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野生二粒小麦AP2家族基因鉴定与表达模式分析
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作者 刘涛 曹启彬 +3 位作者 卫科旭 张艳 聂小军 童维 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期24-36,共13页
AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位... AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位、系统进化树、保守结构域、基因扩增、顺式作用元件、密码子偏好性、表达模式和遗传多样性分析。结果表明,在野生二粒小麦中共鉴定到265个AP2基因,主要定位在细胞核和叶绿体中。根据系统进化树将其分为3个亚族,各亚族之间的保守结构域和基因结构存在保守性与多样性。AP2含有多个与生长发育和非生物胁迫相关的顺式作用元件。AP2基因的密码子偏好性可能受到压力选择作用。从AP2基因的表达模式看,该家族成员可能发生了亚功能化,且对盐胁迫响应有重要作用。通过对不同小麦群体中核酸多样性和分化指数分析,AP2基因部分成员在野生二粒小麦中具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 野生二粒小麦 AP2基因 进化分析 表达模式 遗传多样性
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金钗石斛AP2/ERF基因家族的鉴定和表达分析
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作者 于相丽 刘雅银 +1 位作者 李勇慧 周晓君 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第17期47-57,共11页
对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析,为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白,并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定,共获得97个... 对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析,为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白,并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定,共获得97个金钗石斛AP2/ERF基因,然后通过ProtParam分析金钗石斛AP2/ERF家族蛋白的理化性质、亲疏水性,使用MEGA11.0软件构建进化树,利用Map Gene Chrome、GSDS、MEME、PlantCARE在线工具分析AP2/ERF转录因子的基因定位、基因结构和保守基序,并预测基因上游的顺式作用元件,利用TBTools分析并可视化AP2/ERF基因在各部位的表达情况。结果表明,金钗石斛AP2/ERF转录因子家族的成员,大部分定位在细胞核中,相对分子质量介于2726.88~71682.81 u之间,氨基酸数量介于94~659个之间,等电点介于4.45~10.44之间。进化树分析显示,AP2/ERF家族成员分为AP2、RAV、ERF及DREB 4个亚家族。97条基因不均匀地分布在19条染色体上,各个亚族都有独特基序,AP2/ERF基因启动子上游区域光响应作用元件种类最多,数量也最多。大多数DnAP2s基因在根中的表达量最大,不同的居群DnAP2s基因表达有较大不同。鉴定得到97个金钗石斛AP2/ERF蛋白,DnAP2s基因在根茎叶花中表达具有差异性,地理分布导致不同居群的遗传多样性水平不同。 展开更多
关键词 金钗石斛 AP2/ERF基因家族 生物信息学 表达分析
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基因调控植物花器官发育的研究进展 被引量:5
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作者 杜朝金 张汉尧 +4 位作者 罗心平 宋云连 毕珏 王跃全 张惠云 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期151-161,共11页
花作为被子植物的繁殖器官,是植物的重要组成部分,也是研究植物进化、分类的重要依据。花器官的发育受到外部环境和内部生理等多种因素的影响,不同物种或同一物种间出现不同的性状,基因作为其中的关键因子,在整个过程中发挥着重要作用,... 花作为被子植物的繁殖器官,是植物的重要组成部分,也是研究植物进化、分类的重要依据。花器官的发育受到外部环境和内部生理等多种因素的影响,不同物种或同一物种间出现不同的性状,基因作为其中的关键因子,在整个过程中发挥着重要作用,其在花发育调控中的作用一直都是大家研究的热点。花器官的花萼、花冠、雄蕊、雌蕊、胚珠五轮结构分别受到AE花发育模型中A、B、C、D、E五类基因的调控,这些基因在花器官发育过程中形成了一个复杂的基因调控网络。各类基因的表达或沉默均会导致花器官的结构发生改变,但不同的物种之间又存在差异。本研究综述了MADS-box、AP2/ERF基因家族相关成员AP1、AP2、AP3、PI、AG、SEP、AGL6、SHP、STK及其他基因NAP、SPL、TGA、PAN、WOX等在花器官建成中的调控作用,从分子水平解析了基因在花器官发育中的影响,为进一步深入了解基因在各植物花器官发育调控中的作用提供参考。 展开更多
关键词 花器官 基因调控 MADS-BOX AP2/ERF NAP
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黄瓜AP2/ERF基因家族全基因组鉴定及表达模式分析 被引量:1
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作者 杨巍 赵丽芬 +3 位作者 杨娟 李飞 王天文 邓英 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期127-143,共17页
【目的】在黄瓜全基因组中鉴定APETALA2/ethylene responsive factor(AP2/ERF)基因家族,分析其基因结构与功能及表达模式,为该家族基因在黄瓜生长发育及抵御逆境胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对CsaAP2/ERF家族进行鉴定... 【目的】在黄瓜全基因组中鉴定APETALA2/ethylene responsive factor(AP2/ERF)基因家族,分析其基因结构与功能及表达模式,为该家族基因在黄瓜生长发育及抵御逆境胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对CsaAP2/ERF家族进行鉴定,并分析该家族成员的理化性质、结构与功能、蛋白互作关系、进化关系和表达模式。【结果】黄瓜全基因组中鉴定出148个AP2/ERF家族成员,根据同源性分为5个亚族:AP2、ERF、DREB、RAV和Soloist,各亚族成员的基因结构与保守基序相似。CsaAP2-11和CsaAP2-15是蛋白互作网络的核心蛋白,与多个蛋白质存在互作关系。共线性分析显示:CsaAP2/ERF与南瓜同源基因进化关系最为相近。在逆境胁迫(冷、热、盐)下,CsaAP2-15、CsaAP2-18、CsaERF-31、CsaERF-54、CsaERF-64、CsaERF-65、CsaDERB-37、CsaDREB-38、CsaDREB-45等基因的表达量发生显著变化。【结论】本研究对黄瓜AP2/ERF家族成员进行系统鉴定和特征分析,并分析了其在多种胁迫下的表达模式,为该家族基因的生物学功能研究与培育抗逆黄瓜新品种提供了理论基础。 展开更多
关键词 黄瓜 AP2/ERF转录因子 生物信息学 表达模式
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果蔬逆境胁迫应答中AP2/ERF转录因子的激素调控研究进展 被引量:1
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作者 李皎琪 李美琪 +4 位作者 王玉婷 刘秀玲 张新华 李富军 李晓安 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第12期315-323,共9页
APETALA2/乙烯响应因子(APETALA2/ethylene-responsive factor,AP2/ERF)转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一,其亚家族成员通过与下游互作基因启动子区域的GCC box、DRE/CRT等顺式作用元件特异性结合,激活或抑制相关基因的表达... APETALA2/乙烯响应因子(APETALA2/ethylene-responsive factor,AP2/ERF)转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一,其亚家族成员通过与下游互作基因启动子区域的GCC box、DRE/CRT等顺式作用元件特异性结合,激活或抑制相关基因的表达,参与果蔬的生长发育、成熟衰老、胁迫应答等生物学过程的调控。近年来越来越多的研究表明,AP2/ERF还可通过调控靶基因诱导乙烯、茉莉酸、水杨酸等多种植物激素反应或作为反应因子响应植物激素信号,参与植物激素介导的果蔬品质形成、生物胁迫及非生物胁迫应答相关的代谢通路,调节果蔬的品质及抗性。本文对AP2/ERF转录因子的结构特征及其在果蔬中的分类和分布进行了概述,并综述了果蔬逆境胁迫应答中AP2/ERF与主要激素信号相互作用以调控果蔬抗逆性的最新研究进展,以期从AP2/ERF转录因子激素调控的角度,为增强果蔬对逆境胁迫的抗性提供理论依据。 展开更多
关键词 AP2/ERF转录因子 植物激素 果蔬 生物胁迫 非生物胁迫
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马铃薯响应低氮肥胁迫AP2转录因子的生物信息分析 被引量:1
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作者 张珍华 蒋素华 +2 位作者 武思 梁芳 牛苏燕 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第4期55-62,共8页
为研究马铃薯(Solanum tuberosum)AP2亚组类转录因子家族对低氮肥胁迫的响应特征,以马铃薯品种Russet Burbank为材料,分别种植于氮肥供应充足和不足条件下处理10 d后,收取不同处理下的叶片和根构建转录组测序文库,基于转录组测序结果筛... 为研究马铃薯(Solanum tuberosum)AP2亚组类转录因子家族对低氮肥胁迫的响应特征,以马铃薯品种Russet Burbank为材料,分别种植于氮肥供应充足和不足条件下处理10 d后,收取不同处理下的叶片和根构建转录组测序文库,基于转录组测序结果筛选出AP2转录因子并对其进行生物信息分析和对低氮肥胁迫的响应分析。结果表明,18个马铃薯AP2转录因子不均匀地分布在11条染色体上,且都含有不同数目的保守基序结构,亲缘关系分析发现有15个马铃薯AP2家族蛋白与拟南芥的AP2蛋白聚集在了一起。基于马铃薯转录组数据,发现根中12个基因在低氮肥胁迫处理后被抑制性表达,其中3个基因显著降低;在叶片中9个基因被抑制表达,2个基因达到了显著性差异。此外,还发现AP2转录因子在马铃薯不同组织中的表达水平有很大差异,其中14个AP2转录因子在根和叶片中的表达量呈显著性差异。根据亲缘关系和功能分析,推测PGSC0003DMG400027502、PGSC0003DMG400012181和PGSC0003DMG400013587可作为候选的响应氮肥胁迫的关键转录因子,该研究为下一步研究马铃薯AP2响应低氮肥胁迫的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 马铃薯 低氮肥胁迫 AP2转录因子 生物信息学分析 响应
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利用基因编辑技术研究BnaFZP基因调控油菜分枝的功能 被引量:1
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作者 刘倩倩 申潇潇 +2 位作者 李淮琳 余凯迪 范楚川 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期985-992,共8页
FRIZZY PANICLE(FZP)基因编码AP2/ERF类型的转录因子,在模式植物拟南芥中参与株型(分枝)调控,是植物株型改良的重要靶基因。本研究首次针对油菜中的同源基因BnaFZP开展了功能研究。通过基因克隆和生物信息学分析,发现BnaFZP在甘蓝型油... FRIZZY PANICLE(FZP)基因编码AP2/ERF类型的转录因子,在模式植物拟南芥中参与株型(分枝)调控,是植物株型改良的重要靶基因。本研究首次针对油菜中的同源基因BnaFZP开展了功能研究。通过基因克隆和生物信息学分析,发现BnaFZP在甘蓝型油菜基因组中有六个同源拷贝,它们均只有一个外显子,且在N端含有一个AP2保守结构域。组织表达特异性分析发现,BnaFZP在各个组织中的表达量都较低,其中根、花瓣和角果中的表达量相对较高。利用CRISPR/Cas9基因编辑技术技术和农杆菌介导的遗传转化方法,成功创制出BnaFZP基因不同拷贝发生编辑的48个T0植株。这些定点突变可以稳定遗传,并在后代筛选得到非转基因的编辑单株。对T1突变体进行表型观察发现,BnaFZP的BnaA02g35090D/BnaC02g08170D纯合双突变体和BnaC03g09100D/BnaA02g35090D/BnaC02g08170D纯合三突变体均表现出明显的多分枝表型,表明BnaFZP参与油菜分枝和株型调控。该研究为甘蓝型油菜株型与分枝调控的分子机理研究与株型改良提供了重要研究材料。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 BnaFZP AP2/ERF CRISPR/Cas9 株型
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花生转录因子基因AhWRI1的克隆及表达分析
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作者 殷祥贞 赵健鑫 +9 位作者 郝翠翠 潘丽娟 陈娜 许静 姜骁 赵旭红 王恩琪 曹欢 禹山林 迟晓元 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期3155-3164,共10页
花生是世界范围内广泛栽培的油料和经济作物之一,由于其高油脂和高蛋白质含量,已成为人们主要的油脂和蛋白质来源。随着世界对植物油需求的不断增加,改良花生脂肪酸组成和提高油脂含量成为花生育种工作的重要内容。转录调控因子可调控... 花生是世界范围内广泛栽培的油料和经济作物之一,由于其高油脂和高蛋白质含量,已成为人们主要的油脂和蛋白质来源。随着世界对植物油需求的不断增加,改良花生脂肪酸组成和提高油脂含量成为花生育种工作的重要内容。转录调控因子可调控油脂合成相关代谢途径中一系列基因的表达,显著影响油脂合成和代谢。本研究从花生品种花育33号的叶片中克隆得到2个转录因子基因AhWRI1-1和AhWRI1-2,AhWRI1-1的ORF为1101 bp,编码366个氨基酸;AhWRI1-2的ORF为1128 bp,编码375个氨基酸。生物信息学分析发现,AhWRI1-1和AhWRI1-2均含有2个AP2/EREBP结构域。利用qRT-PCR检测AhWRI1-1和AhWRI1-2在不同组织中的表达模式发现,AhWRI1-1在种子中的表达量最高,可能参与调节脂肪酸合成和油脂积累;AhWRI1-2在下胚轴中的表达量最高,可能参与下胚轴的发育。此外,AhWRI1-1和AhWRI1-2对非生物胁迫的响应存在差异,表明AhWRI1-1和AhWRI1-2非生物胁迫中的作用也存在差异。通过在酵母中的转录激活试验验证,AhWRI1-1和AhWRI1-2均具有转录激活活性。本研究为以后对AhWRI1-1和AhWRI1-2的功能进行深入研究奠定了基础。 展开更多
关键词 花生 AP2/EREBP转录因子 非生物胁迫 基因表达分析 转录激活
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香蕉AP2/ERFs超家族的重新鉴定及在果实采后成熟过程中的差异表达特性
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作者 张海波 郑云柯 +4 位作者 付毛妮 张建斌 贾彩红 李新国 刘菊华 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期861-874,共14页
【目的】在全基因组水平上重新鉴定香蕉A基因组中的AP2/ERF家族成员,研究其在香蕉果实采后成熟过程中的差异表达特性,明确可能参与香蕉果实成熟调控的关键基因。【方法】对香蕉A基因组中AP2/ERF家族成员进行系统进化、结构特征、蛋白质... 【目的】在全基因组水平上重新鉴定香蕉A基因组中的AP2/ERF家族成员,研究其在香蕉果实采后成熟过程中的差异表达特性,明确可能参与香蕉果实成熟调控的关键基因。【方法】对香蕉A基因组中AP2/ERF家族成员进行系统进化、结构特征、蛋白质特性、保守结构域分析和两大类主栽品种巴西蕉(AAA)和粉蕉(ABB)果实采后成熟不同阶段的转录组分析。【结果】发现AP2/ERFs家族共有317个家族成员,分为AP2(49个)、ERF(253)和RAV(15)三个亚家族,他们不均匀地分布在染色体上。根据保守结构域和基因结构特征,ERF又分为a、b、c、d、e、f、h、i、j和k共10个亚类。转录组分析结果表明,在巴西蕉果实采后成熟过程中差异表达的AP2/ERFs家族成员有77个,其中高水平表达的有MaERF15、36、42和AP2-28。在粉蕉果实采后成熟过程中差异表达的AP2/ERFs家族成员有74个,其中高水平表达的有MaERF42和AP2-28。同时在巴西蕉和粉蕉果实成熟过程中差异表达的基因有57个,其中高水平表达的基因有MaERF15、42和AP2-28,只在巴西蕉果实中特异表达的有20个,只在粉蕉中特异表达的有17个。【结论】重新鉴定了香蕉AP2/ERFs超家族成员及其在果实后熟过程中的差异表达特性,为系统深入解析香蕉AP2/ERF基因功能奠定了基础,对为调控香蕉果实成熟提供靶标基因具有一定的理论意义。 展开更多
关键词 香蕉 AP2/ERFs 全基因组分析 果实成熟 差异表达分析
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甜橙AP2亚家族转录因子的鉴定与分析
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作者 赵鑫悦 谢婧蘅 +6 位作者 王天 杨莉 胡威 宋杰 匡柳青 刘勇 刘德春 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1490-1503,共14页
【目的】AP2亚家族转录因子具有调控植物种子、叶、花、根、茎等器官发育和响应非生物及生物胁迫的功能。对甜橙AP2亚家族进行基因鉴定、生物信息学分析和表达分析,为深入研究甜橙AP2亚家族基因的生物学功能提供理论基础。【方法】利用... 【目的】AP2亚家族转录因子具有调控植物种子、叶、花、根、茎等器官发育和响应非生物及生物胁迫的功能。对甜橙AP2亚家族进行基因鉴定、生物信息学分析和表达分析,为深入研究甜橙AP2亚家族基因的生物学功能提供理论基础。【方法】利用生物信息学分析方法,对甜橙AP2亚家族基因进行筛选与鉴定,通过qRT-PCR分析基因在不同组织部位以及不同非生物胁迫下的表达模式。【结果】鉴定出14个甜橙AP2亚家族基因,不均等分布在6条染色体上,其编码蛋白均为不稳定的亲水性蛋白。甜橙AP2亚家族基因在根、茎、叶中的表达存在差异,且多数基因可以被干旱和高盐胁迫诱导表达。【结论】鉴定出14个甜橙AP2亚家族基因,它们可能在甜橙响应非生物胁迫过程中起重要作用。 展开更多
关键词 甜橙 AP2亚家族 基因鉴定 非生物胁迫 生物信息学 表达分析
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紫苏AP2基因家族PfWRI1促进植物种子油脂积累
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作者 冯小燕 王其凤 +5 位作者 岳柯昕 侯福朋 徐华祥 陆俊杏 胡建 张涛 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1161-1172,共12页
AP2转录因子属于AP2/ERF超家族,参与调节植物生长发育的各种生物学过程,以及对生物和非生物胁迫的响应。然而,关于紫苏(Perilla frutescens) AP2转录因子家族的研究未见报道。在本研究中,从紫苏基因组中鉴定到18个AP2家族成员,使用生物... AP2转录因子属于AP2/ERF超家族,参与调节植物生长发育的各种生物学过程,以及对生物和非生物胁迫的响应。然而,关于紫苏(Perilla frutescens) AP2转录因子家族的研究未见报道。在本研究中,从紫苏基因组中鉴定到18个AP2家族成员,使用生物信息学方法分析了基因结构、保守基序和顺式作用元件。WRINKLED1 (WRI1)是许多植物物种中脂质生物合成的关键调节因子,在油脂合成过程中发挥重要调控作用。通过序列比对发现其中1个成员与AtWRI1序列高度同源,含有2个保守的AP2结构域,命名为PfWRI1。结合转录物组数据分析了PfAP2家族基因在紫苏不同组织和种子发育不同阶段的表达水平,结果表明,PfWRI1仅在紫苏种子中高表达,暗示PfWRI1可能与种子的发育过程有关。进而构建植物过表达载体pCAMBIA1303-PfWRI1,通过农杆菌侵染技术转化野生型(Col)以及突变体(wri1-1)拟南芥,分别获得过表达和回补株系。结果表明,相比于Col,PfWRI1的表达导致拟南芥种子含油率提高了8.90%~13.57%,并促进转基因拟南芥种子中油酸(C18:1)和亚油酸(18:2)的积累,减少棕榈酸(C16:0)、花生酸(C20:0)和花生一烯酸(C20:1)的积累。此外,外源PfWRI1基因的表达增加了糖酵解和脂肪酸生物合成相关基因AtPKP-α、AtPKP-β1、AtBCCP2、AtSUS2和AtLIP1的表达。综上所述,PfWRI1可能通过与上述基因互作,增加不饱和脂肪酸含量来促进油脂积累。 展开更多
关键词 紫苏 AP2转录因子家族 WRINKLED1 油脂积累
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水稻AP2/ERF转录因子家族及其相应miRNAs在叶片衰老中的表达
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作者 蒋鑫 陈重先 +4 位作者 刘梦兰 黄丹丹 李伟 缪颖 张玉 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期159-168,共10页
【目的】探究水稻AP2/ERF转录因子在叶片衰老中的功能及其受miRNA和组蛋白修饰调控的转录机制。【方法】在全基因组水平对水稻(Oryza sativa)AP2/ERF家族成员及其上游靶向的miRNAs进行鉴定和生物信息学分析。对miRNA及其靶基因在水稻叶... 【目的】探究水稻AP2/ERF转录因子在叶片衰老中的功能及其受miRNA和组蛋白修饰调控的转录机制。【方法】在全基因组水平对水稻(Oryza sativa)AP2/ERF家族成员及其上游靶向的miRNAs进行鉴定和生物信息学分析。对miRNA及其靶基因在水稻叶片衰老过程中的表达谱进行分析。通过RT⁃qPCR检测该家族成员及miRNAs在水稻叶片衰老过程中的互作关系。【结果】在水稻中共有155个AP2/ERF基因,所有成员启动子都含有光响应元件,大多数基因都具有茉莉酸(jasmonic acid,JA)、脱落酸(abscisic acid,ABA)和厌氧诱导顺式作用元件。预测到45个miRNAs靶向调控水稻AP2/ERF家族的58个成员。鉴定出一系列在水稻叶片衰老过程中呈显著负相关的miRNA-靶基因对,暗示这些miRNAs可能通过抑制AP2/ERF基因的表达,参与水稻叶片衰老过程的调控。同时,发现4个AP2/ERF基因的表达量及其组蛋白H3K9ac富集水平随水稻叶片的衰老持续上升,说明这些基因表达同时受到H3K9ac修饰调控。【结论】在水稻叶片衰老过程中AP2/ERF基因的转录受其相应靶向的miRNAs和组蛋白H3K9ac修饰的影响。 展开更多
关键词 水稻 AP2/ERF转录因子 叶片衰老 表观遗传修饰 miRNA调控 H3K9ac修饰
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常染色体显性智力发育障碍60型伴癫痫发作1例
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作者 孙莹莹 刘慧 +2 位作者 刘淼 梅世月 马燕丽 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1362-1366,共5页
患儿,女,10个月21 d,3月龄开始发育延迟,严重语言发育障碍,刻板动作,喜笑,体格检查可见肤白,枕部扁平,10月龄行视频脑电图提示不典型失神发作,发作间期可见游走性慢波活动。家系三人全外显子组测序提示患儿AP2M1基因存在新发突变c.508C&... 患儿,女,10个月21 d,3月龄开始发育延迟,严重语言发育障碍,刻板动作,喜笑,体格检查可见肤白,枕部扁平,10月龄行视频脑电图提示不典型失神发作,发作间期可见游走性慢波活动。家系三人全外显子组测序提示患儿AP2M1基因存在新发突变c.508C>T(p.R170W)。已报道的国内外AP2M1基因变异相关的常染色体显性智力发育障碍60型伴癫痫发作共6例(包括该研究),主要临床特点包括发育延迟(6例),语言发育障碍(5例),刻板动作(3例),喜欢微笑(1例),临床发作以不典型失神为主(4例),发作间期脑电图可见广泛性棘波、棘慢波发放(5例),游走性慢波活动(1例)。c.508C>T(p.R170W)可能为AP2M1基因突变热点,其临床特点与快乐木偶综合征非常相似。 展开更多
关键词 常染色体显性智力发育障碍60型伴癫痫发作 快乐木偶综合征 AP2M1基因 儿童
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欧洲油菜miR172靶基因预测及生物信息学分析
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作者 温鑫 魏继承 +3 位作者 曲云 汪凯 任如意 郝爱平 《牡丹江师范学院学报(自然科学版)》 2024年第2期36-42,共7页
利用生物信息学方法对欧洲油菜(Brassica napus L.)的miR 172(简称Bna-miR 172)基因家族成员进行前体序列二级结构预测、序列保守性分析、系统发育进化树分析、靶基因预测及组织特异性表达分析.Bna-miR 172基因家族的二级结构为稳定的... 利用生物信息学方法对欧洲油菜(Brassica napus L.)的miR 172(简称Bna-miR 172)基因家族成员进行前体序列二级结构预测、序列保守性分析、系统发育进化树分析、靶基因预测及组织特异性表达分析.Bna-miR 172基因家族的二级结构为稳定的茎环结构;Bna-miR 172家族成员的成熟序列高度保守,前体序列在产生成熟序列的位置高度保守;系统进化树分析表明,Bna-miR 172基因家族与Bju-miR 172基因家族的亲缘关系相近.Bna-miR 172基因家族成员的靶基因以AP2类转录因子为主,推测靶基因的功能主要是参与植物的成花作用、植株发育以及植物的逆境胁迫响应. 展开更多
关键词 miR 172 欧洲油菜 生物信息学 AP2
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珙桐AP2/ERF家族相关基因的克隆及功能鉴定
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作者 曾沥 孙曼丽 +2 位作者 刘晋芸 胡小盼 魏炜 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期159-167,共9页
为探究AP2/ERF类转录因子在珙桐开花调控及花器官发育中的作用,本研究通过从实验室珙桐不同发育时期苞片和叶片的转录组数据中筛选出调控珙桐苞片发育相关AP2/ERF家族基因DiAP2-1、DiDREB-1和DiRAV-1,经过生物信息学分析、基因克隆及功... 为探究AP2/ERF类转录因子在珙桐开花调控及花器官发育中的作用,本研究通过从实验室珙桐不同发育时期苞片和叶片的转录组数据中筛选出调控珙桐苞片发育相关AP2/ERF家族基因DiAP2-1、DiDREB-1和DiRAV-1,经过生物信息学分析、基因克隆及功能鉴定初步研究了目的基因在珙桐苞片发育过程中的调控机制.亚细胞定位实验显示DiAP2-1主要定位于细胞质,DiDREB-1和DiRAV-1主要定位于细胞核.对目的基因在珙桐中的表达模式分析发现DiAP2-1和DiRAV-1在苞片发育过程中表达量逐渐降低,DiDREB-1只在苞片第三时期高表达,推测DiDREB-1、DiRAV-1属于A类基因,DiAP2-1属于B类基因.表型实验显示DiDREB-1和DiRAV-1转基因拟南芥株系较野生型表现为明显的早花,DiAP2-1同源基因对应的拟南芥突变体与同一时期野生型拟南芥对比表现为花瓣减少且萼片大,角果呈短粗状且败育.对关键开花调控基因表达模式分析发现DiDREB-1和DiRAV-1异源表达后使其他促花因子表达量上调进而使拟南芥花期提前.以上结果表明,AP2/ERF类转录因子DiAP2-1、DiDREB-1和DiRAV-1在珙桐苞片及花器官发育和珙桐开花调控中发挥了重要作用. 展开更多
关键词 珙桐 花器官 苞片 AP2/ERF
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药用植物紫草AP2/ERF基因家族生物信息学鉴定
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作者 王静 雷慧兰 +1 位作者 刘晓洁 蔡阳 《新疆医学》 2024年第8期920-930,共11页
目的紫草是重要的药用植物资源,鉴定研究紫草AP2/ERF转录因子家族,可靶定调控活性物质合成及代谢关键基因。方法本研究基于紫草基因组,对紫草AP2/ERF转录因子家族进行保守结构域鉴定,理化性质预测,系统发育进化树构建,启动子区顺式作用... 目的紫草是重要的药用植物资源,鉴定研究紫草AP2/ERF转录因子家族,可靶定调控活性物质合成及代谢关键基因。方法本研究基于紫草基因组,对紫草AP2/ERF转录因子家族进行保守结构域鉴定,理化性质预测,系统发育进化树构建,启动子区顺式作用元件分析。结果紫草AP2/ERF转录因子家族共有177个成员,由AP2、RAV、ERF、DREB、Soloist5个亚家族组成;其分子量在9.0~73.0 kDa之间,等电点变化范围在4.0~11.0之间,主要定位在细胞核;LeERF与LeDREB亚家族细分为10个亚组,其中LeDREB亚家族缺少A3成员,LeERF亚家族缺少B2成员;其激素响应元件、胁迫响应元件、生长发育相关元件、光响应元件占主要分量。结论本研究丰富了药用植物紫草的基因资源,为紫草地育种与深度开发奠定了理论基础。 展开更多
关键词 紫草 AP2/ERF 转录因子 基因组 代谢物
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大叶桉根、茎、叶转录组比较和AP 2/ERF基因家族分析
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作者 陈欢 张健 +4 位作者 黄恒成 唐正涛 韦联健 周韬 邓紫宇 《福建林业科技》 2024年第1期1-8,共8页
2021年对广西六峰山林场的大叶桉(Eucalyptus robusta)进行采样,采用Hiseq 2000对大叶桉根、茎、叶组织分别进行转录组测序。结果获得40786个Unigene;通过数据库比对,共注释了31662个Unigene。GO注释结果最多的条目为膜组成部分;KEGG注... 2021年对广西六峰山林场的大叶桉(Eucalyptus robusta)进行采样,采用Hiseq 2000对大叶桉根、茎、叶组织分别进行转录组测序。结果获得40786个Unigene;通过数据库比对,共注释了31662个Unigene。GO注释结果最多的条目为膜组成部分;KEGG注释结果表明,5654条序列参与129条代谢通路,参与基因最多的通路为核糖体。对比分析大叶桉根部和茎,以及根部和叶之间的转录差异,发现多条富集的通路,包括α-亚麻酸代谢和萜类骨架生物合成等。鉴定出AP 2/ERF家族基因84个,其中AP 2家族含有9个基因,RAV家族含有2个基因,ERF家族包含73个基因,各基因家族在根茎叶中的表达模式有所差异。 展开更多
关键词 大叶桉 转录组比较 AP 2/ERF基因家族
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Pre-miR172及miR172调控油菜AP2基因表达的规律分析
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作者 刘芳 郝小花 +1 位作者 陈中元 何昊 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期936-950,共15页
为探究油菜miR172前体(pre-miR172)及成熟体(miR172)对AP2基因的调控功能,该研究通过生物信息学方法对miR172和AP2启动子进行调控元件预测,分析6条油菜AP2基因的进化关系及miR172与AP2的靶向关系;通过qRT-PCR方法检测AP2、miR172和pre-m... 为探究油菜miR172前体(pre-miR172)及成熟体(miR172)对AP2基因的调控功能,该研究通过生物信息学方法对miR172和AP2启动子进行调控元件预测,分析6条油菜AP2基因的进化关系及miR172与AP2的靶向关系;通过qRT-PCR方法检测AP2、miR172和pre-miR172在早熟和晚熟油菜不同组织的表达规律;比较分析miR172丰度和AP2表达量间的相关关系,以及比较分析pre-miR172和miR172在表达水平上的相关关系;通过过表达pre-miR172,再次验证pre-miR172对成熟体miR172及AP2的作用。结果表明:(1)miR172和AP2启动子区均存在调控花发育的顺式元件。(2)6条AP2序列均经历了强烈的纯化选择,均具备miR172的结合位点,属miR172的靶基因。(3)miR172家族成员均可促进早熟油菜AP2表达,但miR172d作用不明显。在晚熟油菜中,miR172a和miR172c作用微弱,miR172b和miR172d二者共同发挥作用降低AP2的表达水平。(4)pre-miR172家族对于早熟油菜中miR172家族的表达水平均有促进作用;在晚熟油菜中pre-miR172a和pre-miR172b对其成熟序列的形成发挥正调控作用,pre-miR172c和pre-miR172d则对于其成熟序列的形成发挥负调控作用。过表达pre-miR172后,miR172和AP2表达规律与上述结果保持一致,证实pre-miR172对miR172及AP2的调控功能。该研究结果丰富了油菜AP2基因的功能调控路径,为基因的调控功能研究提供了新的思路。 展开更多
关键词 油菜 AP2 miR172 pre-miR172 表达规律
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麻风树JcERF22基因的克隆与功能分析
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作者 唐跃辉 陈淑颖 +6 位作者 何文琼 王涵瑾 包欣欣 贾赛男 王瑶瑶 陈宇阳 杨同文 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期2219-2228,共10页
AP2/ERF转录因子在植物生长发育和响应非生物胁迫过程中起重要的调控作用,克隆麻风树AP2/ERF基因JcERF22,分析其对非生物胁迫的响应,鉴定其在调控拟南芥抗逆胁迫中的作用,为麻风树耐逆品种的培育提供依据。以麻风树为材料,利用逆转录PCR... AP2/ERF转录因子在植物生长发育和响应非生物胁迫过程中起重要的调控作用,克隆麻风树AP2/ERF基因JcERF22,分析其对非生物胁迫的响应,鉴定其在调控拟南芥抗逆胁迫中的作用,为麻风树耐逆品种的培育提供依据。以麻风树为材料,利用逆转录PCR(RT-PCR)技术克隆麻风树JcERF22基因,利用生物信息学方法分析JcERF22基因序列,使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析非生物胁迫下JcERF22基因的表达模式,利用花粉浸染法构建JcERF22转基因拟南芥植株,并分析转基因植株在正常生长、缺磷和盐胁迫下的表型。结果显示,克隆的JcERF22基因编码区(CDS)长度为1 074 bp,编码357个氨基酸。亚细胞定位结果显示,JcERF22蛋白定位于细胞核。在缺磷和盐胁迫条件下,麻风树叶片中JcERF22基因的表达量均显著降低。正常条件下,过表达JcERF22基因不影响拟南芥地上部分的生长发育,但增加了拟南芥的根毛长度和根毛数量;缺磷胁迫下,JcERF22过表达拟南芥叶片中的花青素含量显著低于野生型,花青素合成相关基因(CHS、DFR、F3H、LDOX、FLS1、UF3GT)的表达量也均显著低于野生型;盐胁迫下,JcERF22过表达拟南芥的叶片白化严重,鲜重显著低于野生型,非生物胁迫相关基因(AtHKT1;1、AtP5CS1)的表达量显著低于野生型。综上,JcERF22基因在麻风树响应缺磷和盐胁迫中发挥重要作用。 展开更多
关键词 麻风树 JcERF22基因 AP2/ERF转录因子 缺磷 盐胁迫
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四倍体硬粒小麦及其他小麦族AP2/ERF基因家族比较分析及表达鉴定
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作者 张新 李敏敏 +6 位作者 孙允超 赵杨 冀传允 许传怀 闫树平 张兰迎 张继勇 《种子》 北大核心 2024年第6期55-66,85,共13页
为探究硬粒小麦及其他小麦族中AP2/ERF家族基因响应非生物胁迫的机理,本研究采用生物信息学的方法在全基因组范围内对硬粒小麦、野生二粒小麦及粗山羊草的已有公开数据进行分析,分别鉴定了215、232、139个AP2/ERF基因家族成员,AP2/ERF... 为探究硬粒小麦及其他小麦族中AP2/ERF家族基因响应非生物胁迫的机理,本研究采用生物信息学的方法在全基因组范围内对硬粒小麦、野生二粒小麦及粗山羊草的已有公开数据进行分析,分别鉴定了215、232、139个AP2/ERF基因家族成员,AP2/ERF家族基因在不同物种中的基因组位置、基因结构、启动子顺式作用元件相似及差异部分。利用硬粒小麦在不同发育时期及非生物胁迫下的转录组数据,对这些AP2/ERF基因进行表达模式分析,发现有6个AP2/ERF基因在硬粒小麦胚乳发育过程中起着一定程度的调节作用;有23个AP2/ERF基因在硬粒小麦花后热胁迫反应中上调表达,其中13个基因可以同时响应硬粒小麦花前缺水及花后热胁迫反应。 展开更多
关键词 硬粒小麦 AP2/ERF基因家族 非生物胁迫 表达模式
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