35岁的高龄孕妇20例(14.0%)。143例胎儿的NT值为(3.78±1.49)mm(范围为2.50~8.00 mm),其中129例为单纯NT增厚,经超声检查发现5例合并鼻骨缺失,4例合并脉络丛囊肿,1例合并淋巴水囊瘤,1例合并全身水肿,1例合并多发畸形,1例合并脊柱侧弯,1例合并严重腹裂。染色体核型分析的G显带结果显示,染色体异常胎儿20例(14.0%),其中非整倍体12例(8.4%),包括21-三体综合征11例和18-三体综合征1例;致病性染色体异常8例(5.6%),包括嵌合体3例、染色体不平衡易位2例、染色体平衡易位2例、染色体倒位1例。aCGH分析检出19例(13.3%)染色体异常胎儿,其中非整倍体12例(8.4%),包括21-三体综合征11例和18-三体综合征1例;致病性微缺失、微重复7例(4.9%)。与2.5~<3.0的NT值区间相比,其他NT值区间染色体异常的胎儿占比均显著增高(P值均<0.05)。结论胎儿NT增厚与染色体非整倍体、染色体微缺失和微重复的发生关系密切,随着NT值增加,胎儿染色体异常发生率可能增高。

17p11.2微缺失微重复:Smith-Magenis综合征和Potocki-Lupski综合征

目的对本院进行微阵列比较基因组杂交(aCGH)检测结果进行回顾性分析。方法 2013年1月至2016年3月的5091份行aCGH检测的病例进行基因组拷贝数变异分析(CNV)。结果检测出3例Smith-Magenis综合征(SMS)、5例Potocki-Lupski综合征(PTLS);其中3例为产前诊断病例,1例为SMS,2例为PTLS。结论 aCGH检测能有效检出17p11.2微缺失微重复,有助于提高临床诊断率,减少漏诊,在产前诊断中应用aCGH能降低新生儿的出生缺陷。

130例胎儿侧脑室扩张与染色体异常关联性分析

目的探讨胎儿侧脑室扩张在染色体异常产前诊断的价值,为临床咨询提供指导。方法对入选的130例超声诊断为侧脑室扩张且行产前介入性诊断的胎儿,回顾其染色体核型分析及aCGH结果。结果 130例胎儿的染色体核型中,121例(93.1%)核型正常,9例(6.9%)核型异常;aCGH结果中,有11例(8.5%)结果异常。分组:Ⅰ孤立性侧脑室扩张组(72例);Ⅱ合并超声软指标组(27例);Ⅲ合并神经系统畸形组(15例);Ⅳ合并其他异常组(16例)。4组染色体异常率分别为2/72(2.8%)、6/27(22.2%)、0/15(0%)、1/16(6.25%)。4组差异有统计学意义(P=0.011);aCGH异常的比例分别为2/72(2.8%)、7/27(25.9%)、0/15(0%)、2/16(12.5%),4组差异有统计学意义(P=0.002);在侧脑室双侧对称扩张组,双侧不对称组和单侧扩张组中,各组染色体异常率无差异(P=0.866),各组aCGH异常率无差异(P=0.488)。侧脑室轻度扩张组和重度扩张组,染色体异常率(P=0.487)及aCGH异常率(P=0.561)无差异。男性胎儿组和女性胎儿组,染色体异常率(P=1.00)及aCGH异常率(P=0.838)无差异。结论当产前发现胎儿侧脑室扩张,无论其单双侧、是否对称、胎儿性别、侧脑室扩张程度,尤其是合并其他超声软指标时,应建议其产前诊断,行核型分析及aCGH检查。

PGD/PGS不同活检时机及检测平台助孕结局比较

目的比较胚胎种植前遗传学诊断(PGD)/胚胎种植前遗传学筛查(PGS)不同活检时机及检测平台的助孕结局。方法对2012年1月至2016年2月期间我院所有PGD/PGS周期数据进行回顾性分析比较,根据活检时机不同分为卵裂期活检组和囊胚期活检组,根据所采用的检测技术不同分为微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)组和下一代测序技术(NGS)组。比较4组的检测结果及妊娠结局,主要指标为可用胚胎率、妊娠率和流产率。结果共完成PGD/PGS周期87个,其中卵裂期卵裂球活检34个周期,囊胚期滋养外胚层活检53个周期;囊胚期活检的可用胚胎率(30.32%vs.20.41%)、临床妊娠率(58.54%vs.55.00%)均显著高于卵裂期活检,流产率(4.17%vs.27.27%)则显著低于卵裂期活检(P均<0.05)。aCGH组79个周期,NGS组8个周期;NGS组的可用胚胎率(25.64%vs.27.01%)和流产率(0%vs.12.50%)有低于aCGH组的趋势,临床妊娠率(75.00%vs.56.14%)有高于aCGH组的趋势,但均无显著性差异(P>0.05)。结论PGD/PGS通过筛除非整倍体、筛选正常胚胎可减少出生缺陷,改善高危人群IVF助孕效果。囊胚期滋养层细胞活检较卵裂期卵裂球活检对胚胎发育影响更小,因此临床上应尽可能选择囊胚期活检。本研究中NGS和aCGH平台的检测效率没有显著差异,但NGS可能更有应用前景。

新生21号染色体部分重复致胎儿唐氏综合征的产前诊断一例并文献复习

目的报道罕见的新生21号染色体部分重复致胎儿唐氏综合征的产前诊断一例,并对相关文献进行复习。临床资料患者29岁,G_1P_0,孕15周超声发现胎儿颈后皱褶厚0.6 cm,孕16周母血清学筛查提示胎儿罹患唐氏综合征的风险为1/110,孕18周行羊膜腔穿刺术。采用DSCR2:21q22探针的羊水间期细胞荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)分析发现在细胞核中出现3个杂交信号,但羊水细胞染色体核型分析结果为46,XX,21p+。结果孕妇夫妇外周血染色体核型分析未见异常,进一步行羊水中期分裂相FISH分析发现在一条21号染色体的短臂上出现了一个杂交信号。提取羊水细胞DNA行基于微阵列的比较基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,aCGH)分析发现胎儿的21号染色体出现部分重复和部分缺失,包括21q22.12-21q22.3区域11.74 Mb的重复、21q21.1区域1.33 Mb的重复、21q21.3区域1.31 Mb的重复、21q21.1-21q21.2区域1.68 Mb的缺失。孕妇及其家属选择终止妊娠。于孕26周行利凡诺引产,分娩一死女婴,尸检观察女婴外观符合唐氏综合征的临床特征。结论 FISH和aCGH技术是产前诊断新生染色体小片段改变的有效方法。

一例1q23.3-q25.2缺失综合征型耳聋报道及文献复习

目的对1例综合征型耳聋患儿进行遗传学检测,分析与表型的相关性,为临床咨询提供依据。方法收集患儿的临床材料,采用微阵列比较基因组杂交(array comparative genomic hybridization,aCGH)技术对患儿及其父母进行基因检测,并查阅OMIM、DGV、Decipher等数据库及文献资料,进行对比和致病性的鉴定。结果患儿发育迟缓伴多发畸形的综合征型耳聋,采用aCGH检测结果提示患儿1号染色体q23.3-q25.2区存在17.67 Mb杂合缺失,其父母未检测到异常。结论该患儿1号染色体q23.3-q25.2区的微缺失是新发突变,可能与患儿的临床表型相关,且缺失区域与临床表型具有个体差异。

分子细胞遗传学技术应用于产前诊断的新进展

在过去的10年中,临床细胞遗传学有了显著的进步,分子生物技术被应用到了常规染色体分析。这些新技术的应用解决了传统核型显带分析在准确诊断和解释某些染色体的技术上的缺陷,这些新技术包了荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)、多色荧光原位杂交(Multicolor-fluorescence in situ hybridization,M-FISH)、光谱核型分析(Spectral karyotyping,SKY)、比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)和微阵列基因组杂交(array comparative genomic hybridization,aCGH)。每1种技术都有特定的检测范围与限制。本文对这些技术的特点及它们的在产前诊断的应用综述。

7p部分三体综合征的表型和基因型关系研究

目的:探讨7p部分三体综合征的起源,分析患者表型和基因型的关联性,同时研究单核苷酸多态-微阵列比较基因组杂交技术(SNP aCGH)在检测亚细胞遗传学改变中的应用价值。方法:对外院核型报告正常的1例特殊面容、低智合并先心患儿复查染色体,G带发现其4q35.2区域疑似有额外片断附着,进一步用SNP aCGH进行全基因组扫描,并用4号染色体长臂末端和7号染色体短臂末端探针与患儿淋巴细胞杂交(FISH)以验证SNP aCGH结果,同时对患儿进行家系调查及部分成员染色体检查。结果:患儿核型46,XX,add(4)(q35.2)?全基因组扫描显示,患儿7p21.1-pter区域有20.78Mb的重复,而4q35.2-qter区域有3.24Mb的缺失。FISH发现,患儿外周血淋巴细胞含3个拷贝的7号染色体短臂末端和1个拷贝的4号染色体长臂末端。家系调查发现,患儿父亲及祖父均为46,XY,t(4;7)(q35.2;p21.1)。综合以上结果,确定患儿核型为46,XX,der(4)t(4;7)(q35.2;p21.1)pat,异常核型由父亲传递,系精子在减数分裂中通过邻近分离-I所形成的不平衡产物。患儿不平衡片断包含与颅骨发育异常相关的TWIST基因、与先心相关的MOX2基因以及与颅面部异常特征相关的ACTB基因。结论:亲代平衡易位导致的子代小片断不平衡是7p部分三体综合征等出生缺陷的重要原因;SNP aCGH是鉴别小片断不平衡的有效手段;7p部分三体综合征患者异常表型可能与TWIST、MOX2、ACTB等基因有关。

泌尿系统结构异常胎儿的染色体微阵列分析

目的分析aCGH在泌尿系统结构异常胎儿产前诊断的应用价值。方法回顾性分析87例产前超声诊断为泌尿系统结构异常的胎儿的aCGH结果,所有病例行介入性产前诊断且染色体核型正常。结果 87例胎儿aCGH结果中,致病性CNVs的检出率为5.7%(5/87),VOUS的检出率为3.4%(3/87),良性CNVs的检出率为91%(79/87)。单独泌尿系统结构异常aCGH的致病性CNVs检出率为2.9%(2/70);泌尿系统结构异常合并泌尿系统外超声结果异常CNVs的检出率为17.6%(3/17)。结论对于产前超声提示泌尿系统结构异常的胎儿,即使染色体核型正常,aCGH也可能检出异常,对于产前超声提示胎儿泌尿系统结构异常的胎儿建议行aCGH检查。

骨肉瘤中RUNX2基因拷贝数扩增及其蛋白过表达的研究

目的:通过微阵列-比较基因组杂交(aCGH)和免疫组织化学技术(IHC),检测RUNX2基因在骨肉瘤组织中的拷贝数变化及蛋白表达情况,探讨RUNX2基因在骨肉瘤的发生、发展和预后中的作用。方法:应用aCGH检测10例新鲜骨肉瘤组织样本RUNX2的基因拷贝数变化;同时,运用免疫组织化学技术检测59例福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)骨肉瘤组织中RUNX2蛋白表达水平。结果:10例骨肉瘤样本中发现3例(30%)RUNX2基因扩增;RUNX2蛋白在59例骨肉瘤组织中的阳性表达率为50.8%(30/59)。RUNX2蛋白的表达水平与患者的临床病理特征和生存率无相关性,差异无统计学意义(P>0.05)。Kaplan-Meire单因素生存分析显示pTNM分期、病理诊断、复发、转移和综合治疗对患者的无病生存率有显著影响,性别、pTNM分期、新辅助化疗和疾病转移对患者的总生存率有显著影响,均有统计学意义(P<0.05),但Cox模型多因素生存分析显示这些因素均不能作为生存率独立的预测因素。结论:RUNX2基因扩增、蛋白过表达以及蛋白的表达与骨肉瘤患者的临床特征和预后无相关性提示RUNX2基因扩增及其蛋白的过度表达可能是骨肉瘤发病的早期事件。

微阵列技术对两种人类肺腺癌细胞系基因组变异的实验研究

目的对Anip973和AGZY83-a两个细胞系的基因组加以分析,以明确它们中导致肿瘤形成、演进及转移的基因。方法通过全基因高分辨率微阵列对照基因组杂交(aCGH)技术对这两种细胞系进行评估绘制完整的CNV图谱。结果对从这两个细胞系获得的基因组DNA进行染料交叉杂交,并未得到可测得的任何遗传物质的获得或缺失;但当细胞系的DNA与正常对照DNA分别进行联合杂交,发现他们具有相同的拷贝变异数的基因图谱,包括39个获得的和60个缺失。共获取9个纯合子缺失片段,其中5个含有重要的肿瘤相关基因。结论细胞系中的这些纯合子缺失基因可能与肿瘤形成机制相关。

神经系统异常胎儿的染色体微阵列分析

目的探讨胎儿神经系统畸形在染色体异常产前诊断的价值,为临床咨询提供指导。方法对入选的131例产前超声诊断为神经系统畸形且行产前介入性诊断的胎儿,回顾其染色体核型分析及aCGH结果。根据是否合并神经系统外畸形将研究对象分为2组:单纯性神经系统畸形组(84例)及合并神经系统外畸形组(47例)。结果单纯性神经系统畸形组和合并神经系统外畸形组染色体G显带阳性率分别为2/84(2.4%)和15/47(31.9%),aCGH异常率分别为5/84(5.9%)和19/47(40.4%)。合并神经系统外畸形组染色体G显带及aCGH异常检出率均显著高于单纯性神经系统畸形组。本研究染色体异常的研究对象中,不同的神经系统畸形类型中阳性率最高的是Dandy-Walker综合征,为55.6%(5/9),其次为全前脑,为50.0%(4/8)。结论胎儿神经系统畸形染色体异常率及aCGH异常率增高,是产前诊断的重要指征。当合并其他系统畸形时,染色体异常率及aCGH异常率显著升高。当产前发现神经系统畸形时,都应建议其产前诊断,行核型分析及aCGH检查。