利用特异性的引物对 ,选择性扩增垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的 1 6 S r RNA基因片断 ,在此基础上建立 1 6 Sr DNA克隆文库。经古细菌通用寡核苷酸探针的原位杂交筛选后 ,克隆文库内古细菌 1 6 S r DNA扩增片断的多样性通过ARDRA分析 ...利用特异性的引物对 ,选择性扩增垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的 1 6 S r RNA基因片断 ,在此基础上建立 1 6 Sr DNA克隆文库。经古细菌通用寡核苷酸探针的原位杂交筛选后 ,克隆文库内古细菌 1 6 S r DNA扩增片断的多样性通过ARDRA分析 ( amplified r DNA restriction analysis)而获得。利用 PCR将各重组克隆子内的 1 6 S r DNA外源片断再扩增出来后 ,两种限制性内切酶 -H ha 和 H ae -被分别用于 1 6 Sr DNA克隆片断的限制酶切分析。结果表明 ,随机选出的 70个古细菌 1 6 S r DNA克隆片断被分为 2 1个不同的 ARDRA型 (组 ) ,其中的两个优势型总共占了所有被分析克隆子的6 0 % ,而其余 1 9个型的相对丰度均处于较低的水平 ,当中的 1 4个型更仅含有 1个克隆子。通过对 1 6 Sr RNA基因的 PCR扩增、克隆及其 ARDRA分析 。展开更多
分别将炼油废水、印染废水、造纸废水样品倍比稀释后涂布平板分离菌株,用苯酚羟化酶基因特异引物检测苯酚降解菌,共分离得到87株降酚菌。经ER IC-PCR指纹图分析,显示15种不同的类型。进一步对显示不同ER IC-PCR指纹图的15种分离物的代...分别将炼油废水、印染废水、造纸废水样品倍比稀释后涂布平板分离菌株,用苯酚羟化酶基因特异引物检测苯酚降解菌,共分离得到87株降酚菌。经ER IC-PCR指纹图分析,显示15种不同的类型。进一步对显示不同ER IC-PCR指纹图的15种分离物的代表菌株进行ARDRA多态性分析,结果可分为4个OTUs(Operational Taxonom ic Un it,OTU),表明实验分离得到的降酚菌至少存在4个不同的种(spec ies)。展开更多
对采自湖北省英山县的细茎石斛〔Dendrobium moniliforme(Linn.)Sw.〕根、茎和叶中的内生细菌及其根围苔藓内生细菌和根围土壤细菌进行分离,并采用扩增核糖体DNA限制性酶切分析(ARDRA)与UPGMA聚类分析相结合的方法对这些细菌菌株进行鉴...对采自湖北省英山县的细茎石斛〔Dendrobium moniliforme(Linn.)Sw.〕根、茎和叶中的内生细菌及其根围苔藓内生细菌和根围土壤细菌进行分离,并采用扩增核糖体DNA限制性酶切分析(ARDRA)与UPGMA聚类分析相结合的方法对这些细菌菌株进行鉴定和多样性分析;在此基础上,采用平板检测技术测定了这些细菌菌株的解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。结果显示:从细茎石斛根和茎以及根围苔藓和根围土壤中共分离获得75株细菌菌株,从叶中未分离出内生细菌。其中,源自根和茎的内生细菌菌株分别为14和7株;源自根围苔藓的内生细菌菌株偏少,仅14株;源自根围土壤的细菌菌株最多,达到40株。75株菌株可被分成33个ARDRA簇,通过16S r DNA序列测定及比对,它们分别隶属于链霉菌属(Streptomyces)、芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、拉恩氏菌属(Rahnella)、潘多拉菌属(Pandoraea)、微杆菌属(Microbacterium)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和泛菌属(Pantoea),其中芽孢杆菌属和假单胞菌属为优势属。在75株内生和根围细菌中,有22株菌株兼具解无机磷和有机磷的能力、25株菌株具有解钾能力、64株菌株具有产生长素能力、39株菌株具有产嗜铁素能力,其中有9株菌株兼具解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。总体上看,细茎石斛的内生和根围细菌数量多且多样性较高,其中9株兼具4种促生潜力的菌株可作为促进细茎石斛生长的候选菌株。展开更多
研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖...研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。展开更多
采用非培养法和培养法对福建红曲醋的细菌菌落结构进行分析.从红曲醋发酵液样品中提取基因组DNA,构建16S r DNA文库.随机挑取16S r DNA文库中的克隆子进行ARDRA分析,通过部分克隆序列测定构建系统发育树.结果显示,非培养法16S r DNA克...采用非培养法和培养法对福建红曲醋的细菌菌落结构进行分析.从红曲醋发酵液样品中提取基因组DNA,构建16S r DNA文库.随机挑取16S r DNA文库中的克隆子进行ARDRA分析,通过部分克隆序列测定构建系统发育树.结果显示,非培养法16S r DNA克隆文库得到15种OTUs,主要分为3大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属、Pseudomonas属;培养法16S r DNA克隆文库得到11种OTUs,主要分为2大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属.在文库的标准多样性指数方面,非培养法文库的香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalef's richness index)分别为2.56、0.075、3.04,培养法文库香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalefs'richness index)分别为2.26、0.104、2.17.两个文库的均一度指数(Evenness index)数值均高于0.90,显示出两个文库自身较高的多样性.实验结果表明:Acetobacter属和Lactobacillus属是红曲醋发酵的优势菌群,占整个细菌群落的85%以上.红曲醋发酵是一个多菌种的发酵过程,福建红曲醋的非挥发性酸含量与其醋酸发酵伴随乳酸发酵过程产生丰富的有机酸是相关的.展开更多
文摘利用特异性的引物对 ,选择性扩增垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的 1 6 S r RNA基因片断 ,在此基础上建立 1 6 Sr DNA克隆文库。经古细菌通用寡核苷酸探针的原位杂交筛选后 ,克隆文库内古细菌 1 6 S r DNA扩增片断的多样性通过ARDRA分析 ( amplified r DNA restriction analysis)而获得。利用 PCR将各重组克隆子内的 1 6 S r DNA外源片断再扩增出来后 ,两种限制性内切酶 -H ha 和 H ae -被分别用于 1 6 Sr DNA克隆片断的限制酶切分析。结果表明 ,随机选出的 70个古细菌 1 6 S r DNA克隆片断被分为 2 1个不同的 ARDRA型 (组 ) ,其中的两个优势型总共占了所有被分析克隆子的6 0 % ,而其余 1 9个型的相对丰度均处于较低的水平 ,当中的 1 4个型更仅含有 1个克隆子。通过对 1 6 Sr RNA基因的 PCR扩增、克隆及其 ARDRA分析 。
文摘分别将炼油废水、印染废水、造纸废水样品倍比稀释后涂布平板分离菌株,用苯酚羟化酶基因特异引物检测苯酚降解菌,共分离得到87株降酚菌。经ER IC-PCR指纹图分析,显示15种不同的类型。进一步对显示不同ER IC-PCR指纹图的15种分离物的代表菌株进行ARDRA多态性分析,结果可分为4个OTUs(Operational Taxonom ic Un it,OTU),表明实验分离得到的降酚菌至少存在4个不同的种(spec ies)。
文摘对采自湖北省英山县的细茎石斛〔Dendrobium moniliforme(Linn.)Sw.〕根、茎和叶中的内生细菌及其根围苔藓内生细菌和根围土壤细菌进行分离,并采用扩增核糖体DNA限制性酶切分析(ARDRA)与UPGMA聚类分析相结合的方法对这些细菌菌株进行鉴定和多样性分析;在此基础上,采用平板检测技术测定了这些细菌菌株的解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。结果显示:从细茎石斛根和茎以及根围苔藓和根围土壤中共分离获得75株细菌菌株,从叶中未分离出内生细菌。其中,源自根和茎的内生细菌菌株分别为14和7株;源自根围苔藓的内生细菌菌株偏少,仅14株;源自根围土壤的细菌菌株最多,达到40株。75株菌株可被分成33个ARDRA簇,通过16S r DNA序列测定及比对,它们分别隶属于链霉菌属(Streptomyces)、芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、拉恩氏菌属(Rahnella)、潘多拉菌属(Pandoraea)、微杆菌属(Microbacterium)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和泛菌属(Pantoea),其中芽孢杆菌属和假单胞菌属为优势属。在75株内生和根围细菌中,有22株菌株兼具解无机磷和有机磷的能力、25株菌株具有解钾能力、64株菌株具有产生长素能力、39株菌株具有产嗜铁素能力,其中有9株菌株兼具解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。总体上看,细茎石斛的内生和根围细菌数量多且多样性较高,其中9株兼具4种促生潜力的菌株可作为促进细茎石斛生长的候选菌株。
文摘研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。
文摘采用非培养法和培养法对福建红曲醋的细菌菌落结构进行分析.从红曲醋发酵液样品中提取基因组DNA,构建16S r DNA文库.随机挑取16S r DNA文库中的克隆子进行ARDRA分析,通过部分克隆序列测定构建系统发育树.结果显示,非培养法16S r DNA克隆文库得到15种OTUs,主要分为3大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属、Pseudomonas属;培养法16S r DNA克隆文库得到11种OTUs,主要分为2大菌群,分别是:Acetobacter属、Lactobacillus属.在文库的标准多样性指数方面,非培养法文库的香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalef's richness index)分别为2.56、0.075、3.04,培养法文库香侬-威纳指数(Shannon-Weiner index)、辛普森指数(Simpson index)、丰富度指数(Margalefs'richness index)分别为2.26、0.104、2.17.两个文库的均一度指数(Evenness index)数值均高于0.90,显示出两个文库自身较高的多样性.实验结果表明:Acetobacter属和Lactobacillus属是红曲醋发酵的优势菌群,占整个细菌群落的85%以上.红曲醋发酵是一个多菌种的发酵过程,福建红曲醋的非挥发性酸含量与其醋酸发酵伴随乳酸发酵过程产生丰富的有机酸是相关的.