基于生物信息分析方法探究ADME基因在肝癌的表达及潜在调控机制

目的基于生物信息学分析方法,了解肝癌状态下肝脏中与药物吸收、分布、代谢及排泄(ADME)相关的基因表达及调控情况。方法首先通过GEO数据获取240个肿瘤组织和193个正常组织的基因芯片数据,利用鉴定显著差异的ADME基因。并进一步使用JASPER数据库获取转录因子基因集,使用WGCNA分析转录因子与差异ADME基因调控关联性。结果与正常肝组织相比,肿瘤组织中有66个ADME基因表达水平发生显著改变,其中6个上调60个下调。通过构建WGCNA共表达网络,并对blue模块和turqu oise模块分析,其中SLC39A1、NAT2、CYP39A1和CYP1A2主要分布在blue模块,与转录因子CA T、VEZF1、FOS和CEBPG高度相关;SLC12A9和SLC25A39主要分布在turquoise模块,与转录因子IRF3、GMEB2、PRDM4、SOX13高度相关。结论我们通过生物信息学分析发现多个ADME基因在肝癌中患者中异常表达,并通过WGCNA分析发现与之表达高度相关转录因子,为肝癌组织中ADME基因异常表达及其调控研究提供理论基础。