猪FSHβ亚基基因结构区Alu序列插入突变的研究

通过聚合酶链式反应 (PCR)对中国华北型优良地方猪种莱芜猪及杜里猪、长白猪的卵泡刺激素 (FSH) β亚基基因结构区插入片段进行扩增 ,并对 0 .5kb扩增产物进行克隆和测序。序列分析表明 ,在已发表的猪FSHβ亚基基因全序列的 +80 9与 +810碱基之间 ,莱芜猪、杜里猪和长白猪分别存在一个长度为 2 75、2 77和 2 74bp的插入片段 ,插入片段末端的poly(A)分别为 17、19和 16个腺苷酸 ,均显著短于高产猪种太湖猪 (2 92bp和 32个腺苷酸 )。对FSHβ亚基基因插入片段进行BamHⅠ多态性分析 ,发现本研究所检测样品中不存在BamHⅠ多态性。插入片段中存在一个RNA聚合酶Ⅲ启动子及AluⅠ内切酶识别位点 ,所以该片段可能为Alu成分。因RNA聚合酶Ⅲ这种有功能的内部启动子能够转录相邻的染色体序列 ,该插入片段可能影响FSHβ亚基基因或其他基因的表达调控。把FSHβ亚基基因作为控制猪产仔数主效基因的候选基因与产仔数进行连锁分析 ,证明FSHβ基因座位在莱芜猪种中与控制猪产仔数的主效基因紧密连锁 ,优势基因AA纯合子比BB纯合子母猪平均每胎多产仔 1.2头。因不同品种猪插入序列的主要差异是末端的poly(A)长短不同 ,推测该插入片段末端的poly(A)结构亦可能影响猪的产仔数。

用序列周期性指数寻找Alu序列编码方式

将７２０条Ａｌｕ序列组成的序列库分成左臂、右臂和中间序列三个子库。应用Ｚ值算法对三个子库作周期性分析，并与外显子、内含子和随机序列作比较。结果表明，Ａｌｕ序列作为一种潜在的调控资源，可能具有八联体编码。利用本算法作核酸序列周期性分析并研究序列编码方式，有较好的准确性。

Alu序列与人类疾病研究进展

Alu序列通过RNA依赖性机制即反转录转座在灵长类动物基因组中扩增,其在人类基因 组中的拷贝数已经超过100万个。这些序列在人类基因组中被认为有很多功能,并对基因结构有很大 的影响。Alu序列大概以每200个新生儿就一个插入的速度继续扩增。已有研究表明Alu序列的插入和 Alu重复序列之间的不等同源重组导致了多种人类疾病。Alu序列不仅对基因组的进化做了很大贡献, 而且对大部分人类遗传病也起了很大的作用。随着新的Alu亚类产生,新的亚类引起的疾病又见报道, 本文将对这一方面内容的发展动态进行综述。

精子发生中Alu序列的返座作用

目的 :克隆人类精原细胞和初级精母细胞特异表达的基因。 方法 :应用改良的mRNA表达图谱分析技术 ,对正常男性、唯支持细胞综合征和生精阻滞在初级精母细胞病人的睾丸进行mRNA表达图谱分析的差异显示 ,选择唯支持细胞综合征缺失的表达基因并克隆测序。 结果 :正常男性、唯支持细胞综合征和生精阻滞在初级精母细胞症病人的睾丸组织表达图谱存在显著的表达差异 ,目前已获得唯支持细胞综合征缺失的片段 88个。在已分析的 6个片段中 ,1个与人类的Alu序列家族 (Alufamily) 98%同源。 结论 :Alu序列在生精细胞中通过返座作用形成新Alu序列 。

Alu序列介导肿瘤中反复发生的染色体畸变

越来越多的证据表明在人类肿瘤中 ,重复DNA序列参与了反复发生的染色体重排。高度重复序列 ,如Alu序列 ,在染色体易位断点区域的高密度分布提示该类序列为同源重组提供热点并可能参与染色体易位过程 ,增加其他各种染色体畸变的机会。据认为 ,和X序列(X序列能够促发Escherichiacoli中recBCD介入的重组)有同源性的Alu核心序列本身就可以促进DNA链的交换和基因重组。借助于不等同源重组以及接下来的序列缺失和/或扩增 ,Alu重复序列还参与了减数分裂细胞中许多结构基因的突变。研究表明在肿瘤中有类似的序列缺失事件发生 ,因为在几种白血病相关的染色体重排中 ,在紧邻易位断点区域频繁发生序列缺失。

Alu序列的准周期研究

研究Alu序列周期性质的传统方法有自相关函数,功率谱等等。我们尝试用准周期的方法寻找Alu序列可能存在的编码方式,结果发现作为一种潜在的调控资源,Alu序列可能具有8联体的编码方式,此结果可以帮助解释Alu序列潜在的生物功能。

中国10个人群中Y染色体Alu序列的多态分布

以中国 2个汉族群体和 8个少数民族群体的 571名个体为研究对象 ,采用PCR扩增后琼脂糖凝胶电泳分离的方法 ,分析了Y染色体特异的Alu序列插入位点DYS2 87的遗传多态性 .结果表明 :在所研究的 10个中国人群中 ,Alu序列插入的基因频率为 9% .在藏族中Alu序列插入的频率相当高 ,达 4 9% ;在彝族、回族和维吾尔族中 ,频率为中等或较低 ,分别达 15% ,8%和 4 % .Alu序列插入在土家族和瑶族中各发现一人 ,而在陕西汉族、广东汉族、满族和壮族样本中没有发现 .

猪FSHβ和GDF9基因中Alu插入序列多态性

使用聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)技术,对辽宁黑猪、长白猪、大约克猪、丹育猪和杜洛克猪的FSHβ亚基基因和GDF9基因的插入片段扩增后进行多态性和生物信息学分析,并对产仔数建立GLM模型,探讨2个基因插入序列Alu的多态性与猪产仔数的关系。研究表明:优势基因型BBDD纯合子比AACC型纯合子母猪平均每胎多产仔1.5头(P<0.01)。研究结果表明,FSHβ亚基基因和GDF9基因与控制猪产仔数的主效基因密切相关,这可能会作为猪产仔数性状的遗传标记,而其优势基因型BBDD可以进一步改良猪的产仔数性状。

Alu序列甲基化水平与两种乳腺癌细胞系转移能力高度相关

目的探讨Alu序列甲基化与乳腺癌转移潜能的关系。方法用亚硫酸氢盐修饰联合限制性内切酶分析法（combined bisulfite restriction analysis，COBRA）、亚硫酸氢盐修饰结合直接测序法（bisulfite sequencing，BSP）检测两株转移能力不同的乳腺癌细胞系MCF7和MDA—MB-435S中Alu甲基化状态，每个样品挑取10个克隆测序。结果MCF7和MDA—MB-435S中Alu甲基化水平均明显低于报道的正常人体细胞Alu甲基化水平，但MCF7中Alu的甲基化水平明显高于MDA-MB-435S。同时，Alu甲基化位点在基因组中分布不均匀。结论乳腺癌的转移潜能可能与Alu序列的去甲基化以及去甲基化位点的分布相关，值得进一步探讨。

大鼠类Alu重复序列的克隆及其在染色体DNA突变分析中的应用

从大鼠低Cot值DNA文库分离到一种类Alu的重复序列 ,命名为RALRS 1.对RALRS 1克隆并进行了测序 ,长度为 2 83bp ,发现其中含有单一的微卫星 (microsatellite)序列AG ,AGG和AGGG .RALRS 1DNA序列在大鼠单倍体基因组中的拷贝数为 15 0 0 0 0～ 330 0 0 0 .依RALRS 1中的一段序列合成了一 2 8寡核苷酸探针 (AGGG) 7,对大鼠正常组织和肿瘤组织DNA指纹谱分析时 ,不但能显示活动清晰的指纹谱带型 ,并能显示与正常组织间所存在的区别 .本研究证明我们所发展的方法能够快速而方便地获得同源重复序列探针 ,用于DNA指纹谱分析 .这类分析对研究基因组的变化提供了有价值的途径 .图 3参

粪便Alu序列的检测在胰腺癌诊断中的价值

目的检测胰腺癌患者粪便Alu序列表达量，探讨其对胰腺癌的诊断价值。方法收集41例胰腺癌、27例慢性胰腺炎及23例健康者的粪便样本，采用酚一氯仿方法抽提粪便中基因组DNA，应用实时定量PCR方法检测Alu重复序列的表达量。结果胰腺癌、慢性胰腺炎、正常健康者粪便Alu重复序列表达量分别为（5．17±0．99）、（3．79±0．94）、（0．28±0．35）ng／g，三组间差异有统计学意义（P值均〈0．05）。通过接受者操作特征（ROC）曲线分析，胰腺癌的曲线下面积为74．8％，95％可信度为0．661～0．835，诊断胰腺癌的敏感性为75．6％，特异性为67．1％。结论胰腺癌患者粪便Alu序列表达量显著增加，对胰腺癌的诊断可能有一定价值。

在载脂蛋白E基因敲除小鼠和人脐静脉平滑肌细胞中同型半胱氨酸对B1和Alu重复序列甲基化的影响

目的观察同型半胱氨酸对载脂蛋白E基因敲除小鼠不同组织和人脐静脉平滑肌细胞中B1和Alu序列甲基化水平的影响,为进一步阐明同型半胱氨酸致动脉粥样硬化形成的分子机制提供理论和实验依据。方法复制高同型半胱氨酸血症载脂蛋白E基因敲除小鼠模型,给予不同饮食14周后,分别取小鼠心脏组织、血管及白细胞;原代培养人脐静脉平滑肌细胞,用50、100、200及500μmol/L同型半胱氨酸干预培养72 h后,抽提组织、白细胞及平滑肌细胞的基因组DNA,采用巢式降落式甲基化特异性PCR法分别检测不同组织和细胞中B1和Alu序列甲基化水平的变化。结果饲以高蛋氨酸饮食的载脂蛋白E基因敲除小鼠心脏组织、血管和白细胞中B1重复序列甲基化水平下降明显,与正常对照组比较有显著性差异(P<0.05和P<0.01);在同型半胱氨酸干预的平滑肌细胞中Alu序列甲基化水平下降显著(P<0.05和P<0.01)。结论同型半胱氨酸引起B1和Alu序列低甲基化改变可能是其导致动脉粥样硬化发生发展的重要机制之一。

Alu重复序列的特性及其与恶性肿瘤的关系

目的探讨Alu重复序列的结构特性及其与恶性肿瘤的关系。方法复习近年来有关Alu重复序列在分子生物学及肿瘤学方面的研究结果。结果Alu序列之间的同源重组可导致基因缺失、重复,染色体移位导致基因重排,从而使某些癌基因活化,导致一系列的恶性改变。结论Alu序列是一种多功能的调控序列,在一些肿瘤的发生、发展中起重要作用。

Alu家族与人类疾病

Alu序列是灵长类基因组内的特有的含量丰富的中度重复序列 ,由 30 0 bp的短序列所组成 ,在单倍体基因组中有30万～ 5 0万份拷贝 ,其间隔平均为 5 kb。到目前为止 ,对于 Alu序列的功能了解的还不多 ,据推测可能与基因转录的调节 ,hn-RNA的加工以及 DNA复制的启动有关。目前已发现众多的疾病与 Alu序列在基因组内的插入和不等同源重组有关 。

Alu-反向PCR检测HIV-1整合位点方法的建立

目的建立Alu-反向PCR检测整合型HIV-1DNA的实验方法。方法收集18例HIV-1感染者及12例健康者的抗凝血标本,根据整合型HIV-1DNA的特点设计引物,第一轮PCR5’端引物来自于人类保守的Alu序列,3’端引物来自于HIV-1gag序列,扩增片段包含了整合位点上游的人类基因组DNA序列和整合的HIV-1DNA序列。经PstⅠ酶切后进行自身片段环化,以此为模板设计针对HIV-1LTR和gag保守区域引物,进行巢式PCR。结果 16例HIV-1感染者成功扩增出目的片段,12例健康者均为阴性。结论本实验建立的检测整合型HIV-1的方法为进一步研究HIV病毒储藏库机制提供了参考。

Alu—PCR的基本原理及其应用

1986年聚合酶链式反应即PCR技术的问世,为分离分析单拷贝特定DNA序列提供了有效方法。然而,此方法需要预先知道待分离DNA片段两侧的DNA顺序,因此,PCR技术的使用有其局限性。 为了能够快速从啮齿动物与人类单染色体杂交的体细胞中特异地扩增出人类DNA序列,可将与人类DNA重复序列同源的DNA序列设计成为PCR引物来进行PCR反应。其中。

Alu中剪接位点的研究

对Alu剪接位点双碱基的类型、分布进行了分析,发现非标准剪接(不满足GT-AG规则)占很大优势。而且非标准剪接的分布频率会随不同的染色体而变化,在Alu剪接较多的111、2、17号染色体上分布最多。通过对Alu及其剪接位点碱基关联的计算分析,说明在Alu中剪接位点双碱基的这种异常使用主要是由Alu中二联体的关联压力造成的,从而表明这种重复序列对生命活动的多样化起着重要作用。

组织型纤维酶原激活因子A1u重复序列基因多态性检测

研究山东地区汉族人组织型纤维酶原激活因子(TPA)-Alu重复序列基因多态性特点。提取外周血DNA,采用聚合酶链反应扩增t-PA基因h(8th)内含子的Alu重复序列,记录Alu插入/缺失(I/D)结果。166例山东人中TPA-Alu-I/I纯合子基因型50个;TPA-Alu-D/D型46个;TPA-Alu-I/D杂合型70个。Alu序列的插入纯合(I/I)频率为30.12％,缺失纯合(D/D)频率为27.71％:(I/D)杂合型频率为42.17;经x^2检验男女之间无显著性差异(P>0.05)。受试者等位基因的频率符合Hardy-Wein-berg原则,结果有代表性。

用Alu－pCR法快速检测人体组织AluDNA

通常，做ＰＣＲ需先从组织中提取ＤＮＡ。本文报道用ＰＣＲ法直接检测人体１８种组织的ＡｌｕＤＮＡ。结果发现：除新鲜组织外，固定包埋的组织也可用作ＰＣＲ分析；扩增产物荧光带的亮度随固定组织的不同而有差异；甲醛固定时间对ＤＮＡ和ＰＣＲ结果有明显影响，而甲醛固定、石蜡包埋后的存放时间对ＰＣＲ扩增结果的影响则不明显。作者认为直接用组织作ＰＣＲ法检测人体组织ＡｌｕＤＮＡ能简化操作步骤，避免外源性ＤＮＡ和核酸酶的污染，以及苯酚与氯仿对人体的伤害，便于推广应用。

中国东北汉族及3个少数民族DYS19和DYS287多态性研究

本文以中国东北汉族（６９例）和鄂温克、鄂伦春、达斡尔３个少数民族人群（１０８例）为研究对象，采用ＰＣＲ产物变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分析了Ｙ染色体特异性微卫星ＤＹＳ１９的等位基因分布规律。结果显示：东北汉族人群中各等位基因分布较分散Ａ２．９％，Ｂ２６．０９％，Ｃ２６．０９％，Ｄ２８．９８％，Ｅ１５．９４％；东北汉族和３个少数民族人群的等位基因频率有显著性差异（Ｐ＜０．０５）。我们还通过ＰＣＲ方法调查了以上４个人群中Ｙ染色体特异的Ａｌｕ序列插入位点ＤＹＳ２８７的多态性，在所研究４个人群中没有发现Ａｌｕ序列的插入，即均为ＹＡＰ－的个体。