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cADPR解离过程的拉伸分子动力学模拟
1
作者
司原琦
金宏威
+2 位作者
刘振明
张亮仁
张礼和
《中国药物化学杂志》
CAS
CSCD
2011年第2期114-119,共6页
目的研究cADPR从CD38活性口袋解离的过程中配体和受体间的相互作用,并寻找接近真实条件的蛋白结构模型。方法采用拉伸分子动力学的方法模拟cADPR从CD38活性口袋解离的过程。在cGDPR和CD38晶体复合物基础上进行修改,得到cADPR和CD38的复...
目的研究cADPR从CD38活性口袋解离的过程中配体和受体间的相互作用,并寻找接近真实条件的蛋白结构模型。方法采用拉伸分子动力学的方法模拟cADPR从CD38活性口袋解离的过程。在cGDPR和CD38晶体复合物基础上进行修改,得到cADPR和CD38的复合物;再用动力学优化得到平衡稳定的cADPR和CD38复合物结构;最后施加一个简谐势促使cADPR从活性口袋解离。对解离过程中所施加外力进行监测,计算对比拉伸过程和平衡过程中氨基酸残基的波动情况。结果与结论得到了cADPR解离过程中的一系列蛋白构象。发现cADPR与Trp189、Glu146、Glu226以及Ser126、Arg127的作用是抑制cADPR离去的主要作用。在克服了这些作用之后,cADPR还要克服一些稍弱的水桥作用,最终才能完全离开活性口袋。上述残基在拉伸过程中波动幅度较大,也证明了这些残基在解离过程中的重要性。实验结果加深了对CD38结构和功能的关系及其与底物的相互作用机制的理解,为抑制剂的设计提供了信息。
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关键词
CD38
CADPR
adp-核糖环化酶
拉伸分子动力学
原文传递
题名
cADPR解离过程的拉伸分子动力学模拟
1
作者
司原琦
金宏威
刘振明
张亮仁
张礼和
机构
北京大学药学院天然药物及仿生药物国家重点实验室
出处
《中国药物化学杂志》
CAS
CSCD
2011年第2期114-119,共6页
基金
国家自然科学基金项目(20910094
90713005)
文摘
目的研究cADPR从CD38活性口袋解离的过程中配体和受体间的相互作用,并寻找接近真实条件的蛋白结构模型。方法采用拉伸分子动力学的方法模拟cADPR从CD38活性口袋解离的过程。在cGDPR和CD38晶体复合物基础上进行修改,得到cADPR和CD38的复合物;再用动力学优化得到平衡稳定的cADPR和CD38复合物结构;最后施加一个简谐势促使cADPR从活性口袋解离。对解离过程中所施加外力进行监测,计算对比拉伸过程和平衡过程中氨基酸残基的波动情况。结果与结论得到了cADPR解离过程中的一系列蛋白构象。发现cADPR与Trp189、Glu146、Glu226以及Ser126、Arg127的作用是抑制cADPR离去的主要作用。在克服了这些作用之后,cADPR还要克服一些稍弱的水桥作用,最终才能完全离开活性口袋。上述残基在拉伸过程中波动幅度较大,也证明了这些残基在解离过程中的重要性。实验结果加深了对CD38结构和功能的关系及其与底物的相互作用机制的理解,为抑制剂的设计提供了信息。
关键词
CD38
CADPR
adp-核糖环化酶
拉伸分子动力学
Keywords
CD38
cADPR
adp-
ribosyl cyclase
steered molecular dynamics
分类号
Q524 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
cADPR解离过程的拉伸分子动力学模拟
司原琦
金宏威
刘振明
张亮仁
张礼和
《中国药物化学杂志》
CAS
CSCD
2011
0
原文传递
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