4个基因在副猪嗜血杆菌感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达联合验证

【目的】验证候选基因在副猪嗜血杆菌(Glaesserella parasuis,GPS)感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达之间的联合调控关系,为揭示副猪嗜血杆菌引起仔猪脑膜炎的表观致病机理提供理论依据。【方法】选取6头28日龄断奶仔猪,随机均分为对照组和GPS组,GPS组仔猪腹腔注射1 mL 2×109 CFU/mL副猪嗜血杆菌SH0165菌液,对照组仔猪腹腔注射等量生理盐水,7 d后采集仔猪脑组织提取DNA和RNA。采用实时荧光定量PCR检测4个候选基因(LYPD1、PITPNM1、SYP、ACVR1B)的mRNA表达量,并利用重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)、甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)检测副猪嗜血杆菌感染前后4个基因在仔猪脑组织中的DNA甲基化变化。【结果】本研究成功将MSP方法应用于基因的DNA甲基化测序研究,使其不局限于定点检测甲基化位点。实时荧光定量PCR结果显示,与对照组相比,GPS组仔猪LYPD 1、PITPNM 1、SYP、ACVR 1 B基因mRNA表达均显著或极显著下调(P<0.05;P<0.01)。DNA甲基化测序结果显示,除ACVR 1 B基因外,各基因DNA甲基化均上调。【结论】除ACVR 1 B基因外,LYPD 1、PITPNM 1、SYP 3个基因DNA甲基化与mRNA表达水平呈反向关联调控,副猪嗜血杆菌感染后仔猪脑组织DNA甲基化变化对4个候选基因的表达具有不同的调控模式。

miR-145通过下调靶基因ACVR1B促进急性川崎病的病理进程

目的探讨mi R-145下调靶基因ACVR1B促进急性川崎病(KD)的病理进程。方法回顾性分析宜昌市第一人民医院2015年11月～2018年6月收治的108例KD患儿的病历资料,根据病情将其分为4组,KD急性组为确诊的KD急性期患儿28例,KD康复组为同期入院进行治疗后康复期的儿童24例,发热对照组为急性上呼吸道感染的发热患儿30例,正常对照组为同期健康体检者26名。分别抽取其血清检查mi R-145的表达水平。进行靶基因数据库、荧光素酶报告基因法、qRT-PCR及Western blot等相关检验。结果 KD急性组白细胞计数、C反应蛋白和红细胞沉降率均显著高于正常对照组(P <0.05);KD急性组血清mi R-145水平显著高于KD康复组、发热对照组及正常对照组(P <0.05);发热对照组血清中ACVR1B mRNA的表达水平显著低于正常对照组(P <0.05);KD急性组血清中ACVR1B mRNA表达水平显著低于正常对照组、发热对照组和KD康复组(P <0.05)。结论 mi R-145可以结合ACVR1B的3′-UTR并抑制ACVR1B的表达,两者的调控关系能促进急性KD的病理发展。

基于全外显子组测序对头皮皮脂腺癌的基因分析

【目的】在全外显子组水平对比头皮皮脂腺癌(SC)和头皮皮脂腺瘤(SA)的相关致病性基因突变的差异。【方法】对经过病理诊断的头皮SC和SA样本各1例,利用Illumina HiSeq 2500平台进行全外显子组测序(WES)。筛选可疑的单核苷酸变异位点,进行突变的保守性和功能分析。利用SciClone软件来追踪亚克隆进化可以得到每例肿瘤样本的克隆性图谱信息。通过MutSigCV软件筛选得到高频显著基因,将体细胞变异与已知驱动基因进行比较,筛选出该肿瘤样本中的已知驱动基因。【结果】经过对比发现,与头皮SA相比,SC存在两个驱动基因ACVR1B和TFDP1的基因突变。【结论】头皮SC驱动基因ACVR1B和TFDP1的基因突变如果能在更大的病例队列中得到证实,对其发生的可能机制以及治疗靶点有重要的意义。