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胡杨AHL基因家族生物信息学分析及逆境胁迫下的表达特征
1
作者
刘行行
种培芳
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期741-750,共10页
AT-hook核定位(AT-hook motif nuclear localized,AHL)蛋白作为一种小型DNA结合蛋白,广泛存在于植物中,在植物生长发育、逆境胁迫和激素信号应答等方面发挥着重要的作用。为全面了解胡杨(Populus euphratica)AHL基因家族的结构及功能,...
AT-hook核定位(AT-hook motif nuclear localized,AHL)蛋白作为一种小型DNA结合蛋白,广泛存在于植物中,在植物生长发育、逆境胁迫和激素信号应答等方面发挥着重要的作用。为全面了解胡杨(Populus euphratica)AHL基因家族的结构及功能,利用生物信息学方法及qRT-PCR对胡杨AHL家族成员的理化性质、基因结构、亚细胞定位以及逆境胁迫下的表达特征进行分析。理化性质分析表明,胡杨AHL家族共有19个成员,除PeAHL16外,其余PeAHL蛋白均为碱性的不稳定亲水蛋白。基因结构分析表明,PeAHL成员全部为内含子缺失型基因。系统进化结果显示,胡杨AHL家族成员可根据基因类型分为8个亚群。保守基序分析显示,聚类在同一分支中的PeAHL基因其motif组成及排列顺序基本相同。在顺式作用元件分析中,响应干旱胁迫的元件其种类和数量最多。实时荧光定量分析表明,PeAHLs的表达受低温、高温、NaCl以及PEG的显著诱导,与对照相比,PeAHLs在PEG处理下表达量最高。本研究结果为胡杨AHL基因家族的深入研究提供理论依据,为进一步解析胡杨AHL基因参与非生物逆境胁迫的分子机制提供参考。
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关键词
ahl基因家族
胡杨
生物信息学
QRT-PCR
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职称材料
题名
胡杨AHL基因家族生物信息学分析及逆境胁迫下的表达特征
1
作者
刘行行
种培芳
机构
甘肃农业大学林学院
出处
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期741-750,共10页
基金
国家自然基金,荒漠植物红砂根际促生细菌筛选及其调控红砂抗逆性的研究(32160407)
甘肃农业大学青年导师扶持基金,红砂响应盐胁迫的生理特性及耐盐分子机理的研究(GAU-QDFC-2021-10)
+2 种基金
优秀研究生“创新之星”项目(2021CXZX-397)
对发展中国家常规性科技援助项目(KY202002011)
红砂、白刺抗旱优良种质繁育技术示范与推广,中央财政林业科技推广示范资金(2020ZYTG15)资助。
文摘
AT-hook核定位(AT-hook motif nuclear localized,AHL)蛋白作为一种小型DNA结合蛋白,广泛存在于植物中,在植物生长发育、逆境胁迫和激素信号应答等方面发挥着重要的作用。为全面了解胡杨(Populus euphratica)AHL基因家族的结构及功能,利用生物信息学方法及qRT-PCR对胡杨AHL家族成员的理化性质、基因结构、亚细胞定位以及逆境胁迫下的表达特征进行分析。理化性质分析表明,胡杨AHL家族共有19个成员,除PeAHL16外,其余PeAHL蛋白均为碱性的不稳定亲水蛋白。基因结构分析表明,PeAHL成员全部为内含子缺失型基因。系统进化结果显示,胡杨AHL家族成员可根据基因类型分为8个亚群。保守基序分析显示,聚类在同一分支中的PeAHL基因其motif组成及排列顺序基本相同。在顺式作用元件分析中,响应干旱胁迫的元件其种类和数量最多。实时荧光定量分析表明,PeAHLs的表达受低温、高温、NaCl以及PEG的显著诱导,与对照相比,PeAHLs在PEG处理下表达量最高。本研究结果为胡杨AHL基因家族的深入研究提供理论依据,为进一步解析胡杨AHL基因参与非生物逆境胁迫的分子机制提供参考。
关键词
ahl基因家族
胡杨
生物信息学
QRT-PCR
Keywords
ahl
gene family
Populus euphratica
Bioinformatics
qRT-PCR
分类号
Q344.13 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胡杨AHL基因家族生物信息学分析及逆境胁迫下的表达特征
刘行行
种培芳
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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