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参薯ADP-ribosylation factor(ARF)基因的生物信息学分析
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作者 高洪昌 黄小龙 +4 位作者 陈银华 许云 吴文嫱 谢俊 黄东益 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1069-1075,共7页
【目的】对参薯等11种植物的ARF基因进行生物信息学分析,为深入研究植物ARF基因的结构与功能分析奠定基础。【方法】对参薯ARF同源序列进行克隆和序列测定,利用生物信息学相关软件对参薯等11种植物的ARF的核苷酸序列、氨基酸序列、组成... 【目的】对参薯等11种植物的ARF基因进行生物信息学分析,为深入研究植物ARF基因的结构与功能分析奠定基础。【方法】对参薯ARF同源序列进行克隆和序列测定,利用生物信息学相关软件对参薯等11种植物的ARF的核苷酸序列、氨基酸序列、组成成分、疏水性/亲水性、蛋白质二级和三级结构、信号肽、跨膜结构、导肽进行分析。【结果】参薯ARF基因同源片段大小为1200bp。系统进化分析结果表明,参薯等11种植物的ARF氨基酸序列可分为Ⅰ和Ⅱ两大类,细分A、B、C、D、E5个亚族,其中参薯ARF1和蒺藜苜蓿组成一个亚族,参薯ARF2和风信子组成一个亚族。参薯ARF的氨基酸序列中存在GTP/Mg2+结合位点和G2、G3保守区域,具有两个相同的效应结构域Switch1和Switch2。参薯ARF蛋白结构以无规则卷曲为主,三级空间结构不稳定。ARF蛋白为疏水性、脂溶性蛋白,无信号肽,存在明显跨膜结构域;ARF导肽无明确定位,预测等级为3级。【结论】参薯ARF蛋白结构的特殊性为其执行物质转运和参与信号转导功能奠定基础。 展开更多
关键词 参薯 arf基因 生物信息学 聚类分析 蛋白结构
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基于全长转录组的蛇足石杉ARF基因家族鉴定分析
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作者 李海波 史济东 +5 位作者 张恺 谢锂波 化阳光 曹禹 李俊怡 汪得凯 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1091-1104,共14页
生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模... 生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模式,并通过生物信息学分析,对ARF基因家族的理化性质、结构域、保守基序、系统发育、组织表达模式及高温和干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:(1)在蛇足石杉全长转录组中共筛选出24个ARF家族成员,均为酸性蛋白且均为亲水蛋白。(2)亚细胞定位预测显示,所有24个HsARF均定位于细胞核。(3)系统发育分析发现,HsARF与被子植物拟南芥和水稻亲缘关系较远,与高等开花植物只有2个共同的ARF祖先。(4)结构域分析发现,除HsARF18/23/24外,大多数HsARF有B3结构域。二级结构分析发现,HsARF蛋白占比最多的为无规卷曲,其次为延伸链和α-螺旋。24个HsARF蛋白中所用的三级结构模型只有4种。(5)RNA-seq分析显示,7个HsARF在所有检测的组织中表达量均较高,10个HsARF在茎中的表达量高于根和叶,而HsARF13和HsARF14在叶中的表达量低于根和茎。(6)HsARF在高温和干旱胁迫下表达量发生显著变化,其中18个HsARF基因不同程度高温胁迫诱导,有7个HsARF基因响应干旱胁迫,其中有3个HsARF基因受干旱诱导,有4个HsARF基因受干旱抑制。该研究结果为蛇足石杉HsARF基因的功能和生物育种提供了理论参考。 展开更多
关键词 蛇足石杉 生长素反应因子(arf) 系统发育分析 全长转录组 非生物胁迫
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Poly(ADP-ribosyl)ation of Apoptosis Antagonizing Transcription Factor Involved in Hydroquinone-Induced DNA Damage Response 被引量:6
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作者 ling xiao xuan liu jia xian +5 位作者 yun lin du yu jun chen shao qian chen jia long tang huan wen liu lin hua 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2016年第1期80-84,共5页
The molecular mechanism of DNA damage induced by hydroquinone (HQ) remains unclear. Poly(ADP-ribose) polymerase-1 (PARP-1) usually works as a DNA damage sensor, and hence, it is possible that PARP-1 is involved ... The molecular mechanism of DNA damage induced by hydroquinone (HQ) remains unclear. Poly(ADP-ribose) polymerase-1 (PARP-1) usually works as a DNA damage sensor, and hence, it is possible that PARP-1 is involved in the DNA damage response induced by HQ. In TK6 cells treated with HQ, PARP activity as well as the expression of apoptosis antagonizing transcription factor (AATF), PARP-1, and phosphorylated H2AX (v-H2AX) were maximum at 0.5 h, 6 h, 3 h, and 3 h, respectively. To explore the detailed mechanisms underlying the prompt DNA repair reaction, the above indicators were investigated in PARP-l-silenced cells. PARP activity and expression of AATF and PARP-1 decreased to 36%, 32%, and 33%, respectively, in the cells; however, y-H2AX expression increased to 265%. Co-immunoprecipitation (co-IP) assays were employed to determine whether PARP-1 and AATF formed protein complexes. The interaction between these proteins together with the results from IP assays and confocal microscopy indicated that poly(ADP-ribosyl)ation {PARylation) regulated AATF expression, in conclusion, PARP-1 was involved in the DNA damage repair induced by HQ via increasing the accumulation of AATF through PARylation. 展开更多
关键词 PARP DNA DDR Figure adp-ribosyl)ation of Apoptosis Antagonizing Transcription factor Involved in Hydroquinone-Induced DNA Damage Response
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Characterization of a <i>Tos</i>17 Insertion Mutant of Rice Auxin Signal Transcription Factor Gene, <i>OsARF</i>24 被引量:1
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作者 Tomoaki Sakamoto Yoshiaki Inukai 《American Journal of Plant Sciences》 2013年第1期84-91,共8页
Auxin signaling plays a key role in the regulation of various growth and developmental processes in higher plants. Auxin response factors (ARFs) are transcription factors that regulate the expression of auxin-response... Auxin signaling plays a key role in the regulation of various growth and developmental processes in higher plants. Auxin response factors (ARFs) are transcription factors that regulate the expression of auxin-response genes. The osarf24-1 mutant contains a truncation of domain IV in the C-terminal dimerization domain of a rice ARF protein, OsARF24. This mutant showed auxin-deficient phenotypes and reduced sensitivity to auxin. However, OsARF24 protein contains an SPL-rich repression domain in its middle region and acts as a transcriptional repressor. These results imply that the C-terminal dimerization domain, especially the C-terminal half of domain IV, is essential for the proper regulation of OsARF24 function as a transcriptional repressor in rice. 展开更多
关键词 AUXIN AUXIN Response factor (arf) MUTANT PHYLLOTAXIS Retrotransposon Tos17 RICE
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红地球葡萄生长素响应因子VvARF7基因克隆及其光响应分析 被引量:1
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作者 袁苗 刘鑫 +4 位作者 党仕卓 黄嘉俊 高迎东 周娟 张亚红 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期1052-1061,共10页
生长素是一类重要的植物内源激素,在植物的生长发育过程中具有重要作用,而生长素响应因子(ARF)是一类受生长素调节的转录因子,在生长素信号调控途径中起重要作用。因此,本研究以设施栽培的红地球葡萄VvARF7基因为对象,对其进行生物信息... 生长素是一类重要的植物内源激素,在植物的生长发育过程中具有重要作用,而生长素响应因子(ARF)是一类受生长素调节的转录因子,在生长素信号调控途径中起重要作用。因此,本研究以设施栽培的红地球葡萄VvARF7基因为对象,对其进行生物信息学及在红蓝光处理下的表达响应分析,为进一步研究其作用机制提供参考。结果显示,VvARF7基因全长3468 bp,编码1155个氨基酸,相对分子质量为12958,蛋白质等电点为6.66。VvARF7与河岸葡萄VrARF7-like亲缘关系最近,为亲水蛋白质;二级结构中β-转角占8.14%,延伸链占14.63%,α-螺旋占27.27%,无规则卷曲占49.96%,属于核定位蛋白质。启动子序列分析结果表明,VvARF7主要包括激素应答和光调控顺式作用元件。qRT-PCR结果表明,在花芽分化过程中处理组VvARF7相对表达量在5月30日-8月15日低于对照组,花芽分化后期(6月30日-7月30日)在处理组中的相对表达量显著低于对照组。由此推测VvARF7响应红蓝光(4∶1)参与葡萄花芽分化过程的调控。 展开更多
关键词 红地球葡萄 生长素响应因子(arf) 基因克隆 瞬时表达 基因表达
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桑树ARF基因家族的鉴定与表达分析
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作者 刘江 黄盖群 +9 位作者 代洁 曾益春 危玲 姚永权 佟万红 唐清霞 郑继川 李永远 莫西 刘刚 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期193-200,共8页
生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是真核生物中普遍存在的转录因子之一,主要调控生长素应答基因的表达,与植物的生长发育和信号转导等多个生理过程密切相关。从桑树基因组数据库中共鉴定了16个ARF基因家族成员。理化性质分析... 生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是真核生物中普遍存在的转录因子之一,主要调控生长素应答基因的表达,与植物的生长发育和信号转导等多个生理过程密切相关。从桑树基因组数据库中共鉴定了16个ARF基因家族成员。理化性质分析表明桑树ARF蛋白的氨基酸个数为606~1144,分子质量为67.35~127.75 kD,等电点为4.86~8.37,大部分表现为酸性且都为亲水蛋白。根据系统发育及蛋白质结构分析,可将桑树ARF成员分为4个亚家族,同一亚族中的成员具有相同保守基序及类似基因结构,ARF蛋白至少具备B3、Auxin_resp、AUX_IAA等结构域中的一种;表达模式分析表明,ARF基因在桑树的根、桑皮、叶、芽、花等组织中的时空表达存在显著差异,在芽中呈现较高的表达,这可能与桑树芽器官的细胞分化程度大密切相关;MnARF9、MnARF10、MnARF11、MnARF12、MnARF15和MnARF16等6个基因在桑芽不同发育阶段的转录水平呈逐渐下调趋势,表明这些基因可能在桑芽前期的生长发育和细胞分化等生理反应中发挥作用。上述结果为后续桑树ARF家族基因的功能和进化分析以及桑树分子育种及良种选育等研究工作提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 桑树 arf转录因子 生物信息学 基因表达
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Light Promotes Protein Stability of Auxin Response Factor 7#
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作者 Shucai Wang 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2023年第4期1153-1160,共8页
Light is an environmental signaling,whereas Aux/IAA proteins and Auxin Response Factors(ARFs)are regulators of auxin signalling.Aux/IAA proteins are unstable,and their degradation dependents on 26S ubiquitin-proteasom... Light is an environmental signaling,whereas Aux/IAA proteins and Auxin Response Factors(ARFs)are regulators of auxin signalling.Aux/IAA proteins are unstable,and their degradation dependents on 26S ubiquitin-proteasome and is promoted by Auxin.Auxin binds directly to a SCF-type ubiquitin-protein ligase,TIR1,facilitates the interaction between Aux/IAA proteins and TIR1,and then the degradation of Aux/IAA proteins.A few studies have reported that some ARFs are also unstable proteins,and their degradation is also mediated by 26S proteasome.In this study,by using of antibodies recognizing endogenous ARF7 proteins,we found that protein stability of ARF7 was affected by light.By expressing MYC tagged ARF activators in protoplasts,we found that degradation of ARF7 was inhibited by 26 proteasome inhibitors.In addition,at least ARF5 and ARF19 were also unstable proteins,and degradation of ARF5 via 26S proteasome was further confirmed by using stable transformed plants overexpressing ARF5 with a GUS tag. 展开更多
关键词 Auxin response factor LIGHT protein stability arf7 arf5
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Analyzing risk factors for postoperative acute renal failure requiring dialysis after valve surgery
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作者 周娜 《外科研究与新技术》 2011年第3期173-173,共1页
Objective To evaluate risk factors for postoperative acute renal failure requiring dialysis (ARF-D) after hear valve surgery. Methods Adult patients (age≤18 years) underwent valve surgery with preoperative serum crea... Objective To evaluate risk factors for postoperative acute renal failure requiring dialysis (ARF-D) after hear valve surgery. Methods Adult patients (age≤18 years) underwent valve surgery with preoperative serum creati nine 【 300 μmol / L were included between January 2005 and December 2008. Fifty patients developed ARF-D 展开更多
关键词 arf Analyzing risk factors for postoperative acute renal failure requiring dialysis after valve surgery
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梨全基因组生长素反应因子(ARF)基因家族鉴定及表达分析 被引量:15
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作者 欧春青 姜淑苓 +1 位作者 王斐 赵亚楠 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期327-340,共14页
【目的】明确梨ARF转录因子在梨基因组中的数量、结构和组织表达差异,为揭示ARF转录因子在梨树生长素信号途径及在矮生梨生长发育中的作用奠定理论基础。【方法】根据文献报道的苹果、拟南芥等植物中的ARF转录因子基因,利用BLAST软件鉴... 【目的】明确梨ARF转录因子在梨基因组中的数量、结构和组织表达差异,为揭示ARF转录因子在梨树生长素信号途径及在矮生梨生长发育中的作用奠定理论基础。【方法】根据文献报道的苹果、拟南芥等植物中的ARF转录因子基因,利用BLAST软件鉴定梨基因组中的ARF。采用SMART、PROSITE、Web Logo 3、DNAMAN 5.0、MEME、GSDS 2.0和MEGA 5.1等软件对其蛋白和基因序列进行生物信息学分析。采用q PCR方法检测梨ARF在矮生梨‘中矮1号’不同组织器官及3个不同生长势梨品种木质部和韧皮部中的表达情况。【结果】鉴定得到31个梨ARF,所有Pb ARF蛋白均含有1个Auxin_resp结构域和1个B3结构域,除Pb ARF11、12、24、25和26外,其他序列的C末端还存在一个PB1(AUX_IAA)结构域。保守元件分析表明,Pb ARF基因家族包含15个保守元件,并非每个蛋白均含有所有保守元件。分组鉴定和进化树分析结果显示,Pb ARF蛋白可以被分为4组。基因结构分析表明,Pb ARF基因家族成员由2—15个外显子组成,基因结构进化高度保守。q PCR结果显示,所有Pb ARF在‘中矮1号’根、韧皮部、木质部、叶、花和果实中均有表达,表达模式各有不同,Pb ARF29在3个梨品种韧皮部中的表达表现出植株越矮表达量越高的趋势,Pb ARF16、17、18、27等4个基因在3个梨品种木质部中的表达表现为植株越矮表达量越低的趋势。【结论】梨基因组中含有31个ARF基因家族成员;所有Pb ARF蛋白均含有Auxin_resp和B3两个高度保守的结构域;Pb ARF结构进化高度保守;所有Pb ARF在‘中矮1号’不同组织器官、基砧杜梨根系及3个梨品种的木质部和韧皮部中均有表达,其中,Pb ARF29、16、17、18、27等5个基因的表达可能与梨树植株的高矮有关。 展开更多
关键词 arf 转录因子 生物信息学 基因表达
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生长素响应因子GmARF10正调节大豆叶片的衰老进程 被引量:2
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作者 李小平 曾庆发 +1 位作者 张根生 赵娟 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1749-1756,共8页
采用实时荧光定量PCR(qPCR)分析了GmARF10表达模式。通过挖掘大豆基因组信息并参考拟南芥同源基因序列,分析了大豆生长素响应因子GmARF10和小RNA分子Gm-miR160作用位点,构建了pGmARF10∷mGmARF10(mGmARF10)抗降解表达载体;利用农杆菌介... 采用实时荧光定量PCR(qPCR)分析了GmARF10表达模式。通过挖掘大豆基因组信息并参考拟南芥同源基因序列,分析了大豆生长素响应因子GmARF10和小RNA分子Gm-miR160作用位点,构建了pGmARF10∷mGmARF10(mGmARF10)抗降解表达载体;利用农杆菌介导法转化大豆,并对转基因植株叶片发育表型进行了分析。结果表明:GmARF10在大豆[Glycine max(L.)Merri.]根、茎、叶、花和果荚中均有一定程度的表达,其中花内表达量最高,茎内最低,第一复叶表达量低于子叶和第一对真叶。mGmARF10转基因植株复叶形状和大小与对照组没有明显的差异,但其叶绿素含量和最大光量子效率(Fv/Fm)明显下降,叶片衰老标记基因GmCYSP1表达显著增加。研究认为,大豆生长素响应因子GmARF10参与了叶片衰老进程并可能是叶片衰老信号的重要组份。 展开更多
关键词 生长素响应因子 小RNA 抗降解表达 叶片衰老
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连续性血液净化对合并ARF的MODS患者炎性因子和凝血功能的改变 被引量:7
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作者 吴学敏 魏鹍 朱东林 《河北医药》 CAS 2012年第22期3377-3379,共3页
目的探讨连续性静脉-静脉血液滤过(CVVH)技术对合并急性肾功能衰竭(ARF)的多器官功能障碍综合征(MODS)患者体内炎性因子的清除作用及对凝血纤溶的影响,同时观察连续性血液净化(CBP)对患者肾功能、血流动力学的影响和预后的影响。方法选... 目的探讨连续性静脉-静脉血液滤过(CVVH)技术对合并急性肾功能衰竭(ARF)的多器官功能障碍综合征(MODS)患者体内炎性因子的清除作用及对凝血纤溶的影响,同时观察连续性血液净化(CBP)对患者肾功能、血流动力学的影响和预后的影响。方法选择合并ARF行CVVH治疗的MODS患者106例,CVVH治疗前及治疗后6h、12h、24h,分别检测TNF-α、IL-6、IL-10、血浆纤溶酶原活性抑制物-1(PAI-1)浓度;血液电解质及肾功能;血气分析、pH值、动脉血氧分压、动脉血二氧化碳分压;体温、心率、呼吸、平均动脉压、中心静脉压。结果 106例患者CBP治疗后TNF-α水平显著低于治疗前(P<0.05);血清IL-6,IL-10水平在CBP治疗后均下降,但较治疗前差异无统计学意义(P>0.05);MODS组血清PAI-1、CRP浓度明显高于健康人(P<0.05);随着CBP时间的延长下降逐渐减小,与CBP前比较差异无统计学意义(P>0.05);CVVH前后BUN、Scr、血清K+和HR比较,差异有统计学意义(P<0.05);血清Na+、Cl-、Glu、pH值、PaCO2,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 CBP能清除合并ARF的MODS患者血清中多种炎性因子,对凝血纤溶紊乱有改善。CBP过程中血流动力学平稳,对患者有良好的治疗作用。 展开更多
关键词 连续性血液净化 凝血纤溶 炎症因子 多脏器功能障碍综合征 急性肾功能衰竭
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用cDNA-AFLP技术分析山核桃嫁接过程中的CcARF基因表达 被引量:4
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作者 郑炳松 陈苗 +4 位作者 褚怀亮 艾雪 黄有军 李雪芹 黄坚钦 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期467-472,共6页
利用cDNA-AFLP(互补脱氧核糖核酸-扩增片段长度多态性)技术,在山核桃Carya carthayensis嫁接过程中分离得到1个与山核桃嫁接相关的cDNA片段。与美国国家生物技术信息中心(NCBI)同源性比较分析表明,该cDNA片段与小麦生长素响应因子部分... 利用cDNA-AFLP(互补脱氧核糖核酸-扩增片段长度多态性)技术,在山核桃Carya carthayensis嫁接过程中分离得到1个与山核桃嫁接相关的cDNA片段。与美国国家生物技术信息中心(NCBI)同源性比较分析表明,该cDNA片段与小麦生长素响应因子部分区段有81%的同源性,命名为CcARF。荧光定量实时聚合酶链式反应(RT-PCR)分析表明:该基因在山核桃嫁接前砧木和接穗中都有强烈表达,但在嫁接后3d急剧下降,在这之后砧木中的表达增强不大,而接穗中嫁接后7d表达开始增强,到嫁接后14d表达明显,比嫁接后3d增强了4.7倍。该CcARF片段可能对山核桃嫁接起到基因表达调控的作用。 展开更多
关键词 植物学 CDNA-AFLP 山核桃 嫁接 生长素响应因子
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花生生长素响应因子基因AhARF3的克隆与表达分析 被引量:1
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作者 唐桂英 崔维佩 +3 位作者 徐平丽 李鹏祥 朱洁琼 单雷 《山东农业科学》 2019年第9期50-55,共6页
生长素响应因子(auxin response factor, ARF)是调控生长素响应基因表达和信号转导的一类转录因子,在植物生长发育的各个阶段均起重要的调节作用。本研究基于花生种子萌发前后转录表达差异分析,克隆到1个生长素响应因子基因AhARF3。序... 生长素响应因子(auxin response factor, ARF)是调控生长素响应基因表达和信号转导的一类转录因子,在植物生长发育的各个阶段均起重要的调节作用。本研究基于花生种子萌发前后转录表达差异分析,克隆到1个生长素响应因子基因AhARF3。序列分析结果显示,该基因的ORF区为2 115 bp,编码704个氨基酸,推测相对分子量为72.92 kD,等电点6.86。不同器官表达谱分析结果显示,AhARF3为组成性表达,茎中的表达量最高,根与花中的表达量较低且近似,干种子中最低。种子萌发过程的表达分析显示,萌发10~72 h的种子中AhARF3表达量均比干种子中极显著增加,尤其是萌发48~72 h,AhARF3的表达水平不仅比萌发前期各阶段种子中的大幅上调,与根、茎、叶、花及各发育阶段的种子相比,也具有明显的表达优势。 展开更多
关键词 花生 生长素响应因子 基因表达 萌发
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人源细胞内物质转运调节分子ARFGAP1对细胞分泌功能的影响 被引量:1
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作者 刘晓勤 张成岗 +2 位作者 邢桂春 陈清棠 贺福初 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期237-243,共7页
ARF GAP是重要的细胞内物质转运调节分子 .最近 ,在人胎肝 c DNA文库中发现一种新基因 ,其编码的氨基酸序列与大鼠的 ARF1 GAP有 32 %同源性 ,故将其命名为“ARFGAP1”.对ARFGAP1进行功能研究 ,利用分子克隆技术构建绿色荧光蛋白 (GFP) ... ARF GAP是重要的细胞内物质转运调节分子 .最近 ,在人胎肝 c DNA文库中发现一种新基因 ,其编码的氨基酸序列与大鼠的 ARF1 GAP有 32 %同源性 ,故将其命名为“ARFGAP1”.对ARFGAP1进行功能研究 ,利用分子克隆技术构建绿色荧光蛋白 (GFP) - ARFGAP1融合基因表达质粒 (p EGFP- C1 - ARFGAP1 ) ,经脂质体转染将其导入 COS- 7细胞瞬时表达 ,利用绿色荧光确定ARFGAP1的亚细胞定位 .结果显示 ,ARFGAP1位于细胞质部分 ,表达量高时 ,在核周高尔基体区聚集呈团块状或颗粒状 .构建真核表达质粒 pc DNA3.1 /myc- His- ARFGAP1 ,在 COS- 7细胞中表达 ,并用 ARFGAP1和分泌型碱性磷酸酶 (SEAP)真核表达质粒共同转染 COS- 7细胞 ,发现ARFGAP1在细胞中过表达能部分抑制 SEAP的分泌 .结果证明 ,ARFGAP1对细胞的物质转运和分泌功能有调节作用 . 展开更多
关键词 细胞内物质转运 细胞分泌功能 arfGAP1 分泌型碱性磷酸酶
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小麦生长素响应因子TaARF6转基因烟草植株分子鉴定 被引量:1
15
作者 智一鸣 陈芳 +1 位作者 刘晓曼 肖凯 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期85-93,共9页
【目的】生长素响应因子(ARF)在介导生长素信号传递和调控下游生长素响应基因的表达中发挥着重要功能。本文旨在以在富集丰磷特异表达基因的小麦根系c DNA差减文库中鉴定的1个ARF类别的家族成员TaARF6为基础,对该基因c DNA序列、分子特... 【目的】生长素响应因子(ARF)在介导生长素信号传递和调控下游生长素响应基因的表达中发挥着重要功能。本文旨在以在富集丰磷特异表达基因的小麦根系c DNA差减文库中鉴定的1个ARF类别的家族成员TaARF6为基础,对该基因c DNA序列、分子特征、不同供磷水平下该基因在根、叶中表达模式及遗传转化TaARF6对丰磷和缺磷条件下植株形态的影响进行较全面研究,阐明该小麦生长素响应因子基因介导不同供磷水平下对植株生长特性的影响。【方法】采用生物信息学工具预测TaARF6编码蛋白特征;采用溶液培养法培养丰、缺磷处理小麦幼苗,采用半定量RT-PCR技术鉴定TaARF6在丰、缺磷处理下的表达特征。采用DNA重组技术构建将TaARF6编码阅读框融合至表达载体中的表达质粒,利用农杆菌介导的遗传转化法建立超表达TaARF6转基因烟草植株。采用琼脂培养和溶液培养法,培养丰、缺磷不同供磷水平下野生型植株和转基因烟草植株,进而利用常规分析方法鉴定不同磷水平下植株长势、根系和茎叶生物量和植株根叶形态及性状。【结果】1)TaARF6编码生长素响应因子(ARF)型转录因子,编码蛋白中含有ARF家族成员具有的保守结构域。该基因在氨基酸水平上与源于短柄草Bd ARF6和源于水稻的Os ARF6具有高度同源特征。表达分析表明,TaARF6在根、叶中均呈典型低磷下表达下调、复磷后表达再度回升模式,表明该基因表达受到外界供磷水平的调节。2)遗传转化结果表明,在正常生长和低磷逆境下,与野生型植株相比,转基因烟草株系幼苗和植株形态明显增大。3)丰、缺磷不同供磷水平下,与未转化的野生型(WT)对照植株相比,转基因系(Line 3和Line 5)植株幼苗和植株根系、茎叶和单株鲜、干重均较野生型显著增加。此外,与WT相比,转基因系植株根系数量增多、主侧根长度、根体积、叶面积和根冠比增加。【结论】TaARF6编码典型的生长素响应因子,其编码蛋白具有生长素响应因子特有结构域。TaARF6对环境中的低磷胁迫逆境能产生明显应答。上调表达TaARF6基因,具有增加植株根、叶鲜、干重和改善根叶及植株形态的生物学功能。本研究表明,通过对植株体内生长素响应基因的转录调控,TaARF6在介导植株不同供磷水平下的根叶形态建成和干物质累积过程中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 小麦(Triticum AESTIVUM L.) 生长素响应因子 分子特征 遗传转化 根叶生长
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细胞内物质转运调节分子ARFGAP3的克隆表达及生化活性
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作者 刘晓勤 张成岗 +2 位作者 邢桂春 陈清棠 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期507-513,共7页
ADP核糖基化因子 GTP酶活化蛋白 (ARFGAP)是重要的细胞内物质转运调节分子 .在 2 2周孕龄人胎肝cDNA文库中发现一种新基因 ,其编码的氨基酸序列与大鼠ARF1GAP有 32 %同源性 .将这种新基因命名为“ARFGAP3” ,对其进行功能研究 ,利用逆... ADP核糖基化因子 GTP酶活化蛋白 (ARFGAP)是重要的细胞内物质转运调节分子 .在 2 2周孕龄人胎肝cDNA文库中发现一种新基因 ,其编码的氨基酸序列与大鼠ARF1GAP有 32 %同源性 .将这种新基因命名为“ARFGAP3” ,对其进行功能研究 ,利用逆转录 聚合酶链式反应 (RT PCR ) ,从人胎盘总RNA中扩增ARFGAP3全长cDNA序列 ,并将其亚克隆到 pGEM T载体 ;采用RNA印迹法和斑点杂交法 ,检测其组织表达谱 ,发现在多种腺体和睾丸中有很高水平ARFGAP3基因转录 ,并且只有一种约 2 7kb的转录本 .利用基因重组技术 ,构建表达质粒 pBAD/Thio ARFGAP3,在大肠杆菌中表达 ,采用亲和层析法纯化表达产物 ,利用肠激酶切除重组融合蛋白N端引导序列 .检测重组ARFGAP3的生化活性 ,证实ARFGAP3对ARF1具有GAP活性 ,促进ARF1结合的GTP水解为GDP ,磷脂酰肌醇二磷酸 (PIP2 )增强其GAP活性 ,而磷脂酰胆碱 (PC) 展开更多
关键词 arfGAP3 细胞内物质转运 ADP核糖基化因子 GTP酶活化蛋白 生化活性
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百子莲2个ARF基因与2个Aux/IAA基因的全长克隆与序列分析 被引量:6
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作者 杨舟 吕可 +2 位作者 吕珊 王俊杰 张荻 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期86-97,共12页
采用不同浓度外源生长素类调节物质毒莠定(PIC)对百子莲(Agapanthus praecox ssp. orientalis)进行继代培养,并对其胚性愈伤组织进行比较转录组学研究,获得了百子莲生长素信号转导途径中的2个ARF和2个Aux/IAA家族基因,推测其为体胚发生... 采用不同浓度外源生长素类调节物质毒莠定(PIC)对百子莲(Agapanthus praecox ssp. orientalis)进行继代培养,并对其胚性愈伤组织进行比较转录组学研究,获得了百子莲生长素信号转导途径中的2个ARF和2个Aux/IAA家族基因,推测其为体胚发生过程中生长素信号传导途径相关的重要调控因子。采用RACE技术获得Ap ARF1、Ap ARF2、Ap Aux/IAA2与Ap Aux/IAA3的c DNA全长,分别为2 343、2 888、1 034和821 bp,开放阅读框(ORF)长度分别为1 770、2 349、480和549 bp,分别编码589、782、159和182个氨基酸残基。生物学分析表明,Ap ARF1与Ap ARF2蛋白均具有ARF家族的典型结构,Ap Aux/IAA2蛋白结构域Ⅳ不完整,Ap Aux/IAA3结构域Ⅱ部分缺失,但仍具有Aux/IAA蛋白的典型功能。转基因实验表明,Ap Aux/IAA过表达植株表现出生长延缓及发育受阻的表型,Ap ARF过表达植株表现出生长促进、花期提前的表型,验证了百子莲Ap ARF和Ap Aux/IAA家族蛋白对植物生长发育的调控作用。 展开更多
关键词 百子莲 生长素信号 arf AUX/IAA 基因克隆 胚性愈伤组织
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老年人ARF死亡危险因素及影响其肾功能转归的因素
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作者 华月霞 《甘肃医药》 2013年第5期360-362,共3页
目的:探讨老年急性肾功能衰竭(ARF)患者死亡的危险因素及影响其肾功能转归的因素。方法:选择我院2010年1月-2012年269例住院ARF患者资料,根据年龄分为老年组(≥60岁)87例,非老年组(<60岁)182例,进行对比分析。结果:老年组与非老年组... 目的:探讨老年急性肾功能衰竭(ARF)患者死亡的危险因素及影响其肾功能转归的因素。方法:选择我院2010年1月-2012年269例住院ARF患者资料,根据年龄分为老年组(≥60岁)87例,非老年组(<60岁)182例,进行对比分析。结果:老年组与非老年组采用透析治疗的比例分别为52.87%、53.85%,放弃治疗比例分别为19.54%、19.78%;差异无显著性,无统计学意义P>0.05。老年组痊愈21例,痊愈率24.14%,死亡43例,死亡率49.43%,死亡率明显高于非死亡组,两组比较差异具有显著性,有统计学意义P<0.05。主要危险因素为感染、合并严重基础疾病、合并MOF、无尿或少尿,以上因素具有代表性,有统计学意义P<0.05。结论:老年ARF患者死亡率明显高于非老年人,影响患者预后的主要因素为感染、合并严重基础疾病、合并MOF、无尿或少尿。 展开更多
关键词 老年人 arf 死亡 危险因素 肾功能转归
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BZR-ARF-PIF模块转录调控植物伸长生长的分子机制的研究进展
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作者 高梦影 王昕 《生物化工》 2022年第5期155-157,161,共4页
伸长生长是植物趋利避害进而适应多种逆境的重要方式。因此,研究伸长生长的分子机制将加深人们对植物抗逆机理的理解。耐芸苔素唑因子(Brassinazole Resistants,BZRs)、生长素应答因子(Auxin Response Factors,ARFs)和光敏色素相互作用... 伸长生长是植物趋利避害进而适应多种逆境的重要方式。因此,研究伸长生长的分子机制将加深人们对植物抗逆机理的理解。耐芸苔素唑因子(Brassinazole Resistants,BZRs)、生长素应答因子(Auxin Response Factors,ARFs)和光敏色素相互作用因子(Phytochrome Interacting Factors,PIFs)都是促进植物伸长生长的关键转录因子。它们最初在不同的信号转导通路中被发现并研究,进一步的研究发现这三类转录因子组成了一个转录模块,即BZR-ARF-PIF(BAP)模块,并相互依赖地促进植物的伸长生长。BAP模块将从前被分散研究的多条调控伸长生长的信号通路整合到了一个转录模型中,从而进一步深化了对植物伸长生长的认识,本文以这一研究历程为线索介绍BAP模块发挥功能的分子机制。 展开更多
关键词 耐芸苔素唑因子(BZRs) 生长素应答因子(arfs) 光敏色素相互作用因子(PIFs) 转录调控
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植物生长素响应因子基因的研究进展 被引量:10
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作者 方佳 何勇清 +1 位作者 余敏芬 郑炳松 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期611-616,共6页
生长素响应因子(ARF)是一类调控生长素响应基因表达的转录因子,在生长素的信号传导过程中处于中心位置,它可与生长素响应元件特异结合,促进或抑制基因的表达。介绍了ARF结构特征,生物学功能以及调控机制。植物ARF由3个结构域组成:氨基端... 生长素响应因子(ARF)是一类调控生长素响应基因表达的转录因子,在生长素的信号传导过程中处于中心位置,它可与生长素响应元件特异结合,促进或抑制基因的表达。介绍了ARF结构特征,生物学功能以及调控机制。植物ARF由3个结构域组成:氨基端的DNA结合结构域(DBD),中间结构域(MR)以及羟基末端的二聚结构域(CTD)。中间结构域包括激活结构域(AD)和抑制结构域(RD)。在生长素信号转导过程中,ARF主要通过与生长素响应元件结合,促进早期基因转录,从而调节下游基因的表达。不同的ARF在不同的组织和器官中都有特异表达,同时通过ARF突变体的研究表明:不同的ARF具有各自独特的功能。这些功能特异性的产生,既可以来自在时间和空间表达上的不同,也可能是来自对目的基因启动子的亲和性差异。植物激素、外界环境因子和非编码区小RNA对ARF功能的发挥具有重要的调控作用。 展开更多
关键词 植物学 生长素响应因子(arf) 基因功能 调控机制 综述
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