中国艾滋病病毒1型AE循环重组型毒株env基因的变异和进化分析

目的 研究中国艾滋病病毒 1型 (HIV 1)AE循环重组型 (CRF0 1 AE)毒株env不同基因区序列变异的特点及其与进化压力的关系。方法 应用巢式聚合酶链反应 (nested PCR)对从全国部分省收集来的HIV 1感染者血液样本中的HIV 1外膜蛋白 (env)基因进行扩增和亚型鉴定后 ,选择 3 4份CRF0 1 AE重组型HIV 1毒株env基因V3～V4区及其邻近区域的序列进行系统进化树和氨基酸变异分析 ,并计算和分析氨基酸同义替换 (Ks)值和非同义替换 (Ka)值及Ks Ka比值。结果基因系统树显示中国的 3 4份样本CRF0 1 AE重组型毒株与我国代表株AE .97CNGX2F和泰国代表株AE .CM 2 40、AE .93TH2 53聚集在一起。氨基酸替换主要发生在C3和V4区 ,而V3区和V3上游区氨基酸序列相对保守 ,糖基化位点也比较保守。V 3环顶端四肽以GPGQ为主 (87.50 % )。大部分毒株的第 3 0 6和 3 2 0位点上没有出现带正电荷的氨基酸。整个V 3～V4区的Ks值显著高于Ka值(P <0 .0 0 1) ,且Ks Ka比值显著高于 1(P <0 .0 0 1) ,只有V4区Ks Ka比值显著低于 1(P <0 .0 1)。结论 目前多数流行于中国的CRF0 1 AE重组型HIV 1毒株具有较高的同源性 ,在进化上关系密切。氨基酸替换主要发生在C3和V4区 ,而不是V3区。由于大部分毒株的第 3 0 6和 3 2 0位点上没有出现带正电荷的?