《ACMG遗传变异分类标准与指南》解读

随着高通量二代测序(NGS)技术的不断完善, 其在临床的应用和研究逐渐普及, 越来越多的眼科医生及医疗机构开始应用该项技术进行单基因遗传眼病的筛查及分子诊断和遗传学研究, 并已逐渐成为单基因遗传眼病患者疾病诊疗过程中必不可少的检测项目, 而如何专业性解读这些变异是这个环节中的关键。NGS可检测出大量的变异数据, 如果没有严格的标准将致病序列变异与人类基因组中存在的许多潜在功能变异区分开来, 可能会加速出现因果关系的假阳性判断, 阻碍基因诊断在临床诊疗中的应用和推广及对疾病的生物学理解。美国医学遗传学与基因组学学会编写和发布了《遗传变异分类标准与指南》, 中国遗传学会遗传咨询分会组织多位遗传咨询领域专家共同编译了该指南的中文版, 是帮助我们解读遗传变异的参考依据之一。本文将对该指南进行解读, 以期为中国眼科医生对遗传变异的分类、致病变异的确定、临床诊断中的应用及相关遗传研究提供参考。

ACMG基因变异分类指南在聋病遗传咨询临床教学中的应用

遗传咨询在聋病的病因学诊断与决策中起到越来越重要的作用。随着高通量基因测序技术的发展,越来越多临床医生提出了基因检测的需求,并期待通过基因结果为患者进行病因学诊断和临床精准分型。医生对于基因检测报告的准确解读是进行临床决策的关键,但现有的遗传咨询和基因学诊断还存在脱节现象。美国医学遗传学与基因组学学会(The American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)制定了关于序列变异解读的系列指南,为聋病基因诊断和遗传咨询提供了重要的依据,尤其是在聋病遗传咨询的临床教学中,应用ACMG指南(2015)与具体聋病遗传咨询的案例结合示教,有助于耳科医师了解基因变异的常规分类原则,并对基因测序结果与聋病表型异质性进行合理的分析和解释,从而帮助其有效开展聋病遗传咨询工作。

遗传变异分类标准与指南

美国医学遗传学与基因组学学会(The American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)曾制定过序列变异解读指南.在过去的十年中,随着新一代高通量测序的出现,测序技术有了快速发展.利用新一代测序技术,临床实验室检测遗传性疾病的产品种类不断增加,包括基因分型、单基因、基因包、外显子组、基因组、转录组和表观遗传学检测.随着技术的复杂性日益增加,基因检测在序列解读方面不断面临着新的挑战.因此ACMG在2013年成立了一个工作组来重新审视和修订序列变异解读的标准和指南,工作组包括ACMG、分子病理协会(the Association for Molecular Pathology,AMP)和美国病理学家协会(the College of American Pathologists,CAP)的代表.该工作组由临床实验室主任和临床医生组成.本报告代表了工作组中来自ACMG,AMP和CAP的专家意见.本报告提出的建议可应用于临床实验室的各种基因检测方法,包括基因分型、单基因、基因包、外显子组和基因组.本报告建议使用特定标准术语来描述孟德尔疾病相关的基因变异"——致病的"、"可能致病的"、"意义不明确的"、"可能良性的"和"良性的".此外,本报告描述了基于典型的数据类型(如人群数据,计算数据,功能数据,共分离数据)对变异进行五级分类的标准过程.由于临床基因检测分析和解读中不断增加的复杂性,ACMG强烈建议临床分子基因检测应在符合临床实验室改进修正案(CLIA)认证的实验室中进行,其检测结果应由通过职业认证的临床分子遗传学家或分子遗传病理学家或相同职能的专业人员解读.