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Analysis of Gene Expression of Seven Isoforms of ADP-glucose Pyrophosphorylase in Rice Endosperm under Different Temperature Conditions
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作者 袁定阳 孙志忠 +1 位作者 谭炎宁 段美娟 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2012年第6期1226-1229,1233,共5页
[Objective] This study aimed to analyze the effects of temperature on the expression of AGPase isoform genes in rice endosperm during milk stage. [Method] Different temperature treatments (33 and 25 ℃ of daily mean ... [Objective] This study aimed to analyze the effects of temperature on the expression of AGPase isoform genes in rice endosperm during milk stage. [Method] Different temperature treatments (33 and 25 ℃ of daily mean temperature for high and normal temperature treatments, respectively) and the real-time fluorescence quantitative PCR ( FQPCR) were used to analyze the expression patterns of seven isoforms (AGPS1, AGPS2a, AGPS2b, AGPL1, AGPL2, AGPL3 and AGPL4) of ADPglucose pyrophosphorylase (AGPase) which was the key enzyme in starch synthesis and metabolism in rice endosperm of two rice varieties Teqing and Thai Fragrant Rice. [Result] The AGPase isoforms AGPS2b, AGPL2 and AGPL3 had much higher expression than the other four isoforms, thus they were thought to be the main expression patterns of AGPase in rice endosperm. The relative expressions of AGPL2 was the highest among all the isoforms. The relative expressions of AGPS2b, AGPL2 and AGPL3 were higher in the normal temperature treatment than in the high temperature treatment in both rice varieties. The relative expression of the three enzyme genes in milk stages in Teqing was higher than those in Thai Fragrant Rice under different temperature treatments. [Conclusion] This study provides a theoretical basis for further use of molecular biology techniques to cultivate stable high-quality rice varieties. 展开更多
关键词 RICE adp-glucose pyrophosphorylase agpase isoforms gene expression characteristics Real-time fluorescence quantitative PCR (FQ-PCR)
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木薯AGPase基因家族的生物信息学及其表达分析 被引量:1
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作者 王明 肖鑫辉 +4 位作者 应东山 王琴飞 李莉萍 张如莲 叶剑秋 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期222-229,共8页
【目的】搜索鉴定木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)的基因家族成员,并分析其生物学信息及不同组织和非生物胁迫下的表达情况,为木薯AGPase基因的功能挖掘及淀粉性状遗传改良提供理论依据。【方法】从木薯基因组数据库(Phytozome... 【目的】搜索鉴定木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)的基因家族成员,并分析其生物学信息及不同组织和非生物胁迫下的表达情况,为木薯AGPase基因的功能挖掘及淀粉性状遗传改良提供理论依据。【方法】从木薯基因组数据库(Phytozome)下载木薯全基因组序列,从中筛选含NTP_transferase(Pfam编号PF00483)保守结构域序列的AGPase基因家族成员,利用生物信息学方法对其结构特征及编码蛋白序列进行分析。基于NCBI转录组测序(RNA-seq)数据,对木薯AGPase基因家族成员在不同组织及冷害和干旱胁迫下的表达模式进行分析。【结果】从木薯全基因组序列中共鉴定出9个AGPase基因家族成员,包含6个AGPase大亚基(LS)基因和3个小亚基(SS)基因。6个LS基因在长度和编码氨基酸数目上差异明显,但3个SS基因间的差异不明显。LS基因外显子数目为8~15个,SS基因外显子数目均为9个。9个木薯AGPase基因家族成员分布于8条染色体和1个scalefold中,未在染色体上发现串联成簇分布现象。木薯AGPase基因家族启动子区域含有多个干旱响应元件、光响应元件、激素响应元件及多种除干旱外的其他非生物胁迫响应元件。9个AGPase基因家族成员在不同木薯组织间的表达模式具有组织特异性。经冷害胁迫后,除MeAGL1.3基因外,其余8个基因表达量均极显著(P<0.01,下同)或显著(P<0.05,下同)下调;经干旱胁迫后,MeAGL1.4、MeAGS1.1、MeAGS1.2和MeAGS2基因表达量极显著或显著下调,MeAGL1.3基因的表达量显著上调,其余基因与对照无显著差异(P>0.05)。【结论】木薯AGPase基因家族成员具有保守的基因结构和功能结构域,其表达具有组织特异性,大多数成员表达水平受冷害和干旱胁迫调控。 展开更多
关键词 木薯 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因(agpase) 生物信息学 组织 干旱 冷害 表达分析
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木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基基因全长克隆 被引量:2
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作者 郭雅静 罗兴录 陈会鲜 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1147-1153,共7页
【目的】克隆木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)小亚基基因cDNA全长序列,为木薯高淀粉品种的分子育种提供依据。【方法】根据木薯AGPase小亚基基因已知片段设计特异性引物,以木薯根、茎、叶为材料,利用PCR及RACE克隆木薯AGPase小... 【目的】克隆木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)小亚基基因cDNA全长序列,为木薯高淀粉品种的分子育种提供依据。【方法】根据木薯AGPase小亚基基因已知片段设计特异性引物,以木薯根、茎、叶为材料,利用PCR及RACE克隆木薯AGPase小亚基基因cDNA全长序列。运用生物信息学方法对其核苷酸序列和推导氨基酸的理化性质、蛋白质三级结构进行系统分析。【结果】克隆获得木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基cDNA全长1566bp,其中包括1566bp的完整ORF,编码一个含521个氨基酸的多肽。其理论蛋白质分子量57.01kDa,等电点6.1,呈酸性。多重序列比较分析结果显示,木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基核苷酸序列与蓖麻、麻风树和杨树相应序列的相似性分别为87%、87%和86%。结合系统进化树分析结果推测,木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基在不同物种及进化过程中具有高度的保守性。蛋白三级结构分析结果表明,木薯AGPase小亚基蛋白具有15个α-螺旋、24个β-折叠和多个转角。【结论】木薯AGPase小亚基基因cDNA全长序列与蓖麻、麻风树和杨树等具有较高的同源性。 展开更多
关键词 木薯 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(agpase) 基因克隆 序列分析 基因全长
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陆地棉AGPase基因家族的鉴定及表达分析
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作者 晁毛妮 董洁 +4 位作者 胡根海 黄玲 张金宝 付远志 王清连 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2022年第4期299-312,共14页
【目的】腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(adenosine diphosphate-glucose pyrophosphorylase,AGPase)是淀粉生物合成途径的限速酶,在植物“源”、“库”器官淀粉的合成与积累过程中扮演着重要角色,然而棉花中AGPase基因家族的系统研究工作... 【目的】腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(adenosine diphosphate-glucose pyrophosphorylase,AGPase)是淀粉生物合成途径的限速酶,在植物“源”、“库”器官淀粉的合成与积累过程中扮演着重要角色,然而棉花中AGPase基因家族的系统研究工作尚未开展。【方法】基于已公布的陆地棉标准系TM-1基因组数据,利用生物信息学方法对陆地棉AGPase基因家族进行全基因组鉴定,并对该家族成员的理化性质、系统进化关系、基因结构、启动子区顺式作用元件进行分析。利用转录组数据和实时荧光定量聚合酶链式反应分析AGPase家族基因的组织表达特性和在非生物胁迫下的表达模式。【结果】在陆地棉基因组中,共鉴定到20个AGPase基因(GhAGP),不均匀地分布在16条染色体上。GhAGP基因包含12个大亚基基因和8个小亚基基因共2类,同一类GhAGP基因具有相似的保守基序和外显子-内含子结构。GhAGP基因启动子区含有多个与植物激素、非生物胁迫响应相关的顺式作用元件。组织表达分析结果显示,GhAGP基因具有不同的组织表达模式。非生物胁迫下的表达分析表明,多数GhAGP基因响应低温、高温、盐和干旱胁迫诱导表达,其中GhAGPL1和GhAGPL7参与棉花对多种逆境胁迫的响应。【结论】明确了陆地棉AGPase基因家族成员的分布特征、结构特征以及系统进化特征,初步揭示了该家族基因在棉花响应外界环境胁迫中的功能,可为棉花淀粉性状的遗传改良和抗逆育种提供重要的候选基因资源。 展开更多
关键词 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(agpase) 基因家族 非生物胁迫 表达模式 陆地棉
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烟草NtAGPase基因家族的鉴定及功能解析
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作者 陈莹 李腾 +3 位作者 高宇 刘宝玲 薛金爱 李润植 《山西农业科学》 2020年第11期1701-1706,1811,共7页
淀粉是重要的碳水化合物,其组成和性质直接影响着烟叶的经济价值。ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)是淀粉合成途径的关键性限速酶,但有关其基因特征、酶活性和代谢调控等在烟草中还未见详细报道。以拟南芥AtAGPase蛋白序列为索引序列,对烟... 淀粉是重要的碳水化合物,其组成和性质直接影响着烟叶的经济价值。ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)是淀粉合成途径的关键性限速酶,但有关其基因特征、酶活性和代谢调控等在烟草中还未见详细报道。以拟南芥AtAGPase蛋白序列为索引序列,对烟草NtAGPase基因家族进行全基因组鉴定,通过Blast P比对及结构域分析,鉴定出烟草NtAGPase基因家族包含3个大亚基基因(NtLSU1、NtLSU2、NtLSU3)和一个小亚基基因(NtSSU);利用生物信息学工具对其编码蛋白序列进行解析。结果显示,Nt AGPase蛋白分子质量在57.03~58.43 ku,等电点在6.58~8.52;NtLSUs和NtSSU均定位于叶绿体上,属于质体型亚基;NtLSUs基因含有14~15个外显子,NtSSU基因仅含有9个外显子。三级结构预测结果显示,烟草Nt AGPase酶蛋白为异源四聚体,NtAGPase基因家族启动子区域含有多种与光、激素和逆境反应相关的响应元件,预示着其在光合作用、生长发育和逆境响应等过程中行使重要功能。系统进化树分析表明,烟草Nt AGPase蛋白与茄科植物马铃薯亲缘关系更近,而与模式植物拟南芥亲缘关系较远。研究结果可为进一步阐明烟草NtAGPase基因家族的功能及作用机制奠定基础。 展开更多
关键词 烟草 淀粉生物合成 ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(agpase)基因家族 生物信息学分析
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不同温度下水稻胚乳AGPase各同工酶基因表达特征初步分析 被引量:4
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作者 袁定阳 孙志忠 +1 位作者 谭炎宁 段美娟 《杂交水稻》 CSCD 北大核心 2011年第4期61-64,85,共5页
以特青和泰国香米为材料,利用人工气候箱设置高温(日平均温度33℃)和适温(日平均温度25℃)2个温度处理,结合实时荧光定量PCR技术分析比较了水稻淀粉合成关键酶腺嘌呤-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)7个同工酶基因AGPS1、AGPS2a、AGPS2b、AGPL... 以特青和泰国香米为材料,利用人工气候箱设置高温(日平均温度33℃)和适温(日平均温度25℃)2个温度处理,结合实时荧光定量PCR技术分析比较了水稻淀粉合成关键酶腺嘌呤-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)7个同工酶基因AGPS1、AGPS2a、AGPS2b、AGPL1、AGPL2、AGPL3及AGPL4的表达特征。结果表明,AGPS2b、AGPL2、AGPL3等3个同工酶基因表达较强,可能是水稻胚乳中AGPase基因表达的主要形式,其中AGPL2相对表达量最高;AGPS2b、AGPL2、AGPL3在2个品种中的相对表达量均为适温处理高于高温处理,在特青胚乳中各时期2种温度处理下的相对表达量总体高于泰国香米中的相对表达量。 展开更多
关键词 水稻 agpase同工酶基因 表达特征 实时荧光定量PCR
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