ACGM标记在小麦属中的通用性

为检验水稻基因组数据在小麦属中的通用性,利用基于水稻基因组数据设计的扩增共有序列遗传标记(ACGM)扩增小麦属12种不同材料,结果有32对引物可以至少在1种小麦属材料中获得扩增产物,占引物总数的80%;在能够获得特异性产物的32对引物中,有4对引物的产物在供试材料之间没有多态性位点;有28对引物可以在供试小麦材料之间获得多态产物,占引物总数的70%。这表明以水稻基因组序列开发的ACGM标记在小麦中有一定的通用性。

基于优化ACGM标记的甘蓝型油菜大籽粒材料聚类分析

利用从44对优化的ACGM引物中选出18对标记对16份油菜大籽粒材料和4份小籽粒材料进行聚类分析。聚类结果显示20份材料在相似系数0.6处分为A、B、C 3个类群,其中A、B类又可在相似系数0.67处分为A1、A2、A3、B1、B2 5个亚群。这18对引物分别稳定扩增出2～6条特异条带,扩增差异明显,多态性丰富,重复度高,表明优化的ACGM标记在甘蓝型油菜中具有良好的通用性。

应用ACGM标记分析禾本科几个物种间的系统发生关系(英文)

为了验证水稻基因组数据的通用性,利用ACGM标记分析了禾本科几个不同种属植物的亲缘关系。选用10份材料,它们分别代表禾本科的5个属(Oryza,Zea,Setaria,Triticum,和Phyllostachys)。根据遗传距离建立了一个聚类树。这5个属的亲缘关系可以简单地表示为:((Oryza+(Zea+Setaria))+Triticum)+Phyllostachys。研究结果表明,水稻与玉米或水稻与粟之间的遗传距离比水稻和小麦或水稻与竹子之间的遗传距离近。

ACGM标记在竹子中的通用性

用39对ACGM引物对竹亚科5个属13个种进行PCR扩增,结果共有34对引物可以在至少一个竹种中获得特异性PCR产物。利用PHILIP软件,得到13个供试竹种材料的聚类图,总体上刚竹属是聚在一起的,而大明竹属的华丝竹和箭竹属的箭竹分别各自成类。其中有差别的是赤竹属的菲白竹和箬竹属的阔叶箬竹与刚竹属发生聚类在一起的情况。从刚竹属内部的聚类结果看,9个种可以大致分为4类,毛环竹、黄槽石绿竹、迟竹和刚竹为一类;毛芽竹和早园竹为一类;花竹和乌哺鸡为一类;红壳竹自成一类。他们之间的亲缘关系可以简单表示为:(((毛环竹+黄槽石绿竹+迟竹+刚竹)+(毛芽竹+早园竹))+(花竹+乌哺鸡))+红壳竹。本研究结果表明ACGM遗传标记可以有效地用于竹子的遗传分类及相关的分子生物学研究。

水稻ACGM遗传标记在谷子中的可转移性研究与应用

为了检验水稻基因组分子标记在谷子基因组中的可转移性及多态性,选取59份不同的谷子材料,利用基于水稻基因组数据设计的38个扩增共有序列遗传标记(ACGM)进行分析,并采用DARwin5.0.156软件对供试材料进行了分子聚类分析。结果表明:33对引物可以在至少5份以上谷子材料中获得扩增产物,占引物总数的87%。其中,在供试材料之间有多态性的引物共7对,占引物总数的18.4%。供试材料的分子聚类结果表明,采用水稻ACGM标记进行的聚类并没有按谷子的表型数据或生态类型聚在一起,其原因尚需进一步研究。这些结果表明基于水稻基因组序列开发的ACGM标记在谷子中具有较高的可转移性,但与其他作物相比,这些ACGM标记在谷子中的多态性偏低。

利用ACGM分子标记研究10个毛竹不同栽培变种的遗传多样性

应用40对ACGM引物扩增10个毛竹不同栽培变种及其2个近缘种材料,结果有35对引物可以在至少1个材料中得到特异性PCR产物,其中27对引物在12个供试材料中表现出多态性,占引物总数的67.5%。8对引物在供试材料间没有多态性位点,进一步对无多态性位点的扩增序列研究表明,相同引物扩增出的序列间差异性很小。从拷贝数来看,在水稻中表现为单拷贝的基因,有些在竹子中表现为多拷贝的特性;有些在部分供试材料中为单拷贝,而在另一些供试材料中表现为多拷贝。聚类结果表明:在10个毛竹不同栽培变种中,绿槽毛竹和黄槽毛竹的亲缘关系最近;圣音毛竹与其他不同栽培变种的毛竹亲缘关系最远。