散发性大肠癌APEX基因两个单核苷酸多态性的检测及分析

目的 检测分析中国人散发性大肠癌APEX基因 12 4 7位点、2 197位点的单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)状况 ,探讨其与散发性大肠癌发生的关系。 方法 变性梯度凝胶电泳 (denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)、单链构像多态性 (singlestrandconformationpolymorphism ,SSCP)分别检测 15 0例大肠癌及其周围正常粘膜DNA的APEX基因 12 4 7位点、2 197位点SNP ,并直接测序验证结果。结果 12 4 7位点经DGGE检测及测序证实有 17例存在A→G的SNP ,导致I 6 4V改变 ;经SSCP检测和测序证实 2 197位点有 38例T→G的SNP ,并导致D14 8E改变。结论 APEX基因SNP分布可能具有明显的种族差异 ,12 4

垂直变性梯度凝胶电泳在大肠癌APEX基因变异检测中的应用

目的探讨变性梯度凝胶电泳(denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)在大肠癌APEX基因单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)或基因突变筛选中的应用价值。方法对散发性大肠癌APEX基因5个外显子进行DGGE检测及DNA测序,分析DGGE带型和测序结果之间的关系。结果根据DGGE原理及实验观察结果,发现无论何种碱基改变,在DGGE胶上通常只可能呈现4种带型中的一种,本研究发现其中的3种。杂合子的特征是在变性胶的泳道上出现不同水平的4条带,纯合子呈单一条带;带有错配的DNA分子在凝胶上的位置总是落后于没有错配的分子;当碱基改变为A/T→G/C时,突变DNA分子泳动较快,其条带位于野生型分子之前,当碱基改变为G/C→A/T时,结果相反。结论对于一已知的SNP,利用DGGE带型可以判断SNP的基因型和等位基因频率而免去进一步测序工作;对突变检测而言,DGGE可预测碱基改变的类型,有利于对测序结果判读的准确性。

APEX1和OGG1基因多态性与结肠癌发病风险、肿瘤分期和预后转归的相关性

目的调查APEX1和OGG1基因多态性与结肠癌发病风险、肿瘤分期和预后转归的相关性。方法筛选保定市第一中心医院2019年2月至2021年12月诊断为结肠癌的160例患者的标本作为结肠癌组,同期收集我院160名健康个体的标本作为对照组。流行病学调查表收集个人数据;通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)对APEX1基因中的多态性(ASP/Glu)和OGG1基因中的多态性进行基因分型(Ser/Cys);按性别,年龄,饮酒和吸烟情况对APEX1基因多态性SNP分析。结果ASP/Glu基因型与结肠癌正相关(OR=3.45;95%CI=1.32~5.87,P=0.003)。Glu/Glu基因型也与结肠癌相关(OR=3.87;95%CI=1.48~6.43,P=0.004)。结肠癌组患者和对照组中等位基因频率不同,Glu等位基因的携带者增加了结肠癌的风险(OR=1.85;95%CI=1.24~4.22,P=0.014)。Ser/Cys基因型与结肠癌正相关(OR=2.85;95%CI=1.64~4.27,P=0.001)。Cys/Cys基因型也与结肠癌相关(OR=3.22;95%CI=1.87~5.34,P=0.001)。结肠癌组患者和对照组中等位基因频率不同,Cys等位基因的携带者增加了结肠癌的风险(OR=1.97;95%CI=1.15~4.78,P=0.001)。年龄大于50岁的结肠癌组患者存在ASP/Glu+Glu/Glu基因型的风险增加。吸烟和酗酒的结肠癌组患者,与ASP/Glu+Glu/Glu基因型的风险增加相关。ASP/Glu和Ser/Cys基因型与早期TNM阶段(Ⅰ+Ⅱ期)和晚期TNM阶段(Ⅲ+Ⅳ)有关,具有Cys/Cys基因型与晚期TNM阶段(Ⅲ+Ⅳ)有关。APEX1 Glu/Glu基因型和OGG1 Cys/Cys基因型病情恶化升高。结论APE1 Asp148Glu和OGG1 Ser326Cys多态性与结肠癌风险增加、肿瘤分期和预后转归有关。

人APEX1基因的生物信息学分析

APEXl是影响基因表达和氧化还原活性相关碱基修复和多功能蛋白的关键基因，对APEXl基因及编码蛋白进行生物信息学方面的深入分析，更有利于对APEXl基因相关癌症及其他遗传流行病学的阐述。本研究利用生物信息学分析方法以11个物种APEXl基因序列及编码蛋白序列为研究对象，对人APEXl基因进行了系统进化分析及预测启动子及CpG岛，并对其蛋白质理化性质及结构功能等进行了预测分析。核酸分析结果表明，人APEXl基因包含5个外显子，预测核心启动子区域为158～208bp。进化分析结果显示，人与黑猩猩的遗传距离为0．003，亲缘关系最近。蛋白预测软件结果显示，人APEXl蛋白主要由自由卷曲及仪一螺旋结构组成，无合适信号肽及明显跨膜区，表明该基因不参与跨膜物质运输及信号转导。